当前蛋白身份：B6DRA0
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5MCX The structure of the mature HIV-1 CA hexamer in intact virus particles 提交 2016-11-10 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白数一致 |
链 A
133–353（221 aa）
链 B
133–353（221 aa）
链 C
133–353（221 aa）
链 D
133–353（221 aa）
链 E
133–353（221 aa）
链 F
133–353（221 aa）
链 G
133–353（221 aa）
链 I
133–353（221 aa）
链 J
133–353（221 aa）
链 K
133–353（221 aa）
链 L
133–353（221 aa）
链 N
133–353（221 aa）
链 O
133–353（221 aa）
链 P
133–353（221 aa）
链 Q
133–353（221 aa）
链 R
133–353（221 aa）
链 S
133–353（221 aa）
链 U
133–353（221 aa）
链 V
133–353（221 aa）
链 W
133–353（221 aa）
链 Y
133–353（221 aa）
链 Z
133–353（221 aa）
链 b
133–353（221 aa）
链 c
133–353（221 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；10nm colloidal gold was added to the sample prior to plunge freezing
|
分辨率 6.80 Å |
| 5MCY The structure of the mature HIV-1 CA pentamer in intact virus particles 提交 2016-11-10 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric（20） 与蛋白数一致 |
链 A
133–353（221 aa）
链 B
133–353（221 aa）
链 F
133–353（221 aa）
链 G
133–353（221 aa）
链 M
133–353（221 aa）
链 N
133–353（221 aa）
链 O
133–353（221 aa）
链 P
133–353（221 aa）
链 Q
133–353（221 aa）
链 R
133–353（221 aa）
链 S
133–353（221 aa）
链 T
133–353（221 aa）
链 Z
133–353（221 aa）
链 b
133–353（221 aa）
链 c
133–353（221 aa）
链 d
133–353（221 aa）
链 e
133–353（221 aa）
链 f
133–353（221 aa）
链 g
133–353（221 aa）
链 h
133–353（221 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；10nm colloidal gold was added to the sample prior to plunge freezing
|
分辨率 8.80 Å |
| 5UP4 Structure of the HIV-1 Capsid Protein and spacer peptide 1 by Cryo-EM 提交 2017-02-01 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白数一致 |
链 B
133–353（221 aa）
链 C
133–353（221 aa）
链 D
133–353（221 aa）
链 E
133–353（221 aa）
链 F
133–353（221 aa）
链 G
133–353（221 aa）
链 H
133–353（221 aa）
链 I
133–353（221 aa）
链 J
133–353（221 aa）
链 K
133–353（221 aa）
链 L
133–353（221 aa）
链 M
133–353（221 aa）
链 N
133–353（221 aa）
链 O
133–353（221 aa）
链 P
133–353（221 aa）
链 Q
133–353（221 aa）
链 R
133–353（221 aa）
链 S
133–353（221 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 9.00 Å |
| 5W4O Structure of the R18A mutant of the HIV-1 capsid protein 提交 2017-06-12 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
片段：residues 133-363
|
突变：R18A | IOD IODIDE ION × 54 CL CHLORIDE ION × 42 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG3350, NaI, Sodium cacodylate, Glycerol
|
分辨率 2.09 Å R-free 0.246 |
| 5W4P Structure of the E28A mutant of the HIV-1 capsid protein 提交 2017-06-12 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
片段：residues 133-363
|
突变：E28A | IOD IODIDE ION × 72 CL CHLORIDE ION × 36 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG3350, NaI, Sodium cacodylate, Glycerol
|
分辨率 2.19 Å R-free 0.246 |
| 5W4Q Structure of the R18A/E28A mutant of the HIV-1 capsid protein 提交 2017-06-12 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
片段：residues 133-363
|
突变：R18A, E28A | IOD IODIDE ION × 42 CL CHLORIDE ION × 42 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG3350, NaI, Sodium cacodylate, Glycerol
|
分辨率 2.29 Å R-free 0.245 |
| 6AXR Structure of the P122A mutant of the HIV-1 capsid protein 提交 2017-09-07 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
片段：UNP residues 133-363
|
突变：P122A | IOD IODIDE ION × 48 CL CHLORIDE ION × 30 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG3350, NaI, Sodium cacodylate, Glycerol
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.268 |
| 6AXS Structure of the V11I/T58A/P122A mutant of the HIV-1 capsid protein 提交 2017-09-07 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
片段：UNP residues 133-363
|
突变：V11I, T58A, P122A | IOD IODIDE ION × 60 CL CHLORIDE ION × 36 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG3350, NaI, Sodium cacodylate, Glycerol
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.266 |
| 6AXT Structure of the T58S/T107I/P122A mutant of the HIV-1 capsid protein 提交 2017-09-07 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
片段：UNP residues 133-363
|
突变：T58S, T107I, P122A | IOD IODIDE ION × 54 CL CHLORIDE ION × 36 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG3350, NaI, MIB, Glycerol
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.243 |
| 6AXV Structure of the T58S/T107I/P122A mutant of the HIV-1 capsid protein in complex with PF-3450074 (PF74) 提交 2017-09-07 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
片段：UNP residues 133-363
|
突变：T58S, T107I, P122A | IOD IODIDE ION × 30 CL CHLORIDE ION × 54 1B0 N-METHYL-NALPHA-[(2-METHYL-1H-INDOL-3-YL)ACETYL]-N-PHENYL-L-PHENYLALANINAMIDE × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG3350, NaI, Sodium cacosylate, Glycerol
|
分辨率 2.77 Å R-free 0.279 |
| 6AXW Structure of the I124A mutant of the HIV-1 capsid protein 提交 2017-09-07 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–362（230 aa）
片段：UNP residues 133-362
|
突变：I124A | IOD IODIDE ION × 54 CL CHLORIDE ION × 60 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG3350, NaI, MIB, Glycerol
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.236 |
| 6AXX Structure of the T58A/I124A mutant of the HIV-1 capsid protein 提交 2017-09-07 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
片段：UNP residues 133-363
|
突变：T58A, I124A | IOD IODIDE ION × 48 CL CHLORIDE ION × 54 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG3350, NaI, MIB, Glycerol
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.246 |
| 6AXY Structure of the V11I/T58A/I124A mutant of the HIV-1 capsid protein 提交 2017-09-07 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
|
突变：V11I, T58A, I124A | IOD IODIDE ION × 42 CL CHLORIDE ION × 54 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG3350, NaI, Sodium cacodylate, Glycerol
|
分辨率 2.78 Å R-free 0.260 |
| 6AY9 Structure of the native full-length HIV-1 capsid protein in complex with CPSF6 peptide 提交 2017-09-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
片段：UNP residues 133-363
|
未记录 | IOD IODIDE ION × 36 CL CHLORIDE ION × 24 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG3350, NaI, Sodium cacodylate, Glycerol
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.273 |
| 6B2G P38A mutant of HIV-1 capsid protein 提交 2017-09-20 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
片段：UNP residues 133-363
|
突变：P38A | IOD IODIDE ION × 48 CL CHLORIDE ION × 30 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG3350, NaI, MIB, Glycerol
|
分辨率 2.41 Å R-free 0.258 |
| 6B2H P38A/T216I mutant of the HIV-1 capsid protein 提交 2017-09-20 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
片段：UNP residues 133-363
|
突变：P38A, T216I | IOD IODIDE ION × 36 CL CHLORIDE ION × 36 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG3350, NaI, Sodium cacodylate, Glycerol
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.241 |
| 6B2I E45A mutant of the HIV-1 capsid protein 提交 2017-09-20 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
片段：UNP residues 133-363
|
突变：E45A | IOD IODIDE ION × 18 CL CHLORIDE ION × 72 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG3350, NaI, Sodium cacodylate, Glycerol
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.250 |
| 6B2J E45A mutant of HIV-1 capsid protein (other crystal form) 提交 2017-09-20 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
片段：UNP residues 133-363
|
突变：E45A | IOD IODIDE ION × 60 CL CHLORIDE ION × 24 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG3350, NaI, MIB, Glycerol
|
分辨率 2.21 Å R-free 0.223 |
| 6B2K E45A/R132T mutant of HIV-1 capsid protein 提交 2017-09-20 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
片段：UNP residues 133-363
|
突变：E45A, R132T | IOD IODIDE ION × 48 CL CHLORIDE ION × 42 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG3350, NaI, Sodium cacodylate, Glycerol
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.218 |
| 6ERM HIV Hexamer with ligand 提交 2017-10-18 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–351（219 aa）
|
未记录 | AZT 3'-AZIDO-3'-DEOXYTHYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
BATCH MODE；277 K；PEG4K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.235 |
| 6ERN HIV Hexamer with ligand 提交 2017-10-18 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
139–351（213 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
BATCH MODE；277 K；PEG4K
|
分辨率 2.36 Å R-free 0.237 |
| 6MQA Structure of HIV-1 CA P207S 提交 2018-10-09 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
片段：UNP residues 133-363
|
突变：P207S | IOD IODIDE ION × 18 CL CHLORIDE ION × 12 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；15% PEG3350, 0.1 M sodium iodide, 0.1 M Bis-Tris propane
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.219 |
| 6MQO Structure of HIV-1 CA G208R 提交 2018-10-10 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
片段：UNP residues 133-363
|
突变：G208R | IOD IODIDE ION × 12 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；293 K；15% PEG3350, 0.1 M sodium iodide, Bis-Tris propane, pH 6.5
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.271 |
| 6MQP Structure of HIV-1 CA T210K 提交 2018-10-10 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
片段：UNP residues 133-363
|
突变：T210K | IOD IODIDE ION × 12 CL CHLORIDE ION × 12 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 5.8；293 K；15% PEG3350, 0.1 M sodium iodide, 0.1 M sodium cacodylate
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.240 |
| 6OBH Structure of HIV-1 CA 1/2-hexamer 提交 2019-03-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 B
133–363（231 aa）
片段：UNP residues 133-363
链 E
133–363（231 aa）
片段：UNP residues 133-363
|
突变：E45C, T54C, W184A, M185A 突变：E45C, T54C, W184A, M185A | NA SODIUM ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 8；293 K；0.1 M PCB buffer, pH 8 (sodium propionate, sodium cacodylate, Bis-Tris propane), 25% w/v PEG1500
|
分辨率 2.96 Å R-free 0.265 |
| 6OMT HIV-1 capsid hexamer R18D mutant 提交 2019-04-19 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
|
突变：A14C, E45C, W184A, M185A, R18D | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；293.15 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 8% PEG8000
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.221 |
| 6PU1 Cysteine stabilized hexameric HIV-1 CA in complex with SEC24C peptide 提交 2019-07-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
|
突变：A14C, E45C, W184A, M185A | IOD IODIDE ION × 18 CL CHLORIDE ION × 18 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；12% PEG3350, 24% glycerol, 0.35 M NaI, 50 mM sodium cacodylate pH 6.5
|
分辨率 2.28 Å R-free 0.272 |
| 6R6Q HIV capsid hexamer with IP5 ligand 提交 2019-03-27 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–351（219 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
BATCH MODE；293 K；PEG 6K, 0.1M NaCl
|
分辨率 2.73 Å R-free 0.289 |
| 6R8C HIV capsid hexamer with IP5 ligand 提交 2019-04-01 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–351（219 aa）
|
未记录 | 5MY MYO-INOSITOL-(1,3,4,5,6)-PENTAKISPHOSPHATE × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
BATCH MODE；270 K；PEG 6K, 1M NaCl
|
分辨率 1.92 Å R-free 0.234 |
| 6V2F Crystal structure of the HIV capsid hexamer bound to the small molecule long-acting inhibitor, GS-6207 提交 2019-11-22 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
链 B
133–363（231 aa）
|
未记录 | QNG Lenacapavir × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.7；298 K；12% PEG 3350, 0.2 M sodium thiocyanate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.7
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.251 |
| 6V2F Crystal structure of the HIV capsid hexamer bound to the small molecule long-acting inhibitor, GS-6207 提交 2019-11-22 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 C
133–363（231 aa）
链 D
133–363（231 aa）
|
未记录 | QNG Lenacapavir × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.7；298 K；12% PEG 3350, 0.2 M sodium thiocyanate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.7
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.251 |
| 6V2F Crystal structure of the HIV capsid hexamer bound to the small molecule long-acting inhibitor, GS-6207 提交 2019-11-22 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 E
133–363（231 aa）
链 F
133–363（231 aa）
|
未记录 | QNG Lenacapavir × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.7；298 K；12% PEG 3350, 0.2 M sodium thiocyanate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.7
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.251 |
| 6VKV Co-crystal structure of GS-6207 bound to HIV-1 capsid hexamer 提交 2020-01-22 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
链 B
133–363（231 aa）
|
突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A | QNG Lenacapavir × 6 IOD IODIDE ION × 12 CL CHLORIDE ION × 24 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；0.125-0.35M Sodium Iodide, 3-12% Peg 3350, 6% glycerol, 0.1M sodium cacodylate pH 6.5
|
分辨率 2.22 Å R-free 0.269 |
| 6VKV Co-crystal structure of GS-6207 bound to HIV-1 capsid hexamer 提交 2020-01-22 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 C
133–363（231 aa）
|
突变：A14C, E45C, W184A, M185A | QNG Lenacapavir × 6 IOD IODIDE ION × 6 CL CHLORIDE ION × 36 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；0.125-0.35M Sodium Iodide, 3-12% Peg 3350, 6% glycerol, 0.1M sodium cacodylate pH 6.5
|
分辨率 2.22 Å R-free 0.269 |
| 6VWS Hexamer of Helical HIV capsid by RASTR method 提交 2020-02-20 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–352（220 aa）
链 B
133–352（220 aa）
链 C
133–352（220 aa）
链 D
133–352（220 aa）
链 M
133–352（220 aa）
链 N
133–352（220 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；1M NaCl, 50mM Tris pH 8.0
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.08 Å |
| 7MKC N74D mutant of the HIV-1 capsid protein in complex with PF-3450074 (PF74) 提交 2021-04-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
|
突变：N74D | 1B0 N-METHYL-NALPHA-[(2-METHYL-1H-INDOL-3-YL)ACETYL]-N-PHENYL-L-PHENYLALANINAMIDE × 6 IOD IODIDE ION × 36 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG 3350, NaI, Sodium Cacodylate, Glycerol
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.242 |
| 7MN0 N74D mutant of the HIV-1 capsid protein 提交 2021-04-30 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
|
突变：N74D | IOD IODIDE ION × 36 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG 3350, NaI, Sodium Cacodylate, Glycerol
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.274 |
| 7N9U CA-targeting nanobody is a tool for studying HIV-1 capsid lattice interactions 提交 2021-06-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
133–354（222 aa）
片段：UNP residues 133-354
链 B
133–354（222 aa）
片段：UNP residues 133-354
链 C
133–354（222 aa）
片段：UNP residues 133-354
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；295 K；0.1 M Bis-Tris propane:HCl, pH 7.0, 1.4 M sodium malonate, pH 7.0
|
分辨率 3.19 Å R-free 0.258 |
| 7N9V CA-targeting nanobody is a tool for studying HIV-1 capsid lattice interactions 提交 2021-06-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
133–354（222 aa）
片段：UNP residues 133-354
链 C
133–354（222 aa）
片段：UNP residues 133-354
链 D
133–354（222 aa）
片段：UNP residues 133-354
链 G
133–354（222 aa）
片段：UNP residues 133-354
链 I
133–354（222 aa）
片段：UNP residues 133-354
链 K
133–354（222 aa）
片段：UNP residues 133-354
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；297 K；potassium nitrate, pH 6.9, 20% PEG3350
|
分辨率 3.45 Å R-free 0.258 |
| 7N9X CA-targeting nanobody is a tool for studying HIV-1 capsid lattice interactions 提交 2021-06-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白数一致 |
链 AAA
133–354（222 aa）
片段：UNP residues 133-354
链 BBB
133–354（222 aa）
片段：UNP residues 133-354
链 CCC
133–354（222 aa）
片段：UNP residues 133-354
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；295 K；100 mM Bis-Tris propane, pH 6.8, 15% PEG3350, 200 mM sodium
|
分辨率 3.51 Å R-free 0.270 |
| 7OVQ Immature HIV-1 matrix structure 提交 2021-06-15 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白数一致 |
链 A
2–116（115 aa）
链 B
2–116（115 aa）
链 C
2–116（115 aa）
链 D
2–116（115 aa）
链 E
2–116（115 aa）
链 F
2–116（115 aa）
链 I
2–116（115 aa）
链 K
2–116（115 aa）
链 M
2–116（115 aa）
链 O
2–116（115 aa）
链 P
2–116（115 aa）
链 Q
2–116（115 aa）
链 R
2–116（115 aa）
链 S
2–116（115 aa）
链 X
2–116（115 aa）
链 Y
2–116（115 aa）
链 Z
2–116（115 aa）
链 b
2–116（115 aa）
链 c
2–116（115 aa）
链 d
2–116（115 aa）
链 f
2–116（115 aa）
链 h
2–116（115 aa）
链 l
2–116（115 aa）
链 m
2–116（115 aa）
|
未记录 | MYR MYRISTIC ACID × 24 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.20 Å |
| 7OVR Mature HIV-1 matrix structure 提交 2021-06-15 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白数一致 |
链 A
2–116（115 aa）
链 B
2–116（115 aa）
链 C
2–116（115 aa）
链 D
2–116（115 aa）
链 E
2–116（115 aa）
链 F
2–116（115 aa）
链 H
2–116（115 aa）
链 I
2–116（115 aa）
链 J
2–116（115 aa）
链 O
2–116（115 aa）
链 P
2–116（115 aa）
链 Q
2–116（115 aa）
链 R
2–116（115 aa）
链 S
2–116（115 aa）
链 U
2–116（115 aa）
链 W
2–116（115 aa）
链 Y
2–116（115 aa）
链 b
2–116（115 aa）
链 c
2–116（115 aa）
链 d
2–116（115 aa）
链 e
2–116（115 aa）
链 f
2–116（115 aa）
链 j
2–116（115 aa）
链 l
2–116（115 aa）
|
未记录 | MYR MYRISTIC ACID × 24 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 24 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.00 Å |
| 7RHM Structure of Q67H/N74D mutant of disulfide stabilized HIV-1 CA hexamer 提交 2021-07-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 C
133–363（231 aa）
|
突变：A14C, E45C, Q67H, N74D, W184A, M185A, | IOD IODIDE ION × 24 CL CHLORIDE ION × 30 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.35M NaI, 3% peg 3350, 6% glycerol, 0.1M sodium cacodylate trihydrate pH 6.5
|
分辨率 2.16 Å R-free 0.260 |
| 7RJ2 Co-crystal structure of lenacapavir bound to Q67H/N74D mutant of disulfide stabilized HIV-1 CA hexamer 提交 2021-07-20 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 C
133–363（231 aa）
|
突变：A14C, E45C, Q67H, N74D, W184A, M185A | QNG Lenacapavir × 6 CL CHLORIDE ION × 24 IOD IODIDE ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.425M NaI, 6% peg 3350, 6% glycerol, 0.1M sodium cacodylate trihydrate pH 6.5
|
分辨率 2.32 Å R-free 0.246 |
| 7RJ4 Co-crystal structure of lenacapavir bound to N74D mutant of disulfide stabilized HIV-1 CA hexamer 提交 2021-07-20 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
链 B
133–363（231 aa）
|
突变：A14C, E45C, N74D, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, N74D, W184A, M185A | QNG Lenacapavir × 6 CL CHLORIDE ION × 36 IOD IODIDE ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.05M NaI, 3% peg 3350, 6% glycerol, 0.1M sodium cacodylate trihydrate pH 6.5
|
分辨率 3.32 Å R-free 0.331 |
| 7RJ4 Co-crystal structure of lenacapavir bound to N74D mutant of disulfide stabilized HIV-1 CA hexamer 提交 2021-07-20 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 C
133–363（231 aa）
|
突变：A14C, E45C, N74D, W184A, M185A | QNG Lenacapavir × 6 CL CHLORIDE ION × 36 IOD IODIDE ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.05M NaI, 3% peg 3350, 6% glycerol, 0.1M sodium cacodylate trihydrate pH 6.5
|
分辨率 3.32 Å R-free 0.331 |
| 7RMJ Disulfide stabilized HIV-1 CA hexamer in complex with capsid inhibitor (S)-N-(1-(3-(4-chloro-3-(methylsulfonamido)-1-(2,2,2-trifluoroethyl)-1H-indazol-7-yl)-6-(3-methyl-3-(methylsulfonyl)but-1-yn-1-yl)pyridin-2-yl)-2-(3,5-difluorophenyl)ethyl)-2-(3-(trifluoromethyl)-4,5,6,7-tetrahydro-1H-indazol-1-yl)acetamide 提交 2021-07-27 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
链 B
133–363（231 aa）
|
突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A | 61F N-[(1S)-1-(3-{4-chloro-3-[(methanesulfonyl)amino]-1-(2,2,2-trifluoroethyl)-1H-indazol-7-yl}-6-[3-(methanesulfonyl)-3-methylbut-1-yn-1-yl]pyridin-2-yl)-2-(3,5-difluorophenyl)ethyl]-2-[3-(trifluoromethyl)-4,5,6,7-tetrahydro-1H-indazol-1-yl]acetamide × 6 IOD IODIDE ION × 9 CL CHLORIDE ION × 30 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.125M NaI, 4.5% Peg 3350, 6% glycerol, 0.1M sodium cacodylate pH 6.5
|
分辨率 2.27 Å R-free 0.248 |
| 7RMJ Disulfide stabilized HIV-1 CA hexamer in complex with capsid inhibitor (S)-N-(1-(3-(4-chloro-3-(methylsulfonamido)-1-(2,2,2-trifluoroethyl)-1H-indazol-7-yl)-6-(3-methyl-3-(methylsulfonyl)but-1-yn-1-yl)pyridin-2-yl)-2-(3,5-difluorophenyl)ethyl)-2-(3-(trifluoromethyl)-4,5,6,7-tetrahydro-1H-indazol-1-yl)acetamide 提交 2021-07-27 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 C
133–363（231 aa）
|
突变：A14C, E45C, W184A, M185A | 61F N-[(1S)-1-(3-{4-chloro-3-[(methanesulfonyl)amino]-1-(2,2,2-trifluoroethyl)-1H-indazol-7-yl}-6-[3-(methanesulfonyl)-3-methylbut-1-yn-1-yl]pyridin-2-yl)-2-(3,5-difluorophenyl)ethyl]-2-[3-(trifluoromethyl)-4,5,6,7-tetrahydro-1H-indazol-1-yl]acetamide × 6 IOD IODIDE ION × 12 CL CHLORIDE ION × 42 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.125M NaI, 4.5% Peg 3350, 6% glycerol, 0.1M sodium cacodylate pH 6.5
|
分辨率 2.27 Å R-free 0.248 |
| 7RMM Structure of N74D mutant of disulfide stabilized HIV-1 CA hexamer 提交 2021-07-27 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
链 B
133–363（231 aa）
|
突变：A14C, E45C, N74D, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, N74D, W184A, M185A | IOD IODIDE ION × 12 CL CHLORIDE ION × 36 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.2M NaI, 5% peg 3350, 6% glycerol, 0.1M sodium cacodylate trihydrate pH 6.5
|
分辨率 1.97 Å R-free 0.246 |
| 7RMM Structure of N74D mutant of disulfide stabilized HIV-1 CA hexamer 提交 2021-07-27 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 C
133–363（231 aa）
|
突变：A14C, E45C, N74D, W184A, M185A | IOD IODIDE ION × 12 CL CHLORIDE ION × 30 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.2M NaI, 5% peg 3350, 6% glycerol, 0.1M sodium cacodylate trihydrate pH 6.5
|
分辨率 1.97 Å R-free 0.246 |
| 7T13 Hexameric HIV-1 (M-group) CA Q50Y mutant 提交 2021-12-01 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
链 B
133–363（231 aa）
链 C
133–363（231 aa）
链 D
133–363（231 aa）
链 E
133–363（231 aa）
链 F
133–363（231 aa）
|
突变：A14C, E45C, Q50Y, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, Q50Y, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, Q50Y, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, Q50Y, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, Q50Y, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, Q50Y, W184A, M185A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；290 K；Crystallant: 19% (v/v) PEG 550MME, 100 mM TRIS (pH 8.0), 150 mM KSCN, 10 mM ATP, 3% (v/v) 3,5-hexanediol. Crystals grew in 2 ul protein (13 mg/ml) + 2 ul crystallant. Cryoprotected in 20% (v/v) MPD
|
分辨率 3.15 Å R-free 0.239 |
| 7URT T=1 particle HIV-1 CA G60A/G61P/M66A 提交 2022-04-22 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric（60） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
|
突变：G60A/G61P/M66a | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 120 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Manual plunge-freezing
|
分辨率 2.39 Å |
| 7URT T=1 particle HIV-1 CA G60A/G61P/M66A 提交 2022-04-22 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
|
突变：G60A/G61P/M66a | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Manual plunge-freezing
|
分辨率 2.39 Å |
| 7URT T=1 particle HIV-1 CA G60A/G61P/M66A 提交 2022-04-22 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
|
突变：G60A/G61P/M66a | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 10 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Manual plunge-freezing
|
分辨率 2.39 Å |
| 7URT T=1 particle HIV-1 CA G60A/G61P/M66A 提交 2022-04-22 | Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
|
突变：G60A/G61P/M66a | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Manual plunge-freezing
|
分辨率 2.39 Å |
| 7URT T=1 particle HIV-1 CA G60A/G61P/M66A 提交 2022-04-22 | Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
|
突变：G60A/G61P/M66a | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Manual plunge-freezing
|
分辨率 2.39 Å |
| 8CKV HIV-1 mature capsid hexamer from CA-IP6 CLPs 提交 2023-02-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.1
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.89 Å |
| 8CKW HIV-1 mature capsid pentamer from CA-IP6 CLPs 提交 2023-02-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
链 B
133–363（231 aa）
链 C
133–363（231 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.1
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.12 Å |
| 8CKX HIV-1 mature capsid hexamer next to pentamer (type I) from CA-IP6 CLPs 提交 2023-02-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
链 B
133–363（231 aa）
链 C
133–363（231 aa）
链 D
133–363（231 aa）
链 E
133–363（231 aa）
链 F
133–363（231 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.1
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.97 Å |
| 8CKY HIV-1 mature capsid hexamer from CA-IP6 CLPs, bound to Nup153 peptide 提交 2023-02-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.1
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 8CKZ HIV-1 mature capsid pentamer from CA-IP6 CLPs bound to Nup153 peptide 提交 2023-02-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
链 B
133–363（231 aa）
链 C
133–363（231 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.1
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.07 Å |
| 8CL0 HIV-1 mature capsid hexamer next to pentamer (type I) from CA-IP6 CLPs bound to Nup153 peptide. 提交 2023-02-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
链 B
133–363（231 aa）
链 C
133–363（231 aa）
链 D
133–363（231 aa）
链 E
133–363（231 aa）
链 F
133–363（231 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.1
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.12 Å |
| 8CL1 HIV-1 mature capsid hexamer from CA-IP6 CLPs, bound to CPSF6 peptide. 提交 2023-02-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.1
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.35 Å |
| 8CL2 HIV-1 mature capsid pentamer from CA-IP6 CLPs bound to CPSF6 peptide 提交 2023-02-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
链 B
133–363（231 aa）
链 C
133–363（231 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.1
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.45 Å |
| 8CL3 HIV-1 mature capsid hexamer from CA-IP6 CLPs, bound to Sec24C peptide. 提交 2023-02-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.1
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.14 Å |
| 8CL4 HIV-1 mature capsid pentamer from CA-IP6 CLPs bound to Sec24C peptide 提交 2023-02-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
链 B
133–363（231 aa）
链 C
133–363（231 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.1
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.14 Å |
| 8D3B Hexameric HIV-1 (M-group) Q50Y/R120 mutant 提交 2022-06-01 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
链 B
133–363（231 aa）
链 C
133–363（231 aa）
链 D
133–363（231 aa）
链 E
133–363（231 aa）
链 F
133–363（231 aa）
|
突变：Q50Y, R120(insertion), A14C, E45C, W185A, M186A 突变：Q50Y, R120(insertion), A14C, E45C, W185A, M186A 突变：Q50Y, R120(insertion), A14C, E45C, W185A, M186A 突变：Q50Y, R120(insertion), A14C, E45C, W185A, M186A 突变：Q50Y, R120(insertion), A14C, E45C, W185A, M186A 突变：Q50Y, R120(insertion), A14C, E45C, W185A, M186A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；290 K；20% PEG550MME, 0.1M TRIS (pH 8.0), 0.15M KSCN, 10mM ATP, 3% EtOH
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.275 |
| 8EEP T=1 particle HIV-1 CA G60A/G61P 提交 2022-09-07 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric（60） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
|
突变：G60A, G61P | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 120 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Manual plunge-freezing
|
分辨率 2.20 Å |
| 8EEP T=1 particle HIV-1 CA G60A/G61P 提交 2022-09-07 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
|
突变：G60A, G61P | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Manual plunge-freezing
|
分辨率 2.20 Å |
| 8EEP T=1 particle HIV-1 CA G60A/G61P 提交 2022-09-07 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
|
突变：G60A, G61P | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 10 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Manual plunge-freezing
|
分辨率 2.20 Å |
| 8EEP T=1 particle HIV-1 CA G60A/G61P 提交 2022-09-07 | Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
|
突变：G60A, G61P | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Manual plunge-freezing
|
分辨率 2.20 Å |
| 8EEP T=1 particle HIV-1 CA G60A/G61P 提交 2022-09-07 | Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
|
突变：G60A, G61P | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Manual plunge-freezing
|
分辨率 2.20 Å |
| 8EET T=1 particle HIV-1 CA M66A 提交 2022-09-07 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric（60） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
|
突变：M66A | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 120 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Manual plunge-freezing
|
分辨率 3.10 Å |
| 8EET T=1 particle HIV-1 CA M66A 提交 2022-09-07 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
|
突变：M66A | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Manual plunge-freezing
|
分辨率 3.10 Å |
| 8EET T=1 particle HIV-1 CA M66A 提交 2022-09-07 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
|
突变：M66A | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 10 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Manual plunge-freezing
|
分辨率 3.10 Å |
| 8EET T=1 particle HIV-1 CA M66A 提交 2022-09-07 | Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
|
突变：M66A | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Manual plunge-freezing
|
分辨率 3.10 Å |
| 8EET T=1 particle HIV-1 CA M66A 提交 2022-09-07 | Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
|
突变：M66A | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Manual plunge-freezing
|
分辨率 3.10 Å |
| 8FIU Potent long-acting inhibitors targeting HIV-1 capsid based on a versatile quinazolin-4-one scaffold 提交 2022-12-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
链 B
133–363（231 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 15 Y05 N-[(1S)-1-{(3P)-3-{4-chloro-3-[(methanesulfonyl)amino]-1-methyl-1H-indazol-7-yl}-7-[(2R,6S)-2,6-dimethylmorpholin-4-yl]-4-oxo-3,4-dihydroquinazolin-2-yl}-2-(3,5-difluorophenyl)ethyl]-2-[(3bS,4aR)-3-(difluoromethyl)-5,5-difluoro-3b,4,4a,5-tetrahydro-1H-cyclopropa[3,4]cyclopenta[1,2-c]pyrazol-1-yl]acetamide × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；294 K；100 mM bicine, pH 9.0 and 14% (w/v) PEG3350
|
分辨率 1.56 Å R-free 0.194 |
| 8FIU Potent long-acting inhibitors targeting HIV-1 capsid based on a versatile quinazolin-4-one scaffold 提交 2022-12-16 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 C
133–363（231 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 Y05 N-[(1S)-1-{(3P)-3-{4-chloro-3-[(methanesulfonyl)amino]-1-methyl-1H-indazol-7-yl}-7-[(2R,6S)-2,6-dimethylmorpholin-4-yl]-4-oxo-3,4-dihydroquinazolin-2-yl}-2-(3,5-difluorophenyl)ethyl]-2-[(3bS,4aR)-3-(difluoromethyl)-5,5-difluoro-3b,4,4a,5-tetrahydro-1H-cyclopropa[3,4]cyclopenta[1,2-c]pyrazol-1-yl]acetamide × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；294 K；100 mM bicine, pH 9.0 and 14% (w/v) PEG3350
|
分辨率 1.56 Å R-free 0.194 |
| 8G6K HIV-1 CA lattice bound to IP6; from capsid-like particles 提交 2023-02-15 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric（35） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
链 B
133–363（231 aa）
链 C
133–363（231 aa）
链 D
133–363（231 aa）
链 E
133–363（231 aa）
链 F
133–363（231 aa）
链 G
133–363（231 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 8G6K HIV-1 CA lattice bound to IP6; from capsid-like particles 提交 2023-02-15 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
链 B
133–363（231 aa）
链 C
133–363（231 aa）
链 D
133–363（231 aa）
链 E
133–363（231 aa）
链 F
133–363（231 aa）
链 G
133–363（231 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 8G6K HIV-1 CA lattice bound to IP6; from capsid-like particles 提交 2023-02-15 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
链 B
133–363（231 aa）
链 C
133–363（231 aa）
链 D
133–363（231 aa）
链 E
133–363（231 aa）
链 F
133–363（231 aa）
链 G
133–363（231 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 8G6L HIV-1 capsid lattice bound to IP6, pH 6.2 提交 2023-02-15 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric（35） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
链 B
133–363（231 aa）
链 C
133–363（231 aa）
链 D
133–363（231 aa）
链 E
133–363（231 aa）
链 F
133–363（231 aa）
链 G
133–363（231 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8G6L HIV-1 capsid lattice bound to IP6, pH 6.2 提交 2023-02-15 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
链 B
133–363（231 aa）
链 C
133–363（231 aa）
链 D
133–363（231 aa）
链 E
133–363（231 aa）
链 F
133–363（231 aa）
链 G
133–363（231 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8G6L HIV-1 capsid lattice bound to IP6, pH 6.2 提交 2023-02-15 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
链 B
133–363（231 aa）
链 C
133–363（231 aa）
链 D
133–363（231 aa）
链 E
133–363（231 aa）
链 F
133–363（231 aa）
链 G
133–363（231 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8G6M HIV-1 CA lattice bound to IP6, pH 7.4 提交 2023-02-15 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric（35） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
链 B
133–363（231 aa）
链 C
133–363（231 aa）
链 D
133–363（231 aa）
链 E
133–363（231 aa）
链 F
133–363（231 aa）
链 G
133–363（231 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8G6M HIV-1 CA lattice bound to IP6, pH 7.4 提交 2023-02-15 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
链 B
133–363（231 aa）
链 C
133–363（231 aa）
链 D
133–363（231 aa）
链 E
133–363（231 aa）
链 F
133–363（231 aa）
链 G
133–363（231 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8G6M HIV-1 CA lattice bound to IP6, pH 7.4 提交 2023-02-15 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
链 B
133–363（231 aa）
链 C
133–363（231 aa）
链 D
133–363（231 aa）
链 E
133–363（231 aa）
链 F
133–363（231 aa）
链 G
133–363（231 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8G6N HIV-1 capsid lattice bound to dNTPs 提交 2023-02-15 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric（35） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
链 B
133–363（231 aa）
链 C
133–363（231 aa）
链 D
133–363（231 aa）
链 E
133–363（231 aa）
链 F
133–363（231 aa）
链 G
133–363（231 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 8G6N HIV-1 capsid lattice bound to dNTPs 提交 2023-02-15 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
链 B
133–363（231 aa）
链 C
133–363（231 aa）
链 D
133–363（231 aa）
链 E
133–363（231 aa）
链 F
133–363（231 aa）
链 G
133–363（231 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 8G6N HIV-1 capsid lattice bound to dNTPs 提交 2023-02-15 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
链 B
133–363（231 aa）
链 C
133–363（231 aa）
链 D
133–363（231 aa）
链 E
133–363（231 aa）
链 F
133–363（231 aa）
链 G
133–363（231 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 8G6O HIV-1 capsid lattice bound to IP6 and Lenacapavir 提交 2023-02-15 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 25 PDB 声明：25-meric（25） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
链 B
133–363（231 aa）
链 C
133–363（231 aa）
链 D
133–363（231 aa）
链 E
133–363（231 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8G6O HIV-1 capsid lattice bound to IP6 and Lenacapavir 提交 2023-02-15 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
链 B
133–363（231 aa）
链 C
133–363（231 aa）
链 D
133–363（231 aa）
链 E
133–363（231 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8G6O HIV-1 capsid lattice bound to IP6 and Lenacapavir 提交 2023-02-15 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
链 B
133–363（231 aa）
链 C
133–363（231 aa）
链 D
133–363（231 aa）
链 E
133–363（231 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8TQP HIV-CA Disulfide linked Hexamer bound to Quinazolin-4-one Scaffold inhibitor 提交 2023-08-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
链 B
133–363（231 aa）
链 C
133–363（231 aa）
链 D
133–363（231 aa）
链 E
133–363（231 aa）
链 F
133–363（231 aa）
|
突变：A14C, E45C, W184A, M184A 突变：A14C, E45C, W184A, M184A 突变：A14C, E45C, W184A, M184A 突变：A14C, E45C, W184A, M184A 突变：A14C, E45C, W184A, M184A 突变：A14C, E45C, W184A, M184A | K3L 2-[4-(4-aminobenzene-1-sulfonyl)-2-oxopiperazin-1-yl]-N-{(1R)-2-(3,5-difluorophenyl)-1-[3-(4-methoxyphenyl)-4-oxo-3,4-dihydroquinazolin-2-yl]ethyl}acetamide × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；PACT E4
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.247 |
| 8TQP HIV-CA Disulfide linked Hexamer bound to Quinazolin-4-one Scaffold inhibitor 提交 2023-08-08 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 G
133–363（231 aa）
链 H
133–363（231 aa）
链 I
133–363（231 aa）
链 J
133–363（231 aa）
链 K
133–363（231 aa）
链 L
133–363（231 aa）
|
突变：A14C, E45C, W184A, M184A 突变：A14C, E45C, W184A, M184A 突变：A14C, E45C, W184A, M184A 突变：A14C, E45C, W184A, M184A 突变：A14C, E45C, W184A, M184A 突变：A14C, E45C, W184A, M184A | K3L 2-[4-(4-aminobenzene-1-sulfonyl)-2-oxopiperazin-1-yl]-N-{(1R)-2-(3,5-difluorophenyl)-1-[3-(4-methoxyphenyl)-4-oxo-3,4-dihydroquinazolin-2-yl]ethyl}acetamide × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；PACT E4
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.247 |
| 9PGS HIV Capsid Hexamer bound to Compound 6 提交 2025-07-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
链 B
133–363（231 aa）
链 C
133–363（231 aa）
链 D
133–363（231 aa）
链 E
133–363（231 aa）
链 F
133–363（231 aa）
|
突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A | A1CH4 3,5-difluoro-Nalpha-[(5-hydroxy-1H-indol-3-yl)acetyl]-N-(4-methoxyphenyl)-N-methyl-L-phenylalaninamide × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；30% PEG 8000, 0.1M sodium malonate
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.261 |
| 9PGS HIV Capsid Hexamer bound to Compound 6 提交 2025-07-08 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 G
133–363（231 aa）
链 H
133–363（231 aa）
链 I
133–363（231 aa）
链 J
133–363（231 aa）
链 K
133–363（231 aa）
链 L
133–363（231 aa）
|
突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A | A1CH4 3,5-difluoro-Nalpha-[(5-hydroxy-1H-indol-3-yl)acetyl]-N-(4-methoxyphenyl)-N-methyl-L-phenylalaninamide × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；30% PEG 8000, 0.1M sodium malonate
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.261 |
| 9PGT HIV Capsid Hexamer bound to Compound 12 提交 2025-07-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
链 B
133–363（231 aa）
链 C
133–363（231 aa）
链 D
133–363（231 aa）
链 E
133–363（231 aa）
链 F
133–363（231 aa）
|
未记录 | A1CH5 N-[(1S)-1-[3-(4-chlorophenyl)pyridin-2-yl]-2-(3,5-difluorophenyl)ethyl]-2-(5-hydroxy-1H-indol-3-yl)acetamide × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293.15 K；12% PEG 8K, 0.1M sodium malonate
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.247 |
| 9PGT HIV Capsid Hexamer bound to Compound 12 提交 2025-07-08 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 G
133–363（231 aa）
链 H
133–363（231 aa）
链 I
133–363（231 aa）
链 J
133–363（231 aa）
链 K
133–363（231 aa）
链 L
133–363（231 aa）
|
未记录 | A1CH5 N-[(1S)-1-[3-(4-chlorophenyl)pyridin-2-yl]-2-(3,5-difluorophenyl)ethyl]-2-(5-hydroxy-1H-indol-3-yl)acetamide × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293.15 K；12% PEG 8K, 0.1M sodium malonate
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.247 |
| 9PGU HIV Capsid Hexamer bound to Compound 40 提交 2025-07-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
链 B
133–363（231 aa）
链 C
133–363（231 aa）
链 D
133–363（231 aa）
链 E
133–363（231 aa）
链 F
133–363（231 aa）
|
未记录 | A1CH6 (5M)-5-{2-[(1S)-2-(3,5-difluorophenyl)-1-{2-[(3bS,4aR)-5,5-difluoro-3-(trifluoromethyl)-3b,4,4a,5-tetrahydro-1H-cyclopropa[3,4]cyclopenta[1,2-c]pyrazol-1-yl]acetamido}ethyl]pyridin-3-yl}-2-fluorobenzamide × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293.15 K；7% peg 8000, 0.1M sodium malonate, pH 6.5
|
分辨率 3.36 Å R-free 0.262 |
| 9PGV HIV Capsid Hexamer bound to Compound 24 提交 2025-07-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
链 B
133–363（231 aa）
链 C
133–363（231 aa）
链 D
133–363（231 aa）
链 E
133–363（231 aa）
链 F
133–363（231 aa）
|
未记录 | A1CH7 N-methyl-N-phenyl-3-(pyridin-3-yl)-N~2~-{[3-(trifluoromethyl)-4,5,6,7-tetrahydro-1H-indazol-1-yl]acetyl}-L-alaninamide × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293.15 K；12% PEG 8000, 100 mM sodium malonate
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.263 |
| 9PGV HIV Capsid Hexamer bound to Compound 24 提交 2025-07-08 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 G
133–363（231 aa）
链 H
133–363（231 aa）
链 I
133–363（231 aa）
链 J
133–363（231 aa）
链 K
133–363（231 aa）
链 L
133–363（231 aa）
|
未记录 | A1CH7 N-methyl-N-phenyl-3-(pyridin-3-yl)-N~2~-{[3-(trifluoromethyl)-4,5,6,7-tetrahydro-1H-indazol-1-yl]acetyl}-L-alaninamide × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293.15 K；12% PEG 8000, 100 mM sodium malonate
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.263 |
| 9S6W HIV-1 capsid (M-group) - native in complex with JW3-100 提交 2025-08-01 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–363（231 aa）
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未记录 | IOD IODIDE ION × 12 CL CHLORIDE ION × 24 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 6 1PG 2-(2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL × 6 A1JL5 (S)-N-(1-(5-((2-amino-2-oxoethyl)thio)-4-(4-(tert-Butyl)phenyl)-4H-1,2,4-triazol-3-yl)-2-(3,5-difluorophenyl)ethyl)-2-(5-hydroxy-1H-indol-3-yl)acetamide × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；9.5-11% PEG 3350 (v/v), 250-350 mM NaI, 100 mM Sodium Cacodylate [pH 6.5].
Crystals grew in 1 uL protein (3 mg/mL) + 1 uL crystallant. Cryoprotected in 20% (v/v) Glycerol.
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分辨率 2.07 Å R-free 0.298 |