9vzq

Crystal structure of RORgamma in complex with novel inverse agonist

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 65.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nuclear receptor ROR-gamma

Homo sapiens

UniProt P51449

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 262–507 未记录 Nuclear receptor coactivator 1 × 1 (Q15788) (25R)-14beta,17beta-spirost-5-en-3beta-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.18 Å R-free 0.251

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 161 个其他 PDB 条目、267 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RORG_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–246; UniProt 262–507

Nuclear receptor coactivator 1

Homo sapiens

UniProt Q15788

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1429–1441 未记录 Nuclear receptor ROR-gamma × 1 (P51449) (25R)-14beta,17beta-spirost-5-en-3beta-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.18 Å R-free 0.251

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 204 个其他 PDB 条目、251 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NCOA1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–13; UniProt 1429–1441

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9vzq

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9vzq
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9vzq
沉积日期 deposition_date2025-07-23
最后修订 last_revision2026-06-03
结构标题 titleCrystal structure of RORgamma in complex with novel inverse agonist
关键词 keywordsinverse agonist, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.00
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.71
零角强度 I(0) i015046700.00
分子量 molecular_weight29821.0 kDa
排除体积 excluded_volume37659 ų
包络体积 envelope_volume43230 ų
水化壳体积 shell_volume19413 ų
包络直径 envelope_diameter66.1
壳层 Rg shell_rg24.86
包络 Rg envelope_rg18.91
形状 Rg shape_rg18.70
总 Rg total_rg19.65
总原子数 total_atoms2097
残基数 n_residues253
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax65.0
Rg (实空间) rg_real19.91
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.36
I(0) (实空间) i0_real1.5050e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9420e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.93
I(0) (倒空间) i0_reciprocal15050000.0000
解质量估计 total_estimate0.8900
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary25.1
偏度 Skewness skewness0.221
峰度 Kurtosis kurtosis-0.323
角度范围 angular_range— – 0.3950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2641000.0000
实空间数据点数 n_real_points71
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.857; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.998

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)