当前蛋白身份：J7RUA5
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5AXW Crystal structure of Staphylococcus aureus Cas9 in complex with sgRNA and target DNA (TTGGGT PAM) 提交 2015-08-01 | Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–1053（1053 aa）
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突变：N580A/C946A | NA SODIUM ION × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG4000, NaCl, Na2HPO4, NaN3
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.230 |
| 5CZZ Crystal structure of Staphylococcus aureus Cas9 in complex with sgRNA and target DNA (TTGAAT PAM) 提交 2015-08-01 | Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–1053（1053 aa）
|
突变：N580A/C946A | NA SODIUM ION × 5 PO4 PHOSPHATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG4000, NaCl, Na2HPO4, NaN3
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.241 |
| 7EL1 Structure of a protein from bacteria 提交 2021-04-07 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–1053（1053 aa）
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突变：N580A, C946A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.0M sodium citrate dihydrate,
0.3M imidazol-Hcl (pH 10.0),
0.02M sodium malonate (pH 7.0)
|
分辨率 2.22 Å R-free 0.242 |
| 7ENH Crystal structure of cas and anti-cas protein complex 提交 2021-04-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
481–646（166 aa）
片段：HNH domain
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未记录 | NI NICKEL (II) ION × 11 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；PEG 3350, sodium iodide
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分辨率 2.10 Å R-free 0.208 |
| 7ENI Crystal structure of cas and anti-cas protein complex 提交 2021-04-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–1053（1053 aa）
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未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 9 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；Tris, Ammonium phosphate dibasic
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分辨率 2.63 Å R-free 0.237 |
| 7ENR Crystal structure of cas and anti-cas protein complex 提交 2021-04-19 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–1053（1053 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；PEG 3350, EG, Bicine
|
分辨率 4.21 Å R-free 0.307 |
| 7VW3 Cryo-EM structure of SaCas9-sgRNA-DNA ternary complex 提交 2021-11-09 | Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–1053（1052 aa）
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突变：D10A N580A | MG MAGNESIUM ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20mM Tris-Cl (pH 7.5), 100mM KCl, 5mM MgCl2, 1mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 8JFT Cryo-EM structure of SaCas9-AcrIIA15 CTD-sgRNA complex 提交 2023-05-18 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–1053（1053 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.31 Å |
| 8JG9 Cryo-EM structure of the SaCas9-sgRNA-AcrIIA15-promoter DNA dimer 提交 2023-05-20 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–1053（1053 aa）
链 D
1–1053（1053 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.82 Å |
| 8Y0D Crystal structure of SauCas9 in complex with sgRNA and 20nt ssDNA target 提交 2024-01-22 | Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–1053（1053 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.2 M Sodium chloride, 0.1 M Sodium HEPES, pH 7.0, 11% PEG 8000
|
分辨率 3.92 Å R-free 0.318 |
| 8ZCY Cryo-EM structure of eSaCas9_NNG-guide RNA-target DNA complex in an interrogation state 提交 2024-04-30 | Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–1053（1053 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.17 Å |
| 8ZCZ Cryo-EM structure of eSaCas9_NNG-guide RNA-target DNA complex in an intermediate state 提交 2024-04-30 | Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–1053（1053 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 8ZD0 Cryo-EM structure of eSaCas9_NNG-guide RNA-target DNA complex in a translocation state 提交 2024-04-30 | Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–1053（1053 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.76 Å |
| 8ZDA Cryo-EM structure of eSaCas9_NNG-guide RNA-target DNA complex in a catalytically active state 提交 2024-05-01 | Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–1053（1053 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.14 Å |
| 9MB6 Cryo-EM structure of wild-type SaCas9-guide RNA-mismatched target DNA complex 提交 2025-03-15 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–1053（1053 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.01 Å |
| 9MB7 Cryo-EM structure of eSaCas9-NNG-guide RNA-mismatched target DNA complex 提交 2025-03-15 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–1053（1053 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.88 Å |