9xzi

Crystal Structure of the SUZ12-RBBP4-PHF19-EPOP PRC2.1 Subcomplex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 105.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polycomb protein SUZ12

Homo sapiens

UniProt Q15022

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 76–545 片段:residues 76-545 Histone-binding protein RBBP4 × 2 (Q09028) PHD finger protein 19 × 2 (Q5T6S3) Elongin BC and Polycomb repressive complex 2-associated protein × 2 (A6NHQ4) ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;Sodium Citrate, Sodium Acetate, PEG 4000 分辨率 2.69 Å R-free 0.253

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 29 个其他 PDB 条目、47 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SUZ12_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–473; UniProt 76–545

Histone-binding protein RBBP4

Homo sapiens

UniProt Q09028

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–425 未记录 Polycomb protein SUZ12 × 2 (Q15022) PHD finger protein 19 × 2 (Q5T6S3) Elongin BC and Polycomb repressive complex 2-associated protein × 2 (A6NHQ4) ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;Sodium Citrate, Sodium Acetate, PEG 4000 分辨率 2.69 Å R-free 0.253

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 49 个其他 PDB 条目、69 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RBBP4_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 20–444; UniProt 1–425

PHD finger protein 19

Homo sapiens

UniProt Q5T6S3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 531–580 片段:residues 531-580 Polycomb protein SUZ12 × 2 (Q15022) Histone-binding protein RBBP4 × 2 (Q09028) Elongin BC and Polycomb repressive complex 2-associated protein × 2 (A6NHQ4) ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;Sodium Citrate, Sodium Acetate, PEG 4000 分辨率 2.69 Å R-free 0.253

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PHF19_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 4–53; UniProt 531–580

Elongin BC and Polycomb repressive complex 2-associated protein

Homo sapiens

UniProt A6NHQ4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 311–379 片段:residues 311-379 Polycomb protein SUZ12 × 2 (Q15022) Histone-binding protein RBBP4 × 2 (Q09028) PHD finger protein 19 × 2 (Q5T6S3) ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;Sodium Citrate, Sodium Acetate, PEG 4000 分辨率 2.69 Å R-free 0.253

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EPOP_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 2–70; UniProt 311–379

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9xzi

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9xzi
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9xzi
沉积日期 deposition_date2025-08-27
结构标题 titleCrystal Structure of the SUZ12-RBBP4-PHF19-EPOP PRC2.1 Subcomplex
关键词 keywordsmethyltransferase, transcription, epigenetics; TRANSCRIPTION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier33.22
回转半径 Rg (电子) rg_electron32.84
零角强度 I(0) i0121283000.00
分子量 molecular_weight87446.0 kDa
排除体积 excluded_volume109310 ų
包络体积 envelope_volume146950 ų
水化壳体积 shell_volume37976 ų
包络直径 envelope_diameter113.2
壳层 Rg shell_rg38.90
包络 Rg envelope_rg33.07
形状 Rg shape_rg32.82
总 Rg total_rg33.42
总原子数 total_atoms6163
残基数 n_residues763
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax105.6
Rg (实空间) rg_real33.24
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.71
I(0) (实空间) i0_real1.2130e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.8510e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal33.24
I(0) (倒空间) i0_reciprocal121300000.0000
解质量估计 total_estimate0.8978
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary33.0
偏度 Skewness skewness0.266
峰度 Kurtosis kurtosis-0.655
角度范围 angular_range— – 0.2400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha26360000.0000
实空间数据点数 n_real_points49
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.943; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.963; Smooth: 0.875

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)