当前蛋白身份：O94742
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3JCK Structure of the yeast 26S proteasome lid sub-complex 提交 2015-12-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 I
1–89（89 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP；pH 7.5；50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds, and plunged into liquid ethane.；85 K；冷冻剂 ETHANE；4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds at 4 degrees C, and plunged into liquid ethane using a manual plunger.
|
分辨率 3.50 Å |
| 3JCO Structure of yeast 26S proteasome in M1 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric（47） 与蛋白数一致 |
链 Y
1–89（89 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.80 Å |
| 3JCP Structure of yeast 26S proteasome in M2 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric（47） 与蛋白数一致 |
链 Y
1–89（89 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.60 Å |
| 3T5V Sac3:Thp1:Sem1 complex 提交 2011-07-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
1–89（89 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；292 K；see publication, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.231 |
| 3T5V Sac3:Thp1:Sem1 complex 提交 2011-07-28 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 F
1–89（89 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；292 K；see publication, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.231 |
| 4CR2 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric（33） 与蛋白数一致 |
链 Y
1–89（89 aa）
片段：SEM1
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
|
分辨率 7.70 Å |
| 4CR3 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric（33） 与蛋白数一致 |
链 Y
1–89（89 aa）
片段：SEM1
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
|
分辨率 9.30 Å |
| 4CR4 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric（33） 与蛋白数一致 |
链 Y
1–89（89 aa）
片段：SEM1
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
|
分辨率 8.80 Å |
| 4TRQ Crystal structure of Sac3/Thp1/Sem1 提交 2014-06-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：Hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 C
30–89（60 aa）
链 F
30–89（60 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.5M Li2SO4, 10% PEG-8.000
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.238 |
| 5A5B Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex 提交 2015-06-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric（35） 与蛋白数一致 |
链 Y
1–89（89 aa）
片段：SEM1
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
|
分辨率 9.50 Å |
| 5G5P Structure of the Saccharomyces cerevisiae TREX-2 complex 提交 2016-05-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 C
1–89（89 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
20 MM HEPES, 300 MM NACL, 5 MM DTT；pH 8；20 mM HEPES, 300 mM NaCl, 5 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
85 K；冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE
|
分辨率 5.30 Å |
| 5L3T Structure of the Saccharomyces cerevisiae TREX-2 complex 提交 2016-05-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 C
1–89（89 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Precipitant: 20% PEG 3350, 0.2 M Mg formate; protein 16.5 mg/ml in 0.3 M NaCl, 50 mM HEPES, pH 8, 5 mM DTT.
|
分辨率 4.93 Å R-free 0.370 |
| 5MPB 26S proteasome in presence of AMP-PNP (s3) 提交 2016-12-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric（47） 与蛋白数一致 |
链 Y
1–89（89 aa）
|
未记录 | ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 7.80 Å |
| 5MPC 26S proteasome in presence of BeFx (s4) 提交 2016-12-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric（48） 与蛋白数一致 |
链 Y
1–89（89 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 7.70 Å |
| 5MPD 26S proteasome in presence of ATP (s1) 提交 2016-12-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric（13） 与蛋白数一致 |
链 Y
1–89（89 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric（13） 与蛋白数一致 |
链 Y
1–89（89 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 Y
1–89（89 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 5UBP TREX2 M-region 提交 2016-12-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
1–89（89 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；20 % PEG3350, 0.17 M MgFormate
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.217 |
| 5WVI The resting state of yeast proteasome 提交 2016-12-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric（47） 与蛋白数一致 |
链 Y
1–89（89 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.30 Å |
| 5WVK Yeast proteasome-ADP-AlFx 提交 2016-12-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric（47） 与蛋白数一致 |
链 Y
1–89（89 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 6FVT 26S proteasome, s1 state 提交 2018-03-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric（47） 与蛋白数一致 |
链 Y
1–89（89 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 6FVU 26S proteasome, s2 state 提交 2018-03-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric（47） 与蛋白数一致 |
链 Y
1–89（89 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 6FVV 26S proteasome, s3 state 提交 2018-03-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric（47） 与蛋白数一致 |
链 Y
1–89（89 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 5.40 Å |
| 6FVW 26S proteasome, s4 state 提交 2018-03-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric（47） 与蛋白数一致 |
链 Y
1–89（89 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 6FVX 26S proteasome, s5 state 提交 2018-03-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric（47） 与蛋白数一致 |
链 Y
1–89（89 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 4.90 Å |
| 6FVY 26S proteasome, s6 state 提交 2018-03-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric（47） 与蛋白数一致 |
链 Y
1–89（89 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 6.10 Å |
| 6J2C Yeast proteasome in translocation competent state (C3-a) 提交 2019-01-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric（47） 与蛋白数一致 |
链 Y
1–89（89 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.00 Å |
| 6J2N yeast proteasome in substrate-processing state (C3-b) 提交 2019-01-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric（47） 与蛋白数一致 |
链 Y
1–89（89 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.50 Å |
| 6J2Q Yeast proteasome in Ub-accepted state (C1-b) 提交 2019-01-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric（47） 与蛋白数一致 |
链 Y
1–89（89 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 6J2X Yeast proteasome in resting state (C1-a) 提交 2019-01-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric（47） 与蛋白数一致 |
链 Y
1–89（89 aa）
片段：SEM1
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 6J30 yeast proteasome in Ub-engaged state (C2) 提交 2019-01-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric（47） 与蛋白数一致 |
链 Y
1–89（89 aa）
片段：SEM1
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 7EWF Selenomethionine-substituted structure of S. cerevisiae Csn12 in complex with Thp3 and Sem1 提交 2021-05-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
1–89（89 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；12% PEG3350, 100 mM Sodium malonate buffer (pH 5.0) and 3% Methanol
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.257 |
| 7EWM Native crystal structure of S. cerevisiae Csn12 in complex with Thp3 and Sem1 提交 2021-05-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
1–89（89 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；12% PEG3350, 100 mM Sodium malonate buffer (pH 5.0) and 3% Methanol
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.251 |
| 7QO3 Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex in the si state (Core Particle and Lid) 提交 2021-12-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：41-meric（41） 与蛋白数一致 |
链 Y
1–89（89 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.10 Å |
| 7QO5 26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the si state 提交 2021-12-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric（49） 与蛋白数一致 |
链 Y
1–89（89 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.00 Å |
| 7QO6 26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the s2 state 提交 2021-12-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric（49） 与蛋白数一致 |
链 Y
1–89（89 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.30 Å |
| 8U8C Crystal structure of the TREX-2 complex in complex with the N-terminal motif of Sub2 提交 2023-09-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
1–89（89 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M MES, pH 6.5, and 20% PEG3350
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.231 |
| 9IWR 26S proteasome trimer 提交 2024-07-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric（47） 与蛋白数一致 |
链 Y
1–89（89 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.8；YPD buffer
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 9.10 Å |