9sdf

Structure at 1.9 A resolution of Thermus thermophilus tyrosyl-tRNA synthetase bound to wild-type modified tRNA(Tyr), tyrosine and AMP

Method: X-RAY DIFFRACTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine--tRNA ligase

Thermus thermophilus HB27

UniProt P83453

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 同源多聚体 蛋白 2 RNA 2 Thermus thermophilus tRNA(Tyr)(GUA) (86-MER) × 2 ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2 TYROSINE × 2 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 10 SULFATE ION × 4 PENTAETHYLENE GLYCOL × 10 TRIETHYLENE GLYCOL × 2 MAGNESIUM ION × 2 water × 4 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SYY_THET2
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–432; UniProt 1–432

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9sdf
沉积日期 deposition_date2025-08-13
结构标题 titleStructure at 1.9 A resolution of Thermus thermophilus tyrosyl-tRNA synthetase bound to wild-type modified tRNA(Tyr), tyrosine and AMP
关键词 keywordsaminoacyl-tRNA synthetase, ligase, tRNA, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9sdf__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9sdf__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

9sdf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)40.39 Å
Rg(电子密度)40.43 Å
总 Rg40.59 Å
原子数19828
残基数1012
排除体积179690 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 9sdf__assembly_1__model_1 tetrameric (4) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

7. 引用文献 (1)