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9n2m

Crystal Structure of Human DAPK1 Catalytic Subunit Complexed with Compound MW01-30-047SRM

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 64.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Death-associated protein kinase 1

Homo sapiens

UniProt P53355

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 2–285 未记录 SO4 SULFATE ION × 1 A1BVM 5-(pyridin-4-yl)-3-[4-(pyridin-4-yl)piperazin-1-yl]pyridazine × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2M LiSO4, 5% DMSO 分辨率 1.35 Å R-free 0.177

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9N2M Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1IG1 1.8A X-Ray structure of ternary complex of a catalytic domain of death-associated protein kinase with ATP analogue and Mn. 提交 2001-04-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–285（284 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, PROTEIN KINASE DOMAIN
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5
分辨率 1.80 Å R-free 0.213
1JKK 2.4A X-RAY STRUCTURE OF TERNARY COMPLEX OF A CATALYTIC DOMAIN OF DEATH-ASSOCIATED PROTEIN KINASE WITH ATP ANALOGUE AND MG. 提交 2001-07-12 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–285（284 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, PROTEIN KINASE DOMAIN
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；PROTEIN, AMPPnP, AMMONIUM SULFATE, TRIS-HL (pH 8), MGCL2 SOAKING, pH 7.5
分辨率 2.40 Å R-free 0.239
1JKL 1.6A X-RAY STRUCTURE OF BINARY COMPLEX OF A CATALYTIC DOMAIN OF DEATH-ASSOCIATED PROTEIN KINASE WITH ATP ANALOGUE 提交 2001-07-12 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–285（284 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, PROTEIN KINASE DOMAIN
未记录 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；PROTEIN, AMPPNP, AMMONIUM SULFATE, TRIS-HL, pH 7.5
分辨率 1.62 Å R-free 0.218
1JKS 1.5A X-RAY STRUCTURE OF APO FORM OF A CATALYTIC DOMAIN OF DEATH-ASSOCIATED PROTEIN KINASE 提交 2001-07-13 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–285（284 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, PROTEIN KINASE DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50
分辨率 1.50 Å R-free 0.202
1JKT TETRAGONAL CRYSTAL FORM OF A CATALYTIC DOMAIN OF DEATH-ASSOCIATED PROTEIN KINASE 提交 2001-07-13 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–285（284 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, PROTEIN KINASE DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.00
分辨率 3.50 Å R-free 0.297
1JKT TETRAGONAL CRYSTAL FORM OF A CATALYTIC DOMAIN OF DEATH-ASSOCIATED PROTEIN KINASE 提交 2001-07-13 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 2–285（284 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, PROTEIN KINASE DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.00
分辨率 3.50 Å R-free 0.297
1P4F DEATH ASSOCIATED PROTEIN KINASE CATALYTIC DOMAIN WITH BOUND INHIBITOR FRAGMENT 提交 2003-04-23 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–285（284 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, PROTEIN KINASE DOMAIN
未记录 86Q 5,6-Dihydro-benzo[H]cinnolin-3-ylamine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；297 K；Ammonium sulfate, Tris, MgCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K
分辨率 1.90 Å R-free 0.233
1WVW Crystal structures of kinase domain of DAP kinase in complex with small molecular inhibitors 提交 2004-12-27 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–278（278 aa） 片段：catalytic domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；283 K；sodium cacodylate, PEG8000, magnesium acetate, glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K
分辨率 2.40 Å R-free 0.270
1WVX Crystal structures of kinase domain of DAP kinase in complex with small molecular inhibitors 提交 2004-12-27 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–278（278 aa） 片段：catalytic domain
未记录 BD4 6-(3-AMINOPROPYL)-4,9-DIMETHYLPYRROLO[3,4-C]CARBAZOLE-1,3(2H,6H)-DIONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；283 K；Tris-HCl, PEG400, PEG8000, glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K
分辨率 2.60 Å R-free 0.270
1WVY Crystal structures of kinase domain of DAP kinase in complex with small molecular inhibitors 提交 2004-12-27 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–278（278 aa） 片段：catalytic domain
未记录 STU STAUROSPORINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；283 K；Tris-HCl, PEG400, PEG8000, glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K
分辨率 2.80 Å R-free 0.274
1YR5 1.7-A structure of calmodulin bound to a peptide from DAP kinase 提交 2005-02-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 302–320（19 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；295 K；PEG 8000, sodium acetate, calcium chloride, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.70 Å R-free 0.257
2W4J X-ray structure of a DAP-Kinase 2-277 提交 2008-11-27 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–277（277 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1-277
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ACT ACETATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.30 Å R-free 0.159
2W4K X-ray structure of a DAP-Kinase 2-302 提交 2008-11-27 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–302（302 aa） 片段：CATALYTIC AUTOINHIBITORY DOMAIN, RESIDUES 1-302
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.90 Å R-free 0.228
2X0G X-RAY STRUCTURE OF A DAP-KINASE CALMODULIN COMPLEX 提交 2009-12-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–334（334 aa） 片段：CATALYTIC AND AUTOINHIBITORY DOMAIN, RESIDUES 1- 334
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.2；0.17M AMMONIUM SULFATE, 25% (W/V) PEG 4000, 15% GLYCEROL, pH 7.2
分辨率 2.20 Å R-free 0.267
2XUU Crystal structure of a DAP-kinase 1 mutant 提交 2010-10-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–334（334 aa） 片段：CATALYTIC AND AUTOINHIBITORY DOMAIN, RESIDUES 1-334
突变：YES ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；0.2 M LISO4 0.1 M BIS-TRIS PH 5.5 25% PEG 4000 0.002% NAN3
分辨率 1.80 Å R-free 0.226
2XZS Death associated protein kinase 1 residues 1-312 提交 2010-11-29 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–312（311 aa） 片段：KINASE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1-312
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；0.2 M MAGNESIUM ACETATE TETRAHYDRATE, 0.1 M SODIUM CACODYLATE, PH 6.5 AND 10% PEG 8000
分辨率 2.00 Å R-free 0.225
2XZS Death associated protein kinase 1 residues 1-312 提交 2010-11-29 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 2–312（311 aa） 片段：KINASE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1-312
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；0.2 M MAGNESIUM ACETATE TETRAHYDRATE, 0.1 M SODIUM CACODYLATE, PH 6.5 AND 10% PEG 8000
分辨率 2.00 Å R-free 0.225
2Y0A Structure of DAPK1 construct residues 1-304 提交 2010-12-01 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–304（303 aa） 片段：KINASE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 2-304
未记录 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；5% PEG 6000, 0.1M MES, PH 6.0
分辨率 2.60 Å R-free 0.259
2Y4P Dimeric structure of DAPK-1 catalytic domain 提交 2011-01-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–285（285 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1-285
链 D 1–285（285 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1-285
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；0.1 M TRIS PH 8.0, 0.1 M MGCL2, 15% (W/V) PEG 4000, 0.5 MM AMPPCP, 0.5 MM PMSF.
分辨率 2.65 Å R-free 0.312
2Y4P Dimeric structure of DAPK-1 catalytic domain 提交 2011-01-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–285（285 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1-285
链 B 1–285（285 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1-285
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；0.1 M TRIS PH 8.0, 0.1 M MGCL2, 15% (W/V) PEG 4000, 0.5 MM AMPPCP, 0.5 MM PMSF.
分辨率 2.65 Å R-free 0.312
2Y4V CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CALMODULIN IN COMPLEX WITH A DAP KINASE-1 MUTANT (W305Y) PEPTIDE 提交 2011-01-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 302–320（19 aa） 片段：RESIDUES 302-320
突变：YES CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；0.1 M HEPES PH 7.5, 25(W/V) PEG 3000
分辨率 1.80 Å R-free 0.238
2YAK Structure of death-associated protein Kinase 1 (dapk1) in complex with a ruthenium octasporine ligand (OSV) 提交 2011-02-23 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–285（285 aa） 片段：AA, RESIDUES 1-285
未记录 OSV RUTHENIUM OCTASPORINE 4 × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 100 MM TRIS PH 7.2, 7.5-10% PEG 6000.
分辨率 2.20 Å R-free 0.260
3DFC Crystal structure of a glycine-rich loop mutant of the death associated protein kinase catalytic domain with AMPPNP 提交 2008-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–285（285 aa） 片段：Protein kinase catalytic domain
突变：Q23K ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2M lithium nitrate, 2.2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 1.90 Å R-free 0.230
3DGK Crystal structure of a glycine-rich loop mutant of the death associated protein kinase catalytic domain 提交 2008-06-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–285（285 aa） 片段：Protein kinase catalytic domain
突变：Q23K 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；100 mM Tris pH 7.5, 0.8 M Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.70 Å R-free 0.220
3EH9 Crystal structure of death associated protein kinase complexed with ADP 提交 2008-09-11 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–285（284 aa） 片段：Protein kinase domain, UNP residues 2-285
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；.2 M ammonium iodide 2.2 M ammonium sulfate , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 1.70 Å R-free 0.217
3EHA Crystal structure of death associated protein kinase complexed with AMPPNP 提交 2008-09-11 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–285（284 aa） 片段：Protein kinase domain, UNP residues 2-285
未记录 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2 M ammonium bromide 2.2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 1.60 Å R-free 0.210
3F5G Crystal structure of death associated protein kinase in complex with ADP and Mg2+ 提交 2008-11-03 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–285（284 aa） 片段：UNP residues 2-285, protein kinase domain,catalytic domain
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 295 K；0.2 M ammonium chloride, 2.2 M ammonium sulfate , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 1.85 Å R-free 0.244
3F5U Crystal structure of the death associated protein kinase in complex with AMPPNP and Mg2+ 提交 2008-11-04 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–285（285 aa） 片段：UNP residues 1-285, Protein kinase domain,Catalytic domain
未记录 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 295 K；0.2 M NaCl, 2.2 M ammonium sulfate , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.00 Å R-free 0.245
3GU4 Crystal structure of DAPKQ23V-AMPPNP 提交 2009-03-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–285（285 aa） 片段：protein kinase domain
突变：Q23V ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；0.1 M MES, 1.8 M Ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 1.35 Å R-free 0.211
3GU5 Crystal structure of DAPKQ23V-AMPPNP-Mg2+ 提交 2009-03-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–285（285 aa） 片段：protein kinase domain
突变：Q23V MG MAGNESIUM ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2M CH3COOLi, 2.2 Ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 1.65 Å R-free 0.219
3GU6 Crystal structure of DAPKQ23V-ADP 提交 2009-03-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–285（285 aa） 片段：protein kinase domain
突变：Q23V ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；0.1 M Tris, 1.8 M Ammonium sulfate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 1.49 Å R-free 0.213
3GU7 Crystal structure of DAPKQ23V-ADP-Mg2+ 提交 2009-03-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–285（285 aa） 片段：protein kinase domain
突变：Q23V ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2M NaI, 2.2M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 1.90 Å R-free 0.228
3GU8 Crystal structure of DAPKL93G with N6-cyclopentyladenosine 提交 2009-03-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–285（285 aa） 片段：protein kinase domain
突变：L93G 3GU N6-cyclopentyladenosine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；100 mM Tris, 1.1 ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.60 Å R-free 0.239
3GUB Crystal structure of DAPKL93G complexed with N6-(2-Phenylethyl)adenosine 提交 2009-03-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–285（285 aa） 片段：protein kinase domain
突变：L93G GUB 9-alpha-L-lyxofuranosyl-N-(2-phenylethyl)-9H-purin-6-amine × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；100mM Tris, 1.1 M ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.71 Å R-free 0.239
3ZXT Dimeric structure of DAPK-1 catalytic domain in complex with AMPPCP- Mg 提交 2011-08-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–285（285 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1-285
链 B 1–285（285 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1-285
未记录 ACP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.1 M HEPES PH7.0, 0.1M MGCL2, 15% PEG4000
分辨率 2.65 Å R-free 0.285
3ZXT Dimeric structure of DAPK-1 catalytic domain in complex with AMPPCP- Mg 提交 2011-08-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–285（285 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1-285
链 D 1–285（285 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1-285
未记录 ACP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.1 M HEPES PH7.0, 0.1M MGCL2, 15% PEG4000
分辨率 2.65 Å R-free 0.285
4B4L CRYSTAL STRUCTURE OF AN ARD DAP-KINASE 1 MUTANT 提交 2012-07-31 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–334（334 aa） 片段：CATALYTIC AND AUTOREGULATORY DOMAIN, RESIDUES 1-334
突变：YES 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 3 SO4 SULFATE ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；0.2M AMMONIUM SULFATE, 0.1M BIS-TRIS PH 5.5, 25%(W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 3350
分辨率 1.75 Å R-free 0.220
4PF4 1.1A X-RAY STRUCTURE OF THE APO CATALYTIC DOMAIN OF DEATH-ASSOCIATED PROTEIN KINASE 1, aa 1-277 提交 2014-04-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：Monomeric
链 A 1–277（277 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 6 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；292 K；0.1 M HEPES, Ph=7, 2M Ammonium sulfate
分辨率 1.13 Å R-free 0.149
4TL0 Crystal structure of death-associated protein kinase 1 with a crucial phosphomimicking mutation 提交 2014-05-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–334（334 aa） 片段：UNP residues 1-334
突变：S289E MG MAGNESIUM ION × 1 NH4 AMMONIUM ION × 3 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；292 K；0.15 ammonium sulfate, 0.1M TRIS, pH 8.0, 15%(w/v) PEG 4000
分辨率 2.70 Å R-free 0.218
4TXC Crystal Structure of DAPK1 kinase domain in complex with a small molecule inhibitor 提交 2014-07-03 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–285（285 aa）
未记录 38G 4-(3-{3-[(R)-{[2-(dimethylamino)ethyl]amino}(hydroxy)methyl]phenyl}imidazo[1,2-b]pyridazin-6-yl)-2-methoxyphenol × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG6000, 10% ethylene glycol, 0.1M HEPES pH 7.0, 0.2M sodium chloride, 293K, using previously frozen protein
分辨率 1.95 Å R-free 0.216
4UV0 Structure of a semisynthetic phosphorylated DAPK 提交 2014-08-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–321（321 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1-321
突变：YES PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 5MM HEPES, 30 MM NACL, 10 MM NA2SO4,0.5 MMDTT,25% (W/V) PEGMME2000
分辨率 2.49 Å R-free 0.242
4YO4 Crystal Structure of DAPK1 catalytic domain in complex with the hinge binding fragment phthalazine 提交 2015-03-11 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–285（284 aa） 片段：protein kinase domain (UNP residues 2-285)
未记录 CL CHLORIDE ION × 4 ACT ACETATE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 4FT phthalazine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2 M sodium chloride, 0.1 M HEPES, 1.6 M ammonium sulfate
分辨率 1.60 Å R-free 0.185
4YPD Crystal Structure of DAPK1 catalytic domain in complex with the hinge binding fragment 4-methylpyridazine 提交 2015-03-12 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–285（284 aa） 片段：protein kinase domain (UNP residues 2-285)
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 DKG 4-methylpyridazine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；0.1 M HEPES, 1.7 M ammonium sulfate
分辨率 1.40 Å R-free 0.177
5AUT Crystal structure of DAPK1 in complex with ANS. 提交 2015-06-10 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–285（285 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-285
未记录 2AN 8-ANILINO-1-NAPHTHALENE SULFONATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；2 M ammonium sulfate, 0.1 M MES
分辨率 1.70 Å R-free 0.202
5AUU Crystal structure of DAPK1 in complex with luteolin. 提交 2015-06-10 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–285（285 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-285
未记录 LU2 2-(3,4-dihydroxyphenyl)-5,7-dihydroxy-4H-chromen-4-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；2 M ammonium sulfate, 0.1 M MES
分辨率 1.70 Å R-free 0.216
5AUV Crystal structure of DAPK1 in complex with apigenin. 提交 2015-06-10 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–285（285 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-285
未记录 AGI 5,7-dihydroxy-2-(4-hydroxyphenyl)-4H-chromen-4-one × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；2 M ammonium sulfate, 0.1 M MES
分辨率 1.50 Å R-free 0.194
5AUW Crystal structure of DAPK1 in complex with quercetin. 提交 2015-06-10 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–285（285 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-285
未记录 QUE 3,5,7,3',4'-PENTAHYDROXYFLAVONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；2 M ammonium sulfate, 0.1 M MES
分辨率 1.50 Å R-free 0.211
5AUX Crystal structure of DAPK1 in complex with kaempferol. 提交 2015-06-10 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–285（285 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-285
未记录 KMP 3,5,7-TRIHYDROXY-2-(4-HYDROXYPHENYL)-4H-CHROMEN-4-ONE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；2 M ammonium sulfate, 0.1 M MES
分辨率 1.50 Å R-free 0.208
5AUY Crystal structure of DAPK1 in complex with morin. 提交 2015-06-10 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–285（285 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-285
未记录 MRI 2-[2,4-bis(oxidanyl)phenyl]-3,5,7-tris(oxidanyl)chromen-4-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；2 M ammonium sulfate, 0.1 M MES
分辨率 2.00 Å R-free 0.249
5AUZ Crystal structure of DAPK1 in complex with genistein. 提交 2015-06-10 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–285（285 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-285
未记录 GEN GENISTEIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；2 M ammonium sulfate, 0.1 M MES
分辨率 1.60 Å R-free 0.206
5AV0 Crystal structure of DAPK1 in complex with 7,3',4'-trihydroxyisoflavone. 提交 2015-06-10 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–285（285 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-285
未记录 47X 3-(3,4-dihydroxyphenyl)-7-hydroxy-4H-chromen-4-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；2 M ammonium sulfate, 0.1 M MES
分辨率 1.85 Å R-free 0.220
5AV1 Crystal structure of DAPK1 in the presence of bromide ions. 提交 2015-06-10 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–285（285 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-285
未记录 BR BROMIDE ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；2 M ammonium sulfate, 0.1 M MES
分辨率 1.50 Å R-free 0.215
5AV2 Crystal structure of DAPK1-kaempferol complex in the presence of bromide ions. 提交 2015-06-10 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–285（285 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-285
未记录 KMP 3,5,7-TRIHYDROXY-2-(4-HYDROXYPHENYL)-4H-CHROMEN-4-ONE × 1 BR BROMIDE ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；2 M ammonium sulfate, 0.1 M MES
分辨率 1.50 Å R-free 0.209
5AV3 Crystal structure of DAPK1-kaempferol complex in the presence of iodide ions. 提交 2015-06-10 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–285（285 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-285
未记录 KMP 3,5,7-TRIHYDROXY-2-(4-HYDROXYPHENYL)-4H-CHROMEN-4-ONE × 1 IOD IODIDE ION × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；2 M ammonium sulfate, 0.1 M MES
分辨率 1.90 Å R-free 0.233
5AV4 Crystal structure of DAPK1-genistein complex in the presence of bromide ions. 提交 2015-06-10 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–285（285 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-285
未记录 GEN GENISTEIN × 1 BR BROMIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；2 M ammonium sulfate, 0.1 M MES
分辨率 1.40 Å R-free 0.228
6AAR Crystal structure of DAPK1 in complex with purpurin 提交 2018-07-19 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–285（285 aa）
未记录 9TF Purpurin × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 6.5
分辨率 1.95 Å R-free 0.220
6FHA Death-associated Protein Kinase 1 (DAPK1) catalytic and auto-regulatory domains with S289A and S308A mutations 提交 2018-01-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–334（333 aa）
突变：S289A S308A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292.15 K；22% PEG 4000, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M sodium sulfate
分辨率 2.30 Å R-free 0.267
6FHB Death-associated Protein Kinase 1 (DAPK1) catalytic and auto-regulatory domains with S289A and S308E mutations 提交 2018-01-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–334（333 aa）
突变：S289A S308E CL CHLORIDE ION × 5 ACT ACETATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292.15 K；10% PEG 8000, 0.2M magnesium acetate
分辨率 1.75 Å R-free 0.222
6IN4 Crystal structure of apo DAPK1 in the presence of 18-crown-6 提交 2018-10-24 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–285（285 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.8 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 6.5, 100 mM 18-crown-6
分辨率 1.80 Å R-free 0.218
6QMO Death-associated Protein Kinase 1 (DAPK1) catalytic and auto-regulatory domains with S289E and S308A mutations 提交 2019-02-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–310（309 aa）
突变：S289E S308A GOL GLYCEROL × 6 CL CHLORIDE ION × 5 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292.15 K；20% PEG 3350, 0.2M magnesium formate
分辨率 1.87 Å R-free 0.224
6QN4 Death-associated Protein Kinase 1 (DAPK1) catalytic and auto-regulatory domains with S289E and S308E mutations 提交 2019-02-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–310（309 aa）
突变：S289E S308E ACT ACETATE ION × 7 GOL GLYCEROL × 4 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292.15 K；16% PEG 4000, 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M sodium acetate
分辨率 2.50 Å R-free 0.266
7CCU Crystal structure of death-associated protein kinase 1 in complex with resveratrol 提交 2020-06-18 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–285（285 aa）
未记录 STL RESVERATROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；2.4 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris-HCl pH 8.0, 14.4 mg/mL DAPK1, 2 mM resveratrol
分辨率 1.65 Å R-free 0.199
7CCV Crystal structure of death-associated protein kinase 1 in complex with piceatannol 提交 2020-06-18 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–285（285 aa）
未记录 PIT PICEATANNOL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris-HCl pH 7.0, 14.4 mg/mL DAPK1, 2 mM piceatannol
分辨率 1.75 Å R-free 0.208
7CCW Crystal structure of death-associated protein kinase 1 in complex with resveratrol and MES 提交 2020-06-18 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–285（285 aa）
未记录 STL RESVERATROL × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.8 M ammonium sulfate, 0.1 M MES-NaOH pH 6.5, 14.4 mg/mL DAPK1, 2 mM resveratrol
分辨率 1.40 Å R-free 0.188
8IE5 Crystal structure of DAPK1 in complex with oxyresveratrol 提交 2023-02-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–285（285 aa）
未记录 EZE trans-oxyresveratrol × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 400, ammonium sulfate, Bis-tris pH 6.5
分辨率 1.80 Å R-free 0.210
8IE6 Crystal structure of DAPK1 in complex with pinostilbene 提交 2023-02-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–285（285 aa）
未记录 8KZ 3-[(E)-2-(4-hydroxyphenyl)ethenyl]-5-methoxy-phenol × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 400, ammonium sulfate, Bis-tris pH 6.5
分辨率 1.70 Å R-free 0.195
8IE7 Crystal structure of DAPK1 in complex with pterostilbene 提交 2023-02-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–285（285 aa）
未记录 3RL Pterostilbene × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG400, ammonium sulfate, Bis-tris pH 6.5
分辨率 1.85 Å R-free 0.211
8IE8 Crystal structure of DAPK1 in complex with isorhapontigenin 提交 2023-02-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–285（285 aa）
未记录 P5O 5-[(~{E})-2-(3-methoxy-4-oxidanyl-phenyl)ethenyl]benzene-1,3-diol × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG400, ammonium sulfate, Bis-tris pH 6.5
分辨率 1.75 Å R-free 0.216
8ODZ Cryo-EM structure of a pre-dimerized murine IL-12 complete extracellular signaling complex (Class 1). 提交 2023-03-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 300–319（20 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；HEPES-buffered saline (HBS) with added calcium chloride: 25 mM HEPES, pH 7.4, 150 mM NaCl, 5 mM CaCl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Leica EM GP2, 5 s. blotting time.
分辨率 3.60 Å
8OE0 Cryo-EM structure of a pre-dimerized murine IL-12 complete extracellular signaling complex (Class 2). 提交 2023-03-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 300–319（20 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；HEPES-buffered saline (HBS) with added calcium chloride: 25 mM HEPES, pH 7.4, 150 mM NaCl, 5 mM CaCl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Leica EM GP2, 5 s. blotting time.
分辨率 4.60 Å
8OE4 Cryo-EM structure of a pre-dimerized human IL-23 complete extracellular signaling complex. 提交 2023-03-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 301–319（19 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；HEPES-buffered saline (HBS) with added calcium chloride: 25 mM HEPES, pH 7.4, 150 mM NaCl, 5 mM CaCl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Leica EM GP2, 4.5 s. blotting time.
分辨率 3.60 Å
8PB1 Cryo-EM structure of a pre-dimerized murine IL-12 complete extracellular signaling complex (Class 1), obtained after local refinement. 提交 2023-06-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 300–319（20 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；HEPES-buffered saline (HBS) with added calcium chloride: 25 mM HEPES, pH 7.4, 150 mM NaCl, 5 mM CaCl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Leica EM GP2, 5 s. blotting time.
分辨率 3.50 Å
9DUB Crystal Structure of Human DAPK1 Catalytic Subunit Complexed with Compound SRM-25-071 提交 2024-10-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–285（284 aa） 片段：protein kinase domain (UNP residues 2-285)
未记录 A1BB7 4-(pyridin-4-yl)pyridazine × 1 CL CHLORIDE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；Protein: 6.6 mg/ml, 0.25M Sodium chloride, 0.1M Tris-HCl (pH 8.0); Screen: 1.8M Ammomium sulfate, 0.2M Ammonium chloride; Soak: 24h, 1mM SRM-25-071, 10% DMSO, 1.8M Ammonium sulfate, 0.2M Ammonium chloride; Cryo: 1.8M Ammonium sulfate, 25% sucrose.
分辨率 1.50 Å R-free 0.183
9DUE Crystal Structure of Human DAPK1 Catalytic Subunit Complexed with Compound SRM-07-081a 提交 2024-10-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–285（284 aa） 片段：protein kinase domain (UNP residues 2-285)
未记录 A1BB6 3-chloro-6-(4-methylpiperazin-1-yl)-4-(pyridin-4-yl)pyridazine × 1 BO3 BORIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；Protein: 6.6 mg/ml, 0.25M Sodium chloride, 0.1M Tris-HCl (pH 8.0); Screen: 1.8M Ammomium sulfate, 0.2M Ammonium chloride; Soak: 24h, 1mM SRM-7-081a, 10% DMSO, 1.8M Ammonium sulfate, 0.2M Ammonium chloride; Cryo: 1.8M Ammonium sulfate, 25% sucrose.
分辨率 1.65 Å R-free 0.184
9INV Crystal structure of DAPK1 in complex with isoliquiritigenin 提交 2024-07-08 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–285（285 aa）
未记录 HCC 2',4,4'-TRIHYDROXYCHALCONE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 400, ammonium sulfate, MES pH 6.5
分辨率 1.61 Å R-free 0.205
9INW Crystal structure of DAPK1 in complex with compound 9 提交 2024-07-08 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–285（285 aa）
未记录 A1L2V (~{E})-1-[2,4-bis(oxidanyl)phenyl]-3-(3-chloranyl-4-oxidanyl-phenyl)prop-2-en-1-one × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 400, ammonium sulfate, MES pH 6.5
分辨率 1.52 Å R-free 0.207
9INX Crystal structure of DAPK1 in complex with compound 10 提交 2024-07-08 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–285（285 aa）
未记录 A1L2W (~{E})-1-[2,4-bis(oxidanyl)phenyl]-3-(3-bromanyl-4-oxidanyl-phenyl)prop-2-en-1-one × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 400, ammonium sulfate, MES pH 6.5
分辨率 1.72 Å R-free 0.211
9MIU Crystal Structure of Human DAPK1 Catalytic Subunit Complexed with Compound MW01-9-039SRM. 提交 2024-12-13 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–285（284 aa）
未记录 A1BLJ 6-chloro-N,N-dimethyl-5-(pyridin-4-yl)pyridazin-3-amine × 1 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；292 K；Protein: 6.6 mg/ml, 0.25M Sodium chloride, 0.1M Tris-HCl (pH 8.0); Screen: 1.8M Ammomium sulfate, 0.2M Ammonium chloride; Soak: 24h, 1mM MW01-9-039SRM, 10% DMSO, 1.8M Ammonium sulfate, 0.2M Ammonium chloride; Cryo: 1.8M Ammonium sulfate, 25% sucrose.
分辨率 1.90 Å R-free 0.197
9N1T Crystal Structure of Human DAPK1 Catalytic Subunit Complexed with Compound SRM-26-100 提交 2025-01-27 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–285（284 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 A1BU8 3-(4-methylpiperazin-1-yl)-5-(pyridin-4-yl)pyridazine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；Protein: 6.6 mg/ml, 0.25M Sodium chloride, 0.1M Tris-HCl (pH 8.0); Screen: 1.8M Ammomium sulfate, 0.2M Ammonium chloride; Soak: 24h, 1mM SRM-25-071, 10% DMSO, 1.8M Ammonium sulfate, 0.2M Ammonium chloride; Cryo: 1.8M Ammonium sulfate, 25% sucrose.
分辨率 1.43 Å R-free 0.176
9N2O Crystal Structure of Human DAPK1 Catalytic Subunit Complexed with Compound MW01-27-040SRM 提交 2025-01-29 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–285（284 aa）
未记录 A1BVL 5-(pyridin-4-yl)-3-[4-(pyrimidin-2-yl)piperazin-1-yl]pyridazine × 1 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；3.6M Ammonium Sulfate
分辨率 1.49 Å R-free 0.191
9O73 Crystal Structure of Human DAPK1 Catalytic Subunit Complexed with Compound MW01-30-035SRM 提交 2025-04-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–285（284 aa） 片段：protein kinase domain (UNP residues 2-285)
未记录 86Q 5,6-Dihydro-benzo[H]cinnolin-3-ylamine × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；2M LiSO4, 5mM MW01-30-035SRM
分辨率 1.49 Å R-free 0.191

共 77 个其他 PDB 条目、81 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DAPK1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–284； UniProt 2–285

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9n2m

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9n2m
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9n2m
沉积日期 deposition_date2025-01-29
最后修订 last_revision2025-04-02
结构标题 titleCrystal Structure of Human DAPK1 Catalytic Subunit Complexed with Compound MW01-30-047SRM
关键词 keywordsDAPK1, DAPK1 catalytic subunit, MW01-30-047SRM, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.41 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.39 Å
零角强度 I(0) i033661600.00
分子量 molecular_weight30261.0 kDa
排除体积 excluded_volume29506 ų
包络体积 envelope_volume48558 ų
水化壳体积 shell_volume20926 ų
包络直径 envelope_diameter65.5 Å
壳层 Rg shell_rg25.87 Å
包络 Rg envelope_rg19.53 Å
形状 Rg shape_rg19.34 Å
总 Rg total_rg20.18 Å
总原子数 total_atoms2303
残基数 n_residues280
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax64.9 Å
Rg (实空间) rg_real20.34 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.25 Å
I(0) (实空间) i0_real3.3660e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.3680e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.35 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal33660000.0000
解质量估计 total_estimate0.8984
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary25.0 Å
偏度 Skewness skewness0.266
峰度 Kurtosis kurtosis-0.360
角度范围 angular_range— – 0.3900 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha8576000.0000
实空间数据点数 n_real_points71
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.892; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.999
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)