SAXSdb — 9v16

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycogen phosphorylase

Escherichia coli K-12

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–815 链 B； UniProt 1–815 链 C； UniProt 1–815 链 D； UniProt 1–815	突变：N185A/R267E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2% v/v 1,4-dioxane, 0.1M Tris pH 8.0, 15% w/v polyethylene glycol 3350 (The crystal was soaked in a solution supplemented with 40 mM AMP before data collection)	分辨率 3.45 Å R-free 0.235

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9V16	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9S7V Structure of glycogen phosphorylase - dimeric form - from Escherichia coli 提交 2025-08-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–815（815 aa）链 B 1–815（815 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9S86 Structure of glycogen phosphorylase - tetrameric form - from Escherichia coli 提交 2025-08-05	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–815（815 aa）链 B 1–815（815 aa）链 C 1–815（815 aa）链 D 1–815（815 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.97 Å
9S8B Structure of glycogen phosphorylase - dimeric form - in complex with HPr from Escherichia coli 提交 2025-08-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–815（815 aa）链 B 1–815（815 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.79 Å
9S8K Structure of glycogen phosphorylase - tetrameric form - in complex with HPr from Escherichia coli 提交 2025-08-05	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–815（815 aa）链 B 1–815（815 aa）链 C 1–815（815 aa）链 D 1–815（815 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.06 Å
9UKQ Crystal structure of glycogen phosphorylase from Escherichia coli 提交 2025-04-18	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–815（815 aa）链 B 1–815（815 aa）链 C 1–815（815 aa）链 D 1–815（815 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；Protein conc: 10.4mg/mL; 0.1M MES pH 6.0, 9% (v/v) PEG 3350	分辨率 3.50 Å R-free 0.273
9UKQ Crystal structure of glycogen phosphorylase from Escherichia coli 提交 2025-04-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–815（815 aa）链 F 1–815（815 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；Protein conc: 10.4mg/mL; 0.1M MES pH 6.0, 9% (v/v) PEG 3350	分辨率 3.50 Å R-free 0.273
9UKR Crystal structure of glycogen phosphorylase from E. coli in complex with AMP 提交 2025-04-18	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–815（815 aa）链 B 1–815（815 aa）链 C 1–815（815 aa）链 D 1–815（815 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；Protein conc: 10.4mg/mL; Reservoir: 0.1M MES pH 6.0, 9% (v/v) PEG 3350	分辨率 3.55 Å R-free 0.272
9UKR Crystal structure of glycogen phosphorylase from E. coli in complex with AMP 提交 2025-04-18	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–815（815 aa）链 F 1–815（815 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；Protein conc: 10.4mg/mL; Reservoir: 0.1M MES pH 6.0, 9% (v/v) PEG 3350	分辨率 3.55 Å R-free 0.272
9V17 Crystal structure of E. coli glycogen phosphorylase N185A/R267E mutant 提交 2025-05-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–815（815 aa）链 B 1–815（815 aa）链 C 1–815（815 aa）链 D 1–815（815 aa）	突变：N185A/R267E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：N185A/R267E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：N185A/R267E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：N185A/R267E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2% v/v 1,4-dioxane, 0.1M Tris pH 8.0, 15% w/v polyethylene glycol 3350	分辨率 3.70 Å R-free 0.229

共 7 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PHSG_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–817； UniProt 1–815 作者链 B； PDB构建体 3–817； UniProt 1–815 作者链 C； PDB构建体 3–817； UniProt 1–815 作者链 D； PDB构建体 3–817； UniProt 1–815

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9v16
沉积日期 deposition_date	2025-05-19
结构标题 title	Crystal structure of E. coli glycogen phosphorylase N185A/R267E mutant in complex with AMP
关键词 keywords	glycogen phosphorylase, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	48.62 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	47.81 Å
零角强度 I(0) i0	1924080000.00
分子量 molecular_weight	365240.0 kDa
排除体积 excluded_volume	456200 Å³
包络体积 envelope_volume	613950 Å³
水化壳体积 shell_volume	101860 Å³
包络直径 envelope_diameter	156.8 Å
壳层 Rg shell_rg	56.95 Å
包络 Rg envelope_rg	46.27 Å
形状 Rg shape_rg	47.80 Å
总 Rg total_rg	48.15 Å
总原子数 total_atoms	25769
残基数 n_residues	3171
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	151.7 Å
Rg (实空间) rg_real	48.23 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.01 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9240e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2700e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	48.62 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1925000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8929
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	66.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.024
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.600
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	287100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.911; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.973; Smooth: 0.897

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Glycogen phosphorylase
分子量 formula_weight	93626.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.1.1
突变 mutation	N185A/R267E
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	25769

MGMNAPFTYSSPTLSVEALKHSIAYKLMFTIGKDPVVANKHEWLNATLFAVRDRLVERWLRSNRAQLSQETRQVYYLSMEFLIGRTLSNAMLSLGIYEDVQGALEAMGLNLEELIDEENDPGLGNGGLGRLAACFLDSLATLGLPGRGYGIRYDYGMFKQNIVNGSQKESPDYWLEYGNPWEFKRHATRYKVRFGGRIQQEGKKTRWIETEEILGVAYDQIIPGYDTDATNTLRLWSAQASSEINLGKFNQGDYFAAVEDKNHSENVSEVLYPDDSTYSGRELRLRQEYFLVSSTIQDILSRHYQLHKTYDNLADKIAIHLNDTHPVLSIPEMMRLLIDEHQFSWDDAFEVCCQVFSYTNHTLMSEALETWPVDMLGKILPRHLQIIFEINDYFLKTLQEQYPNDTDLLGRASIIDESNGRRVRMAWLAVVVSHKVNGVSELHSNLMVQSLFADFAKIFPGRFTNVTNGVTPRRWLAVANPSLSAVLDEHLGRNWRTDLSLLNELQQHCDFPMVNHAVHQAKLENKKRLAEYIAQQLNVVVNPKALFDVQIKRIHEYKRQLMNVLHVITRYNRIKADPDAKWVPRVNIFGGKAASAYYMAKHIIHLINDVAKVINNDPQIGDKLKVVFIPNYSVSLAQLIIPAADLSEQISLAGTEASGTSNMKFALNGALTIGTLDGANVEMLDHVGADNIFIFGNTAEEVEELRRQGYKPREYYEKDEELHQVLTQIGSGVFSPEDPGRYRDLVDSLINFGDHYQVLADYRSYVDCQDKVDELYELQEEWTAKAMLNIANMGYFSSDRTIKEYADHIWHIDPVRL

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ADENOSINE MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	347.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	185.604 Å
晶胞边长 b length_b	185.604 Å
晶胞边长 c length_c	451.242 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	3.450 Å
最低分辨率 resolution_low	49.450 Å
R 因子 r_factor	0.1942
R_work r_work	0.1921
R_free r_free	0.2351

fit	/app/data/saxs_computation/v1/9v16/9v16.fit
pddf	/app/data/pr_computation/v1/9v16/9v16.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/v1/9v16/9v16.dat

Crystal structure of E. coli glycogen phosphorylase N185A/R267E mutant in complex with AMP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycogen phosphorylase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)