Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolC
Escherichia coli K-12
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 | 链 C; UniProt 1–399 | 未记录 | Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolE × 1 (P75958) Lipoprotein-releasing system ATP-binding protein LolD × 1 (P75957) A1ER4 2-azanyl-1-[6-[2-azanyl-5-(3-methylpyridin-4-yl)-1H-imidazol-4-yl]-2,3-dihydro-1,4-benzoxazin-4-yl]-2-methyl-propan-1-one × 1 | ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE | 分辨率 2.88 Å |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 9XRO | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5NAA Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolC 提交 2017-02-27 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
48–266(219 aa)
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;288.15 K;0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium acetate pH 4.6, 30% w/v PEG 2000 MME
|
分辨率 1.88 Å R-free 0.225 |
| 5NAA Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolC 提交 2017-02-27 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 B
48–266(219 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;288.15 K;0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium acetate pH 4.6, 30% w/v PEG 2000 MME
|
分辨率 1.88 Å R-free 0.225 |
| 6F3Z Complex of E. coli LolA and periplasmic domain of LolC 提交 2017-11-29 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
48–266(219 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;288.15 K;45% w/v Poly(acrylic acid sodium salt) 2100, 100 mM HEPES pH 6.5
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.249 |
| 6F3Z Complex of E. coli LolA and periplasmic domain of LolC 提交 2017-11-29 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 C
48–266(219 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;288.15 K;45% w/v Poly(acrylic acid sodium salt) 2100, 100 mM HEPES pH 6.5
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.249 |
| 6F49 Periplasmic domain of LolC lacking the Hook. 提交 2017-11-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
48–179(132 aa)
链 A
180–266(87 aa)
|
突变:delta[169-179], P167G, S168A,delta[169-179], P167G, S168A,delta[169-179], P167G, S168A,delta[169-179], P167G, S168A 突变:delta[169-179], P167G, S168A,delta[169-179], P167G, S168A,delta[169-179], P167G, S168A,delta[169-179], P167G, S168A | GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;288.15 K;0.2 M ammonium sulfate, 0.15 M sodium acetate pH 4.6, 30% w/v PEG 2000 MME
|
分辨率 2.02 Å R-free 0.233 |
| 6F49 Periplasmic domain of LolC lacking the Hook. 提交 2017-11-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 B
48–179(132 aa)
链 B
180–266(87 aa)
|
突变:delta[169-179], P167G, S168A,delta[169-179], P167G, S168A,delta[169-179], P167G, S168A,delta[169-179], P167G, S168A 突变:delta[169-179], P167G, S168A,delta[169-179], P167G, S168A,delta[169-179], P167G, S168A,delta[169-179], P167G, S168A | GOL GLYCEROL × 3 PG5 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;288.15 K;0.2 M ammonium sulfate, 0.15 M sodium acetate pH 4.6, 30% w/v PEG 2000 MME
|
分辨率 2.02 Å R-free 0.233 |
| 6F49 Periplasmic domain of LolC lacking the Hook. 提交 2017-11-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 C
48–179(132 aa)
链 C
180–266(87 aa)
|
突变:delta[169-179], P167G, S168A,delta[169-179], P167G, S168A,delta[169-179], P167G, S168A,delta[169-179], P167G, S168A 突变:delta[169-179], P167G, S168A,delta[169-179], P167G, S168A,delta[169-179], P167G, S168A,delta[169-179], P167G, S168A | GOL GLYCEROL × 3 PG5 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;288.15 K;0.2 M ammonium sulfate, 0.15 M sodium acetate pH 4.6, 30% w/v PEG 2000 MME
|
分辨率 2.02 Å R-free 0.233 |
| 6F49 Periplasmic domain of LolC lacking the Hook. 提交 2017-11-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 D
48–179(132 aa)
链 D
180–266(87 aa)
|
突变:delta[169-179], P167G, S168A,delta[169-179], P167G, S168A,delta[169-179], P167G, S168A,delta[169-179], P167G, S168A 突变:delta[169-179], P167G, S168A,delta[169-179], P167G, S168A,delta[169-179], P167G, S168A,delta[169-179], P167G, S168A | GOL GLYCEROL × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;288.15 K;0.2 M ammonium sulfate, 0.15 M sodium acetate pH 4.6, 30% w/v PEG 2000 MME
|
分辨率 2.02 Å R-free 0.233 |
| 7MDX LolCDE nucleotide-free 提交 2021-04-06 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric |
链 A
2–394(393 aa)
|
未记录 | F15 PENTADECANOIC ACID × 1 ZM5 (2R)-2-(tridecanoyloxy)propyl hexadecanoate × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 7V8I LolCD(E171Q)E with bound AMPPNP in nanodiscs 提交 2021-08-23 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 C
1–399(399 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 3.60 Å |
| 7V8L LolCDE with bound RcsF in nanodiscs 提交 2021-08-23 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric |
链 C
1–399(399 aa)
|
未记录 | PCJ (2R)-3-{[(2S)-3-HYDROXY-2-(PALMITOYLAMINO)PROPYL]THIO}PROPANE-1,2-DIYL DIHEXADECANOATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 3.50 Å |
| 7V8M LolCDE-apo in nanodiscs 提交 2021-08-23 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 C
1–399(399 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 4.20 Å |
| 9GRC Cryo-EM structure of lipoprotein-bound LolCDE in nanodiscs 提交 2024-09-11 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric |
链 C
1–399(399 aa)
|
未记录 | Z41 (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate × 1 PLM PALMITIC ACID × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 9GVK Cryo-EM structure of endogenous ATP-bound LolCDE with LolD-E171Q mutations in nanodiscs 提交 2024-09-25 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 C
1–399(399 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 9RLC LolCDE complex with Lpp lipoprotein 提交 2025-06-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric |
链 C
1–399(399 aa)
|
未记录 | PLM PALMITIC ACID × 1 Z41 (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 9RLD LolCDE complex with Lpp lipoprotein 提交 2025-06-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric |
链 C
1–399(399 aa)
|
未记录 | PLM PALMITIC ACID × 1 Z41 (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 9RLE LolCDE complex with Pal lipoprotein 提交 2025-06-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric |
链 C
1–399(399 aa)
|
未记录 | PLM PALMITIC ACID × 1 Z41 (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.18 Å |
| 9RLF LolCDE complex with Pal lipoprotein 提交 2025-06-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric |
链 C
1–399(399 aa)
|
未记录 | PLM PALMITIC ACID × 1 Z41 (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.17 Å |
| 9RLG LolCDE complex with LolB lipoprotein 提交 2025-06-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric |
链 C
1–399(399 aa)
|
未记录 | PLM PALMITIC ACID × 1 Z41 (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.09 Å |
| 9RLH LolCDE complex with del 9-15 LolB lipoprotein 提交 2025-06-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric |
链 C
1–399(399 aa)
|
未记录 | PLM PALMITIC ACID × 1 Z41 (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.19 Å |
| 9RLI LolCDEdelta(235-252) complex with Pal lipoprotein 提交 2025-06-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric |
链 C
1–399(399 aa)
|
未记录 | PLM PALMITIC ACID × 1 Z41 (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.63 Å |
| 9RLJ LolCDE with bound ATPgammaS 提交 2025-06-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 C
1–399(399 aa)
|
未记录 | AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 9RLK LolCDE(delta 235-252) complex with Pal lipoprotein 提交 2025-06-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric |
链 C
1–399(399 aa)
|
未记录 | PLM PALMITIC ACID × 1 Z41 (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.29 Å |
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| UniProt名称 | LOLC_ECOLI |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 C; PDB构建体 1–399; UniProt 1–399 |