9xro

LolCDE in complex with SMT-738_3

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 141.7 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolC

Escherichia coli K-12

UniProt P0ADC3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–399 未记录 Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolE × 1 (P75958) Lipoprotein-releasing system ATP-binding protein LolD × 1 (P75957) A1ER4 2-azanyl-1-[6-[2-azanyl-5-(3-methylpyridin-4-yl)-1H-imidazol-4-yl]-2,3-dihydro-1,4-benzoxazin-4-yl]-2-methyl-propan-1-one × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.88 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 18 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LOLC_ECOLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–399; UniProt 1–399

Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolE

Escherichia coli K-12

UniProt P75958

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–414 未记录 Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolC × 1 (P0ADC3) Lipoprotein-releasing system ATP-binding protein LolD × 1 (P75957) A1ER4 2-azanyl-1-[6-[2-azanyl-5-(3-methylpyridin-4-yl)-1H-imidazol-4-yl]-2,3-dihydro-1,4-benzoxazin-4-yl]-2-methyl-propan-1-one × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.88 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 21 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LOLE_ECOLI
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–414; UniProt 1–414

Lipoprotein-releasing system ATP-binding protein LolD

Escherichia coli K-12

UniProt P75957

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 1–233 未记录 Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolC × 1 (P0ADC3) Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolE × 1 (P75958) A1ER4 2-azanyl-1-[6-[2-azanyl-5-(3-methylpyridin-4-yl)-1H-imidazol-4-yl]-2,3-dihydro-1,4-benzoxazin-4-yl]-2-methyl-propan-1-one × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.88 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 21 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LOLD_ECOLI
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 1–233; UniProt 1–233

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9xro

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9xro
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9xro
沉积日期 deposition_date2025-11-19
结构标题 titleLolCDE in complex with SMT-738_3
关键词 keywordsBacterial lipoprotein transporter, LolCDE inhibitor, Cryo-EM, Allosteric conformational change, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier41.70
回转半径 Rg (电子) rg_electron41.71
零角强度 I(0) i0304831000.00
分子量 molecular_weight95331.0 kDa
排除体积 excluded_volume92371 ų
包络体积 envelope_volume174180 ų
水化壳体积 shell_volume38048 ų
包络直径 envelope_diameter141.6
壳层 Rg shell_rg42.35
包络 Rg envelope_rg41.50
形状 Rg shape_rg41.68
总 Rg total_rg41.80
总原子数 total_atoms7230
残基数 n_residues957
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax141.7
Rg (实空间) rg_real42.18
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.53
I(0) (实空间) i0_real3.0480e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.9850e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal41.71
I(0) (倒空间) i0_reciprocal304700000.0000
解质量估计 total_estimate0.6883
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary29.8
偏度 Skewness skewness0.500
峰度 Kurtosis kurtosis-0.746
角度范围 angular_range— – 0.1900 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha19540000.0000
实空间数据点数 n_real_points39
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.476; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.517; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)