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9z6t

Human HCN1 in complex with cAMP in nanodisc

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 126.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 1,Thermostable Green Protein

Homo sapiens

UniProt O60741

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 2–635 链 B； UniProt 2–635 链 C； UniProt 2–635 链 D； UniProt 2–635 未记录 CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9Z6T Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5U6O Structure of the human HCN1 hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated ion channel 提交 2016-12-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–635（635 aa） 片段：UNP residues 1-635,866-890
链 A 866–890（25 aa） 片段：UNP residues 1-635,866-890
链 B 1–635（635 aa） 片段：UNP residues 1-635,866-890
链 B 866–890（25 aa） 片段：UNP residues 1-635,866-890
链 C 1–635（635 aa） 片段：UNP residues 1-635,866-890
链 C 866–890（25 aa） 片段：UNP residues 1-635,866-890
链 D 1–635（635 aa） 片段：UNP residues 1-635,866-890
链 D 866–890（25 aa） 片段：UNP residues 1-635,866-890
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
5U6P Structure of the human HCN1 hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated ion channel in complex with cAMP 提交 2016-12-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–635（635 aa） 片段：UNP residues 1-635,866-890
链 A 866–890（25 aa） 片段：UNP residues 1-635,866-890
链 B 1–635（635 aa） 片段：UNP residues 1-635,866-890
链 B 866–890（25 aa） 片段：UNP residues 1-635,866-890
链 C 1–635（635 aa） 片段：UNP residues 1-635,866-890
链 C 866–890（25 aa） 片段：UNP residues 1-635,866-890
链 D 1–635（635 aa） 片段：UNP residues 1-635,866-890
链 D 866–890（25 aa） 片段：UNP residues 1-635,866-890
未记录 CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.51 Å
6UQF Human HCN1 channel in a hyperpolarized conformation 提交 2019-10-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–635（635 aa）
链 A 866–890（25 aa）
链 B 1–635（635 aa）
链 B 866–890（25 aa）
链 C 1–635（635 aa）
链 C 866–890（25 aa）
链 D 1–635（635 aa）
链 D 866–890（25 aa）
突变：F186C, S264C 突变：F186C, S264C 突变：F186C, S264C 突变：F186C, S264C 突变：F186C, S264C 突变：F186C, S264C 突变：F186C, S264C 突变：F186C, S264C CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4 HG MERCURY (II) ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.04 Å
6UQG Human HCN1 channel Y289D mutant 提交 2019-10-19 构建体不同 突变/修饰不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–635（635 aa）
链 A 866–890（25 aa）
链 B 1–635（635 aa）
链 B 866–890（25 aa）
链 C 1–635（635 aa）
链 C 866–890（25 aa）
链 D 1–635（635 aa）
链 D 866–890（25 aa）
突变：Y289D 突变：Y289D 突变：Y289D 突变：Y289D 突变：Y289D 突变：Y289D 突变：Y289D 突变：Y289D CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
8T4M Closed human HCN1 F186C S264C bound to cAMP, reconstituted in LMNG + SPL 提交 2023-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–890（890 aa）
链 B 1–890（890 aa）
链 C 1–890（890 aa）
链 D 1–890（890 aa）
突变：F186C S264C 突变：F186C S264C 突变：F186C S264C 突变：F186C S264C CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.16 Å
8T4Y Human HCN1 F186C S264C C309A bound to cAMP, reconstituted in LMNG + SPL 提交 2023-06-12 构建体不同 突变/修饰不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–890（890 aa）
链 B 1–890（890 aa）
链 C 1–890（890 aa）
链 D 1–890（890 aa）
突变：F186C, S264C, C309A 突变：F186C, S264C, C309A 突变：F186C, S264C, C309A 突变：F186C, S264C, C309A CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.58 Å
8T50 Open human HCN1 F186C S264C bound to cAMP, reconstituted in LMNG + SPL 提交 2023-06-12 构建体不同 突变/修饰不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–890（890 aa）
链 B 1–890（890 aa）
链 C 1–890（890 aa）
链 D 1–890（890 aa）
突变：F186C, S264C 突变：F186C, S264C 突变：F186C, S264C 突变：F186C, S264C CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
8UC7 HCN1 complex with propofol 提交 2023-09-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–635（635 aa） 片段：UNP residues 1-635,866-890
链 A 866–890（25 aa） 片段：UNP residues 1-635,866-890
链 B 1–635（635 aa） 片段：UNP residues 1-635,866-890
链 B 866–890（25 aa） 片段：UNP residues 1-635,866-890
链 C 1–635（635 aa） 片段：UNP residues 1-635,866-890
链 C 866–890（25 aa） 片段：UNP residues 1-635,866-890
链 D 1–635（635 aa） 片段：UNP residues 1-635,866-890
链 D 866–890（25 aa） 片段：UNP residues 1-635,866-890
未记录 PFL 2,6-BIS(1-METHYLETHYL)PHENOL × 4 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8UC8 HCN1 nanodisc 提交 2023-09-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–635（635 aa） 片段：UNP residues 1-635,866-890
链 A 866–890（25 aa） 片段：UNP residues 1-635,866-890
链 B 1–635（635 aa） 片段：UNP residues 1-635,866-890
链 B 866–890（25 aa） 片段：UNP residues 1-635,866-890
链 C 1–635（635 aa） 片段：UNP residues 1-635,866-890
链 C 866–890（25 aa） 片段：UNP residues 1-635,866-890
链 D 1–635（635 aa） 片段：UNP residues 1-635,866-890
链 D 866–890（25 aa） 片段：UNP residues 1-635,866-890
未记录 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 16 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8Y60 Structural mechanism of human HCN1 hyperpolarization-activated channel inhibition by ivabradine 提交 2024-02-01 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–890（890 aa）
链 B 1–890（890 aa）
链 C 1–890（890 aa）
链 D 1–890（890 aa）
未记录 CLR CHOLESTEROL × 4 VNZ Ivabradine × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.23 Å
9BC6 HCN1 M305L with propofol 提交 2024-04-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–635（635 aa）
链 A 866–890（25 aa）
链 B 1–635（635 aa）
链 B 866–890（25 aa）
链 C 1–635（635 aa）
链 C 866–890（25 aa）
链 D 1–635（635 aa）
链 D 866–890（25 aa）
突变：M305L 突变：M305L 突变：M305L 突变：M305L 突变：M305L 突变：M305L 突变：M305L 突变：M305L PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 8 PFL 2,6-BIS(1-METHYLETHYL)PHENOL × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.50 Å
9BC7 HCN1 M305L holo 提交 2024-04-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–635（635 aa）
链 A 866–890（25 aa）
链 B 1–635（635 aa）
链 B 866–890（25 aa）
链 C 1–635（635 aa）
链 C 866–890（25 aa）
链 D 1–635（635 aa）
链 D 866–890（25 aa）
突变：M305L 突变：M305L 突变：M305L 突变：M305L 突变：M305L 突变：M305L 突变：M305L 突变：M305L PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 12 CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
9PXN Human apo HCN1 nanodisc 提交 2025-08-06 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–635（634 aa）
链 B 2–635（634 aa）
链 C 2–635（634 aa）
链 D 2–635（634 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.50 Å
9R1T Structure of the human chimera HCN112 hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated ion channel in complex with cAMP. 提交 2025-04-28 构建体不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–401（401 aa）
链 B 1–401（401 aa）
链 C 1–401（401 aa）
链 D 1–401（401 aa）
未记录 CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.34 Å
9R1U Structure of the human HCN1dC hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated ion channel. 提交 2025-04-28 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–401（401 aa）
链 B 1–401（401 aa）
链 C 1–401（401 aa）
链 D 1–401（401 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.92 Å
9R1V Structure of the human chimera HCN112 hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated ion channel. 提交 2025-04-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–401（401 aa）
链 B 1–401（401 aa）
链 C 1–401（401 aa）
链 D 1–401（401 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.53 Å

共 16 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HCN1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 12–645； UniProt 2–635 作者链 B； PDB构建体 12–645； UniProt 2–635 作者链 C； PDB构建体 12–645； UniProt 2–635 作者链 D； PDB构建体 12–645； UniProt 2–635

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9z6t

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9z6t
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9z6t
沉积日期 deposition_date2025-11-14
结构标题 titleHuman HCN1 in complex with cAMP in nanodisc
关键词 keywordsion channel, pacemaker channel, hyperpolarization-activated, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier41.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron41.61 Å
零角强度 I(0) i0721879000.00
分子量 molecular_weight230280.0 kDa
排除体积 excluded_volume291770 ų
包络体积 envelope_volume404700 ų
水化壳体积 shell_volume78109 ų
包络直径 envelope_diameter130.2 Å
壳层 Rg shell_rg49.40 Å
包络 Rg envelope_rg40.74 Å
形状 Rg shape_rg41.61 Å
总 Rg total_rg42.01 Å
总原子数 total_atoms32208
残基数 n_residues1992
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax126.9 Å
Rg (实空间) rg_real41.76 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.79 Å
I(0) (实空间) i0_real7.2190e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1060e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal41.98 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal722100000.0000
解质量估计 total_estimate0.8834
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary53.5 Å
偏度 Skewness skewness0.122
峰度 Kurtosis kurtosis-0.451
角度范围 angular_range— – 0.1900 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha54730000.0000
实空间数据点数 n_real_points39
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.919; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.970; Smooth: 0.754
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)