9odu

Yeast V-ATPase bound to Rtc5p, rotary state 2

Method: ELECTRON MICROSCOPY

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

H(+)-transporting two-sector ATPase

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 32	V-type proton ATPase subunit E × 3 （P22203） V-type proton ATPase subunit G × 3 （P48836） V-type proton ATPase subunit D × 1 （P32610） V-type proton ATPase subunit F × 1 （P39111） V-type proton ATPase subunit C × 1 （P31412） Restriction of telomere capping protein 5 × 1 （B3LJG1） V-type proton ATPase subunit d × 1 （P32366） ;V-type proton ATPase subunit c'' ; × 1 （P23968） ;V-type proton ATPase subunit c' ; × 1 （P32842） V-type proton ATPase subunit c × 8 （P25515） V-type proton ATPase subunit e × 1 （Q3E7B6） V0 assembly protein 1 × 1 （P53262） Yeast V-ATPase subunit f × 1 （P0C5R9） V-type proton ATPase subunit H × 1 （P41807） V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform × 1 （P32563） V-type proton ATPase subunit B × 3 （P16140） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	B3LH69_YEAS1
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–617； UniProt 1–617 作者链 C； PDB构建体 1–617； UniProt 1–617 作者链 E； PDB构建体 1–617； UniProt 1–617

V-type proton ATPase subunit E

物种未注明

UniProt P22203

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 32	H(+)-transporting two-sector ATPase × 3 （B3LH69） V-type proton ATPase subunit G × 3 （P48836） V-type proton ATPase subunit D × 1 （P32610） V-type proton ATPase subunit F × 1 （P39111） V-type proton ATPase subunit C × 1 （P31412） Restriction of telomere capping protein 5 × 1 （B3LJG1） V-type proton ATPase subunit d × 1 （P32366） ;V-type proton ATPase subunit c'' ; × 1 （P23968） ;V-type proton ATPase subunit c' ; × 1 （P32842） V-type proton ATPase subunit c × 8 （P25515） V-type proton ATPase subunit e × 1 （Q3E7B6） V0 assembly protein 1 × 1 （P53262） Yeast V-ATPase subunit f × 1 （P0C5R9） V-type proton ATPase subunit H × 1 （P41807） V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform × 1 （P32563） V-type proton ATPase subunit B × 3 （P16140） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	VATE_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–233； UniProt 1–233 作者链 I； PDB构建体 1–233； UniProt 1–233 作者链 K； PDB构建体 1–233； UniProt 1–233

V-type proton ATPase subunit G

物种未注明

UniProt P48836

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 32	H(+)-transporting two-sector ATPase × 3 （B3LH69） V-type proton ATPase subunit E × 3 （P22203） V-type proton ATPase subunit D × 1 （P32610） V-type proton ATPase subunit F × 1 （P39111） V-type proton ATPase subunit C × 1 （P31412） Restriction of telomere capping protein 5 × 1 （B3LJG1） V-type proton ATPase subunit d × 1 （P32366） ;V-type proton ATPase subunit c'' ; × 1 （P23968） ;V-type proton ATPase subunit c' ; × 1 （P32842） V-type proton ATPase subunit c × 8 （P25515） V-type proton ATPase subunit e × 1 （Q3E7B6） V0 assembly protein 1 × 1 （P53262） Yeast V-ATPase subunit f × 1 （P0C5R9） V-type proton ATPase subunit H × 1 （P41807） V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform × 1 （P32563） V-type proton ATPase subunit B × 3 （P16140） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	VATG_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–114； UniProt 1–114 作者链 J； PDB构建体 1–114； UniProt 1–114 作者链 L； PDB构建体 1–114； UniProt 1–114

V-type proton ATPase subunit D

物种未注明

UniProt P32610

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 32	H(+)-transporting two-sector ATPase × 3 （B3LH69） V-type proton ATPase subunit E × 3 （P22203） V-type proton ATPase subunit G × 3 （P48836） V-type proton ATPase subunit F × 1 （P39111） V-type proton ATPase subunit C × 1 （P31412） Restriction of telomere capping protein 5 × 1 （B3LJG1） V-type proton ATPase subunit d × 1 （P32366） ;V-type proton ATPase subunit c'' ; × 1 （P23968） ;V-type proton ATPase subunit c' ; × 1 （P32842） V-type proton ATPase subunit c × 8 （P25515） V-type proton ATPase subunit e × 1 （Q3E7B6） V0 assembly protein 1 × 1 （P53262） Yeast V-ATPase subunit f × 1 （P0C5R9） V-type proton ATPase subunit H × 1 （P41807） V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform × 1 （P32563） V-type proton ATPase subunit B × 3 （P16140） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	VATD_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–256； UniProt 1–256

V-type proton ATPase subunit F

物种未注明

UniProt P39111

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 32	H(+)-transporting two-sector ATPase × 3 （B3LH69） V-type proton ATPase subunit E × 3 （P22203） V-type proton ATPase subunit G × 3 （P48836） V-type proton ATPase subunit D × 1 （P32610） V-type proton ATPase subunit C × 1 （P31412） Restriction of telomere capping protein 5 × 1 （B3LJG1） V-type proton ATPase subunit d × 1 （P32366） ;V-type proton ATPase subunit c'' ; × 1 （P23968） ;V-type proton ATPase subunit c' ; × 1 （P32842） V-type proton ATPase subunit c × 8 （P25515） V-type proton ATPase subunit e × 1 （Q3E7B6） V0 assembly protein 1 × 1 （P53262） Yeast V-ATPase subunit f × 1 （P0C5R9） V-type proton ATPase subunit H × 1 （P41807） V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform × 1 （P32563） V-type proton ATPase subunit B × 3 （P16140） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	VATF_YEAST
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 N； PDB构建体 1–118； UniProt 1–118

V-type proton ATPase subunit C

物种未注明

UniProt P31412

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 32	H(+)-transporting two-sector ATPase × 3 （B3LH69） V-type proton ATPase subunit E × 3 （P22203） V-type proton ATPase subunit G × 3 （P48836） V-type proton ATPase subunit D × 1 （P32610） V-type proton ATPase subunit F × 1 （P39111） Restriction of telomere capping protein 5 × 1 （B3LJG1） V-type proton ATPase subunit d × 1 （P32366） ;V-type proton ATPase subunit c'' ; × 1 （P23968） ;V-type proton ATPase subunit c' ; × 1 （P32842） V-type proton ATPase subunit c × 8 （P25515） V-type proton ATPase subunit e × 1 （Q3E7B6） V0 assembly protein 1 × 1 （P53262） Yeast V-ATPase subunit f × 1 （P0C5R9） V-type proton ATPase subunit H × 1 （P41807） V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform × 1 （P32563） V-type proton ATPase subunit B × 3 （P16140） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	VATC_YEAST
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 O； PDB构建体 1–392； UniProt 1–392

Restriction of telomere capping protein 5

Saccharomyces cerevisiae

UniProt B3LJG1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 32	H(+)-transporting two-sector ATPase × 3 （B3LH69） V-type proton ATPase subunit E × 3 （P22203） V-type proton ATPase subunit G × 3 （P48836） V-type proton ATPase subunit D × 1 （P32610） V-type proton ATPase subunit F × 1 （P39111） V-type proton ATPase subunit C × 1 （P31412） V-type proton ATPase subunit d × 1 （P32366） ;V-type proton ATPase subunit c'' ; × 1 （P23968） ;V-type proton ATPase subunit c' ; × 1 （P32842） V-type proton ATPase subunit c × 8 （P25515） V-type proton ATPase subunit e × 1 （Q3E7B6） V0 assembly protein 1 × 1 （P53262） Yeast V-ATPase subunit f × 1 （P0C5R9） V-type proton ATPase subunit H × 1 （P41807） V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform × 1 （P32563） V-type proton ATPase subunit B × 3 （P16140） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RTC5_YEAS1
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 R； PDB构建体 1–567； UniProt 1–567

V-type proton ATPase subunit d

物种未注明

UniProt P32366

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 32	H(+)-transporting two-sector ATPase × 3 （B3LH69） V-type proton ATPase subunit E × 3 （P22203） V-type proton ATPase subunit G × 3 （P48836） V-type proton ATPase subunit D × 1 （P32610） V-type proton ATPase subunit F × 1 （P39111） V-type proton ATPase subunit C × 1 （P31412） Restriction of telomere capping protein 5 × 1 （B3LJG1） ;V-type proton ATPase subunit c'' ; × 1 （P23968） ;V-type proton ATPase subunit c' ; × 1 （P32842） V-type proton ATPase subunit c × 8 （P25515） V-type proton ATPase subunit e × 1 （Q3E7B6） V0 assembly protein 1 × 1 （P53262） Yeast V-ATPase subunit f × 1 （P0C5R9） V-type proton ATPase subunit H × 1 （P41807） V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform × 1 （P32563） V-type proton ATPase subunit B × 3 （P16140） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	VA0D_YEAST
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 S； PDB构建体 1–345； UniProt 1–345

;V-type proton ATPase subunit c'' ;

物种未注明

UniProt P23968

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 32	H(+)-transporting two-sector ATPase × 3 （B3LH69） V-type proton ATPase subunit E × 3 （P22203） V-type proton ATPase subunit G × 3 （P48836） V-type proton ATPase subunit D × 1 （P32610） V-type proton ATPase subunit F × 1 （P39111） V-type proton ATPase subunit C × 1 （P31412） Restriction of telomere capping protein 5 × 1 （B3LJG1） V-type proton ATPase subunit d × 1 （P32366） ;V-type proton ATPase subunit c' ; × 1 （P32842） V-type proton ATPase subunit c × 8 （P25515） V-type proton ATPase subunit e × 1 （Q3E7B6） V0 assembly protein 1 × 1 （P53262） Yeast V-ATPase subunit f × 1 （P0C5R9） V-type proton ATPase subunit H × 1 （P41807） V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform × 1 （P32563） V-type proton ATPase subunit B × 3 （P16140） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	VATO_YEAST
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 T； PDB构建体 1–213； UniProt 1–213

;V-type proton ATPase subunit c' ;

物种未注明

UniProt P32842

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 32	H(+)-transporting two-sector ATPase × 3 （B3LH69） V-type proton ATPase subunit E × 3 （P22203） V-type proton ATPase subunit G × 3 （P48836） V-type proton ATPase subunit D × 1 （P32610） V-type proton ATPase subunit F × 1 （P39111） V-type proton ATPase subunit C × 1 （P31412） Restriction of telomere capping protein 5 × 1 （B3LJG1） V-type proton ATPase subunit d × 1 （P32366） ;V-type proton ATPase subunit c'' ; × 1 （P23968） V-type proton ATPase subunit c × 8 （P25515） V-type proton ATPase subunit e × 1 （Q3E7B6） V0 assembly protein 1 × 1 （P53262） Yeast V-ATPase subunit f × 1 （P0C5R9） V-type proton ATPase subunit H × 1 （P41807） V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform × 1 （P32563） V-type proton ATPase subunit B × 3 （P16140） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	VATL2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	10
链与序列区间	作者链 U； PDB构建体 1–164； UniProt 1–164

V-type proton ATPase subunit c

物种未注明

UniProt P25515

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 32	H(+)-transporting two-sector ATPase × 3 （B3LH69） V-type proton ATPase subunit E × 3 （P22203） V-type proton ATPase subunit G × 3 （P48836） V-type proton ATPase subunit D × 1 （P32610） V-type proton ATPase subunit F × 1 （P39111） V-type proton ATPase subunit C × 1 （P31412） Restriction of telomere capping protein 5 × 1 （B3LJG1） V-type proton ATPase subunit d × 1 （P32366） ;V-type proton ATPase subunit c'' ; × 1 （P23968） ;V-type proton ATPase subunit c' ; × 1 （P32842） V-type proton ATPase subunit e × 1 （Q3E7B6） V0 assembly protein 1 × 1 （P53262） Yeast V-ATPase subunit f × 1 （P0C5R9） V-type proton ATPase subunit H × 1 （P41807） V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform × 1 （P32563） V-type proton ATPase subunit B × 3 （P16140） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	VATL1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	11
链与序列区间	作者链 V； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160 作者链 W； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160 作者链 X； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160 作者链 Y； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160 作者链 Z； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160 作者链 a； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160 作者链 b； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160 作者链 c； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160

V-type proton ATPase subunit e

物种未注明

UniProt Q3E7B6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 32	H(+)-transporting two-sector ATPase × 3 （B3LH69） V-type proton ATPase subunit E × 3 （P22203） V-type proton ATPase subunit G × 3 （P48836） V-type proton ATPase subunit D × 1 （P32610） V-type proton ATPase subunit F × 1 （P39111） V-type proton ATPase subunit C × 1 （P31412） Restriction of telomere capping protein 5 × 1 （B3LJG1） V-type proton ATPase subunit d × 1 （P32366） ;V-type proton ATPase subunit c'' ; × 1 （P23968） ;V-type proton ATPase subunit c' ; × 1 （P32842） V-type proton ATPase subunit c × 8 （P25515） V0 assembly protein 1 × 1 （P53262） Yeast V-ATPase subunit f × 1 （P0C5R9） V-type proton ATPase subunit H × 1 （P41807） V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform × 1 （P32563） V-type proton ATPase subunit B × 3 （P16140） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	VA0E_YEAST
Isoform	—
PDB实体	12
链与序列区间	作者链 d； PDB构建体 1–73； UniProt 1–73

V0 assembly protein 1

物种未注明

UniProt P53262

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 32	H(+)-transporting two-sector ATPase × 3 （B3LH69） V-type proton ATPase subunit E × 3 （P22203） V-type proton ATPase subunit G × 3 （P48836） V-type proton ATPase subunit D × 1 （P32610） V-type proton ATPase subunit F × 1 （P39111） V-type proton ATPase subunit C × 1 （P31412） Restriction of telomere capping protein 5 × 1 （B3LJG1） V-type proton ATPase subunit d × 1 （P32366） ;V-type proton ATPase subunit c'' ; × 1 （P23968） ;V-type proton ATPase subunit c' ; × 1 （P32842） V-type proton ATPase subunit c × 8 （P25515） V-type proton ATPase subunit e × 1 （Q3E7B6） Yeast V-ATPase subunit f × 1 （P0C5R9） V-type proton ATPase subunit H × 1 （P41807） V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform × 1 （P32563） V-type proton ATPase subunit B × 3 （P16140） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	VOA1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	13
链与序列区间	作者链 e； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265

Yeast V-ATPase subunit f

物种未注明

UniProt P0C5R9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 32	H(+)-transporting two-sector ATPase × 3 （B3LH69） V-type proton ATPase subunit E × 3 （P22203） V-type proton ATPase subunit G × 3 （P48836） V-type proton ATPase subunit D × 1 （P32610） V-type proton ATPase subunit F × 1 （P39111） V-type proton ATPase subunit C × 1 （P31412） Restriction of telomere capping protein 5 × 1 （B3LJG1） V-type proton ATPase subunit d × 1 （P32366） ;V-type proton ATPase subunit c'' ; × 1 （P23968） ;V-type proton ATPase subunit c' ; × 1 （P32842） V-type proton ATPase subunit c × 8 （P25515） V-type proton ATPase subunit e × 1 （Q3E7B6） V0 assembly protein 1 × 1 （P53262） V-type proton ATPase subunit H × 1 （P41807） V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform × 1 （P32563） V-type proton ATPase subunit B × 3 （P16140） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	YP17B_YEAST
Isoform	—
PDB实体	14
链与序列区间	作者链 f； PDB构建体 1–85； UniProt 1–85

V-type proton ATPase subunit H

物种未注明

UniProt P41807

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 32	H(+)-transporting two-sector ATPase × 3 （B3LH69） V-type proton ATPase subunit E × 3 （P22203） V-type proton ATPase subunit G × 3 （P48836） V-type proton ATPase subunit D × 1 （P32610） V-type proton ATPase subunit F × 1 （P39111） V-type proton ATPase subunit C × 1 （P31412） Restriction of telomere capping protein 5 × 1 （B3LJG1） V-type proton ATPase subunit d × 1 （P32366） ;V-type proton ATPase subunit c'' ; × 1 （P23968） ;V-type proton ATPase subunit c' ; × 1 （P32842） V-type proton ATPase subunit c × 8 （P25515） V-type proton ATPase subunit e × 1 （Q3E7B6） V0 assembly protein 1 × 1 （P53262） Yeast V-ATPase subunit f × 1 （P0C5R9） V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform × 1 （P32563） V-type proton ATPase subunit B × 3 （P16140） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	VATH_YEAST
Isoform	—
PDB实体	15
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–478； UniProt 1–478

V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform

物种未注明

UniProt P32563

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 32	H(+)-transporting two-sector ATPase × 3 （B3LH69） V-type proton ATPase subunit E × 3 （P22203） V-type proton ATPase subunit G × 3 （P48836） V-type proton ATPase subunit D × 1 （P32610） V-type proton ATPase subunit F × 1 （P39111） V-type proton ATPase subunit C × 1 （P31412） Restriction of telomere capping protein 5 × 1 （B3LJG1） V-type proton ATPase subunit d × 1 （P32366） ;V-type proton ATPase subunit c'' ; × 1 （P23968） ;V-type proton ATPase subunit c' ; × 1 （P32842） V-type proton ATPase subunit c × 8 （P25515） V-type proton ATPase subunit e × 1 （Q3E7B6） V0 assembly protein 1 × 1 （P53262） Yeast V-ATPase subunit f × 1 （P0C5R9） V-type proton ATPase subunit H × 1 （P41807） V-type proton ATPase subunit B × 3 （P16140） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	VPH1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	16
链与序列区间	作者链 Q； PDB构建体 1–840； UniProt 1–840

V-type proton ATPase subunit B

物种未注明

UniProt P16140

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 32	H(+)-transporting two-sector ATPase × 3 （B3LH69） V-type proton ATPase subunit E × 3 （P22203） V-type proton ATPase subunit G × 3 （P48836） V-type proton ATPase subunit D × 1 （P32610） V-type proton ATPase subunit F × 1 （P39111） V-type proton ATPase subunit C × 1 （P31412） Restriction of telomere capping protein 5 × 1 （B3LJG1） V-type proton ATPase subunit d × 1 （P32366） ;V-type proton ATPase subunit c'' ; × 1 （P23968） ;V-type proton ATPase subunit c' ; × 1 （P32842） V-type proton ATPase subunit c × 8 （P25515） V-type proton ATPase subunit e × 1 （Q3E7B6） V0 assembly protein 1 × 1 （P53262） Yeast V-ATPase subunit f × 1 （P0C5R9） V-type proton ATPase subunit H × 1 （P41807） V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform × 1 （P32563） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VATB_YEAST
Isoform	—
PDB实体	17
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–517； UniProt 1–517 作者链 D； PDB构建体 1–517； UniProt 1–517 作者链 F； PDB构建体 1–517； UniProt 1–517

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9odu
沉积日期 deposition_date	2025-04-27
结构标题 title	Yeast V-ATPase bound to Rtc5p, rotary state 2
关键词 keywords	Vacuolar ATPase, Rtc5p, TLDc domain, protein structure, PROTON TRANSPORT; PROTON TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9odu__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9odu__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9odu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	79.69 Å
Rg（电子密度）	80.48 Å
总 Rg	80.57 Å
原子数	139120
残基数	8867
排除体积	1242600 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9odu__assembly_1__model_1`	32-meric （32）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (18)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	H(+)-transporting two-sector ATPase
分子量 formula_weight	67796.5 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.2.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E
原子数 atom_count	139120

MAGAIENARKEIKRISLEDHAESEYGAIYSVSGPVVIAENMIGCAMYELVKVGHDNLVGEVIRIDGDKATIQVYEETAGLTVGDPVLRTGKPLSVELGPGLMETIYDGIQRPLKAIKEESQSIYIPRGIDTPALDRTIKWQFTPGKFQVGDHISGGDIYGSVFENSLISSHKILLPPRSRGTITWIAPAGEYTLDEKILEVEFDGKKSDFTLYHTWPVRVPRPVTEKLSADYPLLTGQRVLDALFPCVQGGTTCIPGAFGCGKTVISQSLSKYSNSDAIIYVGCGERGNEMAEVLMEFPELYTEMSGTKEPIMKRTTLVANTSNMPVAAREASIYTGITLAEYFRDQGKNVSMIADSSSRWAEALREISGRLGEMPADQGFPAYLGAKLASFYERAGKAVALGSPDRTGSVSIVAAVSPAGGDFSDPVTTATLGITQVFWGLDKKLAQRKHFPSINTSVSYSKYTNVLNKFYDSNYPEFPVLRDRMKEILSNAEELEQVVQLVGKSALSDSDKITLDVATLIKEDFLQQNGYSTYDAFCPIWKTFDMMRAFISYHDEAQKAVANGANWSKLADSTGDVKHAVSSSKFFEPSRGEKEVHGEFEKLLSTMQERFAESTD

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit E
分子量 formula_weight	26508.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,I,K

MSSAITALTPNQVNDELNKMQAFIRKEAEEKAKEIQLKADQEYEIEKTNIVRNETNNIDGNFKSKLKKAMLSQQITKSTIANKMRLKVLSAREQSLDGIFEETKEKLSGIANNRDEYKPILQSLIVEALLKLLEPKAIVKALERDVDLIESMKDDIMREYGEKAQRAPLEEIVISNDYLNKDLVSGGVVVSNASDKIEINNTLEERLKLLSEEALPAIRLELYGPSKTRKFFD

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit G
分子量 formula_weight	12738.7 kDa
突变 mutation	N-terminal FLAG tag
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,J,L

MSQKNGIATLLQAEKEAHEIVSKARKYRQDKLKQAKTDAAKEIDSYKIQKDKELKEFEQKNAGGVGELEKKAEAGVQGELAEIKKIAEKKKDDVVKILIETVIKPSAEVHINAL

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit D
分子量 formula_weight	29235.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MSGNREQVFPTRMTLGLMKTKLKGANQGYSLLKRKSEALTKRFRDITKRIDDAKQKMGRVMQTAAFSLAEVSYATGENIGYQVQESVSTARFKVRARQENVSGVYLSQFESYIDPEINDFRLTGLGRGGQQVQRAKEIYSRAVETLVELASLQTAFIILDEVIKVTNRRVNAIEHVIIPRTENTIAYINSELDELDREEFYRLKKVQEKKQNETAKLDAEMKLKRDRAEQDASEVAADEEPQGETLVADQEDDVIF

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit F
分子量 formula_weight	13479.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

MAEKRTLIAVIADEDTTTGLLLAGIGQITPETQEKNFFVYQEGKTTKEEITDKFNHFTEERDDIAILLINQHIAENIRARVDSFTNAFPAILEIPSKDHPYDPEKDSVLKRVRKLFGE

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit C
分子量 formula_weight	44241.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O

MATALYTANDFILISLPQNAQPVTAPGSKTDSWFNETLIGGRAFVSDFKIPEFKIGSLDTLIVESEELSKVDNQIGASIGKIIEILQGLNETSTNAYRTLPINNMPVPEYLENFQWQTRKFKLDKSIKDLITLISNESSQLDADVRATYANYNSAKTNLAAAERKKTGDLSVRSLHDIVKPEDFVLNSEHLTTVLVAVPKSLKSDFEKSYETLSKNVVPASASVIAEDAEYVLFNVHLFKKNVQEFTTAAREKKFIPREFNYSEELIDQLKKEHDSAASLEQSLRVQLVRLAKTAYVDVFINWFHIKALRVYVESVLRYGLPPHFNIKIIAVPPKNLSKCKSELIDAFGFLGGNAFMKDKKGKINKQDTSLHQYASLVDTEYEPFVMYIINL

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Restriction of telomere capping protein 5
分子量 formula_weight	64368.3 kDa
突变 mutation	N-terminal 6xHis tag
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

MGQSSSISSSNEEGSSHSKKFTNSKDILAYFNNKAQQQVTIPELVSFKGNLQIEDLNTPISHKALCNSLYFPQNHAMIVGIVTNMLRVLSNFPLMKSSYEPITGYGLLKCILLLNRARCAKFLKTKSYDQLKLLFISLSLQKTDKEELSEESENDGNKELTIKQIITGFDDVDTEMLCIPADFMLQFLTWLLILTVDCPTTNSKLDNTETHDQWGNFKVSALNLLRTMNPDVVGDIESHSITFQQFSTAIRTVMPNLLKPLENLMEHFFYLQHDLVDHDTNLSSIQDSKVMTPALLAQLSTGLPKELFIHKLQSLYIGRKSGFSMRSLQAKVFKWMAPSILVVSGMRITNSEEYAAEKNPRYRHFLEEFPKLKESDQMMDASHLNKRKTTFAVYIDDPWKVTNKDYFGDLNTRIIEISPRQDIYKVNQKGTIYFNTIGGGIGIGDKQPLIKPASKRYIPGNVSLTFDSTLEFAVFRNTGYGGSLDPGLLSMERKEENSPYELHFLIQDVEVWGCGGEKELEEQIKQLEWEEAESKRRQQINLRSLGEDRALLEMAGLVGQHQGGGSM

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit d
分子量 formula_weight	39822.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S

MEGVYFNIDNGFIEGVVRGYRNGLLSNNQYINLTQCDTLEDLKLQLSSTDYGNFLSSVSSESLTTSLIQEYASSKLYHEFNYIRDQSSGSTRKFMDYITYGYMIDNVALMITGTIHDRDKGEILQRCHPLGWFDTLPTLSVATDLESLYETVLVDTPLAPYFKNCFDTAEELDDMNIEIIRNKLYKAYLEDFYNFVTEEIPEPAKECMQTLLGFEADRRSINIALNSLQSSDIDPDLKSDLLPNIGKLYPLATFHLAQAQDFEGVRAALANVYEYRGFLETGNLEDHFYQLEMELCRDAFTQQFAISTVWAWMKSKEQEVRNITWIAECIAQNQRERINNYISVY

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	;V-type proton ATPase subunit c'' ;
分子量 formula_weight	22610.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T

MNKESKDDDMSLGKFSFSHFLYYLVLIVVIVYGLYKLFTGHGSDINFGKFLLRTSPYMWANLGIALCVGLSVVGAAWGIFITGSSMIGAGVRAPRITTKNLISIIFCEVVAIYGLIIAIVFSSKLTVATAENMYSKSNLYTGYSLFWAGITVGASNLICGIAVGITGATAAISDAADSALFVKILVIEIFGSILGLLGLIVGLLMAGKASEFQ

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	;V-type proton ATPase subunit c' ;
分子量 formula_weight	17046.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U

MSTQLASNIYAPLYAPFFGFAGCAAAMVLSCLGAAIGTAKSGIGIAGIGTFKPELIMKSLIPVVMSGILAIYGLVVAVLIAGNLSPTEDYTLFNGFMHLSCGLCVGFACLSSGYAIGMVGDVGVRKYMHQPRLFVGIVLILIFSEVLGLYGMIVALILNTRGSE

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit c
分子量 formula_weight	16357.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	V,W,X,Y,Z,a,b,c

MTELCPVYAPFFGAIGCASAIIFTSLGAAYGTAKSGVGICATCVLRPDLLFKNIVPVIMAGIIAIYGLVVSVLVCYSLGQKQALYTGFIQLGAGLSVGLSGLAAGFAIGIVGDAGVRGSSQQPRLFVGMILILIFAEVLGLYGLIVALLLNSRATQDVVC

实体 12 Entity 12 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit e
分子量 formula_weight	8387.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	d

MSSFYTVVGVFIVVSAMSVLFWIMAPKNNQAVWRSTVILTLAMMFLMWAITFLCQLHPLVAPRRSDLRPEFAE

实体 13 Entity 13 polymer

描述 description	V0 assembly protein 1
分子量 formula_weight	29694.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	e

MVFGQLYALFIFTLSCCISKTVQADSSKESSSFISFDKESNWDTISTISSTADVISSVDSAIAVFEFDNFSLLDNLMIDEEYPFFNRFFANDVSLTVHDDSPLNISQSLSPIMEQFTVDELPESASDLLYEYSLDDKSIVLFKFTSDAYDLKKLDEFIDSCLSFLEDKSGDNLTVVINSLGWAFEDEDGDDEYATEETLSHHDNNKGKEGDDDILSSIWTEGLLMCLIVSALLLFILIVALSWISNLDITYGALEKSTNPIKKNN

实体 14 Entity 14 polymer

描述 description	Yeast V-ATPase subunit f
分子量 formula_weight	9369.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	f

MRPVVSTGKAWCCTVLSAFGVVILSVIAHLFNTNHESFVGSINDPEDGPAVAHTVYLAALVYLVFFVFCGFQVYLARRKPSIELR

实体 15 Entity 15 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit H
分子量 formula_weight	54482.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

MGATKILMDSTHFNEIRSIIRSRSVAWDALARSEELSEIDASTAKALESILVKKNIGDGLSSSNNAHSGFKVNGKTLIPLIHLLSTSDNEDCKKSVQNLIAELLSSDKYGDDTVKFFQEDPKQLEQLFDVSLKGDFQTVLISGFNVVSLLVQNGLHNVKLVEKLLKNNNLINILQNIEQMDTCYVCIRLLQELAVIPEYRDVIWLHEKKFMPTLFKILQRATDSQLATRIVATNSNHLGIQLQYHSLLLIWLLTFNPVFANELVQKYLSDFLDLLKLVKITIKEKVSRLCISIILQCCSTRVKQHKKVIKQLLLLGNALPTVQSLSERKYSDEELRQDISNLKEILENEYQELTSFDEYVAELDSKLLCWSPPHVDNGFWSDNIDEFKKDNYKIFRQLIELLQAKVRNGDVNAKQEKIIIQVALNDITHVVELLPESIDVLDKTGGKADIMELLNHSDSRVKYEALKATQAIIGYTFK

实体 16 Entity 16 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform
分子量 formula_weight	95625.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q

MAEKEEAIFRSAEMALVQFYIPQEISRDSAYTLGQLGLVQFRDLNSKVRAFQRTFVNEIRRLDNVERQYRYFYSLLKKHDIKLYEGDTDKYLDGSGELYVPPSGSVIDDYVRNASYLEERLIQMEDATDQIEVQKNDLEQYRFILQSGDEFFLKGDNTDSTSYMDEDMIDANGENIAAAIGASVNYVTGVIARDKVATLEQILWRVLRGNLFFKTVEIEQPVYDVKTREYKHKNAFIVFSHGDLIIKRIRKIAESLDANLYDVDSSNEGRSQQLAKVNKNLSDLYTVLKTTSTTLESELYAIAKELDSWFQDVTREKAIFEILNKSNYDTNRKILIAEGWIPRDELATLQARLGEMIARLGIDVPSIIQVLDTNHTPPTFHRTNKFTAGFQSICDCYGIAQYREINAGLPTIVTFPFMFAIMFGDMGHGFLMTLAALSLVLNEKKINKMKRGEIFDMAFTGRYIILLMGVFSMYTGFLYNDIFSKTMTIFKSGWKWPDHWKKGESITATSVGTYPIGLDWAWHGTENALLFSNSYKMKLSILMGFIHMTYSYFFSLANHLYFNSMIDIIGNFIPGLLFMQGIFGYLSVCIVYKWAVDWVKDGKPAPGLLNMLINMFLSPGTIDDELYPHQAKVQVFLLLMALVCIPWLLLVKPLHFKFTHKKKSHEPLPSTEADASSEDLEAQQLISAMDADDAEEEEVGSGSHGEDFGDIMIHQVIHTIEFCLNCVSHTASYLRLWALSLAHAQLSSVLWTMTIQIAFGFRGFVGVFMTVALFAMWFALTCAVLVLMEGTSAMLHSLRLHWVESMSKFFVGEGLPYEPFAFEYKDMEVAVASASSSASS

实体 17 Entity 17 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit B
分子量 formula_weight	57815.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F

MVLSDKELFAINKKAVEQGFNVKPRLNYNTVSGVNGPLVILEKVKFPRYNEIVNLTLPDGTVRQGQVLEIRGDRAIVQVFEGTSGIDVKKTTVEFTGESLRIPVSEDMLGRIFDGSGRPIDNGPKVFAEDYLDINGSPINPYARIYPEEMISTGVSAIDTMNSIARGQKIPIFSASGLPHNEIAAQICRQAGLVRPTKDVHDGHEENFSIVFAAMGVNLETARFFKQDFEENGSLERTSLFLNLANDPTIERIITPRLALTTAEYLAYQTERHVLTILTDMSSYADALREVSAAREEVPGRRGYPGYMYTDLSTIYERAGRVEGRNGSITQIPILTMPNDDITHPIPDLTGYITEGQIFVDRQLHNKGIYPPINVLPSLSRLMKSAIGEGMTRKDHGDVSNQLYAKYAIGKDAAAMKAVVGEEALSIEDKLSLEFLEKFEKTFITQGAYEDRTVFESLDQAWSLLRIYPKEMLNRISPKILDEFYDRARDDADEDEEDPDTRSSGKKKDASQEESLI

实体 18 Entity 18 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	58688

Yeast V-ATPase bound to Rtc5p, rotary state 2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

H(+)-transporting two-sector ATPase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

V-type proton ATPase subunit E

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

V-type proton ATPase subunit G

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

V-type proton ATPase subunit D

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

V-type proton ATPase subunit F

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

V-type proton ATPase subunit C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Restriction of telomere capping protein 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

V-type proton ATPase subunit d

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

;V-type proton ATPase subunit c'' ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

;V-type proton ATPase subunit c' ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体