SAXSdb — 9hvm

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribulose bisphosphate carboxylase large chain

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 16 PDB 声明：16-meric（16）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 7–475 链 C； UniProt 7–475 链 E； UniProt 7–475 链 G； UniProt 7–475 链 I； UniProt 7–475 链 K； UniProt 7–475 链 M； UniProt 7–475 链 O； UniProt 7–475	未记录	Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic 1 × 8 （P00873）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9HVM	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1GK8 Rubisco from Chlamydomonas reinhardtii 提交 2001-08-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 A 1–475（475 aa）链 C 1–475（475 aa）链 E 1–475（475 aa）链 G 1–475（475 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 8 CAP 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 66	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；291 K；50 MM HEPES PH 7.5, 8-12% PEG 4000, 50 MM NAHCO3, 5 MM MGCL2, 50 UM 2-CABP, 18 DEG C, 10-15 MG/ML PROTEIN	分辨率 1.40 Å R-free 0.162
1IR2 Crystal Structure of Activated Ribulose-1,5-bisphosphate Carboxylase/oxygenase (Rubisco) from Green alga, Chlamydomonas reinhardtii Complexed with 2-Carboxyarabinitol-1,5-bisphosphate (2-CABP) 提交 2001-09-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 A 1–475（475 aa）链 B 1–475（475 aa）链 C 1–475（475 aa）链 D 1–475（475 aa）链 E 1–475（475 aa）链 F 1–475（475 aa）链 G 1–475（475 aa）链 H 1–475（475 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 8 CAP 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE × 8 GOL GLYCEROL × 20	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；PEG4000, HEPES-KOH, glycerol, NaHCO3, MgCl2, DTT, 2-carboxyarabinitol-1,5-bisphosphate (2-CABP), EDTA, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.84 Å R-free 0.181
1IR2 Crystal Structure of Activated Ribulose-1,5-bisphosphate Carboxylase/oxygenase (Rubisco) from Green alga, Chlamydomonas reinhardtii Complexed with 2-Carboxyarabinitol-1,5-bisphosphate (2-CABP) 提交 2001-09-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 S 1–475（475 aa）链 T 1–475（475 aa）链 U 1–475（475 aa）链 V 1–475（475 aa）链 W 1–475（475 aa）链 X 1–475（475 aa）链 Y 1–475（475 aa）链 Z 1–475（475 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 8 CAP 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE × 8 GOL GLYCEROL × 20	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；PEG4000, HEPES-KOH, glycerol, NaHCO3, MgCl2, DTT, 2-carboxyarabinitol-1,5-bisphosphate (2-CABP), EDTA, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.84 Å R-free 0.181
1UW9 L290F-A222T chlamydomonas Rubisco mutant 提交 2004-02-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 A 1–475（475 aa）链 B 1–475（475 aa）链 E 1–475（475 aa）链 H 1–475（475 aa）链 K 1–475（475 aa）链 O 1–475（475 aa）链 R 1–475（475 aa）链 V 1–475（475 aa）	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 8 CAP 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 55	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；291 K；0 MM HEPES PH 7.5, 8-12% PEG 4 50 MM NAHCO3, 5 MM MGCL2, 50 UM 2-CABP, 18 DEG C, 10-15 MG PROTEIN	分辨率 2.05 Å R-free 0.194
1UWA L290F mutant rubisco from chlamydomonas 提交 2004-02-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 A 1–475（475 aa）链 B 1–475（475 aa）链 E 1–475（475 aa）链 H 1–475（475 aa）链 K 1–475（475 aa）链 O 1–475（475 aa）链 R 1–475（475 aa）链 V 1–475（475 aa）	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 8 CAP 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 59	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；291 K；HEPES PH 7.5, 8-12% PEG 4 50 MM NAHCO3, 5 MM MGCL2, 50 UM 2-CABP, 18 DEG C, 10-15 MG PROTEIN	分辨率 2.30 Å R-free 0.205
1UZH A CHIMERIC CHLAMYDOMONAS, SYNECHOCOCCUS RUBISCO ENZYME 提交 2004-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 A 1–475（475 aa）链 B 1–475（475 aa）链 E 1–475（475 aa）链 H 1–475（475 aa）链 K 1–475（475 aa）链 O 1–475（475 aa）链 R 1–475（475 aa）链 V 1–475（475 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 8 CAP 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 50	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；291 K；50 MM HEPES PH 7.5, 8-12% PEG 4 50 MM NAHCO3, 5 MM MGCL2, 50 UM 2-CABP, 18 DEG C, 10-15 MG PROTEIN	分辨率 2.20 Å R-free 0.193
2V63 Crystal structure of Rubisco from Chlamydomonas reinhardtii with a large-subunit V331A mutation 提交 2007-07-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 A 1–475（475 aa）链 B 1–475（475 aa）链 C 1–475（475 aa）链 D 1–475（475 aa）链 E 1–475（475 aa）链 F 1–475（475 aa）链 G 1–475（475 aa）链 H 1–475（475 aa）	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CAP 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE × 8 MG MAGNESIUM ION × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 46	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.214
2V67 Crystal structure of Chlamydomonas reinhardtii Rubisco with a large- subunit supressor mutation T342I 提交 2007-07-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 A 1–475（475 aa）链 B 1–475（475 aa）链 C 1–475（475 aa）链 D 1–475（475 aa）链 E 1–475（475 aa）链 F 1–475（475 aa）链 G 1–475（475 aa）链 H 1–475（475 aa）	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 8 CAP 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 58	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.208
2V68 Crystal structure of Chlamydomonas reinhardtii Rubisco with large- subunit mutations V331A, T342I 提交 2007-07-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 A 1–475（475 aa）链 B 1–475（475 aa）链 C 1–475（475 aa）链 D 1–475（475 aa）链 E 1–475（475 aa）链 F 1–475（475 aa）链 G 1–475（475 aa）链 H 1–475（475 aa）	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 8 CAP 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 49	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.203
2V69 Crystal structure of Chlamydomonas reinhardtii Rubisco with a large- subunit mutation D473E 提交 2007-07-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 A 1–475（475 aa）链 B 1–475（475 aa）链 C 1–475（475 aa）链 D 1–475（475 aa）链 E 1–475（475 aa）链 F 1–475（475 aa）链 G 1–475（475 aa）链 H 1–475（475 aa）	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 8 CAP 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 24	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.228
2V6A Crystal structure of Chlamydomonas reinhardtii Rubisco with large- subunit mutations V331A, G344S 提交 2007-07-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 A 1–475（475 aa）链 B 1–475（475 aa）链 C 1–475（475 aa）链 D 1–475（475 aa）链 E 1–475（475 aa）链 F 1–475（475 aa）链 G 1–475（475 aa）链 H 1–475（475 aa）	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 8 CAP 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 59	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 1.50 Å R-free 0.192
2VDH Crystal structure of Chlamydomonas reinhardtii Rubisco with a large- subunit C172S mutation 提交 2007-10-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 A 1–475（475 aa）链 B 1–475（475 aa）链 C 1–475（475 aa）链 D 1–475（475 aa）链 E 1–475（475 aa）链 F 1–475（475 aa）链 G 1–475（475 aa）链 H 1–475（475 aa）	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 8 CAP 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 57	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.203
2VDI Crystal structure of Chlamydomonas reinhardtii Rubisco with a large- subunit C192S mutation 提交 2007-10-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 A 1–475（475 aa）链 B 1–475（475 aa）链 C 1–475（475 aa）链 D 1–475（475 aa）链 E 1–475（475 aa）链 F 1–475（475 aa）链 G 1–475（475 aa）链 H 1–475（475 aa）	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 8 CAP 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 43	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.65 Å R-free 0.234
5BS2 Crystal structure of RbcX-IIa from Chlamydomonas reinhardtii in complex with RbcL C-terminal tail 提交 2015-06-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 462–473（12 aa）片段：UNP residues 462-473,UNP residues 44-156 链 B 462–473（12 aa）片段：UNP residues 462-473,UNP residues 44-156 链 R 462–467（6 aa）片段：UNP residues 462-467	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Tris-HCl pH 8.5, 25% PEG2000 MME	分辨率 1.97 Å R-free 0.222
7JFO EPYC1(49-72)-bound Rubisco 提交 2020-07-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–475（475 aa）链 C 1–475（475 aa）链 E 1–475（475 aa）链 G 1–475（475 aa）链 I 1–475（475 aa）链 K 1–475（475 aa）链 M 1–475（475 aa）链 O 1–475（475 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8；200 mM sorbitol, 50 mM HEPES, 50 mM KOAc, 2 mM Mg(OAc)2.4H2O and 1 mM CaCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.13 Å

共 14 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RBL_CHLRE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–469； UniProt 7–475 作者链 C； PDB构建体 1–469； UniProt 7–475 作者链 E； PDB构建体 1–469； UniProt 7–475 作者链 G； PDB构建体 1–469； UniProt 7–475 作者链 I； PDB构建体 1–469； UniProt 7–475 作者链 K； PDB构建体 1–469； UniProt 7–475 作者链 M； PDB构建体 1–469； UniProt 7–475 作者链 O； PDB构建体 1–469； UniProt 7–475

Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic 1

Chlamydomonas reinhardtii

UniProt P00873

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 16 PDB 声明：16-meric（16）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 46–177 链 D； UniProt 46–177 链 F； UniProt 46–177 链 H； UniProt 46–177 链 J； UniProt 46–177 链 L； UniProt 46–177 链 N； UniProt 46–177 链 P； UniProt 46–177	未记录	Ribulose bisphosphate carboxylase large chain × 8 （P00877）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9HVM	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1GK8 Rubisco from Chlamydomonas reinhardtii 提交 2001-08-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 I 46–185（140 aa）链 K 46–185（140 aa）链 M 46–185（140 aa）链 O 46–185（140 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 8 CAP 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 66	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；291 K；50 MM HEPES PH 7.5, 8-12% PEG 4000, 50 MM NAHCO3, 5 MM MGCL2, 50 UM 2-CABP, 18 DEG C, 10-15 MG/ML PROTEIN	分辨率 1.40 Å R-free 0.162
1UW9 L290F-A222T chlamydomonas Rubisco mutant 提交 2004-02-03	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 C 46–185（140 aa）链 F 46–185（140 aa）链 I 46–185（140 aa）链 J 46–185（140 aa）链 M 46–185（140 aa）链 P 46–185（140 aa）链 T 46–185（140 aa）链 W 46–185（140 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 8 CAP 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 55	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；291 K；0 MM HEPES PH 7.5, 8-12% PEG 4 50 MM NAHCO3, 5 MM MGCL2, 50 UM 2-CABP, 18 DEG C, 10-15 MG PROTEIN	分辨率 2.05 Å R-free 0.194
1UWA L290F mutant rubisco from chlamydomonas 提交 2004-02-03	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 C 46–185（140 aa）链 F 46–185（140 aa）链 I 46–185（140 aa）链 J 46–185（140 aa）链 M 46–185（140 aa）链 P 46–185（140 aa）链 T 46–185（140 aa）链 W 46–185（140 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 8 CAP 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 59	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；291 K；HEPES PH 7.5, 8-12% PEG 4 50 MM NAHCO3, 5 MM MGCL2, 50 UM 2-CABP, 18 DEG C, 10-15 MG PROTEIN	分辨率 2.30 Å R-free 0.205
1UZD Chlamydomonas,Spinach Chimeric Rubisco 提交 2004-03-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 C 46–90（45 aa）链 C 116–185（70 aa）链 F 46–90（45 aa）链 F 116–185（70 aa）链 I 46–90（45 aa）链 I 116–185（70 aa）链 J 46–90（45 aa）链 J 116–185（70 aa）链 M 46–90（45 aa）链 M 116–185（70 aa）链 P 46–90（45 aa）链 P 116–185（70 aa）链 T 46–90（45 aa）链 T 116–185（70 aa）链 W 46–90（45 aa）链 W 116–185（70 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 8 CAP 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 54	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；291 K；50 MM HEPES PH 7.5, 8-12% PEG 4 50 MM NAHCO3, 5 MM MGCL2, 50 UM 2-CABP, 18 DEG C, 10-15 MG PROTEIN	分辨率 2.40 Å R-free 0.230
1UZH A CHIMERIC CHLAMYDOMONAS, SYNECHOCOCCUS RUBISCO ENZYME 提交 2004-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 C 46–91（46 aa）链 C 117–185（69 aa）链 F 46–91（46 aa）链 F 117–185（69 aa）链 I 46–91（46 aa）链 I 117–185（69 aa）链 J 46–91（46 aa）链 J 117–185（69 aa）链 M 46–91（46 aa）链 M 117–185（69 aa）链 P 46–91（46 aa）链 P 117–185（69 aa）链 T 46–91（46 aa）链 T 117–185（69 aa）链 W 46–91（46 aa）链 W 117–185（69 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 8 CAP 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 50	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；291 K；50 MM HEPES PH 7.5, 8-12% PEG 4 50 MM NAHCO3, 5 MM MGCL2, 50 UM 2-CABP, 18 DEG C, 10-15 MG PROTEIN	分辨率 2.20 Å R-free 0.193
2V63 Crystal structure of Rubisco from Chlamydomonas reinhardtii with a large-subunit V331A mutation 提交 2007-07-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 I 46–185（140 aa）链 J 46–185（140 aa）链 K 46–185（140 aa）链 L 46–185（140 aa）链 M 46–185（140 aa）链 N 46–185（140 aa）链 O 46–185（140 aa）链 P 46–185（140 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CAP 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE × 8 MG MAGNESIUM ION × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 46	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.214
2V67 Crystal structure of Chlamydomonas reinhardtii Rubisco with a large- subunit supressor mutation T342I 提交 2007-07-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 I 46–185（140 aa）片段：RESIDUES 46-185 链 J 46–185（140 aa）片段：RESIDUES 46-185 链 K 46–185（140 aa）片段：RESIDUES 46-185 链 L 46–185（140 aa）片段：RESIDUES 46-185 链 M 46–185（140 aa）片段：RESIDUES 46-185 链 N 46–185（140 aa）片段：RESIDUES 46-185 链 O 46–185（140 aa）片段：RESIDUES 46-185 链 P 46–185（140 aa）片段：RESIDUES 46-185	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 8 CAP 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 58	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.208
2V68 Crystal structure of Chlamydomonas reinhardtii Rubisco with large- subunit mutations V331A, T342I 提交 2007-07-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 I 46–185（140 aa）片段：RESIDUES 46-185 链 J 46–185（140 aa）片段：RESIDUES 46-185 链 K 46–185（140 aa）片段：RESIDUES 46-185 链 L 46–185（140 aa）片段：RESIDUES 46-185 链 M 46–185（140 aa）片段：RESIDUES 46-185 链 N 46–185（140 aa）片段：RESIDUES 46-185 链 O 46–185（140 aa）片段：RESIDUES 46-185 链 P 46–185（140 aa）片段：RESIDUES 46-185	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 8 CAP 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 49	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.203
2V69 Crystal structure of Chlamydomonas reinhardtii Rubisco with a large- subunit mutation D473E 提交 2007-07-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 I 46–185（140 aa）链 J 46–185（140 aa）链 K 46–185（140 aa）链 L 46–185（140 aa）链 M 46–185（140 aa）链 N 46–185（140 aa）链 O 46–185（140 aa）链 P 46–185（140 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 8 CAP 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 24	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.228
2V6A Crystal structure of Chlamydomonas reinhardtii Rubisco with large- subunit mutations V331A, G344S 提交 2007-07-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 I 46–185（140 aa）链 J 46–185（140 aa）链 K 46–185（140 aa）链 L 46–185（140 aa）链 M 46–185（140 aa）链 N 46–185（140 aa）链 O 46–185（140 aa）链 P 46–185（140 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 8 CAP 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 59	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 1.50 Å R-free 0.192
2VDH Crystal structure of Chlamydomonas reinhardtii Rubisco with a large- subunit C172S mutation 提交 2007-10-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 I 46–185（140 aa）链 J 46–185（140 aa）链 K 46–185（140 aa）链 L 46–185（140 aa）链 M 46–185（140 aa）链 N 46–185（140 aa）链 O 46–185（140 aa）链 P 46–185（140 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 8 CAP 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 57	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.203
2VDI Crystal structure of Chlamydomonas reinhardtii Rubisco with a large- subunit C192S mutation 提交 2007-10-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 I 46–185（140 aa）链 J 46–185（140 aa）链 K 46–185（140 aa）链 L 46–185（140 aa）链 M 46–185（140 aa）链 N 46–185（140 aa）链 O 46–185（140 aa）链 P 46–185（140 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 8 CAP 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 43	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.65 Å R-free 0.234

共 12 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RBS1_CHLRE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–132； UniProt 46–177 作者链 D； PDB构建体 1–132； UniProt 46–177 作者链 F； PDB构建体 1–132； UniProt 46–177 作者链 H； PDB构建体 1–132； UniProt 46–177 作者链 J； PDB构建体 1–132； UniProt 46–177 作者链 L； PDB构建体 1–132； UniProt 46–177 作者链 N； PDB构建体 1–132； UniProt 46–177 作者链 P； PDB构建体 1–132； UniProt 46–177

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9hvm
沉积日期 deposition_date	2024-12-30
结构标题 title	In-cell Structure of Pyrenoid Rubisco
关键词 keywords	chloroplast, pyrenoid, cryo-ET, cryo-FIB, subtomogram averaging, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	48.28 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	47.44 Å
零角强度 I(0) i0	4104960000.00
分子量 molecular_weight	537800.0 kDa
排除体积 excluded_volume	672020 Å³
包络体积 envelope_volume	854480 Å³
水化壳体积 shell_volume	135570 Å³
包络直径 envelope_diameter	138.2 Å
壳层 Rg shell_rg	60.97 Å
包络 Rg envelope_rg	46.93 Å
形状 Rg shape_rg	47.44 Å
总 Rg total_rg	47.78 Å
总原子数 total_atoms	37816
残基数 n_residues	4808
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	144.8 Å
Rg (实空间) rg_real	47.76 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.72 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.1050e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.0700e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	48.28 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4108000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8891
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	65.8 Å
偏度 Skewness skewness	-0.036
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.587
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3333000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.895; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.936; Smooth: 0.933

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
分子量 formula_weight	51924.0 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.1.39
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I,K,M,O
原子数 atom_count	37816

TKAGAGFKAGVKDYRLTYYTPDYVVRDTDILAAFRMTPQLGVPPEECGAAVAAESSTGTWTTVWTDGLTSLDRYKGRCYDIEPVPGEDNQYIAYVAYPIDLFEEGSVTNMFTSIVGNVFGFKALRALRLEDLRIPPAYVKTFVGPPHGIQVERDKLNKYGRGLLGCTIKPKLGLSAKNYGRAVYECLRGGLDFTKDDENVNSQPFMRWRDRFLFVAEAIYKAQAETGEVKGHYLNATAGTCEEMMKRAVCAKELGVPIIMHDYLTGGFTANTSLAIYCRDNGLLLHIHRAMHAVIDRQRNHGIHFRVLAKALRMSGGDHLHSGTVVGKLEGEREVTLGFVDLMRDDYVEKDRSRGIYFTQDWCSMPGVMPVASGGIHVWHMPALVEIFGDDACLQFGGGTLGHPWGNAPGAAANRVALEACTQARNEGRDLAREGGDVIRSACKWSPELAAACEVWKEIKFEFDTIDKL

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic 1
分子量 formula_weight	15386.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,J,L,N,P

MMVWTPVNNKMFETFSYLPPLTDEQIAAQVDYIVANGWIPCLEFAEADKAYVSNESAIRFGSVSCLYYDNRYWTMWKLPMFGCRDPMQVLREIVACTKAFPDAYVRLVAFDNQKQVQIMGFLVQRPKTARDF

来源 Source

来源生物 organism	Chlamydomonas reinhardtii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3055
宿主生物 host_organism	Chlamydomonas reinhardtii

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8. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	8.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	17713

fit	/app/data/saxs_computation/hv/9hvm/9hvm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hv/9hvm/9hvm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hv/9hvm/9hvm.dat

In-cell Structure of Pyrenoid Rubisco

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribulose bisphosphate carboxylase large chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)