当前蛋白身份：O14727
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1C15 SOLUTION STRUCTURE OF APAF-1 CARD 提交 1999-07-20 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–97（97 aa）
片段：CASPASE RECRUITMENT DOMAIN
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.5；300 K；离子强度（mmCIF原始值）1；压力 AMBIENT
NMR样品组成
1MM 15N LABELED APAF-1 CARD, 20 MM PHOSPHATE BUFFER, 50 MM NACL
NMR样品组成
1MM 13C LABELED APAF-1 CARD, 20 MM PHOSPHATE BUFFER, 50 MM NACL
NMR样品组成
1MM NON-LABELED APAF-1 CARD, 20 MM PHOSPHATE BUFFER, 50 MM NACL
NMR样品组成
1MM 13C,15N LABELED, 80%DEUTERATED APAF-1 CARD, 20 MM PHOSPHATE BUFFER, 50 MM
NACL
|
分辨率未提供 |
| 1CWW SOLUTION STRUCTURE OF THE CASPASE RECRUITMENT DOMAIN (CARD) FROM APAF-1 提交 1999-08-26 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–97（97 aa）
片段：CASPASE RECRUITMENT DOMAIN
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.7；30 K
NMR测量条件
pH 6.7；30 K
NMR测量条件
pH 6.7；30 K
NMR样品组成
UNLABELLED 1.5MM APAF-1 CARD 20MM SODIUM PHOSPHATE PH 6.7 75MM NACL 2MM DITHIOTHREITOL
NMR样品组成
U-15N 1.5MM APAF-1 CARD 20MM SODIUM PHOSPHATE PH 6.7 75MM NACL 2MM DITHIOTHREITOL
NMR样品组成
U-15N; U-13C 1.5MM APAF-1 CARD 20MM SODIUM PHOSPHATE PH 6.7 75MM NACL 2MM DITHIOTHREITOL
|
分辨率未提供 |
| 1CY5 CRYSTAL STRUCTURE OF THE APAF-1 CARD 提交 1999-08-31 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–97（97 aa）
片段：CASPASE RECRUITMENT DOMAIN
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未记录 | ZN ZINC ION × 5 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；290 K；HANGING DROP VAPOR DIFFUSION WITH EQUAL VOLUMES OF PROTEIN AND RESERVOIR SOLUTIONS. PROTEIN SOLUTION: 5-20 MG/ML
PROTEIN IN 0.02 MOLAR TRIS (PH 8.0-8.5) , 0.1-0.2 MOLAR SODIUM CHLORIDE. 0.005 MOLAR 2-MERCAPTOETHANOL RESERVOIR
SOLUTION: 8-20% (W/V) PEG 8000, 0.2 MOLAR TRIS (PH 7.5-8.0), 0.05-0.2 MOLAR ZINC ACETATE., VAPOR DIFFUSION, HANGING
DROP, temperature 17K
|
分辨率 1.30 Å R-free 0.199 |
| 1Z6T Structure of the apoptotic protease-activating factor 1 bound to ADP 提交 2005-03-23 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–591（591 aa）
片段：Apaf-1, residues 1-591
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.1；276 K；HEPES, ammonium acetate, PEG-3350, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 276K, pH 7.10
|
分辨率 2.21 Å R-free 0.244 |
| 1Z6T Structure of the apoptotic protease-activating factor 1 bound to ADP 提交 2005-03-23 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–591（591 aa）
片段：Apaf-1, residues 1-591
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.1；276 K；HEPES, ammonium acetate, PEG-3350, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 276K, pH 7.10
|
分辨率 2.21 Å R-free 0.244 |
| 1Z6T Structure of the apoptotic protease-activating factor 1 bound to ADP 提交 2005-03-23 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
1–591（591 aa）
片段：Apaf-1, residues 1-591
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.1；276 K；HEPES, ammonium acetate, PEG-3350, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 276K, pH 7.10
|
分辨率 2.21 Å R-free 0.244 |
| 1Z6T Structure of the apoptotic protease-activating factor 1 bound to ADP 提交 2005-03-23 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
1–591（591 aa）
片段：Apaf-1, residues 1-591
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.1；276 K；HEPES, ammonium acetate, PEG-3350, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 276K, pH 7.10
|
分辨率 2.21 Å R-free 0.244 |
| 2P1H Rapid Folding and Unfolding of Apaf-1 CARD 提交 2007-03-05 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–92（92 aa）
片段：CARD domain (Residues 1-92)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；291 K；200 mM Tris-HCl, pH 6.1, 200 mM zinc acetate, 17% PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 1.59 Å R-free 0.297 |
| 2YGS CARD DOMAIN FROM APAF-1 提交 1999-05-08 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–92（92 aa）
片段：CASPASE RECRUITMENT DOMAIN (CARD)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6；pH 6.0
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.236 |
| 3J2T An improved model of the human apoptosome 提交 2012-12-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric（14） 与蛋白数一致 |
链 A
1–1248（1248 aa）
链 B
1–1248（1248 aa）
链 C
1–1248（1248 aa）
链 D
1–1248（1248 aa）
链 E
1–1248（1248 aa）
链 F
1–1248（1248 aa）
链 G
1–1248（1248 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 7 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
low salt HEPES buffer；pH 7.5；20mM HEPES, 10mM KCl, 1.5mM MgCl2, 1mM EDTA, 1mM EGTA, 1mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
Blot for 2 seconds before plunging；77 K；冷冻剂 ETHANE；Blot for 2 seconds before plunging (FEI VITROBOT MARK III)
|
分辨率 9.50 Å |
| 3JBT Atomic structure of the Apaf-1 apoptosome 提交 2015-10-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric（14） 与蛋白数一致 |
链 A
1–1248（1248 aa）
链 C
1–1248（1248 aa）
链 E
1–1248（1248 aa）
链 G
1–1248（1248 aa）
链 I
1–1248（1248 aa）
链 K
1–1248（1248 aa）
链 M
1–1248（1248 aa）
|
未记录 | DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 7 MG MAGNESIUM ION × 7 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
20 mM HEPES (pH 7.5), 10 mM KCl, 1.5 mM MgCl2, 1 mM EDTA, 1 mM DTT；pH 7.5；20 mM HEPES (pH 7.5), 10 mM KCl, 1.5 mM MgCl2, 1 mM EDTA, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
Blot for 2.5 seconds before plunging；冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 3YGS APAF-1 CARD IN COMPLEX WITH PRODOMAIN OF PROCASPASE-9 提交 1999-05-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1–95（95 aa）
片段：CASPASE RECRUITMENT DOMAIN (CARD)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；pH 7.5
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.299 |
| 4RHW Crystal structure of Apaf-1 CARD and caspase-9 CARD complex 提交 2014-10-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–97（97 aa）
片段：card domain
链 B
1–97（97 aa）
片段：card domain
链 C
1–97（97 aa）
片段：card domain
链 D
1–97（97 aa）
片段：card domain
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 7 CL CHLORIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；13% PEG 3000, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M MES (pH5.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.226 |
| 5JUY Active human apoptosome with procaspase-9 提交 2016-05-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白数一致 |
链 A
1–1248（1248 aa）
链 B
1–1248（1248 aa）
链 C
1–1248（1248 aa）
链 D
1–1248（1248 aa）
链 E
1–1248（1248 aa）
链 F
1–1248（1248 aa）
链 G
1–1248（1248 aa）
|
未记录 | DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 7 HEC HEME C × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；Buffer A
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 5WVC Structure of the CARD-CARD disk 提交 2016-12-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–95（95 aa）
片段：UNP RESIDUES 1-95
链 C
1–95（95 aa）
片段：UNP RESIDUES 1-95
链 E
1–95（95 aa）
片段：UNP RESIDUES 1-95
|
未记录 | IOD IODIDE ION × 11 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2 M NH4I, 20% PEG 3350
|
分辨率 2.99 Å R-free 0.228 |
| 5WVE Apaf-1-Caspase-9 holoenzyme 提交 2016-12-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：25-meric（25） 与蛋白数一致 |
链 A
1–1248（1248 aa）
链 C
1–1248（1248 aa）
链 E
1–1248（1248 aa）
链 G
1–1248（1248 aa）
链 I
1–1248（1248 aa）
链 K
1–1248（1248 aa）
链 M
1–1248（1248 aa）
链 O
1–102（102 aa）
片段：CARD domain, UNP residues 1-102
链 P
1–102（102 aa）
片段：CARD domain, UNP residues 1-102
链 Q
1–102（102 aa）
片段：CARD domain, UNP residues 1-102
链 R
1–102（102 aa）
片段：CARD domain, UNP residues 1-102
链 W
1–102（102 aa）
片段：CARD domain, UNP residues 1-102
链 X
1–102（102 aa）
片段：CARD domain, UNP residues 1-102
|
未记录 | DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 7 MG MAGNESIUM ION × 7 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å |
| 8XQK The Crystal Structure of Apaf from Biortus. 提交 2024-01-05 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–97（97 aa）
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.6M Na/KPO4 pH6.5
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.283 |
| 8XQK The Crystal Structure of Apaf from Biortus. 提交 2024-01-05 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–97（97 aa）
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.6M Na/KPO4 pH6.5
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.283 |
| 8XQK The Crystal Structure of Apaf from Biortus. 提交 2024-01-05 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
1–97（97 aa）
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.6M Na/KPO4 pH6.5
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.283 |
| 8XQK The Crystal Structure of Apaf from Biortus. 提交 2024-01-05 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
1–97（97 aa）
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.6M Na/KPO4 pH6.5
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.283 |