SAXSdb — 8syf

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8syf
沉积日期 deposition_date	2023-05-25
结构标题 title	Homology model of Acto-HMM complex in ADP-state. Chicken smooth muscle HMM and chicken pectoralis actin
关键词 keywords	Actin, Myosin, Smooth muscle, Cryo-EM, Cryo-ET, Heavy meromyosin, MOTOR PROTEIN; MOTOR PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	61.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	61.73 Å
零角强度 I(0) i0	1568980000.00
分子量 molecular_weight	333870.0 kDa
排除体积 excluded_volume	417860 Å³
包络体积 envelope_volume	573390 Å³
水化壳体积 shell_volume	79549 Å³
包络直径 envelope_diameter	223.0 Å
壳层 Rg shell_rg	61.23 Å
包络 Rg envelope_rg	61.26 Å
形状 Rg shape_rg	61.71 Å
总 Rg total_rg	61.77 Å
总原子数 total_atoms	23456
残基数 n_residues	2932
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	206.0 Å
Rg (实空间) rg_real	61.99 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.88 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5690e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2320e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	60.99 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1566000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8243
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	71.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.519
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.068
角度范围 angular_range	— – 0.1300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0005
最高正则化参数 α highest_alpha	27010000.0000
实空间数据点数 n_real_points	27
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.775; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.389

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Myosin, heavy chain 11, smooth muscle
分子量 formula_weight	96768.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	23456

SQKPLSDDEKFLFVDKNFVNNPLAQADWSAKKLVWVPSEKHGFEAASIKEEKGDEVTVELQENGKKVTLSKDDIQKMNPPKFSKVEDMAELTCLNEASVLHNLRERYFSGLIYTYSGLFCVVINPYKQLPIYSEKIIDMYKGKKRHEMPPHIYAIADTAYRSMLQDREDQSILCTGESGAGKTENTKKVIQYLAVVASSHKGKKDTSITGELEKQLLQANPILEAFGNAKTVKNDNSSRFGKFIRINFDVTGYIVGANIETYLLEKSRAIRQAKDERTFHIFYYLIAGASEQMRNDLLLEGFNNYTFLSNGHVPIPAQQDDEMFQETLEAMTIMGFTEEEQTSILRVVSSVLQLGNIVFKKERNTDQASMPDNTAAQKVCHLMGINVTDFTRSILTPRIKVGRDVVQKAQTKEQADFAIEALAKAKFERLFRWILTRVNKALDKTKRQGASFLGILDIAGFEIFEINSFEQLCINYTNEKLQQLFNHTMFILEQEEYQREGIEWNFIDFGLDLQPCIELIERPTNPPGVLALLDEECWFPKATDTSFVEKLIQEQGNHAKFQKSKQLKDKTEFCILHYAGKVTYNASAWLTKNMDPLNDNVTSLLNQSSDKFVADLWKDVDRIVGLDQMAKMTESSLPSASKTKKGMFRTVGQLYKEQLTKLMTTLRNTNPNFVRCIIPNHEKRAGKLDAHLVLEQLRCNGVLEGIRICRQGFPNRIVFQEFRQRYEILAANAIPKGFMDGKQACILMIKALELDPNLYRIGQSKIFFRTGVLAHLEEERDLKITDVIIAFQAQCRGYLARKAFAKRQQQLTAMKVIQRNCAAYLKLRNWQWWRLFTKVKPLL

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	chicken
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	unidentified baculovirus

Entity 2 polymer

描述 description	Actin, alpha skeletal muscle
分子量 formula_weight	41862.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.-
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

DEDETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF

Entity 3 polymer

描述 description	Myosin light polypeptide 6
分子量 formula_weight	16639.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,H

FSEEQTAEFKEAFQLFDRTGDGKILYSQCGDVMRALGQNPTNAEVMKVLGNPKSDEMNLKTLNFEQFLPMMQTIAKNKDQGCFEDYVEGLRVFDKEGNGTVMGAEIRHVLVTLGEKMTEEEVEQLVAGHEDSNGCINYEELVRMVLSG

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	chicken
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	unidentified baculovirus

Entity 4 polymer

描述 description	Myosin regulatory light chain 2, smooth muscle major isoform
分子量 formula_weight	16583.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,G

FDQSQIQEFKEAFNMIDQNRDGFIDKEDLHDMLASMGKNPTDEYLEGMMSEAPGPINFTMFLTMFGEKLNGTDPEDVIRNAFACFDEEASGFIHEDHLRELLTTMGDRFTDEEVDEMYREAPIDKKGNFNYVEFTRILKHGAK

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	chicken
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	unidentified baculovirus

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	19.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	17394

fit	/app/data/saxs_computation/sy/8syf/8syf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/sy/8syf/8syf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/sy/8syf/8syf.dat

Homology model of Acto-HMM complex in ADP-state. Chicken smooth muscle HMM and chicken pectoralis actin

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)