9o6s

Structure of the human prohibitin complex in the closed state

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 211.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9o6s
沉积日期 deposition_date	2025-04-14
结构标题 title	Structure of the human prohibitin complex in the closed state
关键词 keywords	Mitochondria, Membrane, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	82.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	82.11 Å
零角强度 I(0) i0	7720600000.00
分子量 molecular_weight	757300.0 kDa
排除体积 excluded_volume	954970 Å³
包络体积 envelope_volume	2376000 Å³
水化壳体积 shell_volume	240000 Å³
包络直径 envelope_diameter	220.1 Å
壳层 Rg shell_rg	89.76 Å
包络 Rg envelope_rg	74.94 Å
形状 Rg shape_rg	82.12 Å
总 Rg total_rg	82.16 Å
总原子数 total_atoms	53376
残基数 n_residues	6852
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	211.3 Å
Rg (实空间) rg_real	81.64 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.72 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.7200e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4440e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	83.69 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	7754000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8464
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	111.2 Å
偏度 Skewness skewness	-0.155
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.835
角度范围 angular_range	— – 0.0950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0045
最高正则化参数 α highest_alpha	213700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	20
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 1.000; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Prohibitin-2
分子量 formula_weight	33341.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I,K,M,O,Q,S,U,W
原子数 atom_count	53376

MAQNLKDLAGRLPAGPRGMGTALKLLLGAGAVAYGVRESVFTVEGGHRAIFFNRIGGVQQDTILAEGLHFRIPWFQYPIIYDIRARPRKISSPTGSKDLQMVNISLRVLSRPNAQELPSMYQRLGLDYEERVLPSIVNEVLKSVVAKFNASQLITQRAQVSLLIRRELTERAKDFSLILDDVAITELSFSREYTAAVEAKQVAQQEAQRAQFLVEKAKQEQRQKIVQAEGEAEAAKMLGEALSKNPGYIKLRKIRAAQNISKTIATSQNRIYLTADNLVLNLQDESFTRGSDSLIKGKK

Entity 2 polymer

描述 description	Prohibitin 1
分子量 formula_weight	29838.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,J,L,N,P,R,T,V,X

MAAKVFESIGKFGLALAVAGGVVNSALYNVDAGHRAVIFDRFRGVQDIVVGEGTHFLIPWVQKPIIFDCRSRPRNVPVITGSKDLQNVNITLRILFRPVASQLPRIFTSIGEDYDERVLPSITTEILKSVVARFDAGELITQRELVSRQVSDDLTERAATFGLILDDVSLTHLTFGKEFTEAVEAKQVAQQEAERARFVVEKAEQQKKAAIISAEGDSKAAELIANSLATAGDGLIELRKLEAAEDIAYQLSRSRNITYLPAGQSVLLQLPQ

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	21.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	1156

fit	/app/data/saxs_computation/o6/9o6s/9o6s.fit
pddf	/app/data/pr_computation/o6/9o6s/9o6s.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/o6/9o6s/9o6s.dat

Structure of the human prohibitin complex in the closed state

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)