9mbp

Substrate-engaged human 26S proteasome bound to midnolin with RPT1 at top of spiral staircase

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 269.3 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9mbp

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9mbp
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id9mbp
沉积日期 deposition_date2025-03-17
结构标题 titleSubstrate-engaged human 26S proteasome bound to midnolin with RPT1 at top of spiral staircase
关键词 keywordsMidnolin, 26S proteasome, Complex, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier95.45
回转半径 Rg (电子) rg_electron96.32
零角强度 I(0) i030715000000.00
分子量 molecular_weight1497800.0 kDa
排除体积 excluded_volume1876600 ų
包络体积 envelope_volume3248200 ų
水化壳体积 shell_volume286340 ų
包络直径 envelope_diameter336.1
壳层 Rg shell_rg88.68
包络 Rg envelope_rg94.13
形状 Rg shape_rg96.35
总 Rg total_rg96.13
总原子数 total_atoms105160
残基数 n_residues13456
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax269.3
Rg (实空间) rg_real92.14
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.97
I(0) (实空间) i0_real2.9490e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.7460e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal92.36
I(0) (倒空间) i0_reciprocal30400000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9063
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary101.0
偏度 Skewness skewness0.448
峰度 Kurtosis kurtosis-0.391
角度范围 angular_range— – 0.0800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.9568
最高正则化参数 α highest_alpha3778000000.0000
实空间数据点数 n_real_points17
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.001; Oscil: 0.953; Stabil: 0.977; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.968; Smooth: 0.024

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (39)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)