9qgy

Structure of the YbjP lipoprotein bound to the MacAB-TolC tripartite efflux pump

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Outer membrane protein TolC

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 14	Uncharacterized lipoprotein YbjP × 3 （P75818） Macrolide export protein MacA × 6 （P75830） Macrolide export ATP-binding/permease protein MacB × 2 （P75831） CHLORIDE ION × 3 (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate × 3 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TOLC_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–471； UniProt 23–493 作者链 B； PDB构建体 1–471； UniProt 23–493 作者链 C； PDB构建体 1–471； UniProt 23–493

Uncharacterized lipoprotein YbjP

Escherichia coli

UniProt P75818

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 14	Outer membrane protein TolC × 3 （P02930） Macrolide export protein MacA × 6 （P75830） Macrolide export ATP-binding/permease protein MacB × 2 （P75831） CHLORIDE ION × 3 (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate × 3 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	YBJP_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–153； UniProt 19–171 作者链 E； PDB构建体 1–153； UniProt 19–171 作者链 F； PDB构建体 1–153； UniProt 19–171

Macrolide export protein MacA

Escherichia coli

UniProt P75830

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 14	Outer membrane protein TolC × 3 （P02930） Uncharacterized lipoprotein YbjP × 3 （P75818） Macrolide export ATP-binding/permease protein MacB × 2 （P75831） CHLORIDE ION × 3 (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate × 3 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MACA_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–371； UniProt 1–371 作者链 H； PDB构建体 1–371； UniProt 1–371 作者链 I； PDB构建体 1–371； UniProt 1–371 作者链 J； PDB构建体 1–371； UniProt 1–371 作者链 K； PDB构建体 1–371； UniProt 1–371 作者链 L； PDB构建体 1–371； UniProt 1–371

Macrolide export ATP-binding/permease protein MacB

Escherichia coli

UniProt P75831

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 14	Outer membrane protein TolC × 3 （P02930） Uncharacterized lipoprotein YbjP × 3 （P75818） Macrolide export protein MacA × 6 （P75830） CHLORIDE ION × 3 (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate × 3 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MACB_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–209； UniProt 299–507 作者链 N； PDB构建体 1–209； UniProt 299–507

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9qgy
沉积日期 deposition_date	2025-03-14
结构标题 title	Structure of the YbjP lipoprotein bound to the MacAB-TolC tripartite efflux pump
关键词 keywords	multi-drug efflux pump, MacAB-TolC, AcrABZ-TolC, type I secretion, lipoprotein, membrane protein assembly, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9qgy__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9qgy__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9qgy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	83.56 Å
Rg（电子密度）	85.04 Å
总 Rg	84.53 Å
原子数	64967
残基数	4198
排除体积	575720 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9qgy__assembly_1__model_1`	14-meric （14）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Outer membrane protein TolC
分子量 formula_weight	51495.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	64989

ENLMQVYQQARLSNPELRKSAADRDAAFEKINEARSPLLPQLGLGADYTYSNGYRDANGINSNATSASLQLTQSIFDMSKWRALTLQEKAAGIQDVTYQTDQQTLILNTATAYFNVLNAIDVLSYTQAQKEAIYRQLDQTTQRFNVGLVAITDVQNARAQYDTVLANEVTARNNLDNAVEQLRQITGNYYPELAALNVENFKTDKPQPVNALLKEAEKRNLSLLQARLSQDLAREQIRQAQDGHLPTLDLTASTGISDTSYSGSKTRGAAGTQYDDSNMGQNKVGLSFSLPIYQGGMVNSQVKQAQYNFVGASEQLESAHRSVVQTVRSSFNNINASISSINAYKQAVVSAQSSLDAMEAGYSVGTRTIVDVLDATTTLYNAKQELANARYNYLINQLNIKSALGTLNEQDLLALNNALSKPVSTNPENVAPQTPEQNAIADGYAPDSPAPVVQQTSARTTTSNGHNPFRN

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Uncharacterized lipoprotein YbjP
分子量 formula_weight	17004.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

CTTVTPAYKDNGTRSGPCVEGGPDNVAQQFYDYRILHRSNDITALRPYLSDKLATLLSDASRDNNHRELLTNDPFSSRTTLPDSAHVASASTIPNRDARNIPLRVDLKQGDQGWQDEVLMIQEGQCWVIDDVRYLGGSVHATAGTLRQSIENR

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Macrolide export protein MacA
分子量 formula_weight	40672.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H,I,J,K,L

MKKRKTVKKRYVIALVIVIAGLITLWRILNAPVPTYQTLIVRPGDLQQSVLATGKLDALRKVDVGAQVSGQLKTLSVAIGDKVKKDQLLGVIDPEQAENQIKEVEATLMELRAQRQQAEAELKLARVTYSRQQRLAQTKAVSQQDLDTAATEMAVKQAQIGTIDAQIKRNQASLDTAKTNLDYTRIVAPMAGEVTQITTLQGQTVIAAQQAPNILTLADMSAMLVKAQVSEADVIHLKPGQKAWFTVLGDPLTRYEGQIKDVLPTPEKVNDAIFYYARFEVPNPNGLLRLDMTAQVHIQLTDVKNVLTIPLSALGDPVGDNRYKVKLLRNGETREREVTIGARNDTDVEIVKGLEAGDEVVIGEAKPGAAQ

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Macrolide export ATP-binding/permease protein MacB
分子量 formula_weight	23354.3 kDa
EC 编号 ec_number	7.6.2.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,N

MVLADIRSIGTNTIDVYPGKDFGDDDPQYQQALKYDDLIAIQKQPWVASATPAVSQNLRLRYNNVDVAASANGVSGDYFNVYGMTFSEGNTFNQEQLNGRAQVVVLDSNTRRQLFPHKADVVGEVILVGNMPARVIGVAEEKQSMFGSSKVLRVWLPYSTMSGRVMGQSWLNSITVRVKEGFDSAEAEQQLTRLLSLRHGKKDFFTWNM

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	(2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate
分子量 formula_weight	568.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	22

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.480 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.48 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	233775

Structure of the YbjP lipoprotein bound to the MacAB-TolC tripartite efflux pump

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Outer membrane protein TolC

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Uncharacterized lipoprotein YbjP

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Macrolide export protein MacA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Macrolide export ATP-binding/permease protein MacB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9qgy__assembly_1__model_1

9qgy__assembly_1__model_1 | I(q)

9qgy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (1)