SAXSdb — 9yb4

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E1 glycoprotein

Eastern equine encephalitis virus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 12 其他聚合物 4	Capsid protein × 4 （Q88793） E2 glycoprotein × 2 （A9XR09） E2 glycoprotein × 2 （A9XR09） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	E9KXM2_EEEV
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–441； UniProt 802–1242 作者链 B； PDB构建体 1–441； UniProt 802–1242 作者链 C； PDB构建体 1–441； UniProt 802–1242 作者链 D； PDB构建体 1–441； UniProt 802–1242

Capsid protein

Eastern equine encephalitis virus

UniProt Q88793

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 12 其他聚合物 4	E1 glycoprotein × 4 （E9KXM2） E2 glycoprotein × 2 （A9XR09） E2 glycoprotein × 2 （A9XR09） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q88793_EEEV
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–160； UniProt 102–261 作者链 Q； PDB构建体 1–160； UniProt 102–261 作者链 R； PDB构建体 1–160； UniProt 102–261 作者链 S； PDB构建体 1–160； UniProt 102–261

E2 glycoprotein

Eastern equine encephalitis virus

UniProt A9XR09

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 12 其他聚合物 4	E1 glycoprotein × 4 （E9KXM2） Capsid protein × 4 （Q88793） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A9XR09_EEEV
Isoform	—
PDB实体	3, 4
链与序列区间	作者链 a； PDB构建体 1–418； UniProt 2–419 作者链 d； PDB构建体 1–418； UniProt 2–419 作者链 b； PDB构建体 1–419； UniProt 1–419 作者链 c； PDB构建体 1–419； UniProt 1–419

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9yb4
沉积日期 deposition_date	2025-09-16
结构标题 title	Localized reconstruction of the asymmetric unit of the low pH treated back neutralized SINV/EEEV.
关键词 keywords	;Eastern Equine Encephalitis Virus, Cryo-EM, Single Particle Averaging, localized reconstruction, asymmetric unit, low pH back neutralization., VIRUS ;; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9yb4__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9yb4__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9yb4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	65.65 Å
Rg（电子密度）	65.14 Å
总 Rg	65.40 Å
原子数	31820
残基数	4078
排除体积	565200 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9yb4__assembly_1__model_1`	12-meric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	E1 glycoprotein
分子量 formula_weight	47938.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.90
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	31820

YEHTAVMPNKVGIPYKALVERPGYAPVHLQIQLVNTRIIPSTNLEYITCKYKTKVPSPVVKCCGATQCTSKPHPDYQCQVFTGVYPFMWGGAYCFCDTENTQMSEAYVERSEECSIDHAKAYKVHTGTVQAMVNITYGSVSWRSADVYVNGETPAKIGDAKLIIGPLSSAWSPFDNKVVVYGHEVYNYDFPEYGTGKAGSFGDLQSRTSTSNDLYANTNLKLQRPQAGIVHTPFTQAPSGFERWKRDKGAPLNDVAPFGCSIALEPLRAENCAVGSIPISIDIPDAAFTRISETPTVSDLECKITECTYASDFGGIATVAYKSSKAGNCPIHSPSGVAVIKENDVTLAESGSFTFHFSTANIHPAFKLQVCTSAVTCKGDCKPPKDHIVDYPAQHTESFTSAISATAWSWLKVLVGGTSAFIVLGLIATAVVALVLFFHRH

来源 Source

来源生物 organism	Eastern equine encephalitis virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11021
宿主生物 host_organism	Mesocricetus auratus

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Capsid protein
分子量 formula_weight	17650.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,Q,R,S

QRMCMKLESDKTFPIMLNGQVNGYACVVGGRVFKPLHVEGRIDNEQLAAIKLKKASIYDLEYGDVPQCMKSDTLQYTSDKPPGFYNWHHGAVQYENNRFTVPRGVGGKGDSGRPILDNKGRVVAIVLGGVNEGSRTALSVVTWNQKGVTVKDTPEGSEPW

来源 Source

来源生物 organism	Eastern equine encephalitis virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11021
宿主生物 host_organism	Mesocricetus auratus

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	E2 glycoprotein
分子量 formula_weight	46860.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a,d

LDTHFTQYKLARPYIADCPNCGHSRCDSPIAIEEVRGDAHAGVIRIQTSAMFGLKTDGVDLAYMSFMNGKTQKSIKIDNLHVRTSAPCSLVSHHGYYILAQCPPGDTVTVGFHDGPNRHTCTVAHKVEFRPVGREKYRHPPEHGVELPCNRYTHKRADQGHYVEMHQPGLVADHSLLSIHSAKVKITVPSGAQVKYYCKCPDVREGITSSDHTTTCTDVKQCRAYLIDNKKWVYNSGRLPRGEGDTFKGKLHVPFVPVKAKCIATLAPEPLVEHKHRTLILHLHPDHPTLLTTRSLGSDANPTRQWIERPTTVNFTVTGEGLEYTWGNHPPKRVWAQESGEGNPHGWPHEVVVYYYNRYPLTTIIGLCTCVAIIMVSCVTSVWLLCRTRNLCITPYKLAPNAQVPILLALLCCIKPTR

来源 Source

来源生物 organism	Eastern equine encephalitis virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11021
宿主生物 host_organism	Mesocricetus auratus

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	E2 glycoprotein
分子量 formula_weight	46975.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	b,c

DLDTHFTQYKLARPYIADCPNCGHSRCDSPIAIEEVRGDAHAGVIRIQTSAMFGLKTDGVDLAYMSFMNGKTQKSIKIDNLHVRTSAPCSLVSHHGYYILAQCPPGDTVTVGFHDGPNRHTCTVAHKVEFRPVGREKYRHPPEHGVELPCNRYTHKRADQGHYVEMHQPGLVADHSLLSIHSAKVKITVPSGAQVKYYCKCPDVREGITSSDHTTTCTDVKQCRAYLIDNKKWVYNSGRLPRGEGDTFKGKLHVPFVPVKAKCIATLAPEPLVEHKHRTLILHLHPDHPTLLTTRSLGSDANPTRQWIERPTTVNFTVTGEGLEYTWGNHPPKRVWAQESGEGNPHGWPHEVVVYYYNRYPLTTIIGLCTCVAIIMVSCVTSVWLLCRTRNLCITPYKLAPNAQVPILLALLCCIKPTR

来源 Source

来源生物 organism	Eastern equine encephalitis virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11021
宿主生物 host_organism	Mesocricetus auratus

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	958879

Localized reconstruction of the asymmetric unit of the low pH treated back neutralized SINV/EEEV.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E1 glycoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Capsid protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

E2 glycoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9yb4__assembly_1__model_1

9yb4__assembly_1__model_1 | I(q)

9yb4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Localized reconstruction of the asymmetric unit of the low pH treated back neutralized SINV/EEEV.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E1 glycoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Capsid protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

E2 glycoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9yb4__assembly_1__model_1

9yb4__assembly_1__model_1 | I(q)

9yb4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)