9nra

The structure of GluA1/A4 LBD-TMD with 4 auxiliary subunits

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 145.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate receptor 1

物种未注明

UniProt P19490

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 407–833 链 C; UniProt 407–833 未记录 Isoform 2 of Glutamate receptor 4 × 2 (P19493) ;Auxiliary protein at A'/C' ; × 2 Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit × 2 (Q71RJ2) ZK1 {[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.18 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 32 个其他 PDB 条目、34 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GRIA1_RAT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–427; UniProt 407–833 作者链 C; PDB构建体 1–427; UniProt 407–833

Isoform 2 of Glutamate receptor 4

物种未注明

UniProt P19493

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 417–840 链 D; UniProt 417–840 未记录 Glutamate receptor 1 × 2 (P19490) ;Auxiliary protein at A'/C' ; × 2 Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit × 2 (Q71RJ2) ZK1 {[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.18 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 25 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 GRIA4_RAT
Isoform P19493-2
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–424; UniProt 417–840 作者链 D; PDB构建体 1–424; UniProt 417–840

Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit

物种未注明

UniProt Q71RJ2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 5–208 链 H; UniProt 5–208 未记录 Glutamate receptor 1 × 2 (P19490) Isoform 2 of Glutamate receptor 4 × 2 (P19493) ;Auxiliary protein at A'/C' ; × 2 ZK1 {[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.18 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 31 个其他 PDB 条目、31 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CCG2_RAT
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 1–204; UniProt 5–208 作者链 H; PDB构建体 1–204; UniProt 5–208

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9nra

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9nra
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9nra
沉积日期 deposition_date2025-03-14
结构标题 titleThe structure of GluA1/A4 LBD-TMD with 4 auxiliary subunits
关键词 keywordsiGluR, CP-AMPA receptors, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier44.97
回转半径 Rg (电子) rg_electron44.38
零角强度 I(0) i0688622000.00
分子量 molecular_weight221060.0 kDa
排除体积 excluded_volume277960 ų
包络体积 envelope_volume415920 ų
水化壳体积 shell_volume76945 ų
包络直径 envelope_diameter146.2
壳层 Rg shell_rg50.14
包络 Rg envelope_rg43.37
形状 Rg shape_rg44.39
总 Rg total_rg44.60
总原子数 total_atoms15598
残基数 n_residues2195
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax145.1
Rg (实空间) rg_real44.74
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.22
I(0) (实空间) i0_real6.8860e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0900e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal44.97
I(0) (倒空间) i0_reciprocal688800000.0000
解质量估计 total_estimate0.8973
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary58.0
偏度 Skewness skewness0.119
峰度 Kurtosis kurtosis-0.550
角度范围 angular_range— – 0.1750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha93910000.0000
实空间数据点数 n_real_points36
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.909; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.940

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)