SAXSdb — 9yed

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sodium-type flagellar protein MotX

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Sodium-type flagellar protein MotY × 2 （Q9KT95） Chemotaxis protein PomB × 2 （Q9KTK9）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9KNX9_VIBCH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 AP1； PDB构建体 1–188； UniProt 24–211 作者链 EP1； PDB构建体 1–188； UniProt 24–211

Sodium-type flagellar protein MotY

物种未注明

UniProt Q9KT95

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Sodium-type flagellar protein MotX × 2 （Q9KNX9） Chemotaxis protein PomB × 2 （Q9KTK9）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9KT95_VIBCH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 BP1； PDB构建体 1–272； UniProt 23–294 作者链 FP1； PDB构建体 1–272； UniProt 23–294

Chemotaxis protein PomB

物种未注明

UniProt Q9KTK9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Sodium-type flagellar protein MotX × 2 （Q9KNX9） Sodium-type flagellar protein MotY × 2 （Q9KT95）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9KTK9_VIBCH
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 CP1； PDB构建体 1–155； UniProt 146–300 作者链 DP1； PDB构建体 1–155； UniProt 146–300

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9yed
沉积日期 deposition_date	2025-09-24
结构标题 title	T-ring-PomB complex in Vibrio cholerae
关键词 keywords	In situ cryo-EM, sheathed flagellar motor, Vibrio cholerae, T-ring, PomB, assembled state, MOTOR PROTEIN; MOTOR PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9yed__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9yed__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9yed__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	39.01 Å
Rg（电子密度）	38.77 Å
总 Rg	39.14 Å
原子数	9930
残基数	1230
排除体积	175280 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9yed__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Sodium-type flagellar protein MotX
分子量 formula_weight	21729.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AP1,EP1
原子数 atom_count	9930

ADLGEPVPIYSEAELIKLIEENKHLERVKADNCQIVEDIVARATRISLPSYEFLYGDMLAWGVCVDQDVELGLYYMENAAHQGLPAALEQLGRYYSRGTLVQQDKERAIPYLREAAAMGNLNARIQLAELLLRDYGSPLDYEDAYRWLYNSVTADQRTHNRIALLRQGLERRMPENIIARAKRRETFW

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Sodium-type flagellar protein MotY
分子量 formula_weight	31307.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	BP1,FP1

LEVRYMATPQQSTWQMATNTPLECRLVHPIPNYGDAEFSSRAGKKINLDFELKMRRPMGDTRNVSLVSMPPVWRPGEGADRITNLQFFKQFDGYIGGQTAWSLLSELEKGRYPTFSYQDWQSRDQRIEVALSSVLFQQPYNEFSDCISKLLPYSFEDISFTILHYDQGTSVELNKASQKRLAQIAEYVRYNQDIDLVLVSTYTDSTDTNNNSQNLSEQRAEVLREYFKSIGLPEDRIQVQGYGKRRPIADNASPIGKDKNRRVVISLGRTQV

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Chemotaxis protein PomB
分子量 formula_weight	17542.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	CP1,DP1

QQQAQAMSEQMETVAESIKKALSREIEQGAIEVENLGQQIDIRIREKGAFPEGSAFLQPKFRPLVRQIAELVKDIPGKVRVTGHTDNQKLDSELYRSNWDLSAQRAVSVAQEMEKVKDFDHLRLQVRGLADTQPLGPNDTEAQRATNRRVEISIL

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	4.98 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	697164

T-ring-PomB complex in Vibrio cholerae

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sodium-type flagellar protein MotX

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Sodium-type flagellar protein MotY

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Chemotaxis protein PomB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9yed__assembly_1__model_1

9yed__assembly_1__model_1 | I(q)

9yed__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)

T-ring-PomB complex in Vibrio cholerae

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sodium-type flagellar protein MotX

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Sodium-type flagellar protein MotY

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Chemotaxis protein PomB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9yed__assembly_1__model_1

9yed__assembly_1__model_1 | I(q)

9yed__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)