9ujs

RNA polymerase II elongation complex stalled at SHL(-4) of the H3-H4 octasome

Method: ELECTRON MICROSCOPY

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 20 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （C4QZQ7） RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core × 1 （C4R7L2） RNA polymerase II subunit B32 × 1 （C4R2U9） RNA polymerase subunit ABC27, common to RNA polymerases I, II, and III × 1 （C4R3P8） RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III × 1 （C4R1V1） RNA polymerase II subunit × 1 （C4R9A1） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （C4R273） DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （F2QPE6） RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III × 1 （C4R009） RNA polymerase II subunit B12.5 × 1 （C4R3Z5） RNA polymerase subunit ABC10-alpha × 1 （F2QMI1） ;RNA (5'-R(PGPUPGPGPCPCPGPUPUPUP*U)-3') ; × 1 DNA (198-MER) × 1 DNA (198-MER) × 1 Histone H3.1 × 4 （P68431） Histone H4 × 4 （P62805）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	C4R4Y0_KOMPG
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1743； UniProt 1–1743

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

物种未注明

UniProt C4QZQ7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 20 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （C4R4Y0） RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core × 1 （C4R7L2） RNA polymerase II subunit B32 × 1 （C4R2U9） RNA polymerase subunit ABC27, common to RNA polymerases I, II, and III × 1 （C4R3P8） RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III × 1 （C4R1V1） RNA polymerase II subunit × 1 （C4R9A1） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （C4R273） DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （F2QPE6） RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III × 1 （C4R009） RNA polymerase II subunit B12.5 × 1 （C4R3Z5） RNA polymerase subunit ABC10-alpha × 1 （F2QMI1） ;RNA (5'-R(PGPUPGPGPCPCPGPUPUPUP*U)-3') ; × 1 DNA (198-MER) × 1 DNA (198-MER) × 1 Histone H3.1 × 4 （P68431） Histone H4 × 4 （P62805）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	C4QZQ7_KOMPG
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–1227； UniProt 1–1227

RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core

物种未注明

UniProt C4R7L2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 20 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （C4R4Y0） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （C4QZQ7） RNA polymerase II subunit B32 × 1 （C4R2U9） RNA polymerase subunit ABC27, common to RNA polymerases I, II, and III × 1 （C4R3P8） RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III × 1 （C4R1V1） RNA polymerase II subunit × 1 （C4R9A1） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （C4R273） DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （F2QPE6） RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III × 1 （C4R009） RNA polymerase II subunit B12.5 × 1 （C4R3Z5） RNA polymerase subunit ABC10-alpha × 1 （F2QMI1） ;RNA (5'-R(PGPUPGPGPCPCPGPUPUPUP*U)-3') ; × 1 DNA (198-MER) × 1 DNA (198-MER) × 1 Histone H3.1 × 4 （P68431） Histone H4 × 4 （P62805）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	C4R7L2_KOMPG
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–304； UniProt 1–304

RNA polymerase II subunit B32

物种未注明

UniProt C4R2U9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 20 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （C4R4Y0） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （C4QZQ7） RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core × 1 （C4R7L2） RNA polymerase subunit ABC27, common to RNA polymerases I, II, and III × 1 （C4R3P8） RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III × 1 （C4R1V1） RNA polymerase II subunit × 1 （C4R9A1） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （C4R273） DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （F2QPE6） RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III × 1 （C4R009） RNA polymerase II subunit B12.5 × 1 （C4R3Z5） RNA polymerase subunit ABC10-alpha × 1 （F2QMI1） ;RNA (5'-R(PGPUPGPGPCPCPGPUPUPUP*U)-3') ; × 1 DNA (198-MER) × 1 DNA (198-MER) × 1 Histone H3.1 × 4 （P68431） Histone H4 × 4 （P62805）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	C4R2U9_KOMPG
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–186； UniProt 1–186

RNA polymerase subunit ABC27, common to RNA polymerases I, II, and III

物种未注明

UniProt C4R3P8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 20 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （C4R4Y0） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （C4QZQ7） RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core × 1 （C4R7L2） RNA polymerase II subunit B32 × 1 （C4R2U9） RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III × 1 （C4R1V1） RNA polymerase II subunit × 1 （C4R9A1） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （C4R273） DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （F2QPE6） RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III × 1 （C4R009） RNA polymerase II subunit B12.5 × 1 （C4R3Z5） RNA polymerase subunit ABC10-alpha × 1 （F2QMI1） ;RNA (5'-R(PGPUPGPGPCPCPGPUPUPUP*U)-3') ; × 1 DNA (198-MER) × 1 DNA (198-MER) × 1 Histone H3.1 × 4 （P68431） Histone H4 × 4 （P62805）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	C4R3P8_KOMPG
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–214； UniProt 1–214

RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III

物种未注明

UniProt C4R1V1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 20 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （C4R4Y0） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （C4QZQ7） RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core × 1 （C4R7L2） RNA polymerase II subunit B32 × 1 （C4R2U9） RNA polymerase subunit ABC27, common to RNA polymerases I, II, and III × 1 （C4R3P8） RNA polymerase II subunit × 1 （C4R9A1） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （C4R273） DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （F2QPE6） RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III × 1 （C4R009） RNA polymerase II subunit B12.5 × 1 （C4R3Z5） RNA polymerase subunit ABC10-alpha × 1 （F2QMI1） ;RNA (5'-R(PGPUPGPGPCPCPGPUPUPUP*U)-3') ; × 1 DNA (198-MER) × 1 DNA (198-MER) × 1 Histone H3.1 × 4 （P68431） Histone H4 × 4 （P62805）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	C4R1V1_KOMPG
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–155； UniProt 1–155

RNA polymerase II subunit

物种未注明

UniProt C4R9A1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 20 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （C4R4Y0） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （C4QZQ7） RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core × 1 （C4R7L2） RNA polymerase II subunit B32 × 1 （C4R2U9） RNA polymerase subunit ABC27, common to RNA polymerases I, II, and III × 1 （C4R3P8） RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III × 1 （C4R1V1） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （C4R273） DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （F2QPE6） RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III × 1 （C4R009） RNA polymerase II subunit B12.5 × 1 （C4R3Z5） RNA polymerase subunit ABC10-alpha × 1 （F2QMI1） ;RNA (5'-R(PGPUPGPGPCPCPGPUPUPUP*U)-3') ; × 1 DNA (198-MER) × 1 DNA (198-MER) × 1 Histone H3.1 × 4 （P68431） Histone H4 × 4 （P62805）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	C4R9A1_KOMPG
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–171； UniProt 1–171

DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

物种未注明

UniProt C4R273

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 20 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （C4R4Y0） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （C4QZQ7） RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core × 1 （C4R7L2） RNA polymerase II subunit B32 × 1 （C4R2U9） RNA polymerase subunit ABC27, common to RNA polymerases I, II, and III × 1 （C4R3P8） RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III × 1 （C4R1V1） RNA polymerase II subunit × 1 （C4R9A1） DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （F2QPE6） RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III × 1 （C4R009） RNA polymerase II subunit B12.5 × 1 （C4R3Z5） RNA polymerase subunit ABC10-alpha × 1 （F2QMI1） ;RNA (5'-R(PGPUPGPGPCPCPGPUPUPUP*U)-3') ; × 1 DNA (198-MER) × 1 DNA (198-MER) × 1 Histone H3.1 × 4 （P68431） Histone H4 × 4 （P62805）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	C4R273_KOMPG
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–145； UniProt 1–145

DNA-directed RNA polymerase subunit

物种未注明

UniProt F2QPE6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 20 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （C4R4Y0） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （C4QZQ7） RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core × 1 （C4R7L2） RNA polymerase II subunit B32 × 1 （C4R2U9） RNA polymerase subunit ABC27, common to RNA polymerases I, II, and III × 1 （C4R3P8） RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III × 1 （C4R1V1） RNA polymerase II subunit × 1 （C4R9A1） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （C4R273） RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III × 1 （C4R009） RNA polymerase II subunit B12.5 × 1 （C4R3Z5） RNA polymerase subunit ABC10-alpha × 1 （F2QMI1） ;RNA (5'-R(PGPUPGPGPCPCPGPUPUPUP*U)-3') ; × 1 DNA (198-MER) × 1 DNA (198-MER) × 1 Histone H3.1 × 4 （P68431） Histone H4 × 4 （P62805）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	F2QPE6_KOMPC
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–115； UniProt 1–115

RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III

物种未注明

UniProt C4R009

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 20 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （C4R4Y0） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （C4QZQ7） RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core × 1 （C4R7L2） RNA polymerase II subunit B32 × 1 （C4R2U9） RNA polymerase subunit ABC27, common to RNA polymerases I, II, and III × 1 （C4R3P8） RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III × 1 （C4R1V1） RNA polymerase II subunit × 1 （C4R9A1） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （C4R273） DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （F2QPE6） RNA polymerase II subunit B12.5 × 1 （C4R3Z5） RNA polymerase subunit ABC10-alpha × 1 （F2QMI1） ;RNA (5'-R(PGPUPGPGPCPCPGPUPUPUP*U)-3') ; × 1 DNA (198-MER) × 1 DNA (198-MER) × 1 Histone H3.1 × 4 （P68431） Histone H4 × 4 （P62805）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	C4R009_KOMPG
Isoform	—
PDB实体	10
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 1–72； UniProt 1–72

RNA polymerase II subunit B12.5

物种未注明

UniProt C4R3Z5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 20 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （C4R4Y0） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （C4QZQ7） RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core × 1 （C4R7L2） RNA polymerase II subunit B32 × 1 （C4R2U9） RNA polymerase subunit ABC27, common to RNA polymerases I, II, and III × 1 （C4R3P8） RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III × 1 （C4R1V1） RNA polymerase II subunit × 1 （C4R9A1） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （C4R273） DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （F2QPE6） RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III × 1 （C4R009） RNA polymerase subunit ABC10-alpha × 1 （F2QMI1） ;RNA (5'-R(PGPUPGPGPCPCPGPUPUPUP*U)-3') ; × 1 DNA (198-MER) × 1 DNA (198-MER) × 1 Histone H3.1 × 4 （P68431） Histone H4 × 4 （P62805）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	C4R3Z5_KOMPG
Isoform	—
PDB实体	11
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–118； UniProt 1–118

RNA polymerase subunit ABC10-alpha

物种未注明

UniProt F2QMI1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 20 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （C4R4Y0） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （C4QZQ7） RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core × 1 （C4R7L2） RNA polymerase II subunit B32 × 1 （C4R2U9） RNA polymerase subunit ABC27, common to RNA polymerases I, II, and III × 1 （C4R3P8） RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III × 1 （C4R1V1） RNA polymerase II subunit × 1 （C4R9A1） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （C4R273） DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （F2QPE6） RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III × 1 （C4R009） RNA polymerase II subunit B12.5 × 1 （C4R3Z5） ;RNA (5'-R(PGPUPGPGPCPCPGPUPUPUP*U)-3') ; × 1 DNA (198-MER) × 1 DNA (198-MER) × 1 Histone H3.1 × 4 （P68431） Histone H4 × 4 （P62805）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	F2QMI1_KOMPC
Isoform	—
PDB实体	12
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–72； UniProt 1–72

Histone H3.1

Homo sapiens

UniProt P68431

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 20 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （C4R4Y0） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （C4QZQ7） RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core × 1 （C4R7L2） RNA polymerase II subunit B32 × 1 （C4R2U9） RNA polymerase subunit ABC27, common to RNA polymerases I, II, and III × 1 （C4R3P8） RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III × 1 （C4R1V1） RNA polymerase II subunit × 1 （C4R9A1） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （C4R273） DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （F2QPE6） RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III × 1 （C4R009） RNA polymerase II subunit B12.5 × 1 （C4R3Z5） RNA polymerase subunit ABC10-alpha × 1 （F2QMI1） ;RNA (5'-R(PGPUPGPGPCPCPGPUPUPUP*U)-3') ; × 1 DNA (198-MER) × 1 DNA (198-MER) × 1 Histone H4 × 4 （P62805）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	H31_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	16
链与序列区间	作者链 a； PDB构建体 4–139； UniProt 1–136 作者链 c； PDB构建体 4–139； UniProt 1–136 作者链 e； PDB构建体 4–139； UniProt 1–136 作者链 g； PDB构建体 4–139； UniProt 1–136

Histone H4

Homo sapiens

UniProt P62805

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 20 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （C4R4Y0） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （C4QZQ7） RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core × 1 （C4R7L2） RNA polymerase II subunit B32 × 1 （C4R2U9） RNA polymerase subunit ABC27, common to RNA polymerases I, II, and III × 1 （C4R3P8） RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III × 1 （C4R1V1） RNA polymerase II subunit × 1 （C4R9A1） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （C4R273） DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （F2QPE6） RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III × 1 （C4R009） RNA polymerase II subunit B12.5 × 1 （C4R3Z5） RNA polymerase subunit ABC10-alpha × 1 （F2QMI1） ;RNA (5'-R(PGPUPGPGPCPCPGPUPUPUP*U)-3') ; × 1 DNA (198-MER) × 1 DNA (198-MER) × 1 Histone H3.1 × 4 （P68431）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	H4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	17
链与序列区间	作者链 b； PDB构建体 4–106； UniProt 1–103 作者链 d； PDB构建体 4–106； UniProt 1–103 作者链 f； PDB构建体 4–106； UniProt 1–103 作者链 h； PDB构建体 4–106； UniProt 1–103

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ujs
沉积日期 deposition_date	2025-04-17
结构标题 title	RNA polymerase II elongation complex stalled at SHL(-4) of the H3-H4 octasome
关键词 keywords	RNAPII, subnucleosome, TRANSCRIPTION, TRANSCRIPTION-RNA-DNA complex; TRANSCRIPTION/RNA/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9ujs__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9ujs__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9ujs__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	67.59 Å
Rg（电子密度）	65.91 Å
总 Rg	66.21 Å
原子数	42216
残基数	4821
排除体积	732760 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9ujs__assembly_1__model_1`	23-meric （23）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (17)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit
分子量 formula_weight	194107.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	42216

MSQFPYSSAPLRSVKEVQFGLLSPEEIRAISVVKIEYPEIMDESRQRPREGGLNDPKLGSIDRNFKCQTCGEGMAECPGHFGHMELAKPVFHIGFIPKIKKVCECICMNCGKLLLDETNPTMAQAIRIRDPKKRFNAVWQLCKTKMVCEADAPVDEYSEQKVVSRGGCGNTQPVVRKDGMKLWGTWKKSGFSDRDAQPERKLLTPGEILNVFKHISPEDCFRLGFNEDYARPEWMIITVLPVPPPQVRPSIAMDETTQGQDDLTHKLSDILKANINVQKLEMDGSPQHIINEVEQLLQFHVATYMDNDIAGQPQALQKSGRPVKAIRARLKGKEGRLRGNLMGKRVDFSARTVISGDPNLELDQVGVPISIAKTLSYPETVTQYNIHRLTEYVRNGPNEHPGAKYVIRDNGDRIDLRYHKRAGDIVLQYGWKVERHLMDDDPVLFNRQPSLHKMSMMAHRVKVMPYSTFRLNLSVTSPYNADFDGDEMNLHVPQSEETRAELSQLCAVPLQIVSPQSNKPVMGIVQDTLCGVRKMTLRDTFIEYEQVMNMLFWVPSWDGVVPQPAILKPKPLWTGKQLLSIAIPSGIHLQRTDGGNSLLSPKDNGMLIVDGKVMFGVVDKKTVGSGGGGLIHTVMREKGPKICAELFGNIQKVVNYWLLHNGFSIGIGDAIADASTMKEITHAISSAKEQVQEIIYKAQHNELELKPGMTLRESFEGEVSRTLNDARDSAGRSAEMNLKDLNNVKQMVSAGSKGSFINIAQMSACVGQQMVEGKRIAFGFADRSLPHFTKDDFSPESKGFVENSYLRGLTPQEFFFHAMAGREGLIDTAVKTAETGYIQRRLVKALEDIMVHYDGTTRNSLGDIIQFLYGEDGLDGTQVERQTIDTIPGSDKAFHKRYYVDLMDEKNSIKPDVIEYAADILGDVELQKELNSEYEQLVSDRKFLREIVFVNGDHNWPLPVNLRRIIQNAQQIFHLDRAKASDLTIPEIIHGVRDLCKKLFVLRGENELIKEAQQNATSLFQCLVRARLATRRILEEFRLNRDAFEWVLGTIEAQFQRSLVHPGEMVGVIAAQSIGEPATQMTLNTFHYAGVSSKNVTLGVPRLKEILNVAKNIKTPALTVYLDREIALDIEKAKVIQSSIEYTTLKNVTSATEIYYDPDPTSTVIEEDFDTVEAYFSIPDEKVEETIDKQSPWLLRLELDRARMLDKQLTMNQVADKISEVFSDDLFVMWSEDNADKLIIRCRVIRDPKAMDEELEAEEDQMLKRIEAHMLDLIALRGIPGISKVYMVKHKVSVPDESGEYKNEELWALETDGINLAEVMAVPGVDSSRTYSNSFVEILSVLGIEATRSSLYKEILNVIAFDGSYVNYRHMALLVDVMTSRGYLMAITRHGINRADTGALMRCSFEETVEILFEAGAAAELDDCRGVSENVMLGQLAPMGTGAFDVMIDEKLLTSLPADYAPTMPLFKGKATQGSATPYDNNAQYDDEFNHDDVADVMFSPMAETGSGDDRSGGLTEYAGIQSPYQPTSPGLSATSPGFAPTSPGFAPTSPRYSPTSPGYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPQYSPTSPQYSPTSPQYSPTSPQYSPTSPQYSPTSPQYSPTSPQYSPTSPQYSPTSPQYSPTSPQYSPTSPQYSPTSPQYSPTSPQYSPTSPQYSPASPQYSPSRHSPNGESKEGE

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit beta
分子量 formula_weight	139746.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MSYDPYSIDDTITTEDCWTVISAFFEEKGLVSQQLDSFDEFMETSIQDLVWEEPRLILDQPAQHTNEKDNINKRYEIRFGKIYLSRPTMTEADGTTHAMFPQEARLRNLTYSSPVYLDMEKSMFTSIDDEGNPNATLDWQQVHEPIKDGVEEGNKVHIGKVPIMLRSKFCSLRTLDEVDLYKMKECPYDMGGYFVINGSEKVLIAQERSAANIVQVFKKAAPSPISHVAEIRSALEKGSRLISTMQIKLYGREDKGTGRTIKATLPYVKQDIPIVIVFRALGVVPDGEILQHICYDENDWQMLEMLKPCIEEGFVIQDKEVALDFIGRRGSAALGIRREKRIQYAKDILQKELLPHITQEEGFETRKTFFLGYMVNRLLLCALERKDQDDRDHFGKKRLDLAGPLLANLFRILFRKLTREIYRYMQRCIETDRDFNLNLAVKSTTITSGLKYSLATGNWGEQKKAMSSRAGVSQVLNRYTYSSTLSHLRRTNTPIGRDGKLAKPRQLHNTHWGLVCPAETPEGQACGLVKNLSLLSGISIGSPSEPIINFLEEWGMEPLEDYDPAQHTKSTRIFVNGVWTGIHRDPSMLVSTMRDLRRSGAISPEVSIIRDIREREFKIFTDVGRVYRPLFIVEDDESKDNKGELRITKEHIRKIQQGYDDDAMNDDSEEQEQDVYGWSSLVTSGVIEYVDGEEEETIMIAMTPEDLQTRSLEQKEIDLNDTAKRIKPEMSTSSHHTFTHCEIHPSMILGVAASIIPFPDHNQSPRNTYQSAMGKQAMGVFLTNYNVRMDTMANILYYPQKPLAKTQAMEYLKFRELPAGQNAIVAIACYSGYNQEDSMIMNQSSIDRGLFRSLFFRSYMDQEKRFGISIVEEFEKPTRATTLRLKHGTYEKLDEDGLIAPGVRVSGDDIIIGKTTPIPPDTEELGQRTKYHTKRDASTPLRSTENGIVDQVLLTTNQEGLKFVKVRMRTTKVPQIGDKFASRHGQKGTIGVTYRHEDMPFSAEGIVPDLIINPHAIPSRMTVAHLIECLLSKVGSIRGYEGDATPFTDLTVDAVSNLLRDNGYQSRGFEVMYNGHTGKKLMAQVFFGPTYYQRLRHMVDDKIHARARGPVQVLTRQPVEGRSRDGGLRFGEMERDCMIAHGAAGFLKERLMEASDAFRVHVCGICGLMSVIANLKKNQFECRSCKNKTNIYQLHIPYAAKLLFQELMAMNIAPRLYTERSGVSMRS

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core
分子量 formula_weight	34216.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MSKEPKVNIINAQDDEVELMLSDVNLSLANSLRRTMLAEVPTLAIDLVEIKMNTSVLADEFISHRLGLIPLVSEDVEEMKYSRDCTCEDYCDECSVVLELSARHEGEEGTTDVYSSSLIKVSGPGNLNVGEPVRRDDYDQGILLCKLRNHQELNIRCIAKKGIAKEHAKWSPCSAIAFEYDPHNKLKHTDFWFEVDAKKEWPDSKYATWEEPPKPGEVFDYKAKPNRFYMTVETTGSLKANQVFSRGIKTLQEKLANVLFELENSRPANTTAYGGATAYGGQTVYGRETSYGGNTNYGDYNAPY

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	RNA polymerase II subunit B32
分子量 formula_weight	20623.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MNVSTSTVGARRRRAKQQVDDEENATLLRLGPEFALKQYDHDGNEHDLIALSLSESRLLIREALKARSRARNGGVDIESSNGEIDDDELAKVTSGAVANGVVKKTLDYLNTFARFKDEETCTAVDQLLHNSSDCSVLHPFEIAQLSSLGCEDVDEAITLIPSLAAKKEVNLQRILDELNRLEDPYK

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	RNA polymerase subunit ABC27, common to RNA polymerases I, II, and III
分子量 formula_weight	24962.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MEDNNRIISRLWRSFRTVKEMAADRGYFISQEEMDQSLEEFRSKICDSMGNPQRKLMSFLANPTPEALEKYSDLGTLWVEFCDEPSVGIKTMRNFCLRIQEKNFSTGIFIYQNNITPSANKMIPTVSPAIIETFQESDLVVNITHHELVPKHIRLSDGEKSQLLQRYKLKESQLPRIQREDPVARYLGLKRGQVVKIIRRSETSGRYASYRICL

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III
分子量 formula_weight	17803.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MSEDEAFNEQTENFENFEDEHFSDDNFEDRSTQPEDYAVGVTADGRQIINGDGIQEVNGTIKAHRKRSNKELAILKEERTTTPYLTKYERARILGTRALQISMNAPVLVDIEGETDPLQIAMKELSQRKIPLVIRRYLPDGSYEDWGCDELIVDN

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	RNA polymerase II subunit
分子量 formula_weight	18802.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MFFLKDLSLILTLHPSYFGPQMNQYLREKLLTDVEGTCTGQFGYIVTVLDGMNIDVGKGRIIPGSGSAEFEVKYRAVVWKPFKGEVVDAIVSNVSPIGFFADVGPLNVFVSTRLIPDNLVYNPSNSPPAYMSNDELITKGSKVRLKVVGTRTDVNEIYAIGSIKEDFLGAI

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
分子量 formula_weight	16249.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MSSALFDDIFTVQTVDNGRYNKVSRIIGISTTNSAIKLTLDINNEMFPVSQDDSLTVTLANSLSLDGEDESANFSKSWRPPKPTDKSLADDYDYVMFGTVYKFEEGDEDKIKVYVSFGGLLMCLEGGYKSLASLKQDNLYILIRR

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit
分子量 formula_weight	13612.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MASFRFCLECNNMLYPKEDKENQRLLYSCRNCDYTELAEDPKVYRHELITNIGETAGIVDDIGQDPTLPRSDKECPECHSRDCVFFQSQQRRKDTNMTLFYVCLNCKKTFRDESE

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III
分子量 formula_weight	8554.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

MIIPVRCFSCGKVVGDKWDAYLRLLEEGKQEGDALDELKLKRYCCRRMVLTHVDLIEKFLRYNPLEKKDFDS

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	RNA polymerase II subunit B12.5
分子量 formula_weight	13832.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MNAPDRFELFILPDDVPKLKITPDSRVPNCIIIKFEREDHTLANLLREELALYPDVTFVAYKVEHPLFANFVMRLQTEEGTRPKQALERACASIINKLKTLDHKFNEEWNIKNFSLND

实体 12 Entity 12 polymer

描述 description	RNA polymerase subunit ABC10-alpha
分子量 formula_weight	7862.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MSREGFVAPSGTDLAAAASGVAPNKHYGVKYTCGACAHNFSLNKSDPVRCKECGHRVIYKARTKRMIQFDAR

实体 13 Entity 13 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(PGPUPGPGPCPCPGPUPUPUP*U)-3') ;
分子量 formula_weight	3477.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	P

GUGGCCGUUUU

实体 14 Entity 14 polymer

描述 description	DNA (198-MER)
分子量 formula_weight	61372.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	N

GCTTACGTCAGTCTGGCCATCTTTGTGTTTGGTGTGTTTGGGTGGTGGCCGTTTTCGTTGTTTTTTTCTGTCTCGTGCCTGGTGTCTTGGGTGTTTACCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTGAT

实体 15 Entity 15 polymer

描述 description	DNA (198-MER)
分子量 formula_weight	60879.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	T

ATCAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGTAAACACCCAAGACACCAGGCACGAGACAGAAAAAAACAACGAAAACGGCCACCACCCAAACACACCAAACACAAGAGCTAATTGACTGACGTAAGC

实体 16 Entity 16 polymer

描述 description	Histone H3.1
分子量 formula_weight	15719.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a,c,e,g

GSHMARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 17 Entity 17 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	11676.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	b,d,f,h

GSHMSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.620 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.62 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	30000

RNA polymerase II elongation complex stalled at SHL(-4) of the H3-H4 octasome

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RNA polymerase II subunit B32

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RNA polymerase subunit ABC27, common to RNA polymerases I, II, and III

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RNA polymerase II subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体