当前蛋白身份：P00582
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1D8Y CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF DNA POLYMERASE I KLENOW FRAGMENT WITH DNA 提交 1999-10-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 A
324–928（605 aa）
片段：KLENOW FRAGMENT
|
突变：D355A, E357A | ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；295 K；SODIUM CITRATE, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
|
分辨率 2.08 Å R-free 0.233 |
| 1DPI STRUCTURE OF LARGE FRAGMENT OF ESCHERICHIA COLI DNA POLYMERASE I COMPLEXED WITH D/TMP 提交 1987-08-11 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
324–928（605 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.80 Å |
| 1KFD CRYSTAL STRUCTURES OF THE KLENOW FRAGMENT OF DNA POLYMERASE I COMPLEXED WITH DEOXYNUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE AND PYROPHOSPHATE 提交 1993-09-23 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
324–928（605 aa）
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未记录 | CTP CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.90 Å |
| 1KFS DNA POLYMERASE I KLENOW FRAGMENT (E.C.2.7.7.7) MUTANT/DNA COMPLEX 提交 1997-08-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 A
324–928（605 aa）
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突变：V324M | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.8；1.4 M NA CITRATE PH 5.8
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分辨率 2.10 Å R-free 0.219 |
| 1KLN DNA POLYMERASE I KLENOW FRAGMENT (E.C.2.7.7.7) MUTANT/DNA COMPLEX 提交 1994-05-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
324–928（605 aa）
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突变：D355A | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.8；290 K；pH 6.80, VAPOR DIFFUSION, temperature 290.00K
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分辨率 3.20 Å |
| 1KRP DNA polymerase I Klenow fragment (E.C.2.7.7.7) mutant/DNA complex 提交 1997-08-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 A
324–928（605 aa）
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突变：V324M | ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.8；1.4 M NA CITRATE PH 5.8
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分辨率 2.20 Å R-free 0.255 |
| 1KSP DNA polymerase I Klenow fragment (E.C.2.7.7.7) mutant/DNA complex 提交 1997-08-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 A
324–928（605 aa）
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突变：V324M | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.8；1.4 M NA CITRATE PH 5.8
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分辨率 2.30 Å R-free 0.241 |
| 1QSL KLENOW FRAGMENT COMPLEXED WITH SINGLE-STRANDED SUBSTRATE AND EUROPIUM (III) ION 提交 1999-06-22 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 A
324–928（605 aa）
片段：KLENOW FRAGMENT
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突变：V324M | EU EUROPIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；290 K；1.5 M SODIUM CITRATE AT 290 K, pH 5.60, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
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分辨率 2.20 Å R-free 0.255 |
| 2KFN KLENOW FRAGMENT WITH BRIDGING-SULFUR SUBSTRATE AND MANGANESE 提交 1998-07-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 A
325–928（604 aa）
片段：LARGE FRAGMENT, KLENOW FRAGMENT
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突变：V324M | MN MANGANESE (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.8；1.4 M NA CITRATE PH 5.8
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分辨率 2.03 Å R-free 0.250 |
| 2KFZ KLENOW FRAGMENT WITH BRIDGING-SULFUR SUBSTRATE AND ZINC ONLY 提交 1998-07-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 A
325–928（604 aa）
片段：LARGE FRAGMENT, KLENOW FRAGMENT
|
突变：V324M | ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.8；1.4 M NA CITRATE PH 5.8
|
分辨率 2.03 Å R-free 0.255 |
| 2KZM KLENOW FRAGMENT WITH NORMAL SUBSTRATE AND ZINC AND MANGANESE 提交 1998-07-03 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 A
324–928（605 aa）
片段：KLENOW FRAGMENT, LARGE FRAGMENT
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；1.4 M SODIUM CITRATE PH 5.8, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
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分辨率 2.60 Å R-free 0.243 |
| 2KZZ KLENOW FRAGMENT WITH NORMAL SUBSTRATE AND ZINC ONLY 提交 1998-07-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 A
324–928（605 aa）
片段：KLENOW FRAGMENT, LARGE FRAGMENT
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；1.4 M SODIUM CITRATE PH 5.8, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
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分辨率 2.25 Å R-free 0.251 |
| 8OO6 Pol I bound to extended and displaced DNA section - closed conformation 提交 2023-04-04 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
328–928（601 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 4.30 Å |
| 8OOY Pol I bound to extended and displaced DNA section - open conformation 提交 2023-04-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
328–928（601 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 4.00 Å |