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9zmy

Crystal structure of the human Commd10 HN domain in domain swapped conformation

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 118.7 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

COMM domain-containing protein 10

Homo sapiens

UniProt Q9Y6G5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 12–127 链 B； UniProt 12–127 片段：HN domain 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；30% PEG400 in 0.1 M Tris pH 8.0 分辨率 1.62 Å R-free 0.241

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9ZMY Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
8ESD Crystal structure of COMMD7-COMMD9-COMMD5-COMMD10 tetramer 提交 2022-10-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 T 12–202（191 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；2 uM crown ether and 10% glycerol and grown in 22% ethanol and 5 mM EDTA
分辨率 3.33 Å R-free 0.278
8F2R Human CCC complex 提交 2022-11-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 J 5–202（198 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；50 mM HEPES pH7.2, 150 mM NaCl, 2mM beta-mercaptoethanol, 0.01% Triton-X100
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.12 Å
8F2U Human CCC complex 提交 2022-11-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 J 1–202（202 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；50 mM HEPES pH7.2, 150 mM NaCl, 2mM beta-mercaptoethanol, 0.01% Triton-X100
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.53 Å
8P0W Structure of the human Commander complex COMMD ring 提交 2023-05-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 J 1–202（202 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9ZN0 Crystal structure of the Commd10 S50E HN domain mutant in domain swapped conformation 提交 2025-12-11 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 12–127（116 aa）
链 C 12–127（116 aa）
未记录 LEA PENTANOIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris (pH 8.5), 0.1 M Mg formate, and 30% PE14/4, with 10% glycerol used as cryoprotectant
分辨率 2.12 Å R-free 0.243
9ZN0 Crystal structure of the Commd10 S50E HN domain mutant in domain swapped conformation 提交 2025-12-11 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 12–127（116 aa）
链 D 12–127（116 aa）
未记录 LEA PENTANOIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris (pH 8.5), 0.1 M Mg formate, and 30% PE14/4, with 10% glycerol used as cryoprotectant
分辨率 2.12 Å R-free 0.243

共 5 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 COMDA_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–116； UniProt 12–127 作者链 B； PDB构建体 1–116； UniProt 12–127

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9zmy

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9zmy
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9zmy
沉积日期 deposition_date2025-12-11
最后修订 last_revision2026-01-21
结构标题 titleCrystal structure of the human Commd10 HN domain in domain swapped conformation
关键词 keywordsCOMMD, Commander, endosome, EXOCYTOSIS; EXOCYTOSIS
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.91 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron32.00 Å
零角强度 I(0) i011415500.00
分子量 molecular_weight25991.0 kDa
排除体积 excluded_volume32773 ų
包络体积 envelope_volume54710 ų
水化壳体积 shell_volume17048 ų
包络直径 envelope_diameter121.5 Å
壳层 Rg shell_rg31.55 Å
包络 Rg envelope_rg32.91 Å
形状 Rg shape_rg31.89 Å
总 Rg total_rg32.31 Å
总原子数 total_atoms1833
残基数 n_residues227
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax118.7 Å
Rg (实空间) rg_real31.68 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.66 Å
I(0) (实空间) i0_real1.1420e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9510e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal11410000.0000
解质量估计 total_estimate0.7243
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary30.3 Å
偏度 Skewness skewness0.839
峰度 Kurtosis kurtosis0.550
角度范围 angular_range— – 0.2550 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha699400.0000
实空间数据点数 n_real_points52
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.474; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.279; Smooth: 0.710
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)