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9ycv

HSV Helicase-primase complex bound to amenamevir

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 187.4 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UL52

Human alphaherpesvirus 1 strain R-15

UniProt A0A5J6DWG4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 3 DNA 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物数一致 链 C； UniProt 1–1058 未记录 ;DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3') ; × 1 UL5 × 1 （A0A5J6DVR7） UL8 × 1 （P10192） ZN ZINC ION × 1 A1BXD Amenamevir × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9YCV Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
9YC9 HSV replication fork complex bound to pritelivir 提交 2025-09-18 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 C 1–1058（1058 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1BXB Pritelivir × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
9YCP HSV Helicase-primase complex bound to IM-250 提交 2025-09-19 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–1058（1058 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1CHB N-{5-[(R)-amino(hydroxy)(methyl)-lambda~4~-sulfanyl]-4-methyl-1,3-thiazol-2-yl}-2-(2',5'-difluoro[1,1'-biphenyl]-4-yl)-N-methylacetamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9YCT HSV helicase-primase complex bound to pritelivir 提交 2025-09-19 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–1058（1058 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1BXB Pritelivir × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A5J6DWG4_HHV1
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–1058； UniProt 1–1058

UL5

Human alphaherpesvirus 1 strain R-15

UniProt A0A5J6DVR7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 3 DNA 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物数一致 链 A； UniProt 1–882 未记录 ;DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3') ; × 1 UL52 × 1 （A0A5J6DWG4） UL8 × 1 （P10192） ZN ZINC ION × 1 A1BXD Amenamevir × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9YCV Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
9YC9 HSV replication fork complex bound to pritelivir 提交 2025-09-18 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 A 1–882（882 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1BXB Pritelivir × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
9YCP HSV Helicase-primase complex bound to IM-250 提交 2025-09-19 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–882（882 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1CHB N-{5-[(R)-amino(hydroxy)(methyl)-lambda~4~-sulfanyl]-4-methyl-1,3-thiazol-2-yl}-2-(2',5'-difluoro[1,1'-biphenyl]-4-yl)-N-methylacetamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9YCT HSV helicase-primase complex bound to pritelivir 提交 2025-09-19 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–882（882 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1BXB Pritelivir × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A5J6DVR7_HHV1
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–882； UniProt 1–882

UL8

Human alphaherpesvirus 1 strain R-15

UniProt P10192

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 3 DNA 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物数一致 链 B； UniProt 1–750 未记录 ;DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3') ; × 1 UL52 × 1 （A0A5J6DWG4） UL5 × 1 （A0A5J6DVR7） ZN ZINC ION × 1 A1BXD Amenamevir × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9YCV Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
9NDA The rigid portion of Cryo-EM structure of Herpesvirus Helicase-Primase complex with amenamevir 提交 2025-02-17 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–750（750 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9NDQ The rigid portion of Cryo-EM structure of Herpesvirus Helicase-Primase complex prepared with forked DNA and ATP-gamma-S 提交 2025-02-18 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–750（750 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9NDZ The rigid portion of Cryo-EM structure of Herpesvirus Helicase-Primase complex prepared with forked DNA, ATP-gamma-S and Pritelivir 提交 2025-02-19 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–750（750 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9NEB The rigid portion of Cryo-EM structure of Herpesvirus Helicase-Primase complex with Pritelivir 提交 2025-02-19 聚集状态不同 配体/离子不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–750（750 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
9NN2 Composite structure of HSV-1 helicase-primase in complex with a forked DNA and amenamevir 提交 2025-03-04 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–750（750 aa）
未记录 A1BXD Amenamevir × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；CHAPSO is made fresh at 80 mM before being added to the sample at a final concentration of 2 mM immediately before vitrification
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9NNP Composite structure of HSV-1 helicase-primase in complex with a forked DNA 提交 2025-03-05 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–750（750 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；CHAPSO is made fresh at 80 mM before being added to the sample at a final concentration of 4 mM immediately before vitrification
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
9NQP Composite structure of HSV1 helicase-primase in complex with a forked DNA and pritelivir 提交 2025-03-12 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–750（750 aa）
未记录 A1BXB Pritelivir × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；CHAPSO is made fresh at 80 mM before being added to the sample at a final concentration of 2 mM immediately before vitrification
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
9UT1 The helicase-primase complex from HHV1 bound with ssDNA and amenamevir 提交 2025-05-02 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–750（750 aa）
突变：R64T/R71E A1BXD Amenamevir × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.14 Å
9UT4 The primase module of the helicase-primase complex from HHV1 bound with ssDNA and amenamevir 提交 2025-05-02 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–750（750 aa）
突变：R64T/R71E 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.91 Å
9UT5 The helicase-primase complex from HHV1 bound with ssDNA and pritelivir 提交 2025-05-02 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–750（750 aa）
突变：R64T/R71E A1BXB Pritelivir × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.32 Å
9UT7 The Primase module of the helicase-primase complex from HHV1 bound with ssDNA and pritelivir 提交 2025-05-02 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–750（750 aa）
突变：R64T/R71E 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.08 Å
9YC9 HSV replication fork complex bound to pritelivir 提交 2025-09-18 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 B 1–750（750 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1BXB Pritelivir × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
9YCP HSV Helicase-primase complex bound to IM-250 提交 2025-09-19 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–750（750 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1CHB N-{5-[(R)-amino(hydroxy)(methyl)-lambda~4~-sulfanyl]-4-methyl-1,3-thiazol-2-yl}-2-(2',5'-difluoro[1,1'-biphenyl]-4-yl)-N-methylacetamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9YCT HSV helicase-primase complex bound to pritelivir 提交 2025-09-19 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–750（750 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1BXB Pritelivir × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å

共 14 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HEPA_HHV11
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–750； UniProt 1–750

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9ycv

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9ycv
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9ycv
沉积日期 deposition_date2025-09-19
结构标题 titleHSV Helicase-primase complex bound to amenamevir
关键词 keywordsHSV, helicase-primase, HPI, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier53.32 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron53.65 Å
零角强度 I(0) i01710160000.00
分子量 molecular_weight228040.0 kDa
排除体积 excluded_volume220340 ų
包络体积 envelope_volume449570 ų
水化壳体积 shell_volume73570 ų
包络直径 envelope_diameter193.0 Å
壳层 Rg shell_rg52.26 Å
包络 Rg envelope_rg52.65 Å
形状 Rg shape_rg53.65 Å
总 Rg total_rg53.61 Å
总原子数 total_atoms17325
残基数 n_residues2222
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax187.4 Å
Rg (实空间) rg_real53.65 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.00 Å
I(0) (实空间) i0_real1.7100e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.3110e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal53.03 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1709000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8389
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary50.0 Å
偏度 Skewness skewness0.477
峰度 Kurtosis kurtosis-0.452
角度范围 angular_range— – 0.1500 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha52020000.0000
实空间数据点数 n_real_points31
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.752; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.947; Smooth: 0.699
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)