SAXSdb — 9hvn

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Magainins

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 83–105	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；35% MPD, 20 mM HEPES, pH 7	分辨率 1.05 Å R-free 0.177
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 83–105	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；35% MPD, 20 mM HEPES, pH 7	分辨率 1.05 Å R-free 0.177

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9HVN	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1D9J SOLUTION STRUCTURE OF CECROPIN A(1-8)-MAGAININ 2(1-12) HYBRID PEPTIDE 提交 1999-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 129–140（12 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.06；298 K；压力 1 NMR样品组成 2MM PEPTIDE; 90MM DPC MICELLES; 90% H2O, 10% D2O NMR样品组成 2MM PEPTIDE; 90MM DPC MICELLES; D2O	分辨率未提供
1D9L SOLUTION STRUCTURE OF CECROPIN A(1-8)-MAGAININ 2 HYBRID PEPTIDE ANALOGUE(P1) 提交 1999-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 224–232（9 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.29；303 K；压力 1 NMR测量条件 pH 4.29；298 K；压力 1 NMR样品组成 2MM PEPTIDE; 90MM DPC MICELLES; 90% H2O, 10% D2O NMR样品组成 2MM PEPTIDE; 90MM DPC MICELLES; D2O	分辨率未提供
1D9M SOLUTION STRUCTURE OF CECROPIN A(1-8)-MAGAININ 2 HYBRID PEPTIDE ANALOGUE(P2) 提交 1999-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 223–232（10 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.78；303 K；压力 1 NMR测量条件 pH 4.78；298 K；压力 1 NMR测量条件 pH 4.78；318 K；压力 1 NMR样品组成 2MM PEPTIDE; 90MM DPC MICELLES; 90% H2O, 10% D2O NMR样品组成 2MM PEPTIDE; 90MM DPC MICELLES; D2O	分辨率未提供
1D9O SOLUTION STRUCTURE OF CECROPIN A(1-8)-MAGAININ 2(1-12) HYBRID PEPTIDE ANALOGUE(P3) 提交 1999-10-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 129–140（12 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.05；303 K；压力 1 NMR测量条件 pH 4.05；298 K；压力 1 NMR测量条件 pH 4.05；318 K；压力 1 NMR样品组成 2MM PEPTIDE; 90MM DPC MICELLES; 90% H2O, 10% D2O NMR样品组成 2MM PEPTIDE; 90MM DPC MICELLES; D2O	分辨率未提供
1D9P SOLUTION STRUCTURE OF CECROPIN A(1-8)-MAGAININ 2(1-12) HYBRID PEPTIDE ANALOGUE(P4) 提交 1999-10-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 129–140（12 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 3.64；298 K；压力 1 NMR测量条件 pH 3.64；313 K；压力 1 NMR样品组成 2MM PEPTIDE; 90MM DPC MICELLES; 90% H2O, 10% D2O NMR样品组成 2MM PEPTIDE; 90MM DPC MICELLES; D2O	分辨率未提供
1DUM NMR STRUCTURE OF [F5Y, F16W] MAGAININ 2 BOUND TO PHOSPHOLIPID VESICLES 提交 2000-01-18	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 129–151（23 aa）链 B 129–151（23 aa）	突变：F5Y, F16W 突变：F5Y, F16W	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.2；318 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM；压力 ambient NMR样品组成 5mM [F5Y, F16W] magainin 2, 0.5mM DLPC-d64 \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1F0D Cecropin A(1-8)-magainin 2(1-12) in dodecylphosphocholine micelles 提交 2000-05-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 83–94（12 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.06；298 K NMR样品组成 DODECYLPHOSPHOCHOLINE-d38 MICELLES \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1F0E Cecropin A(1-8)-magainin 2(1-12) modified gig to P in dodecylphosphocholine micelles 提交 2000-05-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 86–94（9 aa）	突变：GIG TO P IN MAGAININ SEGMENT 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.78；298 K NMR样品组成 DODECYLPHOSPHOCHOLINE-d38 MICELLES \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1F0F Cecropin A(1-8)-magainin 2(1-12) gig deletion modification in dodecylphosphocholine micelles 提交 2000-05-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 86–94（9 aa）	突变：GIG DELETION IN MAGAININ SEGMENT 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.29；298 K NMR样品组成 DODECYLPHOSPHOCHOLINE-d38 MICELLES \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1F0G Cecropin A(1-8)-magainin 2(1-12) L2 in dodecylphosphocholine micelles 提交 2000-05-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 83–94（12 aa）	突变：W28L 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 3.64；298 K NMR样品组成 DODECYLPHOSPHOCHOLINE-d38 MICELLES \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1F0H Cecropin A(1-8)-magainin 2(1-12) A2 in dodecylphosphocholine micelles 提交 2000-05-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 83–94（12 aa）	突变：A28L 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.05；298 K NMR样品组成 DODECYLPHOSPHOCHOLINE-d38 MICELLES \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2LSA Magainin 提交 2012-04-24	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 83–105（23 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.2；298 K；离子强度（mmCIF原始值）105；压力 ambient NMR样品组成 1 mM magainin, 5 mM TRIS, 0.05 % TSP, 100 mM [U-2H] SDS, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2MAG NMR STRUCTURE OF MAGAININ 2 IN DPC MICELLES, 10 STRUCTURES 提交 1997-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 267–289（23 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.1；303 K	分辨率未提供
4MGP Structure of racemic Ala-(8,13,18) Magainin 2 提交 2013-08-28	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 83–105（23 aa）片段：UNP residues 83-105	突变：S8A, G13A, G18A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；Precipitant solution contained 0.1 M sodium citrate tribasic, pH 5.6, and 35% v/v tert-butanol. No additional cryoprotectant was necessary for vitrification of crystals in LN2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.75 Å R-free 0.233

共 14 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MAGA_XENLA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–23； UniProt 83–105

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9hvn
沉积日期 deposition_date	2024-12-31
结构标题 title	Atomic resolution crystal structure of the hexameric antimicrobial peptide Magainin-2
关键词 keywords	Antimicrobial peptide, peptide channel, atomic resolution, ANTIBIOTIC; ANTIBIOTIC
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	10.93 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	10.07 Å
零角强度 I(0) i0	157220.00
分子量 molecular_weight	2381.0 kDa
排除体积 excluded_volume	3074 Å³
包络体积 envelope_volume	3588 Å³
水化壳体积 shell_volume	3797 Å³
包络直径 envelope_diameter	37.4 Å
壳层 Rg shell_rg	13.36 Å
包络 Rg envelope_rg	10.51 Å
形状 Rg shape_rg	9.98 Å
总 Rg total_rg	11.57 Å
总原子数 total_atoms	168
残基数 n_residues	23
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	40.7 Å
Rg (实空间) rg_real	11.14 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5720e+05
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7830e+03
Rg (倒空间) rg_reciprocal	11.13 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	157200.0000
解质量估计 total_estimate	0.7732
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	9.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.538
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.349
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7888.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.641; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.156; Smooth: 0.970

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	34.359 Å
晶胞边长 b length_b	34.359 Å
晶胞边长 c length_c	55.795 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 63 2 2
空间群编号 int_tables_number	182
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.050 Å
最低分辨率 resolution_low	29.756 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1674
R_free r_free	0.1770

描述 description	Magainins
分子量 formula_weight	2471.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	202

Atomic resolution crystal structure of the hexameric antimicrobial peptide Magainin-2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Magainins

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	10

fit	/app/data/saxs_computation/hv/9hvn/9hvn.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hv/9hvn/9hvn.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hv/9hvn/9hvn.dat