SAXSdb — 8pb1

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8pb1
沉积日期 deposition_date	2023-06-08
结构标题 title	;Cryo-EM structure of a pre-dimerized murine IL-12 complete extracellular signaling complex (Class 1), obtained after local refinement. ;
关键词 keywords	Complex, Cytokine, Receptor, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.28 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.96 Å
零角强度 I(0) i0	147978000.00
分子量 molecular_weight	95038.0 kDa
排除体积 excluded_volume	117890 Å³
包络体积 envelope_volume	171300 Å³
水化壳体积 shell_volume	39985 Å³
包络直径 envelope_diameter	145.0 Å
壳层 Rg shell_rg	41.29 Å
包络 Rg envelope_rg	37.32 Å
形状 Rg shape_rg	37.96 Å
总 Rg total_rg	38.19 Å
总原子数 total_atoms	6651
残基数 n_residues	829
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	134.9 Å
Rg (实空间) rg_real	38.42 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.51 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4800e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.7710e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.33 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	148000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6629
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	46.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.402
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.100
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8196000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.812; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.132; Positv: 1.000; Valcen: 0.959; Smooth: 0.823

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Interleukin-12 subunit alpha
分子量 formula_weight	25927.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6652

RVIPVSGPARCLSQSRNLLKTTDDMVKTAREKLKHYSCTAEDIDHEDITRDQTSTLKTCLPLELHKNESCLATRETSSTTRGSCLPPQKTSLMMTLCLGSIYEDLKMYQTEFQAINAALQNHNHQQIILDKGMLVAIDELMQSLNHNGETLRQKPPVGEADPYRVKMKLCILLHAFSTRVVTINRVMGYLSSAGTSDEVDGGSGGSGLNDIFEAQKIEWHEGRTKHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Interleukin-12 subunit beta
分子量 formula_weight	35837.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MWELEKDVYVVEVDWTPDAPGETVNLTCDTPEEDDITWTSDQRHGVIGSGKTLTITVKEFLDAGQYTCHKGGETLSHSHLLLHKKENGIWSTEILKNFKNKTFLKCEAPNYSGRFTCSWLVQRNMDLKFNIKSSSSSPDSRAVTCGMASLSAEKVTLDQRDYEKYSVSCQEDVTCPTAEETLPIELALEARQQNKYENYSTSFFIRDIIKPDPPKNLQMKPLKNSQVEVSWEYPDSWSTPHSYFSLKFFVRIQRKKEKMKETEEGCNQKGAFLVEKTSTEVQCKGGNVCVQAQDRYYNSSCSKWACVPCRVRS

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Interleukin-12 receptor subunit beta-1,Death-associated protein kinase 1
分子量 formula_weight	63789.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

QLGASGPGDGCCVEKTSFPEGASGSPLGPRNLSCYRVSKTDYECSWQYDGPEDNVSHVLWCCFVPPNHTHTGQERCRYFSSGPDRTVQFWEQDGIPVLSKVNFWVESRLGNRTMKSQKISQYLYNWTKTTPPLGHIKVSQSHRQLRMDWNVSEEAGAEVQFRRRMPTTNWTLGDCGPQVNSGSGVLGDIRGSMSESCLCPSENMAQEIQIRRRRRLSSGAPGGPWSDWSMPVCVPPEVLPQAKIKFLVEPLNQGGRRRLTMQGQSPQLAVPEGCRGRPGAQVKKHLVLVRMLSCRCQAQTSKTVPLGKKLNLSGATYDLNVLAKTRFGRSTIQKWHLPAQELTETRALNVSVGGNMTSMQWAAQAPGTTYCLEWQPWFQHRNHTHCTLIVPEEEDPAKMVTHSWSSKPTLEQEECYRITVFASKNPKNPMLWATVLSSYYFGGNASRAGTPRHVSVRNQTGDSVSVEWTASQLSTCPGVLTQYVVRCEAEDGAWESEWLVPPTKTQVTLDGLRSRVMYKVQVRADTARLPGAWSHPQRFSFEGTGGSGGSGGAARKKWKQSVRLISLCQRLS

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	Interleukin-12 receptor subunit beta-2,Calmodulin-1
分子量 formula_weight	85723.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

NIDVCKLGTVTVQPAPVIPLGSAANISCSLNPKQGCSHYPSSNELILLKFVNDVLVENLHGKKVHDHTGHSSTFQVTNLSLGMTLFVCKLNCSNSQKKPPVPVCGVEISVGVAPEPPQNISCVQEGENGTVACSWNSGKVTYLKTNYTLQLSGPNNLTCQKQCFSDNRQNCNRLDLGINLSPDLAESRFIVRVTAINDLGNSSSLPHTFTFLDIVIPLPPWDIRINFLNASGSRGTLQWEDEGQVVLNQLRYQPLNSTSWNMVNATNAKGKYDLRDLRPFTEYEFQISSKLHLSGGSWSNWSESLRTRTPEEEPVGILDIWYMKQDIDYDRQQISLFWKSLNPSEARGKILHYQVTLQEVTKKTTLQNTTRHTSWTRVIPRTGAWTASVSAANSKGASAPTHINIVDLCGTGLLAPHQVSAKSENMDNILVTWQPPKKADSAVREYIVEWRALQPGSITKFPPHWLRIPPDNMSALISENIKPYICYEIRVHALSESQGGCSSIRGDSKHKAPVSGPHITAITEKKERLFISWTHIPFPEQRGCILHYRIYWKERDSTAQPELCEIQYRRSQNSHPISSLQPRVTYVLWMTAVTAAGESPQGNEREFCPQGKANGTGGSGGSGGLTEEQIAEFKEAFSLFDKDGDGTITTKELGTVMRSLGQNPTEAELQDMINEVDADGNGTIDFPEFLTMMARKMKDTDSEEEIREAFRVFDKDGNGYISAAELRHVMTNLGEKLTDEEVDEMIREADIDGDGQVNYEEFVQMMTAK

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	748.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	268498

fit	/app/data/saxs_computation/pb/8pb1/8pb1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pb/8pb1/8pb1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pb/8pb1/8pb1.dat

;Cryo-EM structure of a pre-dimerized murine IL-12 complete extracellular signaling complex (Class 1), obtained after local refinement. ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 branched

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)