当前蛋白身份：A5U8D3
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6EDT Mycobacterium tuberculosis RNAP open promoter complex with RbpA/CarD and AP3 promoter 提交 2018-08-10 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–347（347 aa）
链 B
1–347（347 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 6EE8 Mycobacterium tuberculosis RNAP promoter unwinding intermediate complex with RbpA/CarD and AP3 promoter 提交 2018-08-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–347（347 aa）
链 B
1–347（347 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.92 Å |
| 6EEC Mycobacterium tuberculosis RNAP promoter unwinding intermediate complex with RbpA/CarD and AP3 promoter captured by Corallopyronin 提交 2018-08-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–347（347 aa）
链 B
1–347（347 aa）
|
未记录 | C0L methyl [(1E,5R)-5-{(3E)-3-[(2E,4E,8R,9E,12E)-1,8-dihydroxy-2,5,9-trimethyltetradeca-2,4,9,12-tetraen-1-ylidene]-2,4-dioxo-3,4-d ihydro-2H-pyran-6-yl}hex-1-en-1-yl]carbamate × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.55 Å |
| 6M7J Mycobacterium tuberculosis RNAP with RbpA/us fork and Corallopyronin 提交 2018-08-20 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–347（347 aa）
链 B
1–347（347 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 C0L methyl [(1E,5R)-5-{(3E)-3-[(2E,4E,8R,9E,12E)-1,8-dihydroxy-2,5,9-trimethyltetradeca-2,4,9,12-tetraen-1-ylidene]-2,4-dioxo-3,4-d ihydro-2H-pyran-6-yl}hex-1-en-1-yl]carbamate × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å |
| 6TYE Crystal structure of MTB sigma L transcription initiation complex with 5 nt long RNA primer 提交 2019-08-08 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–347（347 aa）
链 B
1–347（347 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 200 mM sodium acetate, and 10% PEG4000
|
分辨率 3.79 Å R-free 0.279 |
| 6TYF Crystal structure of MTB sigma L transcription initiation complex with 6 nt long RNA primer 提交 2019-08-08 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–347（347 aa）
链 B
1–347（347 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 200 mM sodium acetate, and 10% PEG4000
|
分辨率 3.80 Å R-free 0.300 |
| 6TYG Crystal structure of MTB sigma L transcription initiation complex with 9 nt long RNA primer 提交 2019-08-08 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–347（347 aa）
链 B
1–347（347 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 200 mM sodium acetate, and 10% PEG4000
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.293 |
| 6VVX Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription initiation intermediate structure with Sorangicin 提交 2020-02-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–347（347 aa）
链 B
1–347（347 aa）
|
未记录 | SRN SORANGICIN A × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.39 Å |
| 6VVY Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription open promoter complex with Sorangicin 提交 2020-02-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–347（347 aa）
链 B
1–347（347 aa）
|
未记录 | SRN SORANGICIN A × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.42 Å |
| 6VVZ Mycobacterium tuberculosis RNAP S456L mutant transcription initiation intermediate structure with Sorangicin 提交 2020-02-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–347（347 aa）
链 B
1–347（347 aa）
|
未记录 | SRN SORANGICIN A × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.72 Å |
| 6VW0 Mycobacterium tuberculosis RNAP S456L mutant open promoter complex 提交 2020-02-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–347（347 aa）
链 B
1–347（347 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.59 Å |
| 7KIF Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription open promoter complex with WhiB7 transcription factor 提交 2020-10-23 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–347（347 aa）
链 B
1–347（347 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.94 Å |
| 7KIM Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription closed promoter complex with WhiB7 transcription factor 提交 2020-10-23 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–347（347 aa）
链 B
1–347（347 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.38 Å |
| 7KIN Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription open promoter complex with WhiB7 promoter 提交 2020-10-23 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–347（347 aa）
链 B
1–347（347 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.74 Å |
| 7RWI Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase sigma L holoenzyme open promoter complex containing TNP-2198 提交 2021-08-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–347（347 aa）
链 B
1–347（347 aa）
|
未记录 | 7US (3aM,9S,10bP,14S,15R,16S,17R,18R,19R,20S,21S,25R)-6,18,20-trihydroxy-14-methoxy-7,9,15,17,19,21,25-heptamethyl-1'-[2-(2-methyl-5-nitro-1H-imidazol-1-yl)ethyl]-5,10,26-trioxo-3,5,9,10-tetrahydrospiro[9,4-(epoxypentadecanoimino)furo[2',3':7,8]naphtho[1,2-d]imidazole-2,4'-piperidin]-16-yl acetate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 200 mM sodium acetate, 10% PEG4000
|
分辨率 3.70 Å R-free 0.245 |
| 7U22 Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase sigma A holoenzyme open promoter complex containing UMN-7 提交 2022-02-22 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–347（347 aa）
链 B
1–347（347 aa）
|
未记录 | KYO (9S,14S,15R,16S,17R,18R,19R,20S,21S,25R)-5,6,18,20-tetrahydroxy-14-methoxy-7,9,15,17,19,21,25-heptamethyl-1'-(2-methylpropyl)-10,26-dioxo-1,3,9,10-tetrahydrospiro[9,4-(epoxypentadecanoimino)furo[2',3':7,8]naphtho[1,2-d]imidazole-2,4'-piperidin]-16-yl benzoate × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；296 K；20 mM Tris-HCl, pH 8.2, 200 mM potassium chloride, 20 mM magnesium chloride, 7% (m/v) PEG-3350
|
分辨率 3.87 Å R-free 0.278 |
| 8E74 Mycobacterium tuberculosis RNAP paused elongation complex with NusG transcription factor 提交 2022-08-23 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–347（347 aa）
链 B
1–347（347 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.94 Å |
| 8E79 Mycobacterium tuberculosis RNAP paused elongation complex with Escherichia coli NusG transcription factor 提交 2022-08-23 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–347（347 aa）
链 B
1–347（347 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.71 Å |
| 8E82 Mycobacterium tuberculosis RNAP elongation complex with NusG transcription factor 提交 2022-08-25 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–347（347 aa）
链 B
1–347（347 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.03 Å |
| 8E8M Mycobacterium tuberculosis RNAP paused elongation complex 提交 2022-08-25 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–347（347 aa）
链 B
1–347（347 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.13 Å |
| 8E95 Mycobacterium tuberculosis RNAP elongation complex 提交 2022-08-26 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–347（347 aa）
链 B
1–347（347 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 9E7V Off-pathway Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-04 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–347（347 aa）
链 B
1–347（347 aa）
|
未记录 | POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 9E7Y De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex with 7-mer RNA and disordered Beta' Lid element (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-04 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–347（347 aa）
链 B
1–347（347 aa）
|
未记录 | POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 9E85 De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex with 6-mer RNA and closed Beta' clamp (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-05 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–347（347 aa）
链 B
1–347（347 aa）
|
未记录 | POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9E86 De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex with 5-mer RNA and open Beta' clamp (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-05 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–347（347 aa）
链 B
1–347（347 aa）
|
未记录 | POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 9E87 De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation pre-RPO promoter complex with open Beta' clamp (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-05 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–347（347 aa）
链 B
1–347（347 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 9E88 De novo backtracked transcription elongation complex of Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase on a linear DNA fragment (TEC-Backtracked) 提交 2024-11-05 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–347（347 aa）
链 B
1–347（347 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |