SAXSdb — 9tfu

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

F-box/WD repeat-containing protein 1A

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 222–584	未记录	Cyclic AMP-dependent transcription factor ATF-4 × 1 （P18848）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEGMME2K, 0.1 M Bis-tris pH 6.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.236

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9TFU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1P22 Structure of a beta-TrCP1-Skp1-beta-catenin complex: destruction motif binding and lysine specificity on the SCFbeta-TrCP1 ubiquitin ligase 提交 2003-04-14	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 175–605（431 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；298 K；PEG4000, sodium citrate, Bis-Tris Propane, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.95 Å R-free 0.286
2P64 D domain of b-TrCP 提交 2007-03-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 128–177（50 aa）片段：D domain 链 B 128–177（50 aa）片段：D domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CD CADMIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；200 mM MgCl2, 5 mM CdCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.267
6M90 Monophosphorylated pSer33 b-Catenin peptide, b-TrCP/Skp1, NRX-2776 ternary complex 提交 2018-08-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 175–605（431 aa）	未记录	J91 2-(2-fluorophenoxy)-3-{[2-oxo-6-(trifluoromethyl)-1,2-dihydropyridine-3-carbonyl]amino}benzoic acid × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；8% PEG 4000 0.1M BTP pH 5.5	分辨率 2.05 Å R-free 0.212
6M91 Monophosphorylated pSer33 b-Catenin peptide, b-TrCP/Skp1, NRX-103094 ternary complex 提交 2018-08-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 175–605（431 aa）	未记录	J97 3-({4-[(2,6-dichlorophenyl)sulfanyl]-2-oxo-6-(trifluoromethyl)-1,2-dihydropyridine-3-carbonyl}amino)benzoic acid × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；8% PEG 4000 0.1M BTP pH 5.5	分辨率 2.40 Å R-free 0.216
6M92 Monophosphorylated pSer33 b-Catenin peptide, b-TrCP/Skp1, NRX-2663 ternary complex 提交 2018-08-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 175–605（431 aa）	未记录	J8V 3-{[2-oxo-4-phenoxy-6-(trifluoromethyl)-1,2-dihydropyridine-3-carbonyl]amino}benzoic acid × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；8% PEG 4000 0.1M BTP pH 5.5	分辨率 2.35 Å R-free 0.221
6M93 Monophosphorylated pSer33 b-Catenin peptide, b-TrCP/Skp1, NRX-1933 ternary complex 提交 2018-08-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 175–605（431 aa）	未记录	J8Y 2-oxo-N-[3-(1H-tetrazol-5-yl)phenyl]-6-(trifluoromethyl)-1,2-dihydropyridine-3-carboxamide × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；8% PEG 4000 0.1M BTP pH 5.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.230
6M94 Monophosphorylated pSer33 b-Catenin peptide bound to b-TrCP/Skp1 Complex 提交 2018-08-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 175–605（431 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；8% PEG 4000 0.1M BTP pH5.5	分辨率 2.70 Å R-free 0.238
6TTU Ubiquitin Ligation to substrate by a cullin-RING E3 ligase at 3.7A resolution: NEDD8-CUL1-RBX1 N98R-SKP1-monomeric b-TRCP1dD-IkBa-UB~UBE2D2 提交 2019-12-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 T 1–605（605 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.70 Å
9T8Y Crystal structure of beta-TrCP bound by monophosphorylated NRF2 degron peptide. 提交 2025-11-13	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 222–584（363 aa）	突变：L188E, L192E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；19% PEG3350, 0.1 M PCTP pH 6.2	分辨率 1.79 Å R-free 0.265
9T95 Crystal structure of beta-TrCP bound by diphosphorylated NRF2 degron peptide. 提交 2025-11-13	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 222–584（363 aa）	突变：L188E, L192E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25% PEG3350, 0.1 M Na HEPES pH 7.5	分辨率 2.15 Å R-free 0.277
9T9W Crystal structure of beta-TrCP bound by diphosphorylated I-kappa-B-alpha degron peptide 提交 2025-11-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 222–584（363 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；18% PEG8K	分辨率 1.16 Å R-free 0.213
9TDZ Crystal structure of beta-TrCP bound by diphosphorylated claspin degron peptide 提交 2025-11-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 222–584（363 aa）	突变：L188E, L192E	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% PEG4K, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate pH 5.6	分辨率 1.35 Å R-free 0.204
9TES Crystal structure of beta-TrCP bound by diphosphorylated PDCD4 degron peptide 提交 2025-11-26	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 222–584（363 aa）	突变：L188E, L192E	MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG10K, 0.1 M Na-Hepes pH 7.5	分辨率 1.22 Å R-free 0.240
9TG7 Crystal structure of beta-TrCP bound by monophosphorylated WEE1 degron peptide 提交 2025-11-28	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 222–584（363 aa）	突变：L188E, L192E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；297 K；20% PEG10K, 0.1 M Na-Hepes pH 7.5	分辨率 1.68 Å R-free 0.252

共 14 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FBW1A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–365； UniProt 222–584

Cyclic AMP-dependent transcription factor ATF-4

Homo sapiens

UniProt P18848

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 215–227	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	F-box/WD repeat-containing protein 1A × 1 （Q9Y297）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEGMME2K, 0.1 M Bis-tris pH 6.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.236

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9TFU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CI6 TRANSCRIPTION FACTOR ATF4-C/EBP BETA BZIP HETERODIMER 提交 1999-04-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 280–341（62 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 3 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；2.0 M (NH4)2SO4, 100 MM SODIUM CACODYLATE, PH 6.5, 10.0 % DIOXANE AT 15 DEGREES C, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 2.60 Å R-free 0.273
1CI6 TRANSCRIPTION FACTOR ATF4-C/EBP BETA BZIP HETERODIMER 提交 1999-04-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 280–341（62 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 6 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；2.0 M (NH4)2SO4, 100 MM SODIUM CACODYLATE, PH 6.5, 10.0 % DIOXANE AT 15 DEGREES C, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 2.60 Å R-free 0.273
1CI6 TRANSCRIPTION FACTOR ATF4-C/EBP BETA BZIP HETERODIMER 提交 1999-04-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 280–341（62 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 6 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；2.0 M (NH4)2SO4, 100 MM SODIUM CACODYLATE, PH 6.5, 10.0 % DIOXANE AT 15 DEGREES C, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 2.60 Å R-free 0.273
1CI6 TRANSCRIPTION FACTOR ATF4-C/EBP BETA BZIP HETERODIMER 提交 1999-04-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 280–341（62 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 6 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；2.0 M (NH4)2SO4, 100 MM SODIUM CACODYLATE, PH 6.5, 10.0 % DIOXANE AT 15 DEGREES C, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 2.60 Å R-free 0.273

共 1 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ATF4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–13； UniProt 215–227

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9tfu
沉积日期 deposition_date	2025-11-27
结构标题 title	Crystal structure of beta-TrCP bound by monophosphorylated ATF4 degron peptide
关键词 keywords	E3 ligase, phosphodegron, beta-TrCP, ATF4, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.79 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.97 Å
零角强度 I(0) i0	29379200.00
分子量 molecular_weight	40725.0 kDa
排除体积 excluded_volume	50544 Å³
包络体积 envelope_volume	58239 Å³
水化壳体积 shell_volume	23157 Å³
包络直径 envelope_diameter	72.6 Å
壳层 Rg shell_rg	27.77 Å
包络 Rg envelope_rg	21.14 Å
形状 Rg shape_rg	20.96 Å
总 Rg total_rg	21.79 Å
总原子数 total_atoms	2856
残基数 n_residues	357
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	71.3 Å
Rg (实空间) rg_real	21.72 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.43 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.9380e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.8840e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.73 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	29380000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8899
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.288
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.282
角度范围 angular_range	— – 0.3650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9720000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.858; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.995

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	F-box/WD repeat-containing protein 1A
分子量 formula_weight	41829.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3004

GSGMEWKKEIERMVRTDSLWRGLAERRGWGQYLFKNKPPDGNAPPNSFYRALYPKIIQDIETIESNWRCGRHSLQRIHCRSETSKGVYCLQYDDQKIVSGLRDNTIKIWDKNTLECKRILTGHTGSVLCLQYDERVIITGSSDSTVRVWDVNTGEMLNTLIHHCEAVLHLRFNNGMMVTCSKDRSIAVWDMASPTDITLRRVLVGHRAAVNVVDFDDKYIVSASGDRTIKVWNTSTCEFVRTLNGHKRGIACLQYRDRLVVSGSSDNTIRLWDIECGACLRVLEGHEELVRCIRFDNKRIVSGAYDGKIKVWDLVAALDPRAPAGTLCLRTLVEHSGRVFRLQFDEFQIVSSSHDDTILIWDFLN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cyclic AMP-dependent transcription factor ATF-4
分子量 formula_weight	1421.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SDNDSGICMSPES

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	synthetic construct

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	148

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	44.986 Å
晶胞边长 b length_b	47.146 Å
晶胞边长 c length_c	150.913 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.997 Å
最低分辨率 resolution_low	75.460 Å
R 因子 r_factor	0.1968
R_work r_work	0.1945
R_free r_free	0.2356

fit	/app/data/saxs_computation/tf/9tfu/9tfu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tf/9tfu/9tfu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tf/9tfu/9tfu.dat

Crystal structure of beta-TrCP bound by monophosphorylated ATF4 degron peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

F-box/WD repeat-containing protein 1A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Cyclic AMP-dependent transcription factor ATF-4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)