9o6t

Structure of the human prohibitin complex in the open state

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 272.1 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9o6t
沉积日期 deposition_date	2025-04-14
结构标题 title	Structure of the human prohibitin complex in the open state
关键词 keywords	Mitochondria, Membrane, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	77.14 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	77.51 Å
零角强度 I(0) i0	5172210000.00
分子量 molecular_weight	616380.0 kDa
排除体积 excluded_volume	776430 Å³
包络体积 envelope_volume	1736700 Å³
水化壳体积 shell_volume	184760 Å³
包络直径 envelope_diameter	225.6 Å
壳层 Rg shell_rg	82.29 Å
包络 Rg envelope_rg	73.57 Å
形状 Rg shape_rg	77.53 Å
总 Rg total_rg	77.53 Å
总原子数 total_atoms	88189
残基数 n_residues	5578
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	272.1 Å
Rg (实空间) rg_real	80.18 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.90 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.1960e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0730e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	77.54 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5177000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9160
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	95.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.303
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.241
角度范围 angular_range	— – 0.1000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.8119
最高正则化参数 α highest_alpha	160100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	21
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.903; Stabil: 0.895; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.833

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Prohibitin-2
分子量 formula_weight	33341.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I,K,M,O,Q,S,U,W
原子数 atom_count	88189

MAQNLKDLAGRLPAGPRGMGTALKLLLGAGAVAYGVRESVFTVEGGHRAIFFNRIGGVQQDTILAEGLHFRIPWFQYPIIYDIRARPRKISSPTGSKDLQMVNISLRVLSRPNAQELPSMYQRLGLDYEERVLPSIVNEVLKSVVAKFNASQLITQRAQVSLLIRRELTERAKDFSLILDDVAITELSFSREYTAAVEAKQVAQQEAQRAQFLVEKAKQEQRQKIVQAEGEAEAAKMLGEALSKNPGYIKLRKIRAAQNISKTIATSQNRIYLTADNLVLNLQDESFTRGSDSLIKGKK

Entity 2 polymer

描述 description	Prohibitin 1
分子量 formula_weight	29838.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,J,L,N,P,R,T,V,X

MAAKVFESIGKFGLALAVAGGVVNSALYNVDAGHRAVIFDRFRGVQDIVVGEGTHFLIPWVQKPIIFDCRSRPRNVPVITGSKDLQNVNITLRILFRPVASQLPRIFTSIGEDYDERVLPSITTEILKSVVARFDAGELITQRELVSRQVSDDLTERAATFGLILDDVSLTHLTFGKEFTEAVEAKQVAQQEAERARFVVEKAEQQKKAAIISAEGDSKAAELIANSLATAGDGLIELRKLEAAEDIAYQLSRSRNITYLPAGQSVLLQLPQ

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	22.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	1193

fit	/app/data/saxs_computation/o6/9o6t/9o6t.fit
pddf	/app/data/pr_computation/o6/9o6t/9o6t.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/o6/9o6t/9o6t.dat

Structure of the human prohibitin complex in the open state

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)