SAXSdb — 9iyc

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Flagellar P-ring protein

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 26 PDB 声明：26-meric（26）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 20–365 链 B； UniProt 20–365 链 C； UniProt 20–365 链 D； UniProt 20–365 链 E； UniProt 20–365 链 F； UniProt 20–365 链 G； UniProt 20–365 链 H； UniProt 20–365 链 I； UniProt 20–365 链 J； UniProt 20–365 链 K； UniProt 20–365 链 L； UniProt 20–365 链 M； UniProt 20–365 链 N； UniProt 20–365 链 O； UniProt 20–365 链 P； UniProt 20–365 链 Q； UniProt 20–365 链 R； UniProt 20–365 链 S； UniProt 20–365 链 T； UniProt 20–365 链 U； UniProt 20–365 链 V； UniProt 20–365 链 W； UniProt 20–365 链 X； UniProt 20–365 链 Y； UniProt 20–365 链 Z； UniProt 20–365	未记录	无其他共同聚合物	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；BLOTTING TIME OF 4 SECONDS, 1 SECONDS DRAIN TIME, FORCE 0	分辨率 2.33 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9IYC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7BGL Salmonella LP ring 26 mer refined in C26 map 提交 2021-01-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：78-meric	链 a 1–365（365 aa）链 b 1–365（365 aa）链 c 1–365（365 aa）链 d 1–365（365 aa）链 e 1–365（365 aa）链 f 1–365（365 aa）链 g 1–365（365 aa）链 h 1–365（365 aa）链 i 1–365（365 aa）链 j 1–365（365 aa）链 k 1–365（365 aa）链 l 1–365（365 aa）链 m 1–365（365 aa）链 n 1–365（365 aa）链 o 1–365（365 aa）链 p 1–365（365 aa）链 q 1–365（365 aa）链 r 1–365（365 aa）链 s 1–365（365 aa）链 t 1–365（365 aa）链 u 1–365（365 aa）链 v 1–365（365 aa）链 w 1–365（365 aa）链 x 1–365（365 aa）链 y 1–365（365 aa）链 z 1–365（365 aa）	未记录	TLW (2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-4,5-bis(oxidanyl)oxane-2-carboxylic acid × 26 TQN [(3~{R})-1-[[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-6-[[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-3-[[(3~{R})-3-dodecanoyloxytetradecanoyl]amino]-6-(hydroxymethyl)-5-phosphonooxy-4-[(3~{R})-3-tetradecanoyloxytetradecanoyl]oxy-oxan-2-yl]oxymethyl]-5-oxidanyl-4-[(3~{R})-3-oxidanyltetradecanoyl]oxy-2-phosphonooxy-oxan-3-yl]amino]-1-oxidanylidene-tetradecan-3-yl] hexadecanoate × 26	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.20 Å
7BJ2 Salmonella flagellar basal body assembly intermediate - P ring alone structure 提交 2021-01-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 26 PDB 声明：26-meric	链 a 1–365（365 aa）链 b 1–365（365 aa）链 c 1–365（365 aa）链 d 1–365（365 aa）链 e 1–365（365 aa）链 f 1–365（365 aa）链 g 1–365（365 aa）链 h 1–365（365 aa）链 i 1–365（365 aa）链 j 1–365（365 aa）链 k 1–365（365 aa）链 l 1–365（365 aa）链 m 1–365（365 aa）链 n 1–365（365 aa）链 o 1–365（365 aa）链 p 1–365（365 aa）链 q 1–365（365 aa）链 r 1–365（365 aa）链 s 1–365（365 aa）链 t 1–365（365 aa）链 u 1–365（365 aa）链 v 1–365（365 aa）链 w 1–365（365 aa）链 x 1–365（365 aa）链 y 1–365（365 aa）链 z 1–365（365 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
7CBL Cryo-EM structure of the flagellar LP ring from Salmonella 提交 2020-06-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：52-meric	链 a 1–365（365 aa）链 b 1–365（365 aa）链 c 1–365（365 aa）链 d 1–365（365 aa）链 e 1–365（365 aa）链 f 1–365（365 aa）链 g 1–365（365 aa）链 h 1–365（365 aa）链 i 1–365（365 aa）链 j 1–365（365 aa）链 k 1–365（365 aa）链 l 1–365（365 aa）链 m 1–365（365 aa）链 n 1–365（365 aa）链 o 1–365（365 aa）链 p 1–365（365 aa）链 q 1–365（365 aa）链 r 1–365（365 aa）链 s 1–365（365 aa）链 t 1–365（365 aa）链 u 1–365（365 aa）链 v 1–365（365 aa）链 w 1–365（365 aa）链 x 1–365（365 aa）链 y 1–365（365 aa）链 z 1–365（365 aa）	未记录	OCA OCTANOIC ACID (CAPRYLIC ACID) × 26	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 6 seconds before plunging	分辨率 2.80 Å
7CGO Cryo-EM structure of the flagellar motor-hook complex from Salmonella 提交 2020-07-01	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 219 PDB 声明：219-meric	链 BA 1–365（365 aa）链 BB 1–365（365 aa）链 BC 1–365（365 aa）链 BD 1–365（365 aa）链 BE 1–365（365 aa）链 BF 1–365（365 aa）链 BG 1–365（365 aa）链 BH 1–365（365 aa）链 BI 1–365（365 aa）链 BJ 1–365（365 aa）链 BK 1–365（365 aa）链 BL 1–365（365 aa）链 BM 1–365（365 aa）链 BN 1–365（365 aa）链 BO 1–365（365 aa）链 BP 1–365（365 aa）链 BQ 1–365（365 aa）链 BR 1–365（365 aa）链 BS 1–365（365 aa）链 BT 1–365（365 aa）链 BU 1–365（365 aa）链 BV 1–365（365 aa）链 BW 1–365（365 aa）链 BX 1–365（365 aa）链 BY 1–365（365 aa）链 BZ 1–365（365 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 6 seconds before plunging	分辨率 3.90 Å
8WHT Cryo-EM structure of the LP ring within the flagellar motor-hook complex in the CW state 提交 2023-09-23	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：52-meric	链 a 1–365（365 aa）链 b 1–365（365 aa）链 c 1–365（365 aa）链 d 1–365（365 aa）链 e 1–365（365 aa）链 f 1–365（365 aa）链 g 1–365（365 aa）链 h 1–365（365 aa）链 i 1–365（365 aa）链 j 1–365（365 aa）链 k 1–365（365 aa）链 l 1–365（365 aa）链 m 1–365（365 aa）链 n 1–365（365 aa）链 o 1–365（365 aa）链 p 1–365（365 aa）链 q 1–365（365 aa）链 r 1–365（365 aa）链 s 1–365（365 aa）链 t 1–365（365 aa）链 u 1–365（365 aa）链 v 1–365（365 aa）链 w 1–365（365 aa）链 x 1–365（365 aa）链 y 1–365（365 aa）链 z 1–365（365 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot time: 4 Blot force: 10 Wait time: 30 Blot total: 1 Drain time: 2	分辨率 2.75 Å
8WL2 Cryo-EM structure of the membrane-anchored part of the flagellar motor-hook complex in the CW state. 提交 2023-09-29	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 213 PDB 声明：213-meric	链 a 1–365（365 aa）链 b 1–365（365 aa）链 c 1–365（365 aa）链 d 1–365（365 aa）链 e 1–365（365 aa）链 f 1–365（365 aa）链 g 1–365（365 aa）链 h 1–365（365 aa）链 i 1–365（365 aa）链 j 1–365（365 aa）链 k 1–365（365 aa）链 l 1–365（365 aa）链 m 1–365（365 aa）链 n 1–365（365 aa）链 o 1–365（365 aa）链 p 1–365（365 aa）链 q 1–365（365 aa）链 r 1–365（365 aa）链 s 1–365（365 aa）链 t 1–365（365 aa）链 u 1–365（365 aa）链 v 1–365（365 aa）链 w 1–365（365 aa）链 x 1–365（365 aa）链 y 1–365（365 aa）链 z 1–365（365 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot time: 4 Blot force: 10 Wait time: 30 Blot total: 1 Drain time: 2	分辨率 3.40 Å
8WLE Cryo-EM structure of the LP ring within the flagellar motor-hook complex in the CCW state. 提交 2023-09-29	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：52-meric	链 a 1–365（365 aa）链 b 1–365（365 aa）链 c 1–365（365 aa）链 d 1–365（365 aa）链 e 1–365（365 aa）链 f 1–365（365 aa）链 g 1–365（365 aa）链 h 1–365（365 aa）链 i 1–365（365 aa）链 j 1–365（365 aa）链 k 1–365（365 aa）链 l 1–365（365 aa）链 m 1–365（365 aa）链 n 1–365（365 aa）链 o 1–365（365 aa）链 p 1–365（365 aa）链 q 1–365（365 aa）链 r 1–365（365 aa）链 s 1–365（365 aa）链 t 1–365（365 aa）链 u 1–365（365 aa）链 v 1–365（365 aa）链 w 1–365（365 aa）链 x 1–365（365 aa）链 y 1–365（365 aa）链 z 1–365（365 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot time: 2 Blot force: -15 Wait time: 60 Blot total: 1	分辨率 3.00 Å
8WLT Cryo-EM structure of the membrane-anchored part of the flagellar motor-hook complex in the CCW state 提交 2023-10-01	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 213 PDB 声明：213-meric	链 a 1–365（365 aa）链 b 1–365（365 aa）链 c 1–365（365 aa）链 d 1–365（365 aa）链 e 1–365（365 aa）链 f 1–365（365 aa）链 g 1–365（365 aa）链 h 1–365（365 aa）链 i 1–365（365 aa）链 j 1–365（365 aa）链 k 1–365（365 aa）链 l 1–365（365 aa）链 m 1–365（365 aa）链 n 1–365（365 aa）链 o 1–365（365 aa）链 p 1–365（365 aa）链 q 1–365（365 aa）链 r 1–365（365 aa）链 s 1–365（365 aa）链 t 1–365（365 aa）链 u 1–365（365 aa）链 v 1–365（365 aa）链 w 1–365（365 aa）链 x 1–365（365 aa）链 y 1–365（365 aa）链 z 1–365（365 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot time: 2 Blot force: -15 Wait time: 60 Blot total: 1	分辨率 4.10 Å
8WO5 Cryo-EM structure of the intact flagellar motor-hook complex in the CCW state 提交 2023-10-06	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 417 PDB 声明：417-meric	链 a 1–365（365 aa）链 b 1–365（365 aa）链 c 1–365（365 aa）链 d 1–365（365 aa）链 e 1–365（365 aa）链 f 1–365（365 aa）链 g 1–365（365 aa）链 h 1–365（365 aa）链 i 1–365（365 aa）链 j 1–365（365 aa）链 k 1–365（365 aa）链 l 1–365（365 aa）链 m 1–365（365 aa）链 n 1–365（365 aa）链 o 1–365（365 aa）链 p 1–365（365 aa）链 q 1–365（365 aa）链 r 1–365（365 aa）链 s 1–365（365 aa）链 t 1–365（365 aa）链 u 1–365（365 aa）链 v 1–365（365 aa）链 w 1–365（365 aa）链 x 1–365（365 aa）链 y 1–365（365 aa）链 z 1–365（365 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot time: 2 Blot force: -5 Wait time: 5 Blot total: 1 Drain time: 2	分辨率 7.40 Å
8WOE Cryo-EM structure of the intact flagellar motor-hook complex in the CW state 提交 2023-10-07	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 451 PDB 声明：451-meric	链 a 1–365（365 aa）链 b 1–365（365 aa）链 c 1–365（365 aa）链 d 1–365（365 aa）链 e 1–365（365 aa）链 f 1–365（365 aa）链 g 1–365（365 aa）链 h 1–365（365 aa）链 i 1–365（365 aa）链 j 1–365（365 aa）链 k 1–365（365 aa）链 l 1–365（365 aa）链 m 1–365（365 aa）链 n 1–365（365 aa）链 o 1–365（365 aa）链 p 1–365（365 aa）链 q 1–365（365 aa）链 r 1–365（365 aa）链 s 1–365（365 aa）链 t 1–365（365 aa）链 u 1–365（365 aa）链 v 1–365（365 aa）链 w 1–365（365 aa）链 x 1–365（365 aa）链 y 1–365（365 aa）链 z 1–365（365 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot time: 4 Blot force: 10 Wait time: 30 Blot total: 1 Drain time: 2	分辨率 4.30 Å

共 10 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FLGI_SALTY
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–346； UniProt 20–365 作者链 B； PDB构建体 1–346； UniProt 20–365 作者链 C； PDB构建体 1–346； UniProt 20–365 作者链 D； PDB构建体 1–346； UniProt 20–365 作者链 E； PDB构建体 1–346； UniProt 20–365 作者链 F； PDB构建体 1–346； UniProt 20–365 作者链 G； PDB构建体 1–346； UniProt 20–365 作者链 H； PDB构建体 1–346； UniProt 20–365 作者链 I； PDB构建体 1–346； UniProt 20–365 作者链 J； PDB构建体 1–346； UniProt 20–365 作者链 K； PDB构建体 1–346； UniProt 20–365 作者链 L； PDB构建体 1–346； UniProt 20–365 作者链 M； PDB构建体 1–346； UniProt 20–365 作者链 N； PDB构建体 1–346； UniProt 20–365 作者链 O； PDB构建体 1–346； UniProt 20–365 作者链 P； PDB构建体 1–346； UniProt 20–365 作者链 Q； PDB构建体 1–346； UniProt 20–365 作者链 R； PDB构建体 1–346； UniProt 20–365 作者链 S； PDB构建体 1–346； UniProt 20–365 作者链 T； PDB构建体 1–346； UniProt 20–365 作者链 U； PDB构建体 1–346； UniProt 20–365 作者链 V； PDB构建体 1–346； UniProt 20–365 作者链 W； PDB构建体 1–346； UniProt 20–365 作者链 X； PDB构建体 1–346； UniProt 20–365 作者链 Y； PDB构建体 1–346； UniProt 20–365 作者链 Z； PDB构建体 1–346； UniProt 20–365

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9iyc
沉积日期 deposition_date	2024-07-30
结构标题 title	P ring on polyrod-P ring complex from Salmonella TH26292 strain
关键词 keywords	flagella motor. P ring on polyrod(PaPR) complex, Cryo-EM, SPA, Salmonella, MOTOR PROTEIN; MOTOR PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	95.60 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	94.69 Å
零角强度 I(0) i0	10242700000.00
分子量 molecular_weight	829330.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1026900 Å³
包络体积 envelope_volume	1921800 Å³
水化壳体积 shell_volume	165360 Å³
包络直径 envelope_diameter	258.8 Å
壳层 Rg shell_rg	106.90 Å
包络 Rg envelope_rg	85.53 Å
形状 Rg shape_rg	94.77 Å
总 Rg total_rg	94.49 Å
总原子数 total_atoms	57928
残基数 n_residues	7878
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	248.7 Å
Rg (实空间) rg_real	95.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.21 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0230e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3270e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	96.13 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	10260000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5734
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	155.4 Å
偏度 Skewness skewness	-0.211
峰度 Kurtosis kurtosis	-1.042
角度范围 angular_range	— – 0.0800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0340
最高正则化参数 α highest_alpha	117900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	17
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.873; Stabil: 0.997; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.836; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.330 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.33 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	85463

描述 description	Flagellar P-ring protein
分子量 formula_weight	36299.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	26

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z
原子数 atom_count	57928

来源生物 organism	Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	90371
宿主生物 host_organism	Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium

P ring on polyrod-P ring complex from Salmonella TH26292 strain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Flagellar P-ring protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

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pddf	/app/data/pr_computation/iy/9iyc/9iyc.pr.out
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