9jw0

Structure of the N-terminal 3 domains (V1-V3) villin bound to actin

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 97.7 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9jw0
沉积日期 deposition_date	2024-10-09
结构标题 title	Structure of the N-terminal 3 domains (V1-V3) villin bound to actin
关键词 keywords	Villin Actin, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.85 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.16 Å
零角强度 I(0) i0	105811000.00
分子量 molecular_weight	80108.0 kDa
排除体积 excluded_volume	99785 Å³
包络体积 envelope_volume	125530 Å³
水化壳体积 shell_volume	35942 Å³
包络直径 envelope_diameter	107.3 Å
壳层 Rg shell_rg	36.33 Å
包络 Rg envelope_rg	29.06 Å
形状 Rg shape_rg	29.15 Å
总 Rg total_rg	29.85 Å
总原子数 total_atoms	5620
残基数 n_residues	706
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	97.7 Å
Rg (实空间) rg_real	29.77 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.69 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0580e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6900e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.81 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	105800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7016
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	36.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.220
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.520
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	22410000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.910; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.135; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.983

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Villin
分子量 formula_weight	45242.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5731

TDPAFRSVPKGTPCFLIWRIENFQPVPVPKDQYGNFFEGDAYIILSQKDNKGILEQNLHFWLGKNSSQDEQGTAALKTVELDDYLGGTPVQHRECQNNESKLFLSYFKNKSLKYLQGGVASGFNHVEHIVRRRLLSVKGKHTPRMEEKPEISWSQMNKGDVFILDLGEIIYVWNGELCSRTERIKAMEIARGMRDDRGTGNIIVVEDGEETPDDMGEEEFEVFNEYLPVADKEASIKSAEEGGADENFEKKKVAQLKLWKVAEEDGNLKITEEATAPLDKKMLDSNDCFIVDNGEDGIWVWTGKKASPKERKESMNNAMAFLKQRNYSSQTRVTKVPEGGESSEFKSLFKTWEKTKLPGSVKPYSVNKIAQTVQTKFDAMTLHNNPEVAKETGMVDDGSG

来源 Source

来源生物 organism	Paralvinella sulfincola
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	644278
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Actin, alpha skeletal muscle
分子量 formula_weight	42097.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MCDEDETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	chicken
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	Gallus gallus

Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	92

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	84.710 Å
晶胞边长 b length_b	93.762 Å
晶胞边长 c length_c	114.323 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 2 21 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.690 Å
最低分辨率 resolution_low	19.900 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2030
R_free r_free	0.2590

fit	/app/data/saxs_computation/jw/9jw0/9jw0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jw/9jw0/9jw0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jw/9jw0/9jw0.dat

Structure of the N-terminal 3 domains (V1-V3) villin bound to actin

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)