Polycomb protein SUZ12
Homo sapiens
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 | 链 A; UniProt 76–545 | 片段:residues 76-545 | Histone-binding protein RBBP4 × 2 (Q09028) PHD finger protein 19 × 2 (Q5T6S3) Elongin BC and Polycomb repressive complex 2-associated protein × 2 (A6NHQ4) ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;Sodium Citrate, Sodium Acetate, PEG 4000 | 分辨率 2.69 Å R-free 0.253 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 9XZI | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4W2R Structure of Hs/AcPRC2 in complex with 5,8-dichloro-2-[(4-methoxy-6-methyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl]-7-[(R)-methoxy(oxetan-3-yl)methyl]-3,4-dihydroisoquinolin-1(2H)-one 提交 2017-09-25 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 T
545–725(181 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 7 CJD 5,8-dichloro-2-[(4-methoxy-6-methyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl]-7-[(R)-methoxy(oxetan-3-yl)methyl]-3,4-dihydroisoquinolin-1(2H)-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.7;286 K;Precipitant: 26.0 %w/v PEG monomethyl ether 2000, 0.0050 M TCEP hydrochloride, 0.1 M Bis_tris (pH 6.70)
|
分辨率 2.81 Å R-free 0.266 |
| 4W2R Structure of Hs/AcPRC2 in complex with 5,8-dichloro-2-[(4-methoxy-6-methyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl]-7-[(R)-methoxy(oxetan-3-yl)methyl]-3,4-dihydroisoquinolin-1(2H)-one 提交 2017-09-25 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 S
545–725(181 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 7 CJD 5,8-dichloro-2-[(4-methoxy-6-methyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl]-7-[(R)-methoxy(oxetan-3-yl)methyl]-3,4-dihydroisoquinolin-1(2H)-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.7;286 K;Precipitant: 26.0 %w/v PEG monomethyl ether 2000, 0.0050 M TCEP hydrochloride, 0.1 M Bis_tris (pH 6.70)
|
分辨率 2.81 Å R-free 0.266 |
| 5HYN Structure of Human Polycomb Repressive Complex 2 (PRC2) with oncogenic histone H3K27M peptide 提交 2016-02-01 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric |
链 C
558–685(128 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;291 K;25% PEG3350, 400mM Ammonian Citrate pH6.5
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.273 |
| 5HYN Structure of Human Polycomb Repressive Complex 2 (PRC2) with oncogenic histone H3K27M peptide 提交 2016-02-01 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric |
链 H
558–685(128 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;291 K;25% PEG3350, 400mM Ammonian Citrate pH6.5
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.273 |
| 5HYN Structure of Human Polycomb Repressive Complex 2 (PRC2) with oncogenic histone H3K27M peptide 提交 2016-02-01 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric |
链 M
558–685(128 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;291 K;25% PEG3350, 400mM Ammonian Citrate pH6.5
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.273 |
| 5HYN Structure of Human Polycomb Repressive Complex 2 (PRC2) with oncogenic histone H3K27M peptide 提交 2016-02-01 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric |
链 S
558–685(128 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;291 K;25% PEG3350, 400mM Ammonian Citrate pH6.5
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.273 |
| 5HYN Structure of Human Polycomb Repressive Complex 2 (PRC2) with oncogenic histone H3K27M peptide 提交 2016-02-01 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 C
558–685(128 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;291 K;25% PEG3350, 400mM Ammonian Citrate pH6.5
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.273 |
| 5HYN Structure of Human Polycomb Repressive Complex 2 (PRC2) with oncogenic histone H3K27M peptide 提交 2016-02-01 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 H
558–685(128 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;291 K;25% PEG3350, 400mM Ammonian Citrate pH6.5
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.273 |
| 5HYN Structure of Human Polycomb Repressive Complex 2 (PRC2) with oncogenic histone H3K27M peptide 提交 2016-02-01 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 M
558–685(128 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;291 K;25% PEG3350, 400mM Ammonian Citrate pH6.5
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.273 |
| 5HYN Structure of Human Polycomb Repressive Complex 2 (PRC2) with oncogenic histone H3K27M peptide 提交 2016-02-01 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 8 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 S
558–685(128 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;291 K;25% PEG3350, 400mM Ammonian Citrate pH6.5
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.273 |
| 5IJ7 Structure of Hs/AcPRC2 in complex with a pyridone inhibitor 提交 2016-03-01 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 S
545–725(181 aa)
|
未记录 | 6BN 5,8-dichloro-2-[(4-ethyl-6-methyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl]-7-({1-[(2R)-2-hydroxypropanoyl]piperidin-4-yl}oxy)-3,4-dihydroisoquinolin-1(2H)-one × 1 ZN ZINC ION × 7 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.6;286 K;24.0 %w/v PEG monomethyl ether 2000,
0.0050 M TCEP hydrochloride, 0.1 M Bis_tris (pH 6.60)
|
分辨率 2.62 Å R-free 0.238 |
| 5IJ7 Structure of Hs/AcPRC2 in complex with a pyridone inhibitor 提交 2016-03-01 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 信息不足 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 T
545–725(181 aa)
|
未记录 | 6BN 5,8-dichloro-2-[(4-ethyl-6-methyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl]-7-({1-[(2R)-2-hydroxypropanoyl]piperidin-4-yl}oxy)-3,4-dihydroisoquinolin-1(2H)-one × 1 ZN ZINC ION × 7 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.6;286 K;24.0 %w/v PEG monomethyl ether 2000,
0.0050 M TCEP hydrochloride, 0.1 M Bis_tris (pH 6.60)
|
分辨率 2.62 Å R-free 0.238 |
| 5IJ8 Structure of the primary oncogenic mutant Y641N Hs/AcPRC2 in complex with a pyridone inhibitor 提交 2016-03-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 T
545–725(181 aa)
|
突变:Y641N | 6BN 5,8-dichloro-2-[(4-ethyl-6-methyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl]-7-({1-[(2R)-2-hydroxypropanoyl]piperidin-4-yl}oxy)-3,4-dihydroisoquinolin-1(2H)-one × 1 ZN ZINC ION × 7 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.8;286 K;24.0 %w/v PEG monomethyl ether 2000, 0.0050 M TCEP hydrochloride, 0.1 M MES (pH 5.80)
|
分辨率 2.99 Å R-free 0.240 |
| 5IJ8 Structure of the primary oncogenic mutant Y641N Hs/AcPRC2 in complex with a pyridone inhibitor 提交 2016-03-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 信息不足 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 S
545–725(181 aa)
|
突变:Y641N | 6BN 5,8-dichloro-2-[(4-ethyl-6-methyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl]-7-({1-[(2R)-2-hydroxypropanoyl]piperidin-4-yl}oxy)-3,4-dihydroisoquinolin-1(2H)-one × 1 ZN ZINC ION × 7 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.8;286 K;24.0 %w/v PEG monomethyl ether 2000, 0.0050 M TCEP hydrochloride, 0.1 M MES (pH 5.80)
|
分辨率 2.99 Å R-free 0.240 |
| 5LS6 Structure of Human Polycomb Repressive Complex 2 (PRC2) with inhibitor 提交 2016-08-22 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 C
558–685(128 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 74D 1-[(1~{R})-1-[1-[2,2-bis(fluoranyl)propyl]piperidin-4-yl]ethyl]-~{N}-[(4-methoxy-6-methyl-2-oxidanylidene-3~{H}-pyridin-3-yl)methyl]-2-methyl-indole-3-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.67;291 K;24% PEG3350, 400mM Ammonian Citrate pH6.67
|
分辨率 3.47 Å R-free 0.299 |
| 5LS6 Structure of Human Polycomb Repressive Complex 2 (PRC2) with inhibitor 提交 2016-08-22 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 F
558–685(128 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 74D 1-[(1~{R})-1-[1-[2,2-bis(fluoranyl)propyl]piperidin-4-yl]ethyl]-~{N}-[(4-methoxy-6-methyl-2-oxidanylidene-3~{H}-pyridin-3-yl)methyl]-2-methyl-indole-3-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.67;291 K;24% PEG3350, 400mM Ammonian Citrate pH6.67
|
分辨率 3.47 Å R-free 0.299 |
| 5LS6 Structure of Human Polycomb Repressive Complex 2 (PRC2) with inhibitor 提交 2016-08-22 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 I
558–685(128 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 74D 1-[(1~{R})-1-[1-[2,2-bis(fluoranyl)propyl]piperidin-4-yl]ethyl]-~{N}-[(4-methoxy-6-methyl-2-oxidanylidene-3~{H}-pyridin-3-yl)methyl]-2-methyl-indole-3-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.67;291 K;24% PEG3350, 400mM Ammonian Citrate pH6.67
|
分辨率 3.47 Å R-free 0.299 |
| 5LS6 Structure of Human Polycomb Repressive Complex 2 (PRC2) with inhibitor 提交 2016-08-22 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 L
558–685(128 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 74D 1-[(1~{R})-1-[1-[2,2-bis(fluoranyl)propyl]piperidin-4-yl]ethyl]-~{N}-[(4-methoxy-6-methyl-2-oxidanylidene-3~{H}-pyridin-3-yl)methyl]-2-methyl-indole-3-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.67;291 K;24% PEG3350, 400mM Ammonian Citrate pH6.67
|
分辨率 3.47 Å R-free 0.299 |
| 5WAI Crystal Structure of a Suz12-Rbbp4-Jarid2-Aebp2 Heterotetrameric Complex 提交 2017-06-26 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 B
76–545(470 aa)
片段:UNP residues 76-545
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;10% PEG6000, 5%v/v(+/-)-2-Methyl-2,4-pentaneediol (MPD) and 100mM HEPES pH 7.5
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.216 |
| 5WAI Crystal Structure of a Suz12-Rbbp4-Jarid2-Aebp2 Heterotetrameric Complex 提交 2017-06-26 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 F
76–545(470 aa)
片段:UNP residues 76-545
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;10% PEG6000, 5%v/v(+/-)-2-Methyl-2,4-pentaneediol (MPD) and 100mM HEPES pH 7.5
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.216 |
| 5WAK Crystal Structure of a Suz12-Rbbp4 Binary Complex 提交 2017-06-26 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 B
76–545(470 aa)
片段:UNP residues 76-545
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;15% polyethylene glycol (PEG) 3350, 100 mM ammonium citrate tribasic and 100 mM Tris-HCl, pH 8.6
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.251 |
| 5WG6 Human Polycomb Repressive Complex 2 in complex with GSK126 inhibitor 提交 2017-07-13 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
543–695(153 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 A9G 1-[(2S)-butan-2-yl]-N-[(4,6-dimethyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl]-3-methyl-6-[6-(piperazin-1-yl)pyridin-3-yl]-1H-indole-4-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.2;298 K;200 mM ammonium citrate pH 7.2, 16% PEG 3350
|
分辨率 3.90 Å R-free 0.300 |
| 5WG6 Human Polycomb Repressive Complex 2 in complex with GSK126 inhibitor 提交 2017-07-13 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 信息不足 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 C
543–695(153 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.2;298 K;200 mM ammonium citrate pH 7.2, 16% PEG 3350
|
分辨率 3.90 Å R-free 0.300 |
| 6B3W Structure of Hs/AcPRC2 in complex with 5,8-dichloro-7-(3,5-dimethyl-1,2-oxazol-4-yl)-2-[(4,6-dimethyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl]-3,4-dihydroisoquinolin-1(2H)-one 提交 2017-09-25 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 T
545–725(181 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 7 CJG 5,8-dichloro-7-(3,5-dimethyl-1,2-oxazol-4-yl)-2-[(4,6-dimethyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl]-3,4-dihydroisoquinolin-1(2H)-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.2;286 K;23.0 %w/v PEG monomethyl ether 2000, 0.0050 M TCEP hydrochloride, 0.1 M MES (pH 6.20)
|
分辨率 3.05 Å R-free 0.282 |
| 6B3W Structure of Hs/AcPRC2 in complex with 5,8-dichloro-7-(3,5-dimethyl-1,2-oxazol-4-yl)-2-[(4,6-dimethyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl]-3,4-dihydroisoquinolin-1(2H)-one 提交 2017-09-25 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 S
545–725(181 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 7 CJG 5,8-dichloro-7-(3,5-dimethyl-1,2-oxazol-4-yl)-2-[(4,6-dimethyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl]-3,4-dihydroisoquinolin-1(2H)-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.2;286 K;23.0 %w/v PEG monomethyl ether 2000, 0.0050 M TCEP hydrochloride, 0.1 M MES (pH 6.20)
|
分辨率 3.05 Å R-free 0.282 |
| 6C23 Cryo-EM structure of PRC2 bound to cofactors AEBP2 and JARID2 in the Compact Active State 提交 2018-01-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric |
链 A
1–739(739 aa)
链 M
1–739(739 aa)
链 Q
1–739(739 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 6C24 Cryo-EM structure of PRC2 bound to cofactors AEBP2 and JARID2 in the Extended Active State 提交 2018-01-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric |
链 A
1–739(739 aa)
链 M
1–739(739 aa)
链 Q
1–739(739 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 6NQ3 Crystal Structure of a SUZ12-RBBP4-PHF19-JARID2 Heterotetrameric Complex 提交 2019-01-19 | 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric |
链 B
76–545(470 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;15% polyethylene glycol (PEG) 3350, 0.1M Sodium Malonate, pH6.0
|
分辨率 2.89 Å R-free 0.230 |
| 6NQ3 Crystal Structure of a SUZ12-RBBP4-PHF19-JARID2 Heterotetrameric Complex 提交 2019-01-19 | 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric |
链 F
76–545(470 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;15% polyethylene glycol (PEG) 3350, 0.1M Sodium Malonate, pH6.0
|
分辨率 2.89 Å R-free 0.230 |
| 6WKR PRC2-AEBP2-JARID2 bound to H2AK119ub1 nucleosome 提交 2020-04-16 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 17 PDB 声明:octadecameric |
链 A
1–739(739 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7AT8 Histone H3 recognition by nucleosome-bound PRC2 subunit EZH2. 提交 2020-10-29 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 10 PDB 声明:dodecameric |
链 C
1–739(739 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 7 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 4.40 Å |
| 7KSO Cryo-EM structure of PRC2:EZH1-AEBP2-JARID2 提交 2020-11-23 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric |
链 C
1–739(739 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 7KSR PRC2:EZH1_A from a dimeric PRC2 bound to a nucleosome 提交 2020-11-24 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 C
1–739(739 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 7KTP PRC2:EZH1_B from a dimeric PRC2 bound to a nucleosome 提交 2020-11-24 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 C
1–739(739 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.80 Å |
| 7TD5 Structure of human PRC2-EZH1 containing phosphorylated SUZ12 提交 2021-12-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric |
链 C
561–739(179 aa)
|
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) | ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;289 K;10% PEG3350, 100 mM (NH4)2SO4, 50mM HEPES 6.8
|
分辨率 2.99 Å R-free 0.230 |
| 7TD5 Structure of human PRC2-EZH1 containing phosphorylated SUZ12 提交 2021-12-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric |
链 H
561–739(179 aa)
|
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) | ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;289 K;10% PEG3350, 100 mM (NH4)2SO4, 50mM HEPES 6.8
|
分辨率 2.99 Å R-free 0.230 |
| 8EQV Cryo-EM structure of PRC2 in complex with the long isoform of AEBP2 提交 2022-10-09 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric |
链 B
1–739(739 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;200 mM NaCl, 20 mM HEPES pH 7.5, 1 mM TCEP, 0.01% NP-40
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Blotting 3 seconds
|
分辨率 3.64 Å |
| 8FYH G4 RNA-mediated PRC2 dimer 提交 2023-01-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 12 PDB 声明:tridecameric |
链 B
1–739(739 aa)
链 H
1–739(739 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 14 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9;RNP complex buffer (25 mM HEPES pH 7.9, 50 mM KCl, 2 mM MgCl2, 10% glycerol, and 1mM TCEP)
EM preparation buffer I (25 mM HEPES pH 7.9, 50 mM KCl, 2.5% glycerol, and 1mM TCEP)
EM preparation buffer II (25 mM HEPES pH 7.9, 50 mM KCl, 2.5% glycerol, 0.01%NP-40, and 1mM TCEP).
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;3s of single side blotting
|
分辨率 3.40 Å |
| 8T9G Automethylated PRC2 dimer bound to nucleosome 提交 2023-06-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 19 PDB 声明:21-meric |
链 B
68–685(618 aa)
链 G
68–685(618 aa)
|
未记录 | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.20 Å |
| 8TAS PRC2 monomer bound to nucleosome 提交 2023-06-27 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 13 PDB 声明:pentadecameric |
链 D
68–685(618 aa)
|
未记录 | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 8TB9 PRC2-J119-450 monomer bound to H1-nucleosome 提交 2023-06-28 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 15 PDB 声明:heptadecameric |
链 D
68–685(618 aa)
|
未记录 | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 8VMI PRC2_AJ119-450 bound to H3K4me3 提交 2024-01-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 9 PDB 声明:nonameric |
链 L
1–739(739 aa)
链 T
1–739(739 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8VML PRC2_AJ1-450 bound to H3K4me3 提交 2024-01-13 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric |
链 A
1–739(739 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 8VNV PRC2_AJ1-450 bound to H3K36me3 with histone H3 tail engaged 提交 2024-01-13 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 7 PDB 声明:nonameric |
链 A
68–685(618 aa)
|
未记录 | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8VNZ PRC2_AJ1-450 bound to H3K36me3-modified nucleosome with histone H3 tail disengaged 提交 2024-01-14 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric |
链 A
1–739(739 aa)
|
未记录 | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 9C8U Human PRC2 - RvLEAM (short) (1:6 molar ratio), cross-linked 10 min 提交 2024-06-13 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric |
链 B
1–739(739 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9DCH Single-stranded RNA-mediated PRC2 dimer 提交 2024-08-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 12 PDB 声明:tridecameric |
链 B
1–739(739 aa)
链 I
1–739(739 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 14 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9;RNP complex buffer (25 mM HEPES pH 7.9, 50 mM KCl, 2 mM MgCl2, 10% glycerol, and 1 mM TCEP)
EM preparation buffer I (25 mM HEPES pH 7.9, 50 mM KCl, 2.5% glycerol, and 1 mM TCEP)
EM preparation buffer II (25 mM HEPES pH 7.9, 50 mM KCl, 2.5% glycerol, 0.01%NP-40, and 1 mM TCEP).
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;2-3s of single side blotting
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分辨率 3.40 Å |
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| UniProt名称 | SUZ12_HUMAN |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A; PDB构建体 4–473; UniProt 76–545 |