9n81

A gap-filling complex with Pol mu engaged in the NHEJ Pathway

Method: ELECTRON MICROSCOPY
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

X-ray repair cross-complementing protein 6

Homo sapiens

UniProt P12956

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 16 DNA 4 X-ray repair cross-complementing protein 5 × 2 (P13010) Non-homologous end-joining factor 1 × 2 (Q9H9Q4) DNA repair protein XRCC4 × 4 (Q13426) DNA ligase 4 × 2 (P49917) Protein PAXX × 2 (Q9BUH6) DNA (38-MER) × 1 DNA (42-MER) × 1 DNA (34-MER) × 1 DNA (37-MER) × 1 DNA-directed DNA/RNA polymerase mu × 2 (Q9NP87) MAGNESIUM ION × 1 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 XRCC6_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–612; UniProt 1–609 作者链 a; PDB构建体 4–612; UniProt 1–609

X-ray repair cross-complementing protein 5

Homo sapiens

UniProt P13010

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 16 DNA 4 X-ray repair cross-complementing protein 6 × 2 (P12956) Non-homologous end-joining factor 1 × 2 (Q9H9Q4) DNA repair protein XRCC4 × 4 (Q13426) DNA ligase 4 × 2 (P49917) Protein PAXX × 2 (Q9BUH6) DNA (38-MER) × 1 DNA (42-MER) × 1 DNA (34-MER) × 1 DNA (37-MER) × 1 DNA-directed DNA/RNA polymerase mu × 2 (Q9NP87) MAGNESIUM ION × 1 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 XRCC5_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–732; UniProt 1–732 作者链 b; PDB构建体 1–732; UniProt 1–732

Non-homologous end-joining factor 1

Homo sapiens

UniProt Q9H9Q4

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 16 DNA 4 X-ray repair cross-complementing protein 6 × 2 (P12956) X-ray repair cross-complementing protein 5 × 2 (P13010) DNA repair protein XRCC4 × 4 (Q13426) DNA ligase 4 × 2 (P49917) Protein PAXX × 2 (Q9BUH6) DNA (38-MER) × 1 DNA (42-MER) × 1 DNA (34-MER) × 1 DNA (37-MER) × 1 DNA-directed DNA/RNA polymerase mu × 2 (Q9NP87) MAGNESIUM ION × 1 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NHEJ1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 4–302; UniProt 1–299 作者链 c; PDB构建体 4–302; UniProt 1–299

DNA repair protein XRCC4

Homo sapiens

UniProt Q13426

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 16 DNA 4 X-ray repair cross-complementing protein 6 × 2 (P12956) X-ray repair cross-complementing protein 5 × 2 (P13010) Non-homologous end-joining factor 1 × 2 (Q9H9Q4) DNA ligase 4 × 2 (P49917) Protein PAXX × 2 (Q9BUH6) DNA (38-MER) × 1 DNA (42-MER) × 1 DNA (34-MER) × 1 DNA (37-MER) × 1 DNA-directed DNA/RNA polymerase mu × 2 (Q9NP87) MAGNESIUM ION × 1 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 XRCC4_HUMAN
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–336; UniProt 1–336 作者链 E; PDB构建体 1–336; UniProt 1–336 作者链 d; PDB构建体 1–336; UniProt 1–336 作者链 e; PDB构建体 1–336; UniProt 1–336

DNA ligase 4

Homo sapiens

UniProt P49917

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 16 DNA 4 X-ray repair cross-complementing protein 6 × 2 (P12956) X-ray repair cross-complementing protein 5 × 2 (P13010) Non-homologous end-joining factor 1 × 2 (Q9H9Q4) DNA repair protein XRCC4 × 4 (Q13426) Protein PAXX × 2 (Q9BUH6) DNA (38-MER) × 1 DNA (42-MER) × 1 DNA (34-MER) × 1 DNA (37-MER) × 1 DNA-directed DNA/RNA polymerase mu × 2 (Q9NP87) MAGNESIUM ION × 1 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DNLI4_HUMAN
Isoform —
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 4–914; UniProt 1–911 作者链 f; PDB构建体 4–914; UniProt 1–911

Protein PAXX

Homo sapiens

UniProt Q9BUH6

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 16 DNA 4 X-ray repair cross-complementing protein 6 × 2 (P12956) X-ray repair cross-complementing protein 5 × 2 (P13010) Non-homologous end-joining factor 1 × 2 (Q9H9Q4) DNA repair protein XRCC4 × 4 (Q13426) DNA ligase 4 × 2 (P49917) DNA (38-MER) × 1 DNA (42-MER) × 1 DNA (34-MER) × 1 DNA (37-MER) × 1 DNA-directed DNA/RNA polymerase mu × 2 (Q9NP87) MAGNESIUM ION × 1 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PAXX_HUMAN
Isoform —
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 15–218; UniProt 1–204 作者链 H; PDB构建体 15–218; UniProt 1–204

DNA-directed DNA/RNA polymerase mu

Homo sapiens

UniProt Q9NP87

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 16 DNA 4 X-ray repair cross-complementing protein 6 × 2 (P12956) X-ray repair cross-complementing protein 5 × 2 (P13010) Non-homologous end-joining factor 1 × 2 (Q9H9Q4) DNA repair protein XRCC4 × 4 (Q13426) DNA ligase 4 × 2 (P49917) Protein PAXX × 2 (Q9BUH6) DNA (38-MER) × 1 DNA (42-MER) × 1 DNA (34-MER) × 1 DNA (37-MER) × 1 MAGNESIUM ION × 1 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DPOLM_HUMAN
Isoform —
PDB实体 11
链与序列区间 作者链 M; PDB构建体 19–512; UniProt 1–494 作者链 m; PDB构建体 19–512; UniProt 1–494

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9n81
沉积日期 deposition_date2025-02-07
结构标题 titleA gap-filling complex with Pol mu engaged in the NHEJ Pathway
关键词 keywordsNHEJ, Pol mu, ligation, XLF, PAXX, DNA repair, Ligase IV, LIGASE-TRANSFERASE-DNA complex; LIGASE/TRANSFERASE/DNA
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9n81__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9n81__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 109 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

9n81__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)79.28 Å
Rg(电子密度)79.54 Å
总 Rg79.37 Å
原子数41877
残基数4977
排除体积738750 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 9n81__assembly_1__model_1 eicosameric (20) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (13)

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7. 引用文献 (1)