9v85

Superfolder GFP fused gp38 receptor binding domain of bacteriophage PP01

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 123.9 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Green fluorescent protein,Receptor-recognizing protein gp38

Escherichia phage PP01

UniProt A0A059PIQ0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 3–238 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293.15 K;10% (w/v) PEG8000, 0.1M Na-HEPES-MOPS, pH7.5, 3mM CaCl2, 3mM MgCl2, 20 % (v/v) ethylene glycol 分辨率 2.10 Å R-free 0.208
2 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 3–238 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293.15 K;10% (w/v) PEG8000, 0.1M Na-HEPES-MOPS, pH7.5, 3mM CaCl2, 3mM MgCl2, 20 % (v/v) ethylene glycol 分辨率 2.10 Å R-free 0.208

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 91 个其他 PDB 条目、136 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A059PIQ0_AEQVI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–235; UniProt 3–238 作者链 C; PDB构建体 2–235; UniProt 3–238

Green fluorescent protein,Receptor-recognizing protein gp38

Escherichia phage PP01

UniProt A0A2Z5WK79

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 41–259 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293.15 K;10% (w/v) PEG8000, 0.1M Na-HEPES-MOPS, pH7.5, 3mM CaCl2, 3mM MgCl2, 20 % (v/v) ethylene glycol 分辨率 2.10 Å R-free 0.208
2 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 41–259 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293.15 K;10% (w/v) PEG8000, 0.1M Na-HEPES-MOPS, pH7.5, 3mM CaCl2, 3mM MgCl2, 20 % (v/v) ethylene glycol 分辨率 2.10 Å R-free 0.208

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A2Z5WK79_9CAUD
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 240–458; UniProt 41–259 作者链 C; PDB构建体 240–458; UniProt 41–259

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9v85

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9v85
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9v85
沉积日期 deposition_date2025-05-29
结构标题 titleSuperfolder GFP fused gp38 receptor binding domain of bacteriophage PP01
关键词 keywordsphage host recognition, phage tail fiber, receptor binding protein, CELL ADHESION; CELL ADHESION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.82
回转半径 Rg (电子) rg_electron37.61
零角强度 I(0) i081621600.00
分子量 molecular_weight69462.0 kDa
排除体积 excluded_volume85402 ų
包络体积 envelope_volume112180 ų
水化壳体积 shell_volume28050 ų
包络直径 envelope_diameter127.7
壳层 Rg shell_rg38.77
包络 Rg envelope_rg37.00
形状 Rg shape_rg37.58
总 Rg total_rg37.77
总原子数 total_atoms4905
残基数 n_residues666
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax123.9
Rg (实空间) rg_real37.38
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.26
I(0) (实空间) i0_real8.1620e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3980e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal37.04
I(0) (倒空间) i0_reciprocal81590000.0000
解质量估计 total_estimate0.7182
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary25.9
偏度 Skewness skewness0.483
峰度 Kurtosis kurtosis-0.765
角度范围 angular_range— – 0.2150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5615000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.505; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.239; Smooth: 0.578

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)