9v33

Calypso/Asx/NCP-ub complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3

Xenopus laevis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 13 DNA 2	Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A × 2 （Q6AZJ8） Histone H2B × 2 （A0A8J0U496） DNA (147-MER) × 1 DNA (147-MER) × 1 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase calypso × 2 （Q7K5N4） Polycomb group protein Asx × 2 （Q9V727） Polyubiquitin-B × 1 （P0CG47）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A310TTQ1_XENLA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 E； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136

Histone H4

Xenopus laevis

UniProt P62799

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 13 DNA 2	Histone H3 × 2 （A0A310TTQ1） Histone H2A × 2 （Q6AZJ8） Histone H2B × 2 （A0A8J0U496） DNA (147-MER) × 1 DNA (147-MER) × 1 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase calypso × 2 （Q7K5N4） Polycomb group protein Asx × 2 （Q9V727） Polyubiquitin-B × 1 （P0CG47）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H4_XENLA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 F； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103

Histone H2A

Xenopus laevis

UniProt Q6AZJ8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 13 DNA 2	Histone H3 × 2 （A0A310TTQ1） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2B × 2 （A0A8J0U496） DNA (147-MER) × 1 DNA (147-MER) × 1 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase calypso × 2 （Q7K5N4） Polycomb group protein Asx × 2 （Q9V727） Polyubiquitin-B × 1 （P0CG47）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	Q6AZJ8_XENLA
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 3–132； UniProt 1–130 作者链 G； PDB构建体 3–132； UniProt 1–130

Histone H2B

Xenopus laevis

UniProt A0A8J0U496

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 13 DNA 2	Histone H3 × 2 （A0A310TTQ1） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A × 2 （Q6AZJ8） DNA (147-MER) × 1 DNA (147-MER) × 1 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase calypso × 2 （Q7K5N4） Polycomb group protein Asx × 2 （Q9V727） Polyubiquitin-B × 1 （P0CG47）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A0A8J0U496_XENLA
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 2–123； UniProt 5–126 作者链 H； PDB构建体 2–123； UniProt 5–126

Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase calypso

Drosophila melanogaster

UniProt Q7K5N4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 13 DNA 2	Histone H3 × 2 （A0A310TTQ1） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A × 2 （Q6AZJ8） Histone H2B × 2 （A0A8J0U496） DNA (147-MER) × 1 DNA (147-MER) × 1 Polycomb group protein Asx × 2 （Q9V727） Polyubiquitin-B × 1 （P0CG47）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	CALYP_DROME
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 42–512； UniProt 1–471 作者链 N； PDB构建体 42–512； UniProt 1–471

Polycomb group protein Asx

Drosophila melanogaster

UniProt Q9V727

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 13 DNA 2	Histone H3 × 2 （A0A310TTQ1） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A × 2 （Q6AZJ8） Histone H2B × 2 （A0A8J0U496） DNA (147-MER) × 1 DNA (147-MER) × 1 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase calypso × 2 （Q7K5N4） Polyubiquitin-B × 1 （P0CG47）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	ASX_DROME
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–340； UniProt 1–340 作者链 O； PDB构建体 1–340； UniProt 1–340

Polyubiquitin-B

Homo sapiens

UniProt P0CG47

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 13 DNA 2	Histone H3 × 2 （A0A310TTQ1） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A × 2 （Q6AZJ8） Histone H2B × 2 （A0A8J0U496） DNA (147-MER) × 1 DNA (147-MER) × 1 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase calypso × 2 （Q7K5N4） Polycomb group protein Asx × 2 （Q9V727）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 13–87； UniProt 77–151

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9v33
沉积日期 deposition_date	2025-05-21
结构标题 title	Calypso/Asx/NCP-ub complex
关键词 keywords	PR-DUB, Calypso, Polycomb, TRANSCRIPTION/DNA, TRANSCRIPTION-DNA complex; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9v33__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9v33__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9v33__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	44.15 Å
Rg（电子密度）	42.82 Å
总 Rg	43.31 Å
原子数	16504
残基数	1651
排除体积	276810 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9v33__assembly_1__model_1`	15-meric （15）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone H3
分子量 formula_weight	15435.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	16504

MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	11394.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Histone H2A
分子量 formula_weight	14297.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

MGMSGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Histone H2B
分子量 formula_weight	13655.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

MAKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	DNA (147-MER)
分子量 formula_weight	45178.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

CTGGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCGATA

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	DNA (147-MER)
分子量 formula_weight	45570.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

TATCGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCCAG

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase calypso
分子量 formula_weight	55928.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.19.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,N

MWSHPQFEKGGGSGGGSGGGSWSHPQFEKGSSENLYFQGEFMNAAGGGSGAQAAAVAAGNNSLSHNALLSTASGATTMPMAQLADGWLELESDPGLFTLLLKDFGCHDVQVEEVYDLQKPIESPYGFIFLFRWIEERRARRKIVETTAEIFVKDEEAISSIFFAQQVVPNSCATHALLSVLLNCNENNLQLGDTLSRLKTHTKGMSPENKGLAIGNTPELACAHNSHAMPQARRRLERTGAGVSSCRFTGEAFHFVSFVPINGQLFELDGLKPYPMNHGGWEDSEDWTDKFRRVMAERLGIATGEQDIRFNLMAVVPDRRIAITHKLKMLRTNQAIVSGTLQKLLKADEQGESGNGDSQRPDTPTTLLEPSAFTARDLQSLLKNLDTEIAINEQHLADENDRRHMFKVDASRRTHNYDKFICTFLSMLAHQGVLGELVSQHLLPSKKVSGQGAANRISKQSTTASAGGSTAAGTASTPKTQQQQAAAAKNGKSPSKTPGRRRKGRNKCRKRK

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Polycomb group protein Asx
分子量 formula_weight	37098.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,O

MKTITPDTTTTTSSQHQQLLIPQADQHHQPMLQQQSLLAAPPPTMIMEHVNLVDDDEKDPLALEQLEVSPSTKHTHSLRRHLPRIIVKPIPPEKKPMAPSEEAAVSTAPAPPTRLICSRRIQQQQQVKAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAQAQATSSYPSAISPGSKAGTSQASTMREVLASIPGFSVKPRRRSNKKLTTAAQIEQTKDGKIDLETPDSILASTNLRALLNKQTFSLLPPLYQYNLIQLLPSVDREASELEQPSSSASGGSPSEAIRLSASCLNNEFFARACLEWRERLSEGEFTPENQLKLKTEAEREKNKLDPWKLKHFEPFWGEKNSRG

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	Polyubiquitin-B
分子量 formula_weight	10001.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

GPHHHHHHLGSHMQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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分辨率 resolution	5.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	27764

Calypso/Asx/NCP-ub complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase calypso

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Polycomb group protein Asx

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Polyubiquitin-B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9v33__assembly_1__model_1

9v33__assembly_1__model_1 | I(q)

9v33__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer