SAXSdb — 9y8m

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Kelch-like protein 12

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 279–567	未记录	A1CTE 2-(2-amino-5-fluoro-4-methyl-1H-1,3-benzimidazol-1-yl)-N-(2,4,6-trichlorophenyl)acetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1M Bis-Tris pH 5.5, 0.2M MgCl2 and 25% PEG3350	分辨率 1.33 Å R-free 0.178

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9Y8M	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2VPJ Crystal structure of the Kelch domain of human KLHL12 提交 2008-02-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 268–567（300 aa）片段：KELCH DOMAIN, RESIDUES 268-567	未记录	ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；0.2M AMMONIUM ACETATE, 0.1M SODIUM ACETATE PH4.6, 30% PEG4K	分辨率 1.85 Å R-free 0.222
6TTK Crystal structure of the kelch domain of human KLHL12 in complex with DVL1 peptide 提交 2019-12-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 268–567（300 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；30% PEG4000, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M acetate pH 4.6	分辨率 2.38 Å R-free 0.251
6TTK Crystal structure of the kelch domain of human KLHL12 in complex with DVL1 peptide 提交 2019-12-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 268–567（300 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；30% PEG4000, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M acetate pH 4.6	分辨率 2.38 Å R-free 0.251
6TTK Crystal structure of the kelch domain of human KLHL12 in complex with DVL1 peptide 提交 2019-12-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 268–567（300 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；30% PEG4000, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M acetate pH 4.6	分辨率 2.38 Å R-free 0.251
6TTK Crystal structure of the kelch domain of human KLHL12 in complex with DVL1 peptide 提交 2019-12-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 268–567（300 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；30% PEG4000, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M acetate pH 4.6	分辨率 2.38 Å R-free 0.251
6V7O Structural Elucidation of Peptide Binding to KLHL-12, a Substrate Specific Adapter Protein in a Cul3-Ring E3 Ligase Complex 提交 2019-12-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 268–567（300 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；292 K；Sodium cacodylate, Sodium citrate	分辨率 2.90 Å R-free 0.254
6V7O Structural Elucidation of Peptide Binding to KLHL-12, a Substrate Specific Adapter Protein in a Cul3-Ring E3 Ligase Complex 提交 2019-12-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 268–567（300 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；292 K；Sodium cacodylate, Sodium citrate	分辨率 2.90 Å R-free 0.254
8OIO Crystal structure of the kelch domain of human KLHL12 in complex with PLEKHA4 peptide 提交 2023-03-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 268–567（300 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293.15 K；0.1 M citrate pH 5.5, 0.4 M NaCl, 27,1% PEG8K	分辨率 1.95 Å R-free 0.249
8OIO Crystal structure of the kelch domain of human KLHL12 in complex with PLEKHA4 peptide 提交 2023-03-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 268–567（300 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293.15 K；0.1 M citrate pH 5.5, 0.4 M NaCl, 27,1% PEG8K	分辨率 1.95 Å R-free 0.249
8OIO Crystal structure of the kelch domain of human KLHL12 in complex with PLEKHA4 peptide 提交 2023-03-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 268–567（300 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293.15 K；0.1 M citrate pH 5.5, 0.4 M NaCl, 27,1% PEG8K	分辨率 1.95 Å R-free 0.249
8OIO Crystal structure of the kelch domain of human KLHL12 in complex with PLEKHA4 peptide 提交 2023-03-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 268–567（300 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293.15 K；0.1 M citrate pH 5.5, 0.4 M NaCl, 27,1% PEG8K	分辨率 1.95 Å R-free 0.249
8RBH Crystal structure of the kelch domain of human KLHL12 in complex with PEF1 peptide 提交 2023-12-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 268–567（300 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293.15 K；0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 200 mM NaCl, and 30% PEG4K. (1:1)	分辨率 1.88 Å R-free 0.258
8RBH Crystal structure of the kelch domain of human KLHL12 in complex with PEF1 peptide 提交 2023-12-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 268–567（300 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293.15 K；0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 200 mM NaCl, and 30% PEG4K. (1:1)	分辨率 1.88 Å R-free 0.258
9Y8J Crystal structure of the Kelch domain of human KLHL12 with compound 1 提交 2025-09-11	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 279–567（289 aa）	未记录	A1CTS 2-(1H-1,3-benzimidazol-1-yl)-N-(2-fluorophenyl)acetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1M Bis-Tris pH 5.5, 0.2M MgCl2 and 25% PEG3350	分辨率 2.70 Å R-free 0.329
9Y8K Crystal structure of the Kelch domain of human KLHL12 with compound 7k 提交 2025-09-11	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 279–567（289 aa）	未记录	A1CTR 2-(2-amino-4-methyl-1H-1,3-benzimidazol-1-yl)-N-(2,4,6-trichlorophenyl)acetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1M Bis-Tris pH 5.5, 0.2M MgCl2 and 25% PEG3350	分辨率 1.27 Å R-free 0.191
9Y8L Crystal structure of the Kelch domain of human KLHL12 with compound 8e 提交 2025-09-11	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 279–567（289 aa）	未记录	A1CTQ 2-(2-amino-5,6-dimethyl-1H-1,3-benzimidazol-1-yl)-N-(2,4,6-trichlorophenyl)acetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1M Bis-Tris pH 5.5, 0.2M MgCl2 and 25% PEG3350	分辨率 1.27 Å R-free 0.193
9Y8N Crystal structure of the Kelch domain of human KLHL12 with compound 8m 提交 2025-09-11	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 279–567（289 aa）	未记录	A1CTL 2-(4-methyl-1H-imidazo[4,5-c]pyridin-1-yl)-N-(2,4,6-trichlorophenyl)acetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1M Bis-Tris pH 5.5, 0.2M MgCl2 and 25% PEG3350	分辨率 1.31 Å R-free 0.204
9Y8O Crystal structure of the Kelch domain of human KLHL12 with compound 9c 提交 2025-09-11	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 279–567（289 aa）	未记录	A1CTM 2-(2-amino-4-methyl-1H-1,3-benzimidazol-1-yl)-N-[2,6-dichloro-4-(phenoxyacetyl)phenyl]acetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1M Bis-Tris pH 5.5, 0.2M MgCl2 and 25% PEG3350	分辨率 1.29 Å R-free 0.177
9Y8Q Crystal structure of the Kelch domain of human KLHL12 with compound 9e 提交 2025-09-11	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 279–567（289 aa）	未记录	A1CTO 2-(2-amino-4-methyl-1H-1,3-benzimidazol-1-yl)-N-(2,6-dichloro-4-{[(propan-2-yl)oxy]methyl}phenyl)acetamide × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1M Bis-Tris pH 5.5, 0.2M MgCl2 and 25% PEG3350	分辨率 1.20 Å R-free 0.152
9Y8R Crystal structure of the Kelch domain of human KLHL12 with compound 9h 提交 2025-09-11	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 279–567（289 aa）	未记录	A1CTP 2-(2-amino-4-methyl-1H-1,3-benzimidazol-1-yl)-N-[2-chloro-4-(hydroxymethyl)-3-methylphenyl]acetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1M Bis-Tris pH 5.5, 0.2M MgCl2 and 25% PEG3350	分辨率 1.33 Å R-free 0.173
9Y8S Crystal structure of the Kelch domain of human KLHL12 with compound 9k 提交 2025-09-11	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 279–567（289 aa）	未记录	A1CTN 4-[2-(2-amino-4-methyl-1H-1,3-benzimidazol-1-yl)acetamido]-N-benzyl-3-chloro-2-methylbenzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1M Bis-Tris pH 5.5, 0.2M MgCl2 and 25% PEG3350	分辨率 1.29 Å R-free 0.170
9Y8T Crystal structure of the Kelch domain of human KLHL12 with compound 10b 提交 2025-09-11	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 279–567（289 aa）	未记录	A1CTJ 2-{2-amino-4-[(morpholin-4-yl)methyl]-1H-1,3-benzimidazol-1-yl}-N-(2,4,6-trichlorophenyl)acetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1M Bis-Tris pH 5.5, 0.2M MgCl2 and 25% PEG3350	分辨率 1.40 Å R-free 0.208
9Y8U Crystal structure of the Kelch domain of human KLHL12 with compound 10j 提交 2025-09-11	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 279–567（289 aa）	未记录	A1CTK 2-(4-{[(3S)-3-(4-cyanopiperidin-1-yl)pyrrolidin-1-yl]methyl}-2-methyl-1H-1,3-benzimidazol-1-yl)-N-(2,4,6-trichlorophenyl)acetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1M Bis-Tris pH 5.5, 0.2M MgCl2 and 25% PEG3350	分辨率 1.01 Å R-free 0.141
9Y8V Crystal structure of the Kelch domain of human KLHL12 with compound 10q 提交 2025-09-11	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 279–567（289 aa）	未记录	A1CTF 2-{4-[(1R,2S)-2-{[(3S)-3-(1,1-dioxo-1lambda~6~-thiomorpholin-4-yl)pyrrolidin-1-yl]methyl}cyclopropyl]-2-methyl-1H-1,3-benzimidazol-1-yl}-N-(2,4,6-trichlorophenyl)acetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1M Bis-Tris pH 5.5, 0.2M MgCl2 and 25% PEG3350	分辨率 1.27 Å R-free 0.199

共 16 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KLH12_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 7–295； UniProt 279–567

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9y8m
沉积日期 deposition_date	2025-09-11
结构标题 title	Crystal structure of the Kelch domain of human KLHL12 with compound 8i
关键词 keywords	E3 ligase, fragment-based drug discovery, PROTAC, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.35 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.43 Å
零角强度 I(0) i0	32156400.00
分子量 molecular_weight	28985.0 kDa
排除体积 excluded_volume	27804 Å³
包络体积 envelope_volume	42548 Å³
水化壳体积 shell_volume	19737 Å³
包络直径 envelope_diameter	56.4 Å
壳层 Rg shell_rg	24.41 Å
包络 Rg envelope_rg	17.59 Å
形状 Rg shape_rg	17.42 Å
总 Rg total_rg	18.15 Å
总原子数 total_atoms	2181
残基数 n_residues	287
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	54.6 Å
Rg (实空间) rg_real	18.20 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.18 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.2160e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.6370e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.22 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	32160000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9004
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	53.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.037
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.537
角度范围 angular_range	— – 0.4350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11790000.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.930; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.973; Smooth: 0.936

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Kelch-like protein 12
分子量 formula_weight	32148.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2603

GSHMGSANEVLLVVGGFGSQQSPIDVVEKYDPKTQEWSFLPSITRKRRYVASVSLHDRIYVIGGYDGRSRLSSVECLDYTADEDGVWYSVAPMNVRRGLAGATTLGDMIYVSGGFDGSRRHTSMERYDPNIDQWSMLGDMQTAREGAGLVVASGVIYCLGGYDGLNILNSVEKYDPHTGHWTNVTPMATKRSGAGVALLNDHIYVVGGFDGTAHLSSVEAYNIRTDSWTTVTSMTTPRCYVGATVLRGRLYAIAGYDGNSLLSSIECYDPIIDSWEVVTSMGTQRCDAGVCVLRE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	2-(2-amino-5-fluoro-4-methyl-1H-1,3-benzimidazol-1-yl)-N-(2,4,6-trichlorophenyl)acetamide
分子量 formula_weight	401.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	364

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	79.891 Å
晶胞边长 b length_b	79.891 Å
晶胞边长 c length_c	76.670 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.334 Å
最低分辨率 resolution_low	45.521 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1635
R_free r_free	0.1785

fit	/app/data/saxs_computation/y8/9y8m/9y8m.fit
pddf	/app/data/pr_computation/y8/9y8m/9y8m.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/y8/9y8m/9y8m.dat

Crystal structure of the Kelch domain of human KLHL12 with compound 8i

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Kelch-like protein 12

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction