当前蛋白身份：A0A6A5Q456
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7MEI Composite structure of EC+EC 提交 2021-04-06 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物一致 |
链 E
1–215（215 aa）
链 e
1–215（215 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6
50 mM KoAc
5 mM DTT
2 mM MgoAc
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.54 Å |
| 7MK9 Complex structure of trailing EC of EC+EC (trailing EC-focused) 提交 2021-04-22 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：heptadecameric（17） 与全部聚合物一致 |
链 E
1–215（215 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6
50 mM KoAc
5 mM DTT
2 mM MgoAc
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.54 Å |
| 7MKA Structure of EC+EC (leading EC-focused) 提交 2021-04-22 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric（15） 与全部聚合物一致 |
链 e
1–215（215 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6
50 mM KoAc
5 mM DTT
2 mM MgoAc
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.54 Å |
| 7ML0 RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC1) 提交 2021-04-27 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric（28） 与全部聚合物一致 |
链 E
1–215（215 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7ML1 RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC2) 提交 2021-04-27 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物一致 |
链 E
1–215（215 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 7ML2 RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC3) 提交 2021-04-27 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物一致 |
链 E
1–215（215 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7ML4 RNA polymerase II initially transcribing complex (ITC) 提交 2021-04-27 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：31-meric（31） 与全部聚合物一致 |
链 E
1–215（215 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8TUG Cryo-EM structure of CPD-stalled Pol II in complex with Rad26 (engaged state) 提交 2023-08-16 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：16-meric（16） 与全部聚合物一致 |
链 E
1–215（215 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 8TVP Cryo-EM structure of CPD-stalled Pol II in complex with Rad26 (open state) 提交 2023-08-18 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：16-meric（16） 与全部聚合物一致 |
链 E
1–215（215 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8TVQ Cryo-EM structure of CPD stalled 10-subunit Pol II in complex with Rad26 提交 2023-08-18 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric（14） 与全部聚合物一致 |
链 E
1–215（215 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.60 Å |
| 8TVS Cryo-EM structure of backtracked Pol II in complex with Rad26 提交 2023-08-18 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：16-meric（16） 与全部聚合物一致 |
链 E
1–215（215 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å |
| 8TVV Cryo-EM structure of backtracked Pol II 提交 2023-08-18 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：15-meric（15） 与全部聚合物一致 |
链 E
1–215（215 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8TVW Cryo-EM structure of CPD-stalled Pol II (conformation 1) 提交 2023-08-18 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：15-meric（15） 与全部聚合物一致 |
链 E
1–215（215 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 8TVX Cryo-EM structure of CPD-stalled Pol II (Conformation 2) 提交 2023-08-18 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：15-meric（15） 与全部聚合物一致 |
链 E
1–215（215 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8TVY Cryo-EM structure of CPD lesion containing RNA Polymerase II elongation complex with Rad26 and Elf1 (closed state) 提交 2023-08-18 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：17-meric（17） 与全部聚合物一致 |
链 E
1–215（215 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8U9R STRUCTURAL BASIS OF TRANSCRIPTION: RNA POLYMERASE II SUBSTRATE BINDING AND METAL COORDINATION USING A FREE-ELECTRON LASER 提交 2023-09-20 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric（14） 与全部聚合物一致 |
链 E
1–215（215 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 GOL GLYCEROL × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；10-15 % tacsimate
100mM Hepes
pH 7.5
|
分辨率 3.34 Å R-free 0.261 |
| 8U9X STRUCTURAL BASIS OF TRANSCRIPTION: RNA POLYMERASE II SUBSTRATE BINDING AND METAL COORDINATION AT 3.0 A OF T834P MUTANT USING A FREE-ELECTRON LASER 提交 2023-09-20 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric（14） 与全部聚合物一致 |
链 E
1–215（215 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MN MANGANESE (II) ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；289 K；10-15 % tacsimate
100mM Hepes
|
分辨率 3.05 Å R-free 0.307 |
| 8UMH Consensus map of PICdeltaTFIIK form2 提交 2023-10-17 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物一致 |
链 E
1–215（215 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6
50 mM KOAc
5 mM DTT
2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 8UMI consensus map of PICdeltaTFIIK form1 提交 2023-10-17 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物一致 |
链 E
1–215（215 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6
50 mM KOAc
5 mM DTT
2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 9BVT RNA Pol II - High Mn(+2) concentration 提交 2024-05-20 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric（14） 与全部聚合物一致 |
链 E
1–215（215 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MN MANGANESE (II) ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；Tacsimate Hepes
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.249 |
| 9BW0 RNA Polymerase II - No ATP 提交 2024-05-20 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric（14） 与全部聚合物一致 |
链 E
1–215（215 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；Tacsimate, Hepes pH 7.0
|
分辨率 3.51 Å R-free 0.246 |