SAXSdb — 9zn0

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

COMM domain-containing protein 10

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 12–127 链 C； UniProt 12–127	未记录	LEA PENTANOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris (pH 8.5), 0.1 M Mg formate, and 30% PE14/4, with 10% glycerol used as cryoprotectant	分辨率 2.12 Å R-free 0.243
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 12–127 链 D； UniProt 12–127	未记录	LEA PENTANOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris (pH 8.5), 0.1 M Mg formate, and 30% PE14/4, with 10% glycerol used as cryoprotectant	分辨率 2.12 Å R-free 0.243

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9ZN0	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8ESD Crystal structure of COMMD7-COMMD9-COMMD5-COMMD10 tetramer 提交 2022-10-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 T 12–202（191 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；2 uM crown ether and 10% glycerol and grown in 22% ethanol and 5 mM EDTA	分辨率 3.33 Å R-free 0.278
8F2R Human CCC complex 提交 2022-11-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 J 5–202（198 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2；50 mM HEPES pH7.2, 150 mM NaCl, 2mM beta-mercaptoethanol, 0.01% Triton-X100 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.12 Å
8F2U Human CCC complex 提交 2022-11-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 J 1–202（202 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2；50 mM HEPES pH7.2, 150 mM NaCl, 2mM beta-mercaptoethanol, 0.01% Triton-X100 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.53 Å
8P0W Structure of the human Commander complex COMMD ring 提交 2023-05-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 J 1–202（202 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
9ZMY Crystal structure of the human Commd10 HN domain in domain swapped conformation 提交 2025-12-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 12–127（116 aa）片段：HN domain 链 B 12–127（116 aa）片段：HN domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；30% PEG400 in 0.1 M Tris pH 8.0	分辨率 1.62 Å R-free 0.241

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	COMDA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–121； UniProt 12–127 作者链 B； PDB构建体 6–121； UniProt 12–127 作者链 C； PDB构建体 6–121； UniProt 12–127 作者链 D； PDB构建体 6–121； UniProt 12–127

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9zn0
沉积日期 deposition_date	2025-12-11
最后修订 last_revision	2026-01-21
结构标题 title	Crystal structure of the Commd10 S50E HN domain mutant in domain swapped conformation
关键词 keywords	Commander, COMMD, endosome, EXOCYTOSIS; EXOCYTOSIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.81 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.04 Å
零角强度 I(0) i0	45661500.00
分子量 molecular_weight	52968.0 kDa
排除体积 excluded_volume	66768 Å³
包络体积 envelope_volume	84700 Å³
水化壳体积 shell_volume	28320 Å³
包络直径 envelope_diameter	92.7 Å
壳层 Rg shell_rg	32.03 Å
包络 Rg envelope_rg	25.80 Å
形状 Rg shape_rg	26.02 Å
总 Rg total_rg	26.79 Å
总原子数 total_atoms	7512
残基数 n_residues	462
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	90.1 Å
Rg (实空间) rg_real	26.83 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.66 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.5660e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.9650e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.82 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	45660000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8663
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	32.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.416
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.089
角度范围 angular_range	— – 0.2950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	60
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.827; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.965; Smooth: 0.812

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	COMM domain-containing protein 10
分子量 formula_weight	13849.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	7887

GPLGSSPSMKKAVSLINAIDTGRFPRLLTRILQKLHLKAESSFEEEEEEKLQAAFSLEKQDLHLVLETISFILEQAVYHNVKPAALQQQLENIHLRQDKAEAFVNTWSSMGQETVEKFRQR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PENTANOIC ACID
分子量 formula_weight	102.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	125

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	43.759 Å
晶胞边长 b length_b	92.173 Å
晶胞边长 c length_c	59.815 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	111.34 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.120 Å
最低分辨率 resolution_low	40.760 Å
R 因子 r_factor	0.1943
R_work r_work	0.1897
R_free r_free	0.2433

fit	/app/data/saxs_computation/zn/9zn0/9zn0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zn/9zn0/9zn0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zn/9zn0/9zn0.dat

Crystal structure of the Commd10 S50E HN domain mutant in domain swapped conformation

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

COMM domain-containing protein 10

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction