SAXSdb — 9iue

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9iue
沉积日期 deposition_date	2024-07-20
结构标题 title	cryo-EM structure of FtsE/X and ZipA complex in filament
关键词 keywords	cell division, division filament, FtsE/X, ZipA, CELL CYCLE; CELL CYCLE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	92.71 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	92.73 Å
零角强度 I(0) i0	14997700000.00
分子量 molecular_weight	1072800.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1356600 Å³
包络体积 envelope_volume	2394100 Å³
水化壳体积 shell_volume	216120 Å³
包络直径 envelope_diameter	305.5 Å
壳层 Rg shell_rg	79.49 Å
包络 Rg envelope_rg	92.35 Å
形状 Rg shape_rg	92.81 Å
总 Rg total_rg	92.31 Å
总原子数 total_atoms	75492
残基数 n_residues	9846
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	234.0 Å
Rg (实空间) rg_real	89.33 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.59 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4350e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5290e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	92.77 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	15000000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9041
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	110.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.046
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.779
角度范围 angular_range	— – 0.0850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.9307
最高正则化参数 α highest_alpha	496400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	18
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.001; Oscil: 0.985; Stabil: 0.972; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.891; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Cell division protein ZipA
分子量 formula_weight	36517.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	18

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1,2,E,F,K,L,Q,R,W,X,c,d,i,j,o,p,u,v
原子数 atom_count	75492

MMQDLRLILIIVGAIAIIALLVHGFWTSRKERSSMFRDRPLKRMKSKRDDDSYDEDVEDDEGVGEVRVHRVNHAPANAQEHEAARPSPQHQYQPPYASAQPRQPVQQPPEAQVPPQHAPHPAQPVQQPAYQPQPEQPLQQPVSPQVAPAPQPVHSAPQPAQQAFQPAEPVAAPQPEPVAEPAPVMDKPKRKEAVIIMNVAAHHGSELNGELLLNSIQQAGFIFGDMNIYHRHLSPDGSGPALFSLANMVKPGTFDPEMKDFTTPGVTIFMQVPSYGDELQNFKLMLQSAQHIADEVGGVVLDDQRRMMTPQKLREYQDIIREVKDANA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	511145
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Cell division ATP-binding protein FtsE
分子量 formula_weight	24832.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	18

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	5,6,G,H,M,N,S,T,Y,Z,e,f,k,l,q,r,w,x

SGLVMIRFEHVSKAYLGGRQALQGVTFHMQPGEMAFLTGHSGAGKSTLLKLICGIERPSAGKIWFSGHDITRLKNREVPFLRRQIGMIFQDHHLLMDRTVYDNVAIPLIIAGASGDDIRRRVSAALDKVGLLDKAKNFPIQLSGGEQQRVGIARAVVNKPAVLLADEPTGNLDDALSEGILRLFEEFNRVGVTVLMATHDINLISRRSYRMLTLSDGHLHGGVGHE

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	511145
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	Cell division protein FtsX
分子量 formula_weight	38583.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	18

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,I,J,O,P,U,V,a,b,g,h,m,n,s,t

MNKRDAINHIRQFGGRLDRFRKSVGGSGDGGRNAPKRAKSSPKPVNRKTNVFNEQVRYAFHGALQDLKSKPFATFLTVMVIAISLTLPSVCYMVYKNVNQAATQYYPSPQITVYLQKTLDDDAAAGVVAQLQAEQGVEKVNYLSREDALGEFRNWSGFGGALDMLEENPLPAVAVVIPKLDFQGTESLNTLRDRITQINGIDEVRMDDSWFARLAALTGLVGRVSAMIGVLMVAAVFLVIGNSVRLSIFARRDSINVQKLIGATDGFILRPFLYGGALLGFSGALLSLILSEILVLRLSSAVAEVAQVFGTKFDINGLSFDECLLLLLVCSMIGWVAAWLATVQHLRHFTPE

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	511145
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	18

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.300 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/iu/9iue/9iue.fit
pddf	/app/data/pr_computation/iu/9iue/9iue.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/iu/9iue/9iue.dat

cryo-EM structure of FtsE/X and ZipA complex in filament

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)