9q9m

Cryo-EM structure of human Mre11-Rad50-Nbs1 (MRN) complex bound to DNA and telomeric factor TRF2

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 161.5 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Telomeric repeat-binding factor 2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 6 DNA 2 PDB 声明：octameric（8）与全部聚合物数一致	链 J； UniProt 1–542	未记录	DNA (64-MER) × 1 DNA (64-MER) × 1 Nibrin × 1 （O60934） DNA repair protein RAD50 × 2 （Q92878） Double-strand break repair protein MRE11 × 2 （P49959） MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；25mM Hepes-NaOH, pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM DTT, 1 mM ATP, 1mM BeF3, 5 mM MgCl2, 1 mM MnCl2 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.81 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9Q9M	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1H6P Dimeristion domain from human TRF2 提交 2001-06-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 43–245（203 aa）片段：DIMERISATION DOMAIN RESIDUES 43-245 链 B 43–245（203 aa）片段：DIMERISATION DOMAIN RESIDUES 43-245	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；PH7.0, 15-20% PEG 8000, 100-200 MM MAGNESIUM ACETATE, pH 7.00	分辨率 2.20 Å R-free 0.268
1VF9 Solution Structure Of Human Trf2 提交 2004-04-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 438–500（63 aa）片段：DNA BINDING DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；300 K；离子强度（mmCIF原始值）0.020M；压力 ambient NMR样品组成 1.0-1.5mM TRF2 labeled with 15N and 13C; 20mM potassium phosphate buffer, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.0-1.5mM TRF2 labeled with 15N,and DNA; 20mM potassium phosphate buffer, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1VFC Solution Structure Of The DNA Complex Of Human Trf2 提交 2004-04-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 438–500（63 aa）片段：DNA BINDING DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.9；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.005M；压力 ambient NMR样品组成 1.0-1.5mM TRF2 labeled with 15N and 13C, and DNA; 5mM potassium phosphate buffer, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.0-1.5mM TRF2 labeled with 15N,and DNA; 5mM potassium phosphate buffer, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1W0U hTRF2 DNA-binding domain in complex with telomeric DNA. 提交 2004-06-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 446–500（55 aa）片段：DNA-BINDING DOMAIN, RESIDUES 446-500 链 B 446–500（55 aa）片段：DNA-BINDING DOMAIN, RESIDUES 446-500	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；CRYSTALS WERE GROWN FROM 50 MM MES, PH 6.0, 5MM MAGNESIUM ACETATE, 1 MM SPERMINE, AND 2M (NH4)2SO4 AND CRYOPROTECTED IN 15 % GLYCEROL	分辨率 1.80 Å R-free 0.242
1XG1 Solution structure of Myb-domain of human TRF2 提交 2004-09-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 438–500（63 aa）片段：C-terminal Myb domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.3；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM NaCl；压力 ambient NMR样品组成 2mM myb, 2mM phosphate buffer pH6, 50mM NaCl \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
3BU8 Crystal Structure of TRF2 TRFH domain and TIN2 peptide complex 提交 2008-01-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 42–276（235 aa）片段：TRFH domain, Dimerization domain 链 B 42–276（235 aa）片段：TRFH domain, Dimerization domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；289 K；PEG550 MME 14%, HEPES.Na 50 mM Tris.HCl 40 mM, MgCl2 5 mM, DTT 2 mM, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.15 Å R-free 0.256
3BU8 Crystal Structure of TRF2 TRFH domain and TIN2 peptide complex 提交 2008-01-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 42–276（235 aa）片段：TRFH domain, Dimerization domain 链 B 42–276（235 aa）片段：TRFH domain, Dimerization domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；289 K；PEG550 MME 14%, HEPES.Na 50 mM Tris.HCl 40 mM, MgCl2 5 mM, DTT 2 mM, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.15 Å R-free 0.256
3BU8 Crystal Structure of TRF2 TRFH domain and TIN2 peptide complex 提交 2008-01-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 42–276（235 aa）片段：TRFH domain, Dimerization domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；289 K；PEG550 MME 14%, HEPES.Na 50 mM Tris.HCl 40 mM, MgCl2 5 mM, DTT 2 mM, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.15 Å R-free 0.256
3BU8 Crystal Structure of TRF2 TRFH domain and TIN2 peptide complex 提交 2008-01-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 42–276（235 aa）片段：TRFH domain, Dimerization domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；289 K；PEG550 MME 14%, HEPES.Na 50 mM Tris.HCl 40 mM, MgCl2 5 mM, DTT 2 mM, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.15 Å R-free 0.256
3BUA Crystal Structure of TRF2 TRFH domain and APOLLO peptide complex 提交 2008-01-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 42–245（204 aa）片段：TRFH domain, dimerization domain 链 B 42–245（204 aa）片段：TRFH domain, dimerization domain 链 C 42–245（204 aa）片段：TRFH domain, dimerization domain 链 D 42–245（204 aa）片段：TRFH domain, dimerization domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；289 K；(NH4)2SO4 2.6 M DTT 1 mM MES 0.05 M pH 5.6 MgAc2 10 mM, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.50 Å R-free 0.254
3BUA Crystal Structure of TRF2 TRFH domain and APOLLO peptide complex 提交 2008-01-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 42–245（204 aa）片段：TRFH domain, dimerization domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；289 K；(NH4)2SO4 2.6 M DTT 1 mM MES 0.05 M pH 5.6 MgAc2 10 mM, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.50 Å R-free 0.254
3BUA Crystal Structure of TRF2 TRFH domain and APOLLO peptide complex 提交 2008-01-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 42–245（204 aa）片段：TRFH domain, dimerization domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；289 K；(NH4)2SO4 2.6 M DTT 1 mM MES 0.05 M pH 5.6 MgAc2 10 mM, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.50 Å R-free 0.254
3BUA Crystal Structure of TRF2 TRFH domain and APOLLO peptide complex 提交 2008-01-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 42–245（204 aa）片段：TRFH domain, dimerization domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；289 K；(NH4)2SO4 2.6 M DTT 1 mM MES 0.05 M pH 5.6 MgAc2 10 mM, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.50 Å R-free 0.254
3BUA Crystal Structure of TRF2 TRFH domain and APOLLO peptide complex 提交 2008-01-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 42–245（204 aa）片段：TRFH domain, dimerization domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；289 K；(NH4)2SO4 2.6 M DTT 1 mM MES 0.05 M pH 5.6 MgAc2 10 mM, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.50 Å R-free 0.254
3K6G Crystal structure of Rap1 and TRF2 complex 提交 2009-10-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 275–316（42 aa）片段：TRF2 (residues 275-316)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；277 K；20% PEG2K, 16% isopropanol, 0.1 M sodium Citrate, 10 mM DTT, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.95 Å R-free 0.236
3K6G Crystal structure of Rap1 and TRF2 complex 提交 2009-10-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 275–316（42 aa）片段：TRF2 (residues 275-316)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；277 K；20% PEG2K, 16% isopropanol, 0.1 M sodium Citrate, 10 mM DTT, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.95 Å R-free 0.236
3K6G Crystal structure of Rap1 and TRF2 complex 提交 2009-10-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 275–316（42 aa）片段：TRF2 (residues 275-316)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；277 K；20% PEG2K, 16% isopropanol, 0.1 M sodium Citrate, 10 mM DTT, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.95 Å R-free 0.236
3SJM Crystal Structure Analysis of TRF2-Dbd-DNA complex 提交 2011-06-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 441–500（60 aa）链 B 441–500（60 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；50 mM HEPES, pH 7.5, 1 mM spermine, 2 M ammonium sulfate and 40 mM Mg(OAc)2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.35 Å R-free 0.208
4M7C Crystal structure of the TRF2-binding motif of SLX4 in complex with the TRFH domain of TRF2 提交 2013-08-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 45–244（200 aa）片段：TRFH domain, UNP residues 45-244 链 B 45–244（200 aa）片段：TRFH domain, UNP residues 45-244	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；277 K；10% PEG 4000, 0.1M HEPES, pH 7.4, 100mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.05 Å R-free 0.262
4RQI Structure of TRF2/RAP1 secondary interaction binding site 提交 2014-11-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 85–287（203 aa）片段：TRFH: residues 43-245 链 B 85–287（203 aa）片段：TRFH: residues 43-245	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；PEGmme 550, Hepes buffer, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.44 Å R-free 0.241
4RQI Structure of TRF2/RAP1 secondary interaction binding site 提交 2014-11-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 85–287（203 aa）片段：TRFH: residues 43-245 链 D 85–287（203 aa）片段：TRFH: residues 43-245	未记录	GOL GLYCEROL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；PEGmme 550, Hepes buffer, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.44 Å R-free 0.241
5WQD Crystal structure of TRF2 TRFH in complex with an NBS1 peptide 提交 2016-11-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 84–287（204 aa）片段：UNP residues 84-287	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MES, 20% PEG8000, 2mM DTT	分辨率 3.00 Å R-free 0.284
5WQD Crystal structure of TRF2 TRFH in complex with an NBS1 peptide 提交 2016-11-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 84–287（204 aa）片段：UNP residues 84-287	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MES, 20% PEG8000, 2mM DTT	分辨率 3.00 Å R-free 0.284
5WQD Crystal structure of TRF2 TRFH in complex with an NBS1 peptide 提交 2016-11-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 84–287（204 aa）片段：UNP residues 84-287	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MES, 20% PEG8000, 2mM DTT	分辨率 3.00 Å R-free 0.284
5WQD Crystal structure of TRF2 TRFH in complex with an NBS1 peptide 提交 2016-11-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 84–287（204 aa）片段：UNP residues 84-287	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MES, 20% PEG8000, 2mM DTT	分辨率 3.00 Å R-free 0.284
5WQD Crystal structure of TRF2 TRFH in complex with an NBS1 peptide 提交 2016-11-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 84–287（204 aa）片段：UNP residues 84-287	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MES, 20% PEG8000, 2mM DTT	分辨率 3.00 Å R-free 0.284
5WQD Crystal structure of TRF2 TRFH in complex with an NBS1 peptide 提交 2016-11-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 84–287（204 aa）片段：UNP residues 84-287	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MES, 20% PEG8000, 2mM DTT	分辨率 3.00 Å R-free 0.284
5WQD Crystal structure of TRF2 TRFH in complex with an NBS1 peptide 提交 2016-11-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 84–287（204 aa）片段：UNP residues 84-287	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MES, 20% PEG8000, 2mM DTT	分辨率 3.00 Å R-free 0.284
5XYF Crystal structure of the human TIN2-TPP1-TRF2 telomeric complex 提交 2017-07-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 392–408（17 aa）片段：UNP RESIDUES 392-408	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1M Tris-HCl, pH 8.5, 0.2M Magnesium chloride, 25% PEG 3350, 2mM DTT	分辨率 2.20 Å R-free 0.227
6J67 Crystal structure of the compound 34 in a complex with TRF2 提交 2019-01-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 84–287（204 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；30% PEG3350, 100mM MgF, 100 mM Tris-HCl, PH 8.5	分辨率 2.05 Å R-free 0.222
7C5D Crystal structure of TRF2 TRFH domain in complex with a MCPH1 peptide 提交 2020-05-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 84–287（204 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；293 K；30% PEG400, 100 mM CHES-NaOH, pH 9.5	分辨率 2.15 Å R-free 0.235
7C5D Crystal structure of TRF2 TRFH domain in complex with a MCPH1 peptide 提交 2020-05-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 84–287（204 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；293 K；30% PEG400, 100 mM CHES-NaOH, pH 9.5	分辨率 2.15 Å R-free 0.235
9Q9J Cryo-EM structure of human Mre11-Rad50-Nbs1 (MRN) complex bound to DNA and telomeric factor TRF2 fragment (438-542) 提交 2025-02-26	构建体不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 J 438–542（105 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25mM Hepes-NaOH, pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM DTT, 1 mM ATP, 1mM BeF3, 5 mM MgCl2, 1 mM MnCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.71 Å
9Q9K Cryo-EM structure of human Mre11-Rad50 (MR) complex bound to DNA and telomeric factor TRF2 fragment (438-542) 提交 2025-02-26	构建体不同突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 J 438–542（105 aa）链 K 438–542（105 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25mM Hepes-NaOH, pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM DTT, 1 mM ATP, 1mM BeF3, 5 mM MgCl2, 1 mM MnCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.59 Å

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UniProt名称	TERF2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 6–546； UniProt 1–542

Nibrin

Homo sapiens

UniProt O60934

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 6 DNA 2 PDB 声明：octameric（8）与全部聚合物数一致	链 F； UniProt 1–754	未记录	Telomeric repeat-binding factor 2 × 1 （Q15554） DNA (64-MER) × 1 DNA (64-MER) × 1 DNA repair protein RAD50 × 2 （Q92878） Double-strand break repair protein MRE11 × 2 （P49959） MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；25mM Hepes-NaOH, pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM DTT, 1 mM ATP, 1mM BeF3, 5 mM MgCl2, 1 mM MnCl2 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.81 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9Q9M	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5WQD Crystal structure of TRF2 TRFH in complex with an NBS1 peptide 提交 2016-11-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 423–438（16 aa）片段：UNP residues 423-438	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MES, 20% PEG8000, 2mM DTT	分辨率 3.00 Å R-free 0.284
5WQD Crystal structure of TRF2 TRFH in complex with an NBS1 peptide 提交 2016-11-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 423–438（16 aa）片段：UNP residues 423-438	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MES, 20% PEG8000, 2mM DTT	分辨率 3.00 Å R-free 0.284
5WQD Crystal structure of TRF2 TRFH in complex with an NBS1 peptide 提交 2016-11-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 J 423–438（16 aa）片段：UNP residues 423-438	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MES, 20% PEG8000, 2mM DTT	分辨率 3.00 Å R-free 0.284
5WQD Crystal structure of TRF2 TRFH in complex with an NBS1 peptide 提交 2016-11-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 K 423–438（16 aa）片段：UNP residues 423-438	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MES, 20% PEG8000, 2mM DTT	分辨率 3.00 Å R-free 0.284
5WQD Crystal structure of TRF2 TRFH in complex with an NBS1 peptide 提交 2016-11-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 423–438（16 aa）片段：UNP residues 423-438	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MES, 20% PEG8000, 2mM DTT	分辨率 3.00 Å R-free 0.284
5WQD Crystal structure of TRF2 TRFH in complex with an NBS1 peptide 提交 2016-11-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 M 423–438（16 aa）片段：UNP residues 423-438	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MES, 20% PEG8000, 2mM DTT	分辨率 3.00 Å R-free 0.284
5WQD Crystal structure of TRF2 TRFH in complex with an NBS1 peptide 提交 2016-11-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 N 423–438（16 aa）片段：UNP residues 423-438	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MES, 20% PEG8000, 2mM DTT	分辨率 3.00 Å R-free 0.284
7SID Human ATM Dimer Bound to Nbs1 提交 2021-10-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 727–754（28 aa）链 D 727–754（28 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.53 Å
8BAH Human Mre11-Nbs1 complex 提交 2022-10-11	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–754（754 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7；20 mM HEPES (pH 7.0), 140 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 1 mM MnCl2, 0.020 mM ZnCl2, 0.2 mM TCEP, 2 mM ATPgS, plus 0.05 percent beta-OG cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.13 Å
9Q9I Cryo-EM structure of human Mre11-Rad50-Nbs1 complex bound to DNA 提交 2025-02-26	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric	链 F 1–754（754 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25mM Hepes-NaOH, pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM DTT, 1 mM ATP, 1mM BeF3, 5 mM MgCl2, 1 mM MnCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.79 Å
9Q9J Cryo-EM structure of human Mre11-Rad50-Nbs1 (MRN) complex bound to DNA and telomeric factor TRF2 fragment (438-542) 提交 2025-02-26	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 F 1–754（754 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25mM Hepes-NaOH, pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM DTT, 1 mM ATP, 1mM BeF3, 5 mM MgCl2, 1 mM MnCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.71 Å
9ULO Cryo-EM structure of Human Mre11-Nbs1 complex 提交 2025-04-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–754（754 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.91 Å

共 6 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NBN_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–754； UniProt 1–754

DNA repair protein RAD50

Homo sapiens

UniProt Q92878

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 6 DNA 2 PDB 声明：octameric（8）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–1312 链 B； UniProt 1–1312	未记录	Telomeric repeat-binding factor 2 × 1 （Q15554） DNA (64-MER) × 1 DNA (64-MER) × 1 Nibrin × 1 （O60934） Double-strand break repair protein MRE11 × 2 （P49959） MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；25mM Hepes-NaOH, pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM DTT, 1 mM ATP, 1mM BeF3, 5 mM MgCl2, 1 mM MnCl2 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.81 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9Q9M	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5GOX Eukaryotic Rad50 Functions as A Rod-shaped Dimer 提交 2016-07-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 585–766（182 aa）片段：UNP residues 585-766 链 B 585–766（182 aa）片段：UNP residues 585-766	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 3 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.7；291 K；28 - 30% PEG 600, 0.1 M bis-tris propane, 3% 1, 6-hexanediol, 5 mM DTT	分辨率 2.40 Å R-free 0.271
9Q9H Cryo-EM structure of human Mre11-Rad50 complex bound to DNA 提交 2025-02-26	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 1–1312（1312 aa）链 B 1–1312（1312 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25mM Hepes-NaOH, pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM DTT, 1 mM ATP, 1mM BeF3, 5 mM MgCl2, 1 mM MnCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.11 Å
9Q9I Cryo-EM structure of human Mre11-Rad50-Nbs1 complex bound to DNA 提交 2025-02-26	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric	链 A 1–1312（1312 aa）链 B 1–1312（1312 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25mM Hepes-NaOH, pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM DTT, 1 mM ATP, 1mM BeF3, 5 mM MgCl2, 1 mM MnCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.79 Å
9Q9J Cryo-EM structure of human Mre11-Rad50-Nbs1 (MRN) complex bound to DNA and telomeric factor TRF2 fragment (438-542) 提交 2025-02-26	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 A 1–1312（1312 aa）链 B 1–1312（1312 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25mM Hepes-NaOH, pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM DTT, 1 mM ATP, 1mM BeF3, 5 mM MgCl2, 1 mM MnCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.71 Å
9Q9K Cryo-EM structure of human Mre11-Rad50 (MR) complex bound to DNA and telomeric factor TRF2 fragment (438-542) 提交 2025-02-26	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 A 1–1312（1312 aa）链 B 1–1312（1312 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25mM Hepes-NaOH, pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM DTT, 1 mM ATP, 1mM BeF3, 5 mM MgCl2, 1 mM MnCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.59 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RAD50_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1312； UniProt 1–1312 作者链 B； PDB构建体 1–1312； UniProt 1–1312

Double-strand break repair protein MRE11

Homo sapiens

UniProt P49959

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 6 DNA 2 PDB 声明：octameric（8）与全部聚合物数一致	链 D； UniProt 1–708 链 E； UniProt 1–708	未记录	Telomeric repeat-binding factor 2 × 1 （Q15554） DNA (64-MER) × 1 DNA (64-MER) × 1 Nibrin × 1 （O60934） DNA repair protein RAD50 × 2 （Q92878） MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；25mM Hepes-NaOH, pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM DTT, 1 mM ATP, 1mM BeF3, 5 mM MgCl2, 1 mM MnCl2 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.81 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9Q9M	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3T1I Crystal Structure of Human Mre11: Understanding Tumorigenic Mutations 提交 2011-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–411（411 aa）片段：UNP residues 1-411 链 B 1–411（411 aa）片段：UNP residues 1-411	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MN MANGANESE (II) ION × 4 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 2 GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.8；291 K；14% PEG 3350, 0.1M Bicne, 0.5mM manganese chloride, 2mM Dithiothreitol, 4mM Glutathione, pH 8.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.00 Å R-free 0.250
3T1I Crystal Structure of Human Mre11: Understanding Tumorigenic Mutations 提交 2011-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–411（411 aa）片段：UNP residues 1-411 链 D 1–411（411 aa）片段：UNP residues 1-411	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MN MANGANESE (II) ION × 4 GOL GLYCEROL × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.8；291 K；14% PEG 3350, 0.1M Bicne, 0.5mM manganese chloride, 2mM Dithiothreitol, 4mM Glutathione, pH 8.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.00 Å R-free 0.250
8BAH Human Mre11-Nbs1 complex 提交 2022-10-11	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–708（708 aa）链 B 1–708（708 aa）	突变：H129N 突变：H129N	MN MANGANESE (II) ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7；20 mM HEPES (pH 7.0), 140 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 1 mM MnCl2, 0.020 mM ZnCl2, 0.2 mM TCEP, 2 mM ATPgS, plus 0.05 percent beta-OG cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.13 Å
8K00 RPA70N-MRE11 fusion 提交 2023-07-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 538–563（26 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；Ammonium sulate	分辨率 1.40 Å R-free 0.199
9Q9H Cryo-EM structure of human Mre11-Rad50 complex bound to DNA 提交 2025-02-26	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 D 1–708（708 aa）链 E 1–708（708 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25mM Hepes-NaOH, pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM DTT, 1 mM ATP, 1mM BeF3, 5 mM MgCl2, 1 mM MnCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.11 Å
9Q9I Cryo-EM structure of human Mre11-Rad50-Nbs1 complex bound to DNA 提交 2025-02-26	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric	链 D 1–708（708 aa）链 E 1–708（708 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25mM Hepes-NaOH, pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM DTT, 1 mM ATP, 1mM BeF3, 5 mM MgCl2, 1 mM MnCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.79 Å
9Q9J Cryo-EM structure of human Mre11-Rad50-Nbs1 (MRN) complex bound to DNA and telomeric factor TRF2 fragment (438-542) 提交 2025-02-26	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 D 1–708（708 aa）链 E 1–708（708 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25mM Hepes-NaOH, pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM DTT, 1 mM ATP, 1mM BeF3, 5 mM MgCl2, 1 mM MnCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.71 Å
9Q9K Cryo-EM structure of human Mre11-Rad50 (MR) complex bound to DNA and telomeric factor TRF2 fragment (438-542) 提交 2025-02-26	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 D 1–708（708 aa）链 E 1–708（708 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25mM Hepes-NaOH, pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM DTT, 1 mM ATP, 1mM BeF3, 5 mM MgCl2, 1 mM MnCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.59 Å
9ULO Cryo-EM structure of Human Mre11-Nbs1 complex 提交 2025-04-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–708（708 aa）链 B 1–708（708 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.91 Å

共 8 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MRE11_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–708； UniProt 1–708 作者链 E； PDB构建体 1–708； UniProt 1–708

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9q9m
沉积日期 deposition_date	2025-02-26
最后修订 last_revision	2025-10-01
结构标题 title	Cryo-EM structure of human Mre11-Rad50-Nbs1 (MRN) complex bound to DNA and telomeric factor TRF2
关键词 keywords	Mre11-Rad50-Nbs1-TRF2 complex, double-strand DNA break repair protein, nuclease, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.99 Å
零角强度 I(0) i0	988284000.00
分子量 molecular_weight	247940.0 kDa
排除体积 excluded_volume	305840 Å³
包络体积 envelope_volume	415700 Å³
水化壳体积 shell_volume	79071 Å³
包络直径 envelope_diameter	173.3 Å
壳层 Rg shell_rg	48.18 Å
包络 Rg envelope_rg	44.71 Å
形状 Rg shape_rg	44.03 Å
总 Rg total_rg	44.05 Å
总原子数 total_atoms	17347
残基数 n_residues	2045
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	161.5 Å
Rg (实空间) rg_real	43.91 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.78 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.8830e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8480e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.70 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	988100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8095
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	157.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.649
峰度 Kurtosis kurtosis	0.479
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	147000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.554; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.972; Smooth: 0.885

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Telomeric repeat-binding factor 2
分子量 formula_weight	61694.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J
原子数 atom_count	17361

GPASGMAAGAGTAGPASGPGVVRDPAASQPRKRPGREGGEGARRSDTMAGGGGSSDGSGRAAGRRASRSSGRARRGRHEPGLGGPAERGAGEARLEEAVNRWVLKFYFHEALRAFRGSRYGDFRQIRDIMQALLVRPLGKEHTVSRLLRVMQCLSRIEEGENLDCSFDMEAELTPLESAINVLEMIKTEFTLTEAVVESSRKLVKEAAVIICIKNKEFEKASKILKKHMSKDPTTQKLRNDLLNIIREKNLAHPVIQNFSYETFQQKMLRFLESHLDDAEPYLLTMAKKALKSESAASSTGKEDKQPAPGPVEKPPREPARQLRNPPTTIGMMTLKAAFKTLSGAQDSEAAFAKLDQKDLVLPTQALPASPALKNKRPRKDENESSAPADGEGGSELQPKNKRMTISRLVLEEDSQSTEPSAGLNSSQEAASAPPSKPTVLNQPLPGEKNPKVPKGKWNSSNGVEEKETWVEEDELFQVQAPDEDSTTNITKKQKWTVEESEWVKAGVQKYGEGNWAAISKNYPFVNRTAVMIKDRWRTMKRLGMNSLEHHHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA (64-MER)
分子量 formula_weight	19423.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	P

TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA (64-MER)
分子量 formula_weight	20000.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	T

AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Nibrin
分子量 formula_weight	85073.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MWKLLPAAGPAGGEPYRLLTGVEYVVGRKNCAILIENDQSISRNHAVLTANFSVTNLSQTDEIPVLTLKDNSKYGTFVNEEKMQNGFSRTLKSGDGITFGVFGSKFRIEYEPLVACSSCLDVSGKTALNQAILQLGGFTVNNWTEECTHLVMVSVKVTIKTICALICGRPIVKPEYFTEFLKAVESKKQPPQIESFYPPLDEPSIGSKNVDLSGRQERKQIFKGKTFIFLNAKQHKKLSSAVVFGGGEARLITEENEEEHNFFLAPGTCVVDTGITNSQTLIPDCQKKWIQSIMDMLQRQGLRPIPEAEIGLAVIFMTTKNYCDPQGHPSTGLKTTTPGPSLSQGVSVDEKLMPSAPVNTTTYVADTESEQADTWDLSERPKEIKVSKMEQKFRMLSQDAPTVKESCKTSSNNNSMVSNTLAKMRIPNYQLSPTKLPSINKSKDRASQQQQTNSIRNYFQPSTKKRERDEENQEMSSCKSARIETSCSLLEQTQPATPSLWKNKEQHLSENEPVDTNSDNNLFTDTDLKSIVKNSASKSHAAEKLRSNKKREMDDVAIEDEVLEQLFKDTKPELEIDVKVQKQEEDVNVRKRPRMDIETNDTFSDEAVPESSKISQENEIGKKRELKEDSLWSAKEISNNDKLQDDSEMLPKKLLLTEFRSLVIKNSTSRNPSGINDDYGQLKNFKKFKKVTYPGAGKLPHIIGGSDLIAHHARKNTELEEWLRQEMEVQNQHAKEESLADDLFRYNPYLKRRR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	DNA repair protein RAD50
分子量 formula_weight	154150.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

MSRIEKMSILGVRSFGIEDKDKQIITFFSPLTILVGPNGAGKTTIIECLKYICTGDFPPGTKGNTFVHDPKVAQETDVRAQIRLQFRDVNGELIAVQRSMVCTQKSKKTEFKTLEGVITRTKHGEKVSLSSKCAEIDREMISSLGVSKAVLNNVIFCHQEDSNWPLSEGKALKQKFDEIFSATRYIKALETLRQVRQTQGQKVKEYQMELKYLKQYKEKACEIRDQITSKEAQLTSSKEIVKSYENELDPLKNRLKEIEHNLSKIMKLDNEIKALDSRKKQMEKDNSELEEKMEKVFQGTDEQLNDLYHNHQRTVREKERKLVDCHRELEKLNKESRLLNQEKSELLVEQGRLQLQADRHQEHIRARDSLIQSLATQLELDGFERGPFSERQIKNFHKLVRERQEGEAKTANQLMNDFAEKETLKQKQIDEIRDKKTGLGRIIELKSEILSKKQNELKNVKYELQQLEGSSDRILELDQELIKAERELSKAEKNSNVETLKMEVISLQNEKADLDRTLRKLDQEMEQLNHHTTTRTQMEMLTKDKADKDEQIRKIKSRHSDELTSLLGYFPNKKQLEDWLHSKSKEINQTRDRLAKLNKELASSEQNKNHINNELKRKEEQLSSYEDKLFDVCGSQDFESDLDRLKEEIEKSSKQRAMLAGATAVYSQFITQLTDENQSCCPVCQRVFQTEAELQEVISDLQSKLRLAPDKLKSTESELKKKEKRRDEMLGLVPMRQSIIDLKEKEIPELRNKLQNVNRDIQRLKNDIEEQETLLGTIMPEEESAKVCLTDVTIMERFQMELKDVERKIAQQAAKLQGIDLDRTVQQVNQEKQEKQHKLDTVSSKIELNRKLIQDQQEQIQHLKSTTNELKSEKLQISTNLQRRQQLEEQTVELSTEVQSLYREIKDAKEQVSPLETTLEKFQQEKEELINKKNTSNKIAQDKLNDIKEKVKNIHGYMKDIENYIQDGKDDYKKQKETELNKVIAQLSECEKHKEKINEDMRLMRQDIDTQKIQERWLQDNLTLRKRNEELKEVEEERKQHLKEMGQMQVLQMKSEHQKLEENIDNIKRNHNLALGRQKGYEEEIIHFKKELREPQFRDAEEKYREMMIVMRTTELVNKDLDIYYKTLDQAIMKFHSMKMEEINKIIRDLWRSTYRGQDIEYIEIRSDADENVSASDKRRNYNYRVVMLKGDTALDMRGRCSAGQKVLASLIIRLALAETFCLNCGIIALDEPTTNLDRENIESLAHALVEIIKSRSQQRNFQLLVITHDEDFVELLGRSEYVEKFYRIKKNIDQCSEIVKCSVSSLGFNVH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Double-strand break repair protein MRE11
分子量 formula_weight	84032.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E

MSTADALDDENTFKILVATDIHLGFMEKDAVRGNDTFVTLDEILRLAQENEVDFILLGGDLFHENKPSRKTLHTCLELLRKYCMGDRPVQFEILSDQSVNFGFSKFPWVNYQDGNLNISIPVFSIHGNHDDPTGADALCALDILSCAGFVNHFGRSMSVEKIDISPVLLQKGSTKIALYGLGSIPDERLYRMFVNKKVTMLRPKEDENSWFNLFVIHQNRSKHGSTNFIPEQFLDDFIDLVIWGHEHECKIAPTKNEQQLFYISQPGSSVVTSLSPGEAVKKHVGLLRIKGRKMNMHKIPLHTVRQFFMEDIVLANHPDIFNPDNPKVTQAIQSFCLEKIEEMLENAERERLGNSHQPEKPLVRLRVDYSGGFEPFSVLRFSQKFVDRVANPKDIIHFFRHREQKEKTGEEINFGKLITKPSEGTTLRVEDLVKQYFQTAEKNVQLSLLTERGMGEAVQEFVDKEEKDAIEELVKYQLEKTQRFLKERHIDALEDKIDEEVRRFRETRQKNTNEEDDEVREAMTRARALRSQSEESASAFSADDLMSIDLAEQMANDSDDSISAATNKGRGRGRGRRGGRGQNSASRGGSQRGRADTGLETSTRSRNSKTAVSASRNMSIIDAFKSTRQQPSRNVTTKNYSEVIEVDESDVEEDIFPTTSKTDQRWSSTSSSKIMSQSQVSKGVDFESSEDDDDDPFMNTSSLRRNRRSGGSLEVLFQGPDYKDDDDKGTDYKDDDDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
分子量 formula_weight	66.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 11 Entity 11 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.81 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	208916

fit	/app/data/saxs_computation/q9/9q9m/9q9m.fit
pddf	/app/data/pr_computation/q9/9q9m/9q9m.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/q9/9q9m/9q9m.dat

Cryo-EM structure of human Mre11-Rad50-Nbs1 (MRN) complex bound to DNA and telomeric factor TRF2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Telomeric repeat-binding factor 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Nibrin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA repair protein RAD50

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Double-strand break repair protein MRE11

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)