9jus

Structure of villin bound to an actin trimer

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 203.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9jus
沉积日期 deposition_date	2024-10-08
结构标题 title	Structure of villin bound to an actin trimer
关键词 keywords	Villin actin nucleus, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	56.28 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	56.61 Å
零角强度 I(0) i0	2730840000.00
分子量 molecular_weight	432530.0 kDa
排除体积 excluded_volume	538810 Å³
包络体积 envelope_volume	780740 Å³
水化壳体积 shell_volume	117550 Å³
包络直径 envelope_diameter	220.0 Å
壳层 Rg shell_rg	57.71 Å
包络 Rg envelope_rg	55.67 Å
形状 Rg shape_rg	56.63 Å
总 Rg total_rg	56.58 Å
总原子数 total_atoms	30349
残基数 n_residues	3814
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	203.2 Å
Rg (实空间) rg_real	56.49 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.7310e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.1460e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	56.10 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2729000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8339
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	65.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.565
峰度 Kurtosis kurtosis	0.194
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	290900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.677; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.809

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Actin, alpha skeletal muscle
分子量 formula_weight	42110.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	p,f,g,P,F,G
原子数 atom_count	30576

MCDEDETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	chicken
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	Gallus gallus

Entity 2 polymer

描述 description	villin
分子量 formula_weight	93387.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	v,V

TDPAFRSVPKGTPCFLIWRIENFQPVPVPKDQYGNFFEGDAYIILSQKDNKGILEQNLHFWLGKNSSQDEQGTAALKTVELDDYLGGTPVQHRECQNNESKLFLSYFKNKSLKYLQGGVASGFNHVEHIVRRRLLSVKGKHTPRMEEKPEISWSQMNKGDVFILDLGEIIYVWNGELCSRTERIKAMEIARGMRDDRGTGNIIVVEDGEETPDDMGEEEFEVFNEYLPVADKEASIKSAEEGGADENFEKKKVAQLKLWKVAEEDGNLKITEEATAPLDKKMLDSNDCFIVDNGEDGIWVWTGKKASPKERKESMNNAMAFLKQRNYSSQTRVTKVPEGGESSEFKSLFKTWEKTKLPGSVKPYSVNKIAQTVQTKFDAMTLHNNPEVAKETGMVDDGSGKKKIYRIENMDLVELEKRYYGELYGGDSYVIHYTYAVNGKEEHIIYYWLGRHSTSDERGVAAAKTIEIDDSLGGTAKQVRVVQSKEPNHFMAMFDGKLIIFQGGKAGWGGHNSTDGPGDTYLLHVRGTSQYNTKAEQVPCRAESLNSNDVFVLFSKGGTYVWAGKGCTGDEREMAKKIASKSPKGYIMIVEGQEKEEFWDLLGGKTEYASDFSLKQAENEHRPSRLFQCSNASGVFKAEEIVDFVQEDLVPEDVFILDADHTIYVWLGNEARNDEKQMAMDTAIEYLESDPSGRDPDTPIMTVKQGYEPPDFVGHFGVWDRQLWSHGMSYAELKKELGEKNMSMEQVRQRSKQNGEMSFSDVSKYPYSVLVQKEGLPDGIDLQNKEKHLTEEEFEKIFGMTYATFITKPAWKQTQLKKDKGLF

来源 Source

来源生物 organism	Paralvinella sulfincola
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	644278
宿主生物 host_organism	Paralvinella sulfincola

Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	16

Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	THIOCYANATE ION
分子量 formula_weight	58.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	187

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	98.137 Å
晶胞边长 b length_b	102.432 Å
晶胞边长 c length_c	147.128 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	77.95 °
晶胞夹角 β angle_beta	72.59 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	65.96 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	29.900 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1960
R_free r_free	0.2260

fit	/app/data/saxs_computation/ju/9jus/9jus.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ju/9jus/9jus.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ju/9jus/9jus.dat

Structure of villin bound to an actin trimer

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)