9zku

The LBD-TMD structure of native mouse AMPAR with 3 TARPs 1 CNIH and PRRT1/SynDIG4

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 145.2 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate receptor 1

物种未注明

UniProt P23818

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 9 PDB 声明:nonameric(9) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 408–907 链 C; UniProt 408–907 未记录 Glutamate receptor 2 × 2 (C9K0Z0) Protein cornichon homolog 2 × 1 (O35089) Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit × 1 (O88602) Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit × 2 (Q8VHW2) Proline-rich transmembrane protein 1 × 1 (O35449) PLM PALMITIC ACID × 4 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 7 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.75 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 12 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GRIA1_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–500; UniProt 408–907 作者链 C; PDB构建体 1–500; UniProt 408–907

Glutamate receptor 2

物种未注明

UniProt C9K0Z0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 9 PDB 声明:nonameric(9) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 417–883 链 D; UniProt 417–883 未记录 Glutamate receptor 1 × 2 (P23818) Protein cornichon homolog 2 × 1 (O35089) Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit × 1 (O88602) Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit × 2 (Q8VHW2) Proline-rich transmembrane protein 1 × 1 (O35449) PLM PALMITIC ACID × 4 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 7 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.75 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 11 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 C9K0Z0_MOUSE
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–467; UniProt 417–883 作者链 D; PDB构建体 1–467; UniProt 417–883

Protein cornichon homolog 2

物种未注明

UniProt O35089

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 9 PDB 声明:nonameric(9) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–160 未记录 Glutamate receptor 1 × 2 (P23818) Glutamate receptor 2 × 2 (C9K0Z0) Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit × 1 (O88602) Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit × 2 (Q8VHW2) Proline-rich transmembrane protein 1 × 1 (O35449) PLM PALMITIC ACID × 4 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 7 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.75 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CNIH2_MOUSE
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–160; UniProt 1–160

Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit

物种未注明

UniProt O88602

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 9 PDB 声明:nonameric(9) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 1–323 未记录 Glutamate receptor 1 × 2 (P23818) Glutamate receptor 2 × 2 (C9K0Z0) Protein cornichon homolog 2 × 1 (O35089) Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit × 2 (Q8VHW2) Proline-rich transmembrane protein 1 × 1 (O35449) PLM PALMITIC ACID × 4 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 7 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.75 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 39 个其他 PDB 条目、40 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CCG2_MOUSE
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 1–323; UniProt 1–323

Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit

物种未注明

UniProt Q8VHW2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 9 PDB 声明:nonameric(9) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–423 链 H; UniProt 1–423 未记录 Glutamate receptor 1 × 2 (P23818) Glutamate receptor 2 × 2 (C9K0Z0) Protein cornichon homolog 2 × 1 (O35089) Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit × 1 (O88602) Proline-rich transmembrane protein 1 × 1 (O35449) PLM PALMITIC ACID × 4 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 7 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.75 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 16 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CCG8_MOUSE
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–423; UniProt 1–423 作者链 H; PDB构建体 1–423; UniProt 1–423

Proline-rich transmembrane protein 1

物种未注明

UniProt O35449

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 9 PDB 声明:nonameric(9) 与蛋白拷贝数一致 链 M; UniProt 1–306 未记录 Glutamate receptor 1 × 2 (P23818) Glutamate receptor 2 × 2 (C9K0Z0) Protein cornichon homolog 2 × 1 (O35089) Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit × 1 (O88602) Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit × 2 (Q8VHW2) PLM PALMITIC ACID × 4 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 7 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.75 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PRRT1_MOUSE
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 M; PDB构建体 1–306; UniProt 1–306

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9zku

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9zku
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9zku
沉积日期 deposition_date2025-12-07
结构标题 titleThe LBD-TMD structure of native mouse AMPAR with 3 TARPs 1 CNIH and PRRT1/SynDIG4
关键词 keywordsiGluR, AMPA receptors, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier45.01
回转半径 Rg (电子) rg_electron44.27
零角强度 I(0) i0772881000.00
分子量 molecular_weight248000.0 kDa
排除体积 excluded_volume317710 ų
包络体积 envelope_volume445330 ų
水化壳体积 shell_volume81857 ų
包络直径 envelope_diameter150.0
壳层 Rg shell_rg50.54
包络 Rg envelope_rg43.54
形状 Rg shape_rg44.27
总 Rg total_rg44.59
总原子数 total_atoms17486
残基数 n_residues2317
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax145.2
Rg (实空间) rg_real44.82
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.07
I(0) (实空间) i0_real7.7290e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4000e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal45.01
I(0) (倒空间) i0_reciprocal773100000.0000
解质量估计 total_estimate0.6723
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary58.1
偏度 Skewness skewness0.186
峰度 Kurtosis kurtosis-0.428
角度范围 angular_range— – 0.1750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha89600000.0000
实空间数据点数 n_real_points36
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.897; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.062; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.867

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)