当前蛋白身份：P00742
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1C5M STRUCTURAL BASIS FOR SELECTIVITY OF A SMALL MOLECULE, S1-BINDING, SUB-MICROMOLAR INHIBITOR OF UROKINASE TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR 提交 1999-12-22 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
235–488（254 aa）
片段：HEAVY CHAIN
链 F
84–179（96 aa）
片段：LIGHT CHAIN
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；crystallization conditions : Crystals of truncated human factor Xa were
grown in hanging drops from equal volumes of protein solution
(5.0 mg/ml in 20 mM Hepes, 50 mM ammonimum sulfate, pH 8.0) and well
solution (25 % PEG 5K, 0.10 M Hepes, 0.2 M ammonium sulfate, pH 7.5)., VAPOR DIFFUSION
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.307 |
| 1EZQ CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN COAGULATION FACTOR XA COMPLEXED WITH RPR128515 提交 2000-05-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–488（254 aa）
片段：ACTIVATED FACTOR XA, HEAVY CHAIN
链 B
46–179（134 aa）
片段：FACTOR X LIGHT CHAIN
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 RPR 3-[(3'-AMINOMETHYL-BIPHENYL-4-CARBONYL)-AMINO]-2-(3-CARBAMIMIDOYL-BENZYL)-BUTYRIC ACID METHYL ESTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；292 K；18-20% PEG 600, 50mM Mes-NaOH, 1mM RPR128515, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.267 |
| 1F0R CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN COAGULATION FACTOR XA COMPLEXED WITH RPR208815 提交 2000-05-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–488（254 aa）
片段：ACTIVATED FACTOR XA, HEAVY CHAIN
链 B
46–179（134 aa）
片段：FACTOR X LIGHT CHAIN
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 815 THIENO[3,2-B]PYRIDINE-2-SULFONIC ACID [1-(1-AMINO-ISOQUINOLIN-7-YLMETHYL)-2-OXO-PYRROLDIN-3-YL]-AMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；292 K；18-22%PEG 600, 50mM Mes-NaOH, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.263 |
| 1F0S Crystal Structure of Human Coagulation Factor XA Complexed with RPR208707 提交 2000-05-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–488（254 aa）
片段：ACTIVATED FACTOR XA, HEAVY CHAIN
链 B
46–179（134 aa）
片段：FACTOR X LIGHT CHAIN
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 PR2 THIENO[3,2-B]PYRIDINE-2-SULFONIC ACID [2-OXO-1-(1H-PYRROLO[2,3-C]PYRIDIN-2-YLMETHYL)-PYRROLIDIN-3-YL]-AMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；292 K；18-22%PEG 600, 50mM Mes-NaOH, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.263 |
| 1FAX COAGULATION FACTOR XA INHIBITOR COMPLEX 提交 1996-08-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–481（247 aa）
链 L
84–179（96 aa）
|
突变：PROTEOLYTIC CLEAVAGE PRODUCT, GLA DOMAIN, RESIDUES 1 - 44 OF THE LIGHT CHAIN, ARE REMOVED 突变：PROTEOLYTIC CLEAVAGE PRODUCT, GLA DOMAIN, RESIDUES 1 - 44 OF THE LIGHT CHAIN, ARE REMOVED | CA CALCIUM ION × 1 DX9 (2S)-3-(7-carbamimidoylnaphthalen-2-yl)-2-[4-({(3R)-1-[(1Z)-ethanimidoyl]pyrrolidin-3-yl}oxy)phenyl]propanoic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.00 Å R-free 0.261 |
| 1FJS CRYSTAL STRUCTURE OF THE INHIBITOR ZK-807834 (CI-1031) COMPLEXED WITH FACTOR XA 提交 2000-08-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–468（234 aa）
片段：HEAVY CHAIN, CATALYTIC DOMAIN
链 L
127–178（52 aa）
片段：LIGHT CHAIN, EPIDERMAL GROWTH FACTOR LIKE DOMAIN
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 Z34 N-[2-[5-[AMINO(IMINO)METHYL]-2-HYDROXYPHENOXY]-3,5-DIFLUORO-6-[3-(4,5-DIHYDRO-1-METHYL-1H-IMIDAZOL-2-YL)PHENOXY]PYRIDIN-4-YL]-N-METHYLGLYCINE × 1 GOL GLYCEROL × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8；295 K；Drop;
2 microliter,
12 mg/ml Factor Xa,
50 mM Tris pH 8.0, 75 mM NaCl
+ 2 microlter reservoir:
Reservoir;
15-21% PEG-1500 and 10mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K
|
分辨率 1.92 Å R-free 0.256 |
| 1G2L FACTOR XA INHIBITOR COMPLEX 提交 2000-10-20 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–469（235 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN
链 B
86–179（94 aa）
片段：DES-GLA FRAGMENT
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 T87 [(1-{2[(4-CARBAMIMIDOYL-PHENYLAMINO)-METHYL]-1-METHYL-1H-BENZOIMIDAZOL-5-YL}-CYCLOPROPYL)-PYRIDIN-2-YL-METHYLENEAMINOOXY]-ACETIC ACID ETHYL ESTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.90 Å R-free 0.272 |
| 1G2M FACTOR XA INHIBITOR COMPLEX 提交 2000-10-20 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–469（235 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN
链 B
86–179（94 aa）
片段：DES-GLA FRAGMENT
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 R11 4-{[1-METHYL-5-(2-METHYL-BENZOIMIDAZOL-1-YLMETHYL)-1H-BENZOIMIDAZOL-2-YLMETHYL]-AMINO}-BENZAMIDINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.02 Å R-free 0.278 |
| 1HCG STRUCTURE OF HUMAN DES(1-45) FACTOR XA AT 2.2 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1993-05-05 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–475（241 aa）
链 B
129–179（51 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.20 Å |
| 1IOE Human coagulation factor Xa in complex with M55532 提交 2001-03-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–469（235 aa）
片段：HEAVY CHAIN, CATALYTIC DOMAIN (RESIDUES 235-469)
链 L
84–179（96 aa）
片段：LIGHT CHAIN, EPIDERMAL GROWTH FACTOR LIKE DOMAIN (RESIDUES 84-179)
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 XMA (-)-7-[(6-CHLORO-2-NAPHTHALENYL)SULFONYL]TETRAHYDRO-8A-(METHOXYMETHYL)-1'-(4-PYRIDINYL)-SPIRO[5H-OXAZOLO[3,2-A]PYRAZINE-2(3H),4'-PIPERIDIN]-5-ONE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；PEG1500, CALCIUM CHLORIDE, M55532,TRIS-HCL, pH 7.20, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.295 |
| 1IQE Human coagulation factor Xa in complex with M55590 提交 2001-07-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–469（235 aa）
片段：heavy chain, catalytic domain (residues 235-469)
链 L
84–179（96 aa）
片段：light chain, epidermal growth factor like domain (residues 84-179)
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 XMB 4-[(2R)-3-[[(6-CHLORO-2-NAPHTHALENYL)SULFONYL]AMINO]-1-OXO-2-[[[1-(4-PYRIDINYL)-4-PIPERIDINYL]METHYL]AMINO]PROPYL]-THIOMORPHOLINE-1,1-DIOXIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；PEG1500, calcium chloride, M55590, tris-HCl, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.297 |
| 1IQF Human coagulation factor Xa in complex with M55165 提交 2001-07-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–469（235 aa）
片段：heavy chain, catalytic domain (residues 235-469)
链 L
84–179（96 aa）
片段：light chain, epidermal growth factor like domain (residues 84-179)
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 XMD (2R)-4-[(6-CHLORO-2-NAPHTHALENYL)SULFONYL]-6-OXO-1-[[1-(4-PYRIDINYL)-4-PIPERIDINYL]METHYL]-2-PIPERAZINECARBOXYLIC ACID ETHYL ESTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；PEG1500, calcium chloride, M55165, tris-HCl, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.277 |
| 1IQG Human coagulation factor Xa in complex with M55159 提交 2001-07-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–469（235 aa）
片段：heavy chain, catalytic domain (residues 235-469)
链 L
84–179（96 aa）
片段：light chain, epidermal growth factor like domain (residues 84-179)
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 XME 4-[(6-CHLORO-2-NAPHTHALENYL)SULFONYL]-1-[[4-HYDROXYIMINOMETHYL-1-(4-PYRIDINYL)-4-PIPERIDINYL]METHYL]PIPERAZINONE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；PEG1500, calcium chloride, M55159, tris-HCl, pH 7.20, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.271 |
| 1IQH Human coagulation factor Xa in complex with M55143 提交 2001-07-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–469（235 aa）
片段：heavy chain, catalytic domain (residues 235-469)
链 L
84–179（96 aa）
片段：light chain, epidermal growth factor like domain (residues 84-179)
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 XMF 4-[(6-CHLORO-2-NAPHTHALENYL)SULFONYL]-1-[[4-HYDROXYMETHYL-1-(4-PYRIDINYL)-4-PIPERIDINYL]METHYL]PIPERAZINONE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；PEG1500, calcium chloride, M55143, tris-HCl, pH 7.20, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.286 |
| 1IQI Human coagulation factor Xa in complex with M55125 提交 2001-07-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–469（235 aa）
片段：heavy chain, catalytic domain (residues 235-469)
链 L
84–179（96 aa）
片段：light chain, epidermal growth factor like domain (residues 84-179)
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 XMG 4-[(6-CHLORO-2-NAPHTHALENYL)SULFONYL]-1-[[1-(4-PYRIDINYL)-4-PIPERIDINYL] METHYL]-2-PIPERAZINECARBOXYLIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；PEG1500, calcium chloride, M55125, tris-HCl, pH 7.20, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.290 |
| 1IQJ Human coagulation factor Xa in complex with M55124 提交 2001-07-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–469（235 aa）
片段：heavy chain, catalytic domain (residues 235-469)
链 L
84–179（96 aa）
片段：light chain, epidermal growth factor like domain (residues 84-179)
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 XMH 4-[(6-CHLORO-2-NAPHTHALENYL)SULFONYL]-1-[[1-(4-PYRIDINYL)-4-PIPERIDINYL]METHYL]-2-PIPERAZINECARBOXYLIC ACID ETHYL ESTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；PEG1500, calcium chloride, M55124, tris-HCl, pH 7.20, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.293 |
| 1IQK Human coagulation factor Xa in complex with M55113 提交 2001-07-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–469（235 aa）
片段：heavy chain, catalytic domain (residues 235-469)
链 L
84–179（96 aa）
片段：light chain, epidermal growth factor like domain (residues 84-179)
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 XMI 4-[(6-CHLORO-2-NAPHTHALENYL)SULFONYL]-1-[[1-(4-PYRIDINYL)-4-PIPERIDINYL]METHYL]PIPERAZINONE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；PEG1500, calcium chloride, M55113, tris-HCl, pH 7.20, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.280 |
| 1IQL Human coagulation factor Xa in complex with M54476 提交 2001-07-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–469（235 aa）
片段：heavy chain, catalytic domain (residues 235-469)
链 L
84–179（96 aa）
片段：light chain, epidermal growth factor like domain (residues 84-179)
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 XMJ 4-[[(1E)-2-(4-CHLOROPHENYL)ETHENYL]SULFONYL]-1-[[1-(4-PYRIDINYL)-4-PIPERIDINYL]METHYL]PIPERAZINONE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；PEG1500, calcium chloride, M54476, tris-HCl, pH 7.20, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.304 |
| 1IQM Human coagulation factor Xa in complex with M54471 提交 2001-07-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–469（235 aa）
片段：heavy chain, catalytic domain (residues 235-469)
链 L
84–179（96 aa）
片段：light chain, epidermal growth factor like domain (residues 84-179)
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 XMK 1-[[(1E)-2-(4-CHLOROPHENYL)ETHENYL]SULFONYL]-4-[[1-(4-PYRIDINYL)-4-PIPERIDINYL]METHYL]PIPERAZINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；PEG1500, calcium chloride, M54471, tris-HCl, pH 7.20, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.284 |
| 1IQN Human coagulation factor Xa in complex with M55192 提交 2001-07-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–469（235 aa）
片段：heavy chain, catalytic domain (residues 235-469)
链 L
84–179（96 aa）
片段：light chain, epidermal growth factor like domain (residues 84-179)
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 XMC 4-[[4-[(6-CHLORO-2-NAPHTHALENYL)SULFONYL]-6-OXO-1-[[1-(4-PYRIDINYL)-4-PIPERIDINYL]METHYL]-2-PIPERAZINYL]CARBONYL]MORPHOLINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；PEG1500, calcium chloride, M55192, tris-HCl, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.254 |
| 1KSN Crystal Structure of Human Coagulation Factor XA Complexed with FXV673 提交 2002-01-14 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–488（254 aa）
片段：ACTIVATED FACTOR XA, HEAVY CHAIN
链 B
46–179（134 aa）
片段：FACTOR X LIGHT CHAIN
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 FXV METHYL-3-(4'-N-OXOPYRIDYLPHENOYL)-3-METHYL-2-(M-AMIDINOBENZYL)-PROPIONATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；292 K；18-20% PEG 600, 50MM MES-NAOH, 1MM RPR128515, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
|
分辨率 2.10 Å |
| 1LPG CRYSTAL STRUCTURE OF FXA IN COMPLEX WITH 79. 提交 2002-05-08 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
46–179（134 aa）
片段：light chain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；298 K；PEG600, MES, CaCl2, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.288 |
| 1LPG CRYSTAL STRUCTURE OF FXA IN COMPLEX WITH 79. 提交 2002-05-08 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
235–488（254 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 IMA [4-({[5-BENZYLOXY-1-(3-CARBAMIMIDOYL-BENZYL)-1H-INDOLE-2-CARBONYL]-AMINO}-METHYL)-PHENYL]-TRIMETHYL-AMMONIUM × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；298 K；PEG600, MES, CaCl2, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.288 |
| 1LPK CRYSTAL STRUCTURE OF FXA IN COMPLEX WITH 125. 提交 2002-05-08 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
46–179（134 aa）
片段：light chain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；298 K；PEG600, MES, CaCl2, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.280 |
| 1LPK CRYSTAL STRUCTURE OF FXA IN COMPLEX WITH 125. 提交 2002-05-08 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
235–488（254 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 CBB 1-(3-CARBAMIMIDOYL-BENZYL)-1H-INDOLE-2-CARBOXYLIC ACID 3-CARBAMIMIDOYL-BENZYLESTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；298 K；PEG600, MES, CaCl2, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.280 |
| 1LPZ CRYSTAL STRUCTURE OF FXA IN COMPLEX WITH 41. 提交 2002-05-08 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
46–179（134 aa）
片段：light chain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；298 K；PEG600, MES, CaCl2, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.279 |
| 1LPZ CRYSTAL STRUCTURE OF FXA IN COMPLEX WITH 41. 提交 2002-05-08 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
235–488（254 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 CMB 1-(3-carbamimidoylbenzyl)-N-(3,5-dichlorobenzyl)-4-methyl-1H-indole-2-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；298 K；PEG600, MES, CaCl2, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.279 |
| 1LQD CRYSTAL STRUCTURE OF FXA IN COMPLEX WITH 45. 提交 2002-05-10 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
46–179（134 aa）
片段：light chain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；298 K；PEG600, MES, CaCl2, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.295 |
| 1LQD CRYSTAL STRUCTURE OF FXA IN COMPLEX WITH 45. 提交 2002-05-10 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
235–488（254 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 CMI 1-(3-CARBAMIMIDOYL-BENZYL)-4-METHYL-1H-INDOLE-2-CARBOXYLIC ACID 3,5-DIMETHYL-BENZYLAMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；298 K；PEG600, MES, CaCl2, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.295 |
| 1MQ5 Crystal Structure of 3-chloro-N-[4-chloro-2-[[(4-chlorophenyl)amino]carbonyl]phenyl]-4-[(4-methyl-1-piperazinyl)methyl]-2-thiophenecarboxamide Complexed with Human Factor Xa 提交 2002-09-13 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–467（233 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN
链 L
127–177（51 aa）
片段：EPIDERMAL GROWTH FACTOR LIKE DOMAIN 2
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 XLC 3-CHLORO-N-[4-CHLORO-2-[[(4-CHLOROPHENYL)AMINO]CARBONYL]PHENYL]-4-[(4-METHYL-1-PIPERAZINYL)METHYL]-2-THIOPHENECARBOXAMIDE × 1 GOL GLYCEROL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；A THREE-FOLD EXCESS OF A
PROPRIETARY FACTOR XA INHIBITOR WITH PICOMOLAR AFFINITY WAS
ADDED TO THE DES-GLA-FACTOR XA. THIS INHIBITOR IS BASED
ON THE SAME TEMPLATE AS XLC IN 1MQ5. THE PROTEIN WAS THEN
CONCENTRATED TO 12-17 MG/ML. CRYSTALS WERE GROWN USING 2 UL
OF COMPLEX WITH 2 UL OF RESERVOIR CONTAINING 15-21% PEG1500
AND 10 MM CACL2. 30-40 UL SITTING DROPS CONTAINING
SATURATED INHIBITOR (5 MM) IN 21% PEG1500, 5 MM CACL2, 50
MM NACL, 50 MM TRIS PH 7.5 (CRYSTAL SOAKING SOLUTION)
WERE EQUILIBRATED OVER A 1 ML RESERVOIR CONTAINING THE
CRYSTAL SOAKING SOLUTION FOR 1 TO 2 DAYS. A SINGLE FACTOR
XA CRYSTAL WAS TRANSFERRED USING A MOUNTED CRYOLOOP INTO ONE
OF THESE SITTING DROPS AND ALLOWED TO SOAK FOR THREE OR MORE
Days. AFTER THE INITIAL SOAK, EACH CRYSTAL WAS THEN
TRANSFERRED TO AN UNUSED DROP AND ALLOWED TO SOAK FOR SECOND
PERIOD OF THREE OR MORE DAYS. pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.264 |
| 1MQ6 Crystal Structure of 3-chloro-N-[4-chloro-2-[[(5-chloro-2-pyridinyl)amino]carbonyl]-6-methoxyphenyl]-4-[[(4,5-dihydro-2-oxazolyl)methylamino]methyl]-2-thiophenecarboxamide Complexed with Human Factor Xa 提交 2002-09-13 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–467（233 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN
链 L
127–177（51 aa）
片段：EPIDERMAL GROWTH FACTOR LIKE DOMAIN 2
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 XLD 3-CHLORO-N-[4-CHLORO-2-[[(5-CHLORO-2-PYRIDINYL)AMINO]CARBONYL]-6-METHOXYPHENYL]-4-[[(4,5-DIHYDRO-2-OXAZOLYL)METHYLAMINO]METHYL]-2-THIOPHENECARBOXAMIDE × 1 GOL GLYCEROL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；A THREE-FOLD EXCESS OF A PROPRIETARY FACTOR XA INHIBITOR WITH PICOMOLAR AFFINITY WAS
ADDED TO THE DES-GLA-FACTOR XA. THIS INHIBITOR IS BASED
ON THE SAME TEMPLATE AS XLD IN 1MQ6. THE PROTEIN WAS THEN
CONCENTRATED TO 12-17 MG/ML. CRYSTALS WERE GROWN USING 2 UL
OF COMPLEX WITH 2 UL OF RESERVOIR CONTAINING 15-21% PEG1500
AND 10 MM CACL2. 30-40 UL SITTING DROPS CONTAINING
SATURATED INHIBITOR (5 MM) IN 21% PEG1500, 5 MM CACL2, 20
MM NACL, 25 MM TRIS PH 7.5 (CRYSTAL SOAKING SOLUTION)
WERE EQUILIBRATED OVER A 1 ML RESERVOIR CONTAINING THE
CRYSTAL SOAKING SOLUTION FOR 1 TO 2 DAYS. A SINGLE FACTOR
XA CRYSTAL WAS TRANSFERRED USING A MOUNTED CRYOLOOP INTO ONE
OF THESE SITTING DROPS AND ALLOWED TO SOAK FOR THREE OR MORE
DAYS. AFTER THE INITIAL SOAK, EACH CRYSTAL WAS THEN
TRANSFERRED TO AN UNUSED DROP AND ALLOWED TO SOAK FOR SECOND
PERIOD OF THREE OR MORE DAYS. pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP,
temperature 293K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.268 |
| 1NFU CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN COAGULATION FACTOR XA COMPLEXED WITH RPR132747 提交 2002-12-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–488（254 aa）
链 B
46–240（195 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 RRP 3-({4-[(6-CHLORO-1-BENZOTHIEN-2-YL)SULFONYL]-2-OXOPIPERAZIN-1-YL}METHYL)BENZENECARBOXIMIDAMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；292 K；18-20% PEG 600, 50MM MES-NAOH,1MM RPR132747, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
|
分辨率 2.05 Å |
| 1NFW CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN COAGULATION FACTOR XA COMPLEXED WITH RPR209685 提交 2002-12-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–488（254 aa）
链 B
46–179（134 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 RRR 4-{[(E)-2-(5-CHLOROTHIEN-2-YL)VINYL]SULFONYL}-1-(1H-PYRROLO[3,2-C]PYRIDIN-2-YLMETHYL)PIPERAZIN-2-ONE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；292 K；18-20% PEG 600, 50MM MES-NAOH,1MM RPR209685, pH 5.70 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292 K
|
分辨率 2.10 Å |
| 1NFX CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN COAGULATION FACTOR XA COMPLEXED WITH RPR208944 提交 2002-12-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–488（254 aa）
链 B
46–179（134 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 RDR 4-[(6-CHLORO-1-BENZOTHIEN-2-YL)SULFONYL]-1-{[1-(2-HYDROXYETHYL)-1H-PYRROLO[3,2-C]PYRIDIN-2-YL]METHYL}PIPERAZIN-2-ONE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；292 K；18-20% PEG 600, 50MM MES-NAOH,1MM RPR208944, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
|
分辨率 2.15 Å |
| 1NFY CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN COAGULATION FACTOR XA COMPLEXED WITH RPR200095 提交 2002-12-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–488（254 aa）
链 B
46–179（134 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 RTR 4-({4-[(6-CHLORO-1-BENZOTHIEN-2-YL)SULFONYL]-2-OXOPIPERAZIN-1-YL}METHYL)BENZENECARBOXIMIDAMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；292 K；18-20% PEG 600, 50MM MES-NAOH,1MM RPR200095, pH 5.70, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
|
分辨率 2.10 Å |
| 1P0S Crystal Structure of Blood Coagulation Factor Xa in Complex with Ecotin M84R 提交 2003-04-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 H
235–488（254 aa）
片段：Factor Xa Heavy Chain
链 L
41–178（138 aa）
片段：Factor Xa Light Chain
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.1；298 K；PEG 3350, sodium potassium tartrate, sodium chloride, magnesium chloride, glycerol, MPD , pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.234 |
| 1V3X Factor Xa in complex with the inhibitor 1-[6-methyl-4,5,6,7-tetrahydrothiazolo(5,4-c)pyridin-2-yl] carbonyl-2-carbamoyl-4-(6-chloronaphth-2-ylsulphonyl)piperazine 提交 2003-11-07 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–467（233 aa）
片段：Residues 16-243
链 B
127–178（52 aa）
片段：Residues 87-138
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 D76 (2R)-4-[(6-CHLORO-2-NAPHTHYL)SULFONYL]-1-[(5-METHYL-4,5,6,7-TETRAHYDRO[1,3]THIAZOLO[5,4-C]PYRIDIN-2-YL)CARBONYL]PIPERAZ INE-2-CARBOXAMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
vapor diffusion, macro-seeding, Soaking；pH 5；293 K；PEG6000, sodium acetate, Malate imidazole, Calcium chloride, pH 5.00, vapor diffusion, macro-seeding, Soaking, temperature 293K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.233 |
| 1WU1 Factor Xa in complex with the inhibitor 4-[(5-chloroindol-2-yl)sulfonyl]-2-(2-methylpropyl)-1-[[5-(pyridin-4-yl) pyrimidin-2-yl]carbonyl]piperazine 提交 2004-11-29 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–467（233 aa）
片段：RESIDUES 16-243
链 B
85–179（95 aa）
片段：RESIDUES 85-138
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CA CALCIUM ION × 2 D91 5-CHLORO-2-({3-ISOBUTYL-4-[(5-PYRIDIN-4-YLPYRIMIDIN-2-YL)CARBONYL]PIPERAZIN-1-YL}SULFONYL)-1H-INDOLE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；PEG6000, NaAcetate, pH 5.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.235 |
| 1XKA FACTOR XA COMPLEXED WITH A SYNTHETIC INHIBITOR FX-2212A,(2S)-(3'-AMIDINO-3-BIPHENYLYL)-5-(4-PYRIDYLAMINO)PENTANOIC ACID 提交 1998-03-19 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
235–469（235 aa）
片段：PROTEOLYTIC CLEAVAGE PRODUCT, GLA DOMAIN
链 L
85–179（95 aa）
片段：PROTEOLYTIC CLEAVAGE PRODUCT, GLA DOMAIN
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CA CALCIUM ION × 1 4PP (2S)-(3'-AMIDINO-3-BIPHENYL)-5-(4-PYRIDYLAMINO)PENTANOIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.5；pH 5.5
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.287 |
| 1XKB FACTOR XA COMPLEXED WITH A SYNTHETIC INHIBITOR FX-2212A,(2S)-(3'-AMIDINO-3-BIPHENYLYL)-5-(4-PYRIDYLAMINO)PENTANOIC ACID 提交 1998-03-19 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
85–179（95 aa）
片段：PROTEOLYTIC CLEAVAGE PRODUCT, GLA DOMAIN
链 C
235–469（235 aa）
片段：PROTEOLYTIC CLEAVAGE PRODUCT, GLA DOMAIN
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CA CALCIUM ION × 2 4PP (2S)-(3'-AMIDINO-3-BIPHENYL)-5-(4-PYRIDYLAMINO)PENTANOIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6；pH 6.0
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.294 |
| 1XKB FACTOR XA COMPLEXED WITH A SYNTHETIC INHIBITOR FX-2212A,(2S)-(3'-AMIDINO-3-BIPHENYLYL)-5-(4-PYRIDYLAMINO)PENTANOIC ACID 提交 1998-03-19 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
85–179（95 aa）
片段：PROTEOLYTIC CLEAVAGE PRODUCT, GLA DOMAIN
链 D
235–469（235 aa）
片段：PROTEOLYTIC CLEAVAGE PRODUCT, GLA DOMAIN
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CA CALCIUM ION × 1 4PP (2S)-(3'-AMIDINO-3-BIPHENYL)-5-(4-PYRIDYLAMINO)PENTANOIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6；pH 6.0
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.294 |
| 1XKB FACTOR XA COMPLEXED WITH A SYNTHETIC INHIBITOR FX-2212A,(2S)-(3'-AMIDINO-3-BIPHENYLYL)-5-(4-PYRIDYLAMINO)PENTANOIC ACID 提交 1998-03-19 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
85–179（95 aa）
片段：PROTEOLYTIC CLEAVAGE PRODUCT, GLA DOMAIN
链 B
85–179（95 aa）
片段：PROTEOLYTIC CLEAVAGE PRODUCT, GLA DOMAIN
链 C
235–469（235 aa）
片段：PROTEOLYTIC CLEAVAGE PRODUCT, GLA DOMAIN
链 D
235–469（235 aa）
片段：PROTEOLYTIC CLEAVAGE PRODUCT, GLA DOMAIN
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CA CALCIUM ION × 3 4PP (2S)-(3'-AMIDINO-3-BIPHENYL)-5-(4-PYRIDYLAMINO)PENTANOIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6；pH 6.0
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.294 |
| 1XKB FACTOR XA COMPLEXED WITH A SYNTHETIC INHIBITOR FX-2212A,(2S)-(3'-AMIDINO-3-BIPHENYLYL)-5-(4-PYRIDYLAMINO)PENTANOIC ACID 提交 1998-03-19 | Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
85–179（95 aa）
片段：PROTEOLYTIC CLEAVAGE PRODUCT, GLA DOMAIN
链 B
85–179（95 aa）
片段：PROTEOLYTIC CLEAVAGE PRODUCT, GLA DOMAIN
链 C
235–469（235 aa）
片段：PROTEOLYTIC CLEAVAGE PRODUCT, GLA DOMAIN
链 D
235–469（235 aa）
片段：PROTEOLYTIC CLEAVAGE PRODUCT, GLA DOMAIN
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CA CALCIUM ION × 3 4PP (2S)-(3'-AMIDINO-3-BIPHENYL)-5-(4-PYRIDYLAMINO)PENTANOIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6；pH 6.0
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.294 |
| 1Z6E Factor XA in complex with the inhibitor 1-(3'-amino-1,2-benzisoxazol-5'-yl)-n-(4-(2'-((dimethylamino)methyl)-1h-imidazol-1-yl)-2-fluorophenyl)-3-(trifluoromethyl)-1h-pyrazole-5-carboxamide (razaxaban; DPC906; BMS-561389) 提交 2005-03-22 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–468（234 aa）
片段：UNP residues 235-468
链 L
127–178（52 aa）
片段：UNP residues 127-178
|
未记录 | IK8 1-(3-AMINO-1,2-BENZISOXAZOL-5-YL)-N-(4-{2-[(DIMETHYLAMINO)METHYL]-1H-IMIDAZOL-1-YL}-2-FLUOROPHENYL)-3-(TRIFLUOROMETHYL) -1H-PYRAZOLE-5-CARBOXAMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；200 mM Sodium Acetate, pH 5.5, 18% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.260 |
| 2BMG Crystal structure of factor Xa in complex with 50 提交 2005-03-14 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
126–178（53 aa）
片段：LIGHT CHAIN, RESIDUES 126-178
链 B
235–468（234 aa）
片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 235-468
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 I1H 3-[2-(2,4-DICHLOROPHENYL)ETHOXY]-4-METHOXY-N-[(1-PYRIDIN-4-YLPIPERIDIN-4-YL)METHYL]BENZAMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；298 K；PEG600, MES, CACL2, PH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298.0K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.277 |
| 2BOH Crystal structure of factor Xa in complex with compound "1" 提交 2005-04-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
126–234（109 aa）
片段：LIGHT CHAIN, RESIDUES 126-234
链 B
235–488（254 aa）
片段：LIGHT CHAIN, RESIDUES 235-488
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 IIA 1-{[5-(5-CHLORO-2-THIENYL)ISOXAZOL-3-YL]METHYL}-N-(1-ISOPROPYLPIPERIDIN-4-YL)-1H-INDOLE-2-CARBOXAMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；298 K；PEG600, MES, CACL2, PH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298.0 K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.253 |
| 2BOK Factor Xa - cation 提交 2005-04-12 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–475（241 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 234-475
链 L
126–180（55 aa）
片段：EGF2 DOMAIN, RESIDUES 126-180
|
突变：YES | 784 [AMINO (4-{(3AS,4R,8AS,8BR)-1,3-DIOXO-2- [3-(TRIMETHYLAMMONIO) PROPYL]DECAHYDROPYRROLO[3,4-A] PYRROLIZIN-4-YL}PHENYL) METHYLENE]AMMONIUM × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.5；pH 5.50
|
分辨率 1.64 Å R-free 0.237 |
| 2BQ6 Crystal structure of factor Xa in complex with 21 提交 2005-04-27 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
126–177（52 aa）
片段：DES-GLA LIGHT CHAIN, RESIDUES 126-177
链 B
220–368（149 aa）
片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 220-468
链 B
369–441（73 aa）
片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 220-468
链 B
442–468（27 aa）
片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 220-468
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 IIB 1-{[5-(5-CHLORO-2-THIENYL)ISOXAZOL-3-YL]METHYL}-3-CYANO-N-(1-ISOPROPYLPIPERIDIN-4-YL)-7-METHYL-1H-INDOLE-2-CARBOXAMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；298 K；PEG600, MES, CACL2, PH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298.0K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.298 |
| 2BQ7 Crystal structure of factor Xa in complex with 43 提交 2005-04-27 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
126–177（52 aa）
片段：DES-GLA LIGHT CHAIN, RESIDUES 126-177
链 B
220–368（149 aa）
片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 220-468
链 B
369–441（73 aa）
片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 220-468
链 B
342–468（127 aa）
片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 220-468
|
未记录 | IID N-(1-ISOPROPYLPIPERIDIN-4-YL)-1-(3-METHOXYBENZYL)-1H-INDOLE-2-CARBOXAMIDE × 1 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；298 K；PEG600, MES, CACL2, PH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298.0 K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.272 |
| 2BQW CRYSTAL STRUCTURE OF FACTOR XA IN COMPLEX WITH COMPOUND 45 提交 2005-04-28 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
126–177（52 aa）
片段：DES-GLA LIGHT CHAIN, RESIDUES 126-177
链 B
220–368（149 aa）
片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 220-468
链 B
369–441（73 aa）
片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 220-468
链 B
442–468（27 aa）
片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 220-468
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 IIE 1-{2-[(4-CHLOROPHENYL)AMINO]-2-OXOETHYL}-N-(1-ISOPROPYLPIPERIDIN-4-YL)-1H-INDOLE-2-CARBOXAMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；298 K；PEG600, MES, CACL2, PH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298.0 K
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.261 |
| 2CJI Crystal structure of a Human Factor Xa inhibitor complex 提交 2006-04-03 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–368（134 aa）
片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 235-488
链 A
369–441（73 aa）
片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 235-488
链 A
442–488（47 aa）
片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 235-488
链 B
46–179（134 aa）
片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 46-179
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 GSK 6-CHLORO-N-{(3S)-1-[(1S)-1-METHYL-2-(4-MORPHOLINYL)-2-OXO ETHYL]-2-OXO-3-PYRROLIDINYL}-2-NAPHTHALENESULFONAMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.75；18% PEG 6K, 100MM MES PH5.75, 10MM CACL2
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.242 |
| 2D1J Factor Xa in complex with the inhibitor 2-[[4-[(5-chloroindol-2-yl)sulfonyl]piperazin-1-yl] carbonyl]thieno[3,2-b]pyridine n-oxide 提交 2005-08-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–467（233 aa）
片段：RESIDUES 16-243
链 B
125–178（54 aa）
片段：RESIDUES 85-138
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 D01 2-({4-[(5-CHLORO-1H-INDOL-2-YL)SULFONYL]PIPERAZIN-1-YL}CARBONYL)THIENO[3,2-B]PYRIDINE 4-OXIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SEEDING；pH 5；293 K；pH 5.00, VAPOR DIFFUSION, SEEDING, temperature 293K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.232 |
| 2EI6 FACTOR XA IN COMPLEX WITH THE INHIBITOR (-)-cis-N1-[(5-Chloroindol-2-yl)carbonyl]-N2-[(5-methyl-4,5,6,7-tetrahydrothiazolo[5,4-c]pyridin-2-yl)carbonyl]-1,2-cyclohexanediamine 提交 2007-03-12 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–467（233 aa）
片段：RESIDUES 16-243
链 B
125–178（54 aa）
片段：RESIDUES 85-138
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 D92 N-((1R,2S)-2-(5-CHLORO-1H-INDOLE-2-CARBOXAMIDO)CYCLOHEXYL)-5-METHYL-4,5,6,7-TETRAHYDROTHIAZOLO[5,4-C]PYRIDINE-2-CARBOXAMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
vapor diffusion, hanging drop, seeding；pH 5；293 K；pH 5.00, vapor diffusion, hanging drop, seeding, temperature 293K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.262 |
| 2EI7 FACTOR XA IN COMPLEX WITH THE INHIBITOR trans-N1-[(5-Chloroindol-2-yl)carbonyl]-N2-[(5-methyl-4,5,6,7-tetrahydrothiazolo[5,4-c]pyridin-2-yl)carbonyl]-1,2-cyclohexanediamine 提交 2007-03-12 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–467（233 aa）
片段：RESIDUES 16-243
链 B
125–178（54 aa）
片段：RESIDUES 85-138
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 D93 N-((1R,2R)-2-(5-CHLORO-1H-INDOLE-2-CARBOXAMIDO)CYCLOHEXYL)-5-METHYL-4,5,6,7-TETRAHYDROTHIAZOLO[5,4-C]PYRIDINE-2-CARBOXAMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
vapor diffusion, hanging drop, seeding；pH 5；293 K；compound introduced with soaking method at pH 7, pH 5.00, vapor diffusion, hanging drop, seeding, temperature 293K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.273 |
| 2EI8 FACTOR XA IN COMPLEX WITH THE INHIBITOR (1S,2R,4S)-N1-[(5-chloroindol-2-yl)carbonyl]-4-(N,N-dimethylcarbamoyl)-N2-[(5-methyl-4,5,6,7-tetrahydrothiazolo[5,4-c]pyridin-2-yl)carbonyl]-1,2-cyclohexanediamine 提交 2007-03-12 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–467（233 aa）
片段：RESIDUES 16-243
链 B
125–178（54 aa）
片段：RESIDUES 85-138
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 DT8 N-((1R,2S,5S)-2-(5-CHLORO-1H-INDOLE-2-CARBOXAMIDO)-5-(DIMETHYLCARBAMOYL)CYCLOHEXYL)-5-METHYL-4,5,6,7-TETRAHYDROTHIAZOLO[5,4-C]PYRIDINE-2-CARBOXAMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
vapor diffusion, hanging drop, seeding；pH 5；293 K；soaking method at pH 7, pH 5.00, vapor diffusion, hanging drop, seeding, temperature 293K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.250 |
| 2FZZ Factor Xa in complex with the inhibitor 1-(3-amino-1,2-benzisoxazol-5-yl)-6-(2'-(((3r)-3-hydroxy-1-pyrrolidinyl)methyl)-4-biphenylyl)-3-(trifluoromethyl)-1,4,5,6-tetrahydro-7h-pyrazolo[3,4-c]pyridin-7-one 提交 2006-02-10 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–468（234 aa）
片段：Coagulation Factor X, Heavy Chain
链 L
127–178（52 aa）
片段：Coagulation Factor X, Light Chain
|
未记录 | 5QC 1-(3-AMINO-1,2-BENZISOXAZOL-5-YL)-6-(2'-{[(3R)-3-HYDROXYPYRROLIDIN-1-YL]METHYL}BIPHENYL-4-YL)-3-(TRIFLUOROMETHYL)-1,4,5,6-TETRAHYDRO-7H-PYRAZOLO[3,4-C]PYRIDIN-7-ONE × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.20 Å R-free 0.294 |
| 2G00 Factor Xa in complex with the inhibitor 3-(6-(2'-((dimethylamino)methyl)-4-biphenylyl)-7-oxo-3-(trifluoromethyl)-4,5,6,7-tetrahydro-1H-pyrazolo[3,4-c]pyridin-1-yl)benzamide 提交 2006-02-10 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–468（234 aa）
片段：Coagulation Factor X, Heavy Chain
链 L
127–178（52 aa）
片段：Coagulation Factor X, Light Chain
|
未记录 | 4QC 3-[6-{2'-[(DIMETHYLAMINO)METHYL]BIPHENYL-4-YL}-7-OXO-3-(TRIFLUOROMETHYL)-4,5,6,7-TETRAHYDRO-1H-PYRAZOLO[3,4-C]PYRIDIN-1-YL]BENZAMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.10 Å R-free 0.284 |
| 2GD4 Crystal Structure of the Antithrombin-S195A Factor Xa-Pentasaccharide Complex 提交 2006-03-15 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 H
235–475（241 aa）
片段：Residues 235-475
链 L
126–182（57 aa）
片段：Residues 126-182
|
突变：S195A | CA CALCIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；294 K；20% PEG 3350, 200mM Calcium Acetate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.298 |
| 2GD4 Crystal Structure of the Antithrombin-S195A Factor Xa-Pentasaccharide Complex 提交 2006-03-15 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
126–182（57 aa）
片段：Residues 126-182
链 B
235–475（241 aa）
片段：Residues 235-475
|
突变：S195A | CA CALCIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；294 K；20% PEG 3350, 200mM Calcium Acetate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.298 |
| 2H9E Crystal Structure of FXa/selectide/NAPC2 ternary complex 提交 2006-06-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 H
235–467（233 aa）
片段：catalytic domain
链 L
86–234（149 aa）
片段：EGF-like 1 domain
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 6 ACT ACETATE ION × 3 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；peg 8000, potassium dihydrogen phosphate, acetate ion, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.268 |
| 2J2U CRYSTAL STRUCTURE OF A HUMAN FACTOR XA INHIBITOR COMPLEX 提交 2006-08-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–488（254 aa）
片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 235-488
链 B
46–179（134 aa）
片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 46-179
|
未记录 | GSQ 5-CHLORO-N-{(3S)-1-[(1S)-1-METHYL-2-MORPHOLIN-4-YL-2-5-CHLORO-N-{(3S)-1-[(1S)-1-METHYL-2-MORPHOLIN-4-YL-2-SULFONAMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.85；18% PEG6K, 50MM MES PH 5.85, 5MM CACL2, 50MM NACL
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.236 |
| 2J34 CRYSTAL STRUCTURE OF A HUMAN FACTOR XA INHIBITOR COMPLEX 提交 2006-08-18 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–368（134 aa）
片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 235-488
链 A
369–441（73 aa）
片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 235-488
链 A
442–488（47 aa）
片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 235-488
链 B
46–179（134 aa）
片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 46-179
|
未记录 | GS6 6-CHLORO-N-{(3S)-1-[(1S)-1-METHYL-2-MORPHOLIN-4-YL-2-OXOETHYL]-2-OXOPYRROLIDIN-3-YL}-1-BENZOTHIOPHENE-2-SULFONAMIDE × 1 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.85；18% PEG6K, 50MM MES PH 5.85, 5MM CACL2, 50MM NACL
|
分辨率 2.01 Å R-free 0.220 |
| 2J38 CRYSTAL STRUCTURE OF A HUMAN FACTOR XA INHIBITOR COMPLEX 提交 2006-08-18 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–368（134 aa）
片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 235-488
链 A
369–441（73 aa）
片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 235-488
链 A
442–488（47 aa）
片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 235-488
链 B
46–179（134 aa）
片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 46-179
|
未记录 | GS5 5-CHLORO-N-{(3S)-1-[(1S)-1-METHYL-2-MORPHOLIN-4-YL-2-OXOETHYL]-2-OXOPYRROLIDIN-3-YL}-1-BENZOTHIOPHENE-2-SULFONAMIDE × 1 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.85；16% PEG6K, 50MM MES PH5.85, 5MM CACL2, 50MM NACL
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.302 |
| 2J4I CRYSTAL STRUCTURE OF A HUMAN FACTOR XA INHIBITOR COMPLEX 提交 2006-08-31 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–488（254 aa）
片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 235-488
链 B
46–179（134 aa）
片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 46-179
|
未记录 | GSJ 1-PYRROLIDINEACETAMIDE, 3-[[(6-CHLORO-2-NAPHTHALENYL)SULFONYL]AMINO]-ALPHA-METHYL-N-(1-METHYLETHYL)-N-[2-[(METHYLSULFONYL)AMINO]ETHYL]-2-OXO-, (ALPHAS,3S)- × 1 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.85；18% PEG6K, 50MM MES PH 5.85, 5MM CACL2, 50MM NACL
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.234 |
| 2J94 CRYSTAL STRUCTURE OF A HUMAN FACTOR XA INHIBITOR COMPLEX 提交 2006-11-02 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–368（134 aa）
片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 235-488
链 A
369–441（73 aa）
片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 235-488
链 A
442–488（47 aa）
片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 235-488
链 B
46–179（134 aa）
片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 46-179
|
未记录 | G15 5-(5-CHLORO-2-THIENYL)-N-{(3S)-1-[(1S)-1-METHYL-2-MORPHOLIN-4-YL-2-OXOETHYL]-2-OXOPYRROLIDIN-3-YL}-1H-1,2,4-TRIAZOLE-3-SULFONAMIDE × 1 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.75；18% PEG6K, 50MM MES PH 5.85, 5MM CACL2, 50MM NACL
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.233 |
| 2J95 CRYSTAL STRUCTURE OF A HUMAN FACTOR XA INHIBITOR COMPLEX 提交 2006-11-02 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–368（134 aa）
片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 235-488
链 A
369–441（73 aa）
片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 235-488
链 A
442–488（47 aa）
片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 235-488
链 B
46–179（134 aa）
片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 46-179
|
未记录 | GSX 5'-CHLORO-N-{(3S)-1-[(1S)-1-METHYL-2-MORPHOLIN-4-YL-2-OXOETHYL]-2-OXOPYRROLIDIN-3-YL}-2,2'-BITHIOPHENE-5-SULFONAMIDE × 1 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.85；18% PEG 6K, 100MM MES PH5.75, 10MM CACL2, pH 5.85
|
分辨率 2.01 Å R-free 0.242 |
| 2JKH Factor Xa - cation inhibitor complex 提交 2008-08-28 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–475（241 aa）
片段：CATALYTIC, RESIDUES 235-475
链 L
126–180（55 aa）
片段：EGF2, RESIDUES 126-180
|
突变：YES | BI7 3-[(3~{a}~{S},4~{R},8~{a}~{S},8~{b}~{R})-4-[5-(5-chloranylthiophen-2-yl)-1,2-oxazol-3-yl]-1,3-bis(oxidanylidene)-4,6,7,8,8~{a},8~{b}-hexahydro-3~{a}~{H}-pyrrolo[3,4-a]pyrrolizin-2-yl]propyl-trimethyl-azanium × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.25 Å R-free 0.221 |
| 2JKH Factor Xa - cation inhibitor complex 提交 2008-08-28 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
235–475（241 aa）
片段：CATALYTIC, RESIDUES 235-475
|
突变：YES | BI7 3-[(3~{a}~{S},4~{R},8~{a}~{S},8~{b}~{R})-4-[5-(5-chloranylthiophen-2-yl)-1,2-oxazol-3-yl]-1,3-bis(oxidanylidene)-4,6,7,8,8~{a},8~{b}-hexahydro-3~{a}~{H}-pyrrolo[3,4-a]pyrrolizin-2-yl]propyl-trimethyl-azanium × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.25 Å R-free 0.221 |
| 2JKH Factor Xa - cation inhibitor complex 提交 2008-08-28 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 L
126–180（55 aa）
片段：EGF2, RESIDUES 126-180
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.25 Å R-free 0.221 |
| 2P16 Factor Xa in Complex with the Inhibitor APIXABAN (BMS-562247) AKA 1-(4-METHOXYPHENYL)-7-OXO-6-(4-(2-OXO-1-PIPERIDINYL)PHENYL)-4,5,6,7-TETRAHYDRO-1H-PYRAZOLO[3, 4-C]PYRIDINE-3-CARBOXAMIDE 提交 2007-03-02 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–468（234 aa）
片段：Coagulation Factor X, Heavy Chain
链 L
127–178（52 aa）
片段：Coagulation Factor X, Light Chain
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 GG2 1-(4-METHOXYPHENYL)-7-OXO-6-[4-(2-OXOPIPERIDIN-1-YL)PHENYL]-4,5,6,7-TETRAHYDRO-1H-PYRAZOLO[3,4-C]PYRIDINE-3-CARBOXAMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.5；277 K；200 mM Sodium Acetate, 18% PEG6000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K, pH 5.5
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.277 |
| 2P3F Crystal structure of the factor Xa/NAP5 complex 提交 2007-03-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 H
235–469（235 aa）
片段：Activated factor Xa heavy chain domain
链 L
125–178（54 aa）
片段：EGF-like 2 domain
|
未记录 | NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；298 K；Peg400, sodium citrate, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.280 |
| 2P3T Crystal structure of human factor XA complexed with 3-Chloro-4-(2-methylamino-imidazol-1-ylmethyl)-thiophene-2-carboxylic acid [4-chloro-2-(5-chloro-pyridin-2-ylcarbamoyl)-6-methoxy-phenyl]-amide 提交 2007-03-09 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
127–178（52 aa）
片段：EGF-like 2 domain
链 B
235–467（233 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 993 3-CHLORO-4-(2-METHYLAMINO-IMIDAZOL-1-YLMETHYL)-THIOPHENE-2-CARBOXYLIC ACID [4-CHLORO-2-(5-CHLORO-PYRIDIN-2-YLCARBAMOYL)-6-METHOXY-PHENYL]-AMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；A three-fold excess of the inhibitor was added to the DES-GLA-FACTOR XA. the protein was then concentrated to 12-17 MG/ML. Crystals were grown using 2 UL of complex with 2 UL of reservoir containing 15-21% PEG1500 and 10 MM CACL2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 1.92 Å R-free 0.219 |
| 2P3U Crystal structure of human factor XA complexed with 3-chloro-N-(4-chloro-2-{[(5-chloropyridin-2-yl)amino]carbonyl}-6-methoxyphenyl)-4-[(1-methyl-1H-imidazol-2-yl)methyl]thiophene-2-carboxamide {Pfizer 320663} 提交 2007-03-09 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
127–178（52 aa）
片段：EGF-like 2 domain
链 B
235–467（233 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 663 3-CHLORO-N-(4-CHLORO-2-{[(5-CHLOROPYRIDIN-2-YL)AMINO]CARBONYL}-6-METHOXYPHENYL)-4-[(1-METHYL-1H-IMIDAZOL-2-YL)METHYL]THIOPHENE-2-CARBOXAMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 7.5；295 K；A THREE-FOLD EXCESS OF 3-Chloro-4-(2-methylamino-imidazol-1-ylmethyl)-thiophene-2-carboxylic acid [4-chloro-2-(5-chloro-pyridin-2-ylcarbamoyl)-6-methoxy-phenyl]-amide WAS ADDED TO THE DES-GLA-FACTOR XA. THE PROTEIN WAS THEN CONCENTRATED TO 12-17 MG/ML. CRYSTALS WERE GROWN USING 2 UL OF COMPLEX WITH 2 UL OF RESERVOIR CONTAINING 15-21% PEG1500 AND 10 MM CACL2. 30-40 UL SITTING DROPS CONTAINING SATURATED INHIBITOR (5 MM) IN 21% PEG1500, 5 MM CACL2, 20 MM NACL, 25 MM TRIS PH 7.5 (CRYSTAL SOAKING SOLUTION) WERE EQUILIBRATED OVER A 1 ML RESERVOIR CONTAINING THE CRYSTAL SOAKING SOLUTION FOR 1 TO 2 DAYS. A SINGLE FACTOR XA CRYSTAL WAS TRANSFERRED USING A MOUNTED CRYOLOOP INTO ONE OF THESE SITTING DROPS AND ALLOWED TO SOAK FOR THREE OR MORE DAYS, EVAPORATION, temperature 295K
|
分辨率 1.62 Å R-free 0.210 |
| 2P93 Factor xa in complex with the inhibitor 5-chloro-N-(2-(4-(2-oxopyridin-1(2H)-yl)benzamido)ethyl)thiophene-2-carboxamide 提交 2007-03-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–468（234 aa）
片段：Residues 16-243
链 L
127–178（52 aa）
片段：Residues 87-138
|
未记录 | ME1 5-CHLORO-N-(2-(4-(2-OXOPYRIDIN-1(2H)-YL)BENZAMIDO)ETHYL)THIOPHENE-2-CARBOXAMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；200 mM Sodium Acetate, pH 5.5, 18% PEG6000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.307 |
| 2P94 Factor xa in complex with the inhibitor 3-chloro-N-((1R,2S)-2-(4-(2-oxopyridin-1(2H)-yl)benzamido)cyclohexyl)-1H-indole-6-carboxamide 提交 2007-03-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–468（234 aa）
片段：Residues 16-244
链 L
127–178（52 aa）
片段：Residues 87-138
|
未记录 | ME4 3-CHLORO-N-((1R,2S) -2-(4-(2-OXOPYRIDIN-1(2H)-YL)BENZAMIDO)CYCLOHEXYL)-1H-INDOLE-6-CARBOXAMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；200 mM Sodium Acetate, pH 5.5, 18% PEG6000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.330 |
| 2P95 Factor xa in complex with the inhibitor 5-chloro-N-((1R,2S)-2-(4-(2-oxopyridin-1(2H)-YL)benzamido) cyclopentyl)thiophene-2-carboxamide 提交 2007-03-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–468（234 aa）
片段：Residues 16-244
链 L
127–178（52 aa）
片段：Residues 87-138
|
未记录 | ME5 5-CHLORO-N-((1R,2S)-2-(4-(2-OXOPYRIDIN-1(2H)-YL)BENZAMIDO) CYCLOPENTYL)THIOPHENE-2-CARBOXAMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；200 mM Sodium Acetate, pH 5.5, 18% PEG6000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.271 |
| 2PHB An Orally Efficacious Factor Xa Inhibitor 提交 2007-04-10 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–468（234 aa）
片段：heavy chain
链 B
128–178（51 aa）
片段：light chain
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 230 (2R,4R)-N~1~-(4-CHLOROPHENYL)-N~2~-[2-FLUORO-4-(2-OXOPYRIDIN-1(2H)-YL)PHENYL]-4-METHOXYPYRROLIDINE-1,2-DICARBOXAMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.30 Å R-free 0.296 |
| 2PR3 Factor XA inhibitor 提交 2007-05-03 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–468（234 aa）
片段：HEAVY CHAIN
链 B
128–178（51 aa）
片段：LIGHT CHAIN
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 237 (2R,4R)-N~1~-(4-CHLOROPHENYL)-N~2~-[3-FLUORO-2'-(METHYLSULFONYL)BIPHENYL-4-YL]-4-METHOXYPYRROLIDINE-1,2-DICARBOXAMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.50 Å R-free 0.267 |
| 2Q1J The discovery of glycine and related amino acid-based factor xa inhibitors 提交 2007-05-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–468（234 aa）
链 B
128–178（51 aa）
片段：Residues 128-178
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 FXI 1-(butyl{[(4-chlorophenyl)amino]carbonyl}amino)-N-[3-fluoro-2'-(methylsulfonyl)biphenyl-4-yl]cyclopropanecarboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.9；25% PEG 600, 0.3 M NACL, 0.1 M MES, PH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 294K, pH 5.90
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.272 |
| 2RA0 X-ray Structure of FXa in complex with 7-fluoroindazole 提交 2007-09-14 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–468（234 aa）
片段：heavy chain, UNP residues 235-468
链 L
128–178（51 aa）
片段：light chain, UNP residues 128-178
|
突变：L88V | JNJ 1-(3-amino-1,2-benzisoxazol-5-yl)-6-(4-{2-[(dimethylamino)methyl]-1H-imidazol-1-yl}-2-fluorophenyl)-7-fluoro-1H-indazole-3-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；295 K；20%Peg 3350, 10mM CaCl2, 0.1M Tris-maleate pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.314 |
| 2UWL Selective and Dual Action Orally Active Inhibitors of Thrombin and Factor Xa 提交 2007-03-22 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–488（254 aa）
片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 235-488
链 B
46–179（134 aa）
片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 46-179
|
未记录 | 895 2-(5-CHLORO-2-THIENYL)-N-{(3S)-1-[(1S)-1-METHYL-2-MORPHOLIN-4-YL-2-OXOETHYL]-2-OXOPYRROLIDIN-3-YL}ETHENESULFONAMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.75；18% PEG6K, 50MM HEPES PH5.75, 10MM CACL2, 150MM NACL
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.238 |
| 2UWO Selective and Dual Action Orally Active Inhibitors of Thrombin and Factor Xa 提交 2007-03-22 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–488（254 aa）
片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 235-488
链 B
46–179（134 aa）
片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 46-179
|
未记录 | 701 (2R)-2-(5-CHLORO-2-THIENYL)-N-{(3S)-1-[(1S)-1-METHYL-2-MORPHOLIN-4-YL-2-OXOETHYL]-2-OXOPYRROLIDIN-3-YL}PROPENE-1-SULFONAMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.75；18% PEG6K, 50MM MES PH5.75, 10MM CACL2, 150MM NACL
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.254 |
| 2UWP Factor Xa inhibitor complex 提交 2007-03-22 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–488（254 aa）
片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 235-488
链 B
46–179（134 aa）
片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 46-179
|
未记录 | 894 2-(5-CHLORO-2-THIENYL)-N-{(3S)-1-[(1S)-1-METHYL-2-MORPHOLIN-4-YL-2-OXOETHYL]-2-OXOPYRROLIDIN-3-YL}ETHANESULFONAMIDE × 1 CA CALCIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.75；18% PEG6K, 50MM MES PH 5.75, 10MM CACL2, 150MM NACL
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.212 |
| 2VH0 Structure and property based design of factor Xa inhibitors:biaryl pyrrolidin-2-ones incorporating basic heterocyclic motifs 提交 2007-11-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–488（254 aa）
片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 235-488
链 B
46–179（134 aa）
片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 46-179
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GSI 2-(5-chlorothiophen-2-yl)-N-[(3S)-1-(4-{2-[(dimethylamino)methyl]-1H-imidazol-1-yl}-2-fluorophenyl)-2-oxopyrrolidin-3-yl]ethanesulfonamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.85；CRYSTALLISATION WAS CARRIED OUT USING THE HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION METHOD IN 2UL DROPS CONTAINING A 1:1 MIXTURE OF PROTEIN AND WELL SOLUTION. WELL SOLUTION CONTAINED 16-20% PEG 6K, 50MM MES-NAOH (PH5.7-6.0), 5MM CACL2 AND 50MM NACL., pH 5.85
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.216 |
| 2VH6 Structure and property based design of factor Xa inhibitors: pyrrolidin-2-ones with biaryl P4 motifs 提交 2007-11-19 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–488（254 aa）
片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 235-488
链 B
46–179（134 aa）
片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 46-179
|
未记录 | GSV 2-(5-chlorothiophen-2-yl)-N-{(3S)-1-[3-fluoro-2'-(methylsulfonyl)biphenyl-4-yl]-2-oxopyrrolidin-3-yl}ethanesulfonamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.85；CRYSTALLISATION WAS CARRIED OUT USING THE HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION METHOD IN 2UL DROPS CONTAINING A 1:1 MIXTURE OF PROTEIN AND WELL SOLUTION. WELL SOLUTION CONTAINED 16-20% PEG 6K, 50MM MES-NAOH (PH5.7-6.0), 5MM CACL2 AND 50MM NACL, pH 5.85
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.242 |
| 2VVC Aminopyrrolidine Factor Xa inhibitor 提交 2008-06-05 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–475（241 aa）
片段：PEPTIDASE S1 DOMAIN, RESIDUES 235-475
链 L
126–180（55 aa）
片段：EGF2, RESIDUES 126-180
|
突变：YES | LZF 5-chloro-N-[(3S,4S)-1-(2-{[2-fluoro-4-(2-oxopyridin-1(2H)-yl)phenyl]amino}-2-oxoethyl)-4-methoxypyrrolidin-3-yl]thiophene-2-carboxamide × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.95 Å R-free 0.275 |
| 2VVC Aminopyrrolidine Factor Xa inhibitor 提交 2008-06-05 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
235–475（241 aa）
片段：PEPTIDASE S1 DOMAIN, RESIDUES 235-475
链 K
126–180（55 aa）
片段：EGF2, RESIDUES 126-180
|
突变：YES | LZF 5-chloro-N-[(3S,4S)-1-(2-{[2-fluoro-4-(2-oxopyridin-1(2H)-yl)phenyl]amino}-2-oxoethyl)-4-methoxypyrrolidin-3-yl]thiophene-2-carboxamide × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.95 Å R-free 0.275 |
| 2VVC Aminopyrrolidine Factor Xa inhibitor 提交 2008-06-05 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
235–475（241 aa）
片段：PEPTIDASE S1 DOMAIN, RESIDUES 235-475
|
突变：YES | LZF 5-chloro-N-[(3S,4S)-1-(2-{[2-fluoro-4-(2-oxopyridin-1(2H)-yl)phenyl]amino}-2-oxoethyl)-4-methoxypyrrolidin-3-yl]thiophene-2-carboxamide × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.95 Å R-free 0.275 |
| 2VVC Aminopyrrolidine Factor Xa inhibitor 提交 2008-06-05 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 L
126–180（55 aa）
片段：EGF2, RESIDUES 126-180
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.95 Å R-free 0.275 |
| 2VVC Aminopyrrolidine Factor Xa inhibitor 提交 2008-06-05 | Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
235–475（241 aa）
片段：PEPTIDASE S1 DOMAIN, RESIDUES 235-475
|
突变：YES | LZF 5-chloro-N-[(3S,4S)-1-(2-{[2-fluoro-4-(2-oxopyridin-1(2H)-yl)phenyl]amino}-2-oxoethyl)-4-methoxypyrrolidin-3-yl]thiophene-2-carboxamide × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.95 Å R-free 0.275 |
| 2VVC Aminopyrrolidine Factor Xa inhibitor 提交 2008-06-05 | Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 K
126–180（55 aa）
片段：EGF2, RESIDUES 126-180
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.95 Å R-free 0.275 |
| 2VVU Aminopyrrolidine Factor Xa inhibitor 提交 2008-06-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–475（241 aa）
片段：CATALYTIC, RESIDUES 235-475
链 L
126–180（55 aa）
片段：EGF2, RESIDUES 126-180
|
突变：YES | H22 5-chloro-N-[(3R)-1-(2-{[2-fluoro-4-(2-oxopyridin-1(2H)-yl)phenyl]amino}-2-oxoethyl)pyrrolidin-3-yl]thiophene-2-carboxamide × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.30 Å R-free 0.309 |
| 2VVU Aminopyrrolidine Factor Xa inhibitor 提交 2008-06-11 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
235–475（241 aa）
片段：CATALYTIC, RESIDUES 235-475
|
突变：YES | H22 5-chloro-N-[(3R)-1-(2-{[2-fluoro-4-(2-oxopyridin-1(2H)-yl)phenyl]amino}-2-oxoethyl)pyrrolidin-3-yl]thiophene-2-carboxamide × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.30 Å R-free 0.309 |
| 2VVU Aminopyrrolidine Factor Xa inhibitor 提交 2008-06-11 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 L
126–180（55 aa）
片段：EGF2, RESIDUES 126-180
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.30 Å R-free 0.309 |
| 2VVV Aminopyrrolidine-related triazole Factor Xa inhibitor 提交 2008-06-12 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–475（241 aa）
片段：CATALYTIC, RESIDUES 235-475
链 L
126–180（55 aa）
片段：EGF2, RESIDUES 126-180
|
突变：YES | H21 5-chloro-N-[1-(2-{[2-fluoro-4-(2-oxopyridin-1(2H)-yl)phenyl]amino}-2-oxoethyl)-1H-1,2,4-triazol-3-yl]thiophene-2-carboxamide × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.73 Å R-free 0.251 |
| 2VVV Aminopyrrolidine-related triazole Factor Xa inhibitor 提交 2008-06-12 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
235–475（241 aa）
片段：CATALYTIC, RESIDUES 235-475
|
突变：YES | H21 5-chloro-N-[1-(2-{[2-fluoro-4-(2-oxopyridin-1(2H)-yl)phenyl]amino}-2-oxoethyl)-1H-1,2,4-triazol-3-yl]thiophene-2-carboxamide × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.73 Å R-free 0.251 |
| 2VVV Aminopyrrolidine-related triazole Factor Xa inhibitor 提交 2008-06-12 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 L
126–180（55 aa）
片段：EGF2, RESIDUES 126-180
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.73 Å R-free 0.251 |
| 2VWL Aminopyrrolidine Factor Xa inhibitor 提交 2008-06-26 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–475（241 aa）
片段：PEPTIDASE S1, RESIDUES 235-475
链 L
126–180（55 aa）
片段：EGF2, RESIDUES 126-180
|
突变：YES | LZH 5-CHLORO-THIOPHENE-2-CARBOXYLIC ACID ((3R,5S)-1-{[2-FLUORO-4-(2-OXO-PYRIDIN-1-YL)-PHENYLCARBAMOYL]-METHYL}-5-HYDROXYMETHYL-PYRROLIDIN-3-YL)-AMIDE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.80 Å R-free 0.250 |
| 2VWL Aminopyrrolidine Factor Xa inhibitor 提交 2008-06-26 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
235–475（241 aa）
片段：PEPTIDASE S1, RESIDUES 235-475
|
突变：YES | LZH 5-CHLORO-THIOPHENE-2-CARBOXYLIC ACID ((3R,5S)-1-{[2-FLUORO-4-(2-OXO-PYRIDIN-1-YL)-PHENYLCARBAMOYL]-METHYL}-5-HYDROXYMETHYL-PYRROLIDIN-3-YL)-AMIDE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.80 Å R-free 0.250 |
| 2VWL Aminopyrrolidine Factor Xa inhibitor 提交 2008-06-26 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 L
126–180（55 aa）
片段：EGF2, RESIDUES 126-180
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.80 Å R-free 0.250 |
| 2VWM Aminopyrrolidine Factor Xa inhibitor 提交 2008-06-26 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–475（241 aa）
片段：PEPTIDASE S1 DOMAIN, RESIDUES 235-475
链 L
126–180（55 aa）
片段：EGF2, RESIDUES 126-180
|
突变：YES | LZI (4R)-4-{[(5-chlorothiophen-2-yl)carbonyl]amino}-N-(cyclopropylmethyl)-1-(2-{[2-fluoro-4-(2-oxopyridin-1(2H)-yl)phenyl]amino}-2-oxoethyl)-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.96 Å R-free 0.273 |
| 2VWM Aminopyrrolidine Factor Xa inhibitor 提交 2008-06-26 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
235–475（241 aa）
片段：PEPTIDASE S1 DOMAIN, RESIDUES 235-475
链 K
126–180（55 aa）
片段：EGF2, RESIDUES 126-180
|
突变：YES | LZI (4R)-4-{[(5-chlorothiophen-2-yl)carbonyl]amino}-N-(cyclopropylmethyl)-1-(2-{[2-fluoro-4-(2-oxopyridin-1(2H)-yl)phenyl]amino}-2-oxoethyl)-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.96 Å R-free 0.273 |
| 2VWM Aminopyrrolidine Factor Xa inhibitor 提交 2008-06-26 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
235–475（241 aa）
片段：PEPTIDASE S1 DOMAIN, RESIDUES 235-475
|
突变：YES | LZI (4R)-4-{[(5-chlorothiophen-2-yl)carbonyl]amino}-N-(cyclopropylmethyl)-1-(2-{[2-fluoro-4-(2-oxopyridin-1(2H)-yl)phenyl]amino}-2-oxoethyl)-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.96 Å R-free 0.273 |
| 2VWM Aminopyrrolidine Factor Xa inhibitor 提交 2008-06-26 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 L
126–180（55 aa）
片段：EGF2, RESIDUES 126-180
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.96 Å R-free 0.273 |
| 2VWM Aminopyrrolidine Factor Xa inhibitor 提交 2008-06-26 | Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
235–475（241 aa）
片段：PEPTIDASE S1 DOMAIN, RESIDUES 235-475
|
突变：YES | LZI (4R)-4-{[(5-chlorothiophen-2-yl)carbonyl]amino}-N-(cyclopropylmethyl)-1-(2-{[2-fluoro-4-(2-oxopyridin-1(2H)-yl)phenyl]amino}-2-oxoethyl)-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.96 Å R-free 0.273 |
| 2VWM Aminopyrrolidine Factor Xa inhibitor 提交 2008-06-26 | Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 K
126–180（55 aa）
片段：EGF2, RESIDUES 126-180
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.96 Å R-free 0.273 |
| 2VWN Aminopyrrolidine Factor Xa inhibitor 提交 2008-06-26 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–475（241 aa）
片段：PEPTIDASE S1 DOMAIN, RESIDUES 235-475
链 L
126–180（55 aa）
片段：EGF2, RESIDUES 126-180
|
突变：YES | H25 5-Chloro-thiophene-2-carboxylic acid ((3S,4S)-1-{[2-fluoro-4-(2-oxo-2H-pyridin-1-yl)-phenylcarbamoyl]-methyl}-4-hydroxy-pyrrolidin-3-yl)-amide × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.61 Å R-free 0.228 |
| 2VWN Aminopyrrolidine Factor Xa inhibitor 提交 2008-06-26 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
235–475（241 aa）
片段：PEPTIDASE S1 DOMAIN, RESIDUES 235-475
|
突变：YES | H25 5-Chloro-thiophene-2-carboxylic acid ((3S,4S)-1-{[2-fluoro-4-(2-oxo-2H-pyridin-1-yl)-phenylcarbamoyl]-methyl}-4-hydroxy-pyrrolidin-3-yl)-amide × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.61 Å R-free 0.228 |
| 2VWN Aminopyrrolidine Factor Xa inhibitor 提交 2008-06-26 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 L
126–180（55 aa）
片段：EGF2, RESIDUES 126-180
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.61 Å R-free 0.228 |
| 2VWO Aminopyrrolidine Factor Xa inhibitor 提交 2008-06-26 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–475（241 aa）
片段：PEPTIDASE S1 DOMAIN, RESIDUES 235-475
链 L
126–180（55 aa）
片段：EGF2, RESIDUES 126-180
|
突变：YES | LZG 5-CHLORO-THIOPHENE-2-CARBOXYLIC ACID ((3S,4S)-4-FLUORO- 1-{[2-FLUORO-4-(2-OXO-2H-PYRIDIN-1-YL)-PHENYLCARBAMOYL]-METHYL}-PYRROLIDIN-3-YL)-AMIDE × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.60 Å R-free 0.228 |
| 2VWO Aminopyrrolidine Factor Xa inhibitor 提交 2008-06-26 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
235–475（241 aa）
片段：PEPTIDASE S1 DOMAIN, RESIDUES 235-475
|
突变：YES | LZG 5-CHLORO-THIOPHENE-2-CARBOXYLIC ACID ((3S,4S)-4-FLUORO- 1-{[2-FLUORO-4-(2-OXO-2H-PYRIDIN-1-YL)-PHENYLCARBAMOYL]-METHYL}-PYRROLIDIN-3-YL)-AMIDE × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.60 Å R-free 0.228 |
| 2VWO Aminopyrrolidine Factor Xa inhibitor 提交 2008-06-26 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 L
126–180（55 aa）
片段：EGF2, RESIDUES 126-180
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.60 Å R-free 0.228 |
| 2W26 Factor Xa in complex with BAY59-7939 提交 2008-10-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–468（234 aa）
片段：RESIDUES 235-468
链 B
129–177（49 aa）
片段：RESIDUES 129-177
|
未记录 | RIV 5-chloro-N-({(5S)-2-oxo-3-[4-(3-oxomorpholin-4-yl)phenyl]-1,3-oxazolidin-5-yl}methyl)thiophene-2-carboxamide × 1 CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.08 Å R-free 0.259 |
| 2W3I Crystal Structure of FXa in complex with 4,4-disubstituted pyrrolidine-1,2-dicarboxamide inhibitor 2 提交 2008-11-12 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–468（234 aa）
片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 235-468
链 B
128–178（51 aa）
片段：LIGHT CHAIN, RESIDUES 128-178
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 L1C (2R,4S)-N^1^-(4-chlorophenyl)-4-(2,4-difluorophenyl)-4-hydroxy-N^2^-(2-oxo-2H-1,3'-bipyridin-6'-yl)pyrrolidine-1,2-dicarboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.90 Å R-free 0.261 |
| 2W3K Crystal Structure of FXa in complex with 4,4-disubstituted pyrrolidine-1,2-dicarboxamide inhibitor 1 提交 2008-11-12 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–468（234 aa）
片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 235-468
链 B
128–178（51 aa）
片段：LIGHT CHAIN, RESIDUES 128-178
|
未记录 | L1D (2R,4S)-N^1^-(4-chlorophenyl)-N^2^-[2-fluoro-4-(2-oxopyridin-1(2H)-yl)phenyl]-4-hydroxy-4-phenylpyrrolidine-1,2-dicarboxamide × 1 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.05 Å R-free 0.255 |
| 2WYG Structure and property based design of factor Xa inhibitors: pyrrolidin-2-ones with monoaryl P4 motifs 提交 2009-11-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–488（254 aa）
片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 235-488
链 B
46–179（134 aa）
片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 46-179
|
未记录 | 461 (E)-2-(5-CHLOROTHIOPHEN-2-YL)-N-[(3S)-1-{4-[(1R)-1-(DIMETHYLAMINO)ETHYL]-2-FLUOROPHENYL}-2-OXOPYRROLIDIN-3-YL]ETHENESULFONAMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 5.75；CRYSTALLISATION WAS CARRIED OUT USING VAPOUR DIFFUSION IN 2UL DROPS CONTAINING A 1:1 MIXTURE OF PROTEIN AND WELL SOLUTION. WELL SOLUTION CONTAINED 16-20% PEG6K, 50MM MES-NAOH (PH5.5-6), 5MM CACL2 AND 50MM NACL., pH 5.75
|
分辨率 1.88 Å R-free 0.234 |
| 2WYJ Structure and property based design of factor Xa inhibitors: pyrrolidin-2-ones with monoaryl P4 motifs 提交 2009-11-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–488（254 aa）
片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 235-488
链 B
46–179（134 aa）
片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 46-179
|
未记录 | 898 (E)-2-(5-CHLOROTHIOPHEN-2-YL)-N-[(3S)-1-{4-[(1S)-1-(DIMETHYLAMINO)ETHYL]-2-FLUOROPHENYL}-2-OXOPYRROLIDIN-3-YL]ETHENESULFONAMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.75；CRYSTALLISATION WAS CARRIED OUT USING HANG DROP VAPOUR DIFFUSION METHODS IN 2UL DROPS CONTAINING 1:1 RATIO PROTEIN AND WELL SOLUTION. WELL SOLUTION CONTAINED 16-20% PEG6K, 50MM MES-NAOH (PH5.5-6), 5MM CACL2 AND 50MM NACL, pH 5.75
|
分辨率 2.38 Å R-free 0.255 |
| 2XBV Factor Xa in complex with a pyrrolidine-3,4-dicarboxylic acid inhibitor 提交 2010-04-15 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–475（241 aa）
片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 235-475
链 L
126–180（55 aa）
片段：LIGHTCHAIN, RESIDUES 126-180
|
突变：YES | XBV (3R,4R)-1-(2,2-DIFLUORO-ETHYL)-PYRROLIDINE-3,4-DICARBOXYLIC ACID 3-[(5-CHLORO-PYRIDIN-2-YL)-AMIDE]-4-{[2-FLUORO-4-(2-OXO-2H-PYRIDIN-1-YL)-PHENYL]-AMIDE} × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；PH 6.5
|
分辨率 1.66 Å R-free 0.224 |
| 2XBW Factor Xa in complex with a pyrrolidine-3,4-dicarboxylic acid inhibitor 提交 2010-04-15 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–475（241 aa）
片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 235-475
链 L
126–180（55 aa）
片段：LIGHT CHAIN, RESIDUES 126-180
|
未记录 | 455 (3R,4R)-1-SULFAMOYL-PYRROLIDINE-3,4-DICARBOXYLIC ACID 3-[(4-CHLORO-PHENYL)-AMIDE] 4-{[2-FLUORO-4-(2-OXO-2H-PYRIDIN-1-YL)-PHENYL]-AMIDE} × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；PH 6.5
|
分辨率 1.72 Å R-free 0.218 |
| 2XBX Factor Xa in complex with a pyrrolidine-3,4-dicarboxylic acid inhibitor 提交 2010-04-15 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–475（241 aa）
片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 235-475
链 L
126–180（55 aa）
片段：LIGHTCHAIN, RESIDUES 126-180
|
未记录 | RR8 (3R,4R)-1-METHANESULFONYL-PYRROLIDINE-3,4-DICARBOXYLIC ACID 3-[(4-CHLORO-PHENYL)-AMIDE] 4-{[2-FLUORO-4-(2-OXO-2H-PYRIDIN-1-YL)-PHENYL]-AMIDE} × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；PH 6.5
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.235 |
| 2XBY Factor Xa in complex with a pyrrolidine-3,4-dicarboxylic acid inhibitor 提交 2010-04-15 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–475（241 aa）
片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 235-475
链 L
126–180（55 aa）
片段：LIGHT CHAIN, RESIDUES 126-180
|
未记录 | 63C (3R,4R)-1-METHYLCARBAMOYLMETHYL-PYRROLIDINE-3,4-DICARBOXYLIC ACID 3-[(4-CHLORO-PHENYL)-AMIDE] 4-{[2-FLUORO-4-(2-OXO-2H-PYRIDIN-1-YL)-PHENYL]-AMIDE} × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；PH 6.5
|
分辨率 2.02 Å R-free 0.246 |
| 2XC0 Factor Xa in complex with a pyrrolidine-3,4-dicarboxylic acid inhibitor 提交 2010-04-15 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–475（241 aa）
片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 235-475
链 L
126–180（55 aa）
片段：LIGHTCHAIN, RESIDUES 126-180
|
未记录 | 8NC (3R,4R)-1-METHANESULFONYL-PYRROLIDINE-3,4--DICARBOXYLIC ACID 3-[(3-FLUORO-4-METHOXY-PHENYL)-AMIDE] 4-{[2-FLUORO-4-(2-OXO-2H-PYRIDIN-1-YL)-PHENYL]-AMIDE} × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；PH 6.5
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.240 |
| 2XC4 Factor Xa in complex with a pyrrolidine-3,4-dicarboxylic acid inhibitor 提交 2010-04-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–475（241 aa）
片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 235-475
链 L
126–180（55 aa）
片段：LIGHT CHAIN, RESIDUES 126-180
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 IVK (3R,4R)-N-(4-CHLOROPHENYL)-N'-[2-FLUORO-4-(2-OXOPYRIDIN-1(2H)-YL)PHENYL]-1-(2,2,2-TRIFLUOROETHYL)PYRROLIDINE-3,4-DICARBOXAMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；PH 6.5
|
分辨率 1.67 Å R-free 0.244 |
| 2XC5 Factor Xa in complex with a pyrrolidine-3,4-dicarboxylic acid inhibitor 提交 2010-04-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–475（241 aa）
片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 235-475
链 L
126–180（55 aa）
片段：LIGHTCHAIN, RESIDUES 126-180
|
未记录 | OYJ (3R,4R)-1-METHANESULFONYL-PYRROLIDINE-3,4-DICARBOXYLIC ACID 3-[(4-CHLORO-3-FLUORO-PHENYL)-AMIDE] 4-{[2-FLUORO-4-(2-OXO-2H-PYRIDIN-1-YL)-PHENYL]-AMIDE} × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；PH 6.5
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.232 |
| 2Y5F FACTOR XA - CATION INHIBITOR COMPLEX 提交 2011-01-13 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–468（234 aa）
片段：RESIDUES 235-468
链 L
127–180（54 aa）
片段：RESIDUES 127-180
|
突变：YES | XWG (3AS,4R,5S,8AS,8BR)-4-[5-(5-CHLOROTHIOPHEN-2-YL)-1,2-OXAZOL-3-YL]-2-[3-[1-(2-HYDROXYETHYL)PYRROLIDIN-1-IUM-1-YL]PROPYL]-4,6,7,8,8A,8B-HEXAHYDRO-3AH-PYRROLO[3,4-A]PYRROLIZINE-1,3-DIONE × 1 NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.29 Å R-free 0.175 |
| 2Y5G FACTOR XA - CATION INHIBITOR COMPLEX 提交 2011-01-13 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–468（234 aa）
片段：RESIDUES 235-468
链 L
127–180（54 aa）
片段：RESIDUES 127-180
|
突变：YES | FJD 3-[(3AS,4R,5S,8AS,8BR)-4-[5-(5-CHLOROTHIOPHEN-2-YL)-1,3-OXAZOL-2-YL]-1,3-DIOXO-4,6,7,8,8A,8B-HEXAHYDRO-3AH-PYRROLO[3,4-A]PYRROLIZIN-2-YL]PROPYL-TRIMETHYL-AZANIUM × 1 NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.29 Å R-free 0.186 |
| 2Y5H FACTOR XA - CATION INHIBITOR COMPLEX 提交 2011-01-13 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–468（234 aa）
片段：RESIDUES 235-468
链 L
127–180（54 aa）
片段：RESIDUES 127-180
|
突变：YES | Y5H 3-[(3AS,4R,5S,8AS,8BR)-4-[2-(5-CHLOROTHIOPHEN-2-YL)-1,3-OXAZOL-4-YL]-1,3-DIOXO-4,6,7,8,8A,8B-HEXAHYDRO-3AH-PYRROLO[3,4-A]PYRROLIZIN-2-YL]PROPYL-TRIMETHYL-AZANIUM × 1 NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.33 Å R-free 0.190 |
| 2Y7X The discovery of potent and long-acting oral factor Xa inhibitors with tetrahydroisoquinoline and benzazepine P4 motifs 提交 2011-02-02 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–488（254 aa）
链 B
46–179（134 aa）
片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 46-179
|
未记录 | MZA 6-CHLORO-N-[(3S)-1-(5-FLUORO-1,2,3,4-TETRAHYDROISOQUINOLIN-6-YL)-2-OXO-PYRROLIDIN-3-YL]NAPHTHALENE-2-SULFONAMIDE × 1 CA CALCIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.75；16-20% PEG 6K, 50 MM MES PH 5.5-6, 5 MM CACL2, 50 MM NACL WITH SEEDING.
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.230 |
| 2Y7Z Structure and property based design of factor Xa inhibitors: pyrrolidin-2-ones with aminoindane and phenylpyrrolidine P4 motifs 提交 2011-02-02 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–488（254 aa）
链 B
46–179（134 aa）
片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 46-179
|
未记录 | C0Z 6-CHLORO-N-[(3S)-1-[(1S)-1-DIMETHYLAMINO-2,3-DIHYDRO-1H-INDEN-5-YL]-2-OXO-PYRROLIDIN-3-YL]NAPHTHALENE-2-SULFONAMIDE × 1 CA CALCIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 5.75；CRYSTALLISATION WAS CARRIED OUT USING VAPOUR DIFFUSION IN 2UL DROPS CONTAINING A 1:1 MIXTURE OF PROTEIN AND WELL SOLUTION. WELL SOLUTION CONTAINED 16-20% PEG6K, 50MM MES-NAOH (PH 5.5-6), 5MM CACL2 AND 50MM NACL.
|
分辨率 1.84 Å R-free 0.246 |
| 2Y80 Structure and property based design of factor Xa inhibitors: pyrrolidin-2-ones with aminoindane and phenylpyrrolidine P4 motifs 提交 2011-02-02 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–488（254 aa）
链 B
46–179（134 aa）
片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 46-179
|
未记录 | 439 6-CHLORO-N-{(3S)-1-[(1S)-1-(DIMETHYLAMINO)-2,3-DIHYDRO-1H-INDEN-5-YL]-2-OXO-3-PYRROLIDINYL}-2-NAPHTHALENESULFONAMIDE × 1 CA CALCIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 5.75；CRYSTALLISATION WAS CARRIED OUT USING VAPOUR DIFFUSION IN 2UL DROPS CONTAINING A 1:1 MIXTURE OF PROTEIN AND WELL SOLUTION. WELL SOLUTION CONTAINED 16-20% PEG 6K, 50 MM MES-NAOH (PH 5.5-6), 5 MM CACL2 AND 50 MM NACL.
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.241 |
| 2Y81 Structure and property based design of factor Xa inhibitors: pyrrolidin-2-ones with aminoindane and phenylpyrrolidine P4 motifs 提交 2011-02-02 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–488（254 aa）
链 B
46–179（134 aa）
片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 46-179
|
未记录 | 931 6-CHLORO-N-((3S)-2-OXO-1-{4-[(2R)-2--PYRROLIDINYL] PHENYL}-3-PYRROLIDINYL)-2-NAPHTHALENESULFONAMIDE × 1 CA CALCIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 5.75；CRYSTALLISATION WAS CARRIED OUT USING VAPOUR DIFFUSION IN 2UL DROPS CONTAINING A 1:1 MIXTURE OF PROTEIN AND WELL SOLUTION. WELL SOLUTION CONTAINED 16-20% PEG 6K, 50 MM MES-NAOH (PH 5.5-6), 5 MM CACL2 AND 50 MM NACL.
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.225 |
| 2Y82 Structure and property based design of factor Xa inhibitors: pyrrolidin-2-ones with aminoindane and phenylpyrrolidine P4 motifs 提交 2011-02-02 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–488（254 aa）
链 B
46–179（134 aa）
片段：ACTIVATED DESGLA, RESIDUES 46-179
|
未记录 | 930 6-CHLORO-N-((3S)-2-OXO-1-{4-[(2S)-2-PYRROLIDINYL]PHENYL}-3-PYRROLIDINYL)-2-NAPHTHALENESULFONAMIDE × 1 CA CALCIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 5.75；CRYSTALLISATION WAS CARRIED OUT USING VAPOUR DIFFUSION IN 2UL DROPS CONTAINING A 1:1 MIXTURE OF PROTEIN AND WELL SOLUTION. WELL SOLUTION CONTAINED 16-20% PEG 6K, 50 MM MES-NAOH (PH 5.5-6), 5 MM CACL2 AND 50 MM NACL.
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.233 |
| 3CEN Factor XA in complex with the inhibitor N-(2-(((5-chloro-2-pyridinyl) amino)sulfonyl)phenyl)-4-(2-oxo-1(2H)-pyridinyl)benzamide 提交 2008-02-29 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–468（234 aa）
片段：Activated factor Xa heavy chain, UNP residues 235-468
链 L
127–178（52 aa）
片段：UNP residues 127-178
|
未记录 | FXA N-(2-(((5-CHLORO-2-PYRIDINYL)AMINO)SULFONYL)PHENYL)-4-(2-OXO-1(2H)-PYRIDINYL)BENZAMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；200 mM Sodium Acetate, pH 5.5, 18% PEG6000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.294 |
| 3CS7 FACTOR XA IN COMPLEX WITH THE INHIBITOR 1-(4-methoxyphenyl)-6-(4-(1-(pyrrolidin-1-ylmethyl)cyclopropyl)phenyl)-3-(trifluoromethyl)-5,6-dihydro-1H-pyrazolo[3,4-c]pyridin-7(4H)-one 提交 2008-04-09 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–468（234 aa）
片段：Coagulation Factor X, Heavy Chain
链 L
127–178（52 aa）
片段：Coagulation Factor X, Light Chain
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 LG0 1-(4-methoxyphenyl)-6-(4-(1-(pyrrolidin-1-ylmethyl)cyclopropyl)phenyl)-3-(trifluoromethyl)-5,6-dihydro-1H-pyrazolo[3,4-c]pyridin-7(4H)-one × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.5；277 K；200 mM Sodium Acetate, pH 5.5, 18% PEG6000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K, pH 5.50
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.274 |
| 3ENS Crystal structure of human FXA in complex with methyl (2Z)-3-[(3-chloro-1H-indol-7-yl)amino]-2-cyano-3-{[(3S)-2-oxo-1-(2-oxo-2-pyrrolidin-1-ylethyl)azepan-3-yl]amino}acrylate 提交 2008-09-25 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
85–178（94 aa）
片段：sequence database residues 93-178
链 B
235–472（238 aa）
片段：sequence database residues 235-472
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 4 ENS methyl (2Z)-3-[(3-chloro-1H-indol-7-yl)amino]-2-cyano-3-{[(3S)-2-oxo-1-(2-oxo-2-pyrrolidin-1-ylethyl)azepan-3-yl]amino}acrylate × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 ACT ACETATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；298 K；15-22% W/V PEG MME 5000, 0.01 M CALCIUM ACETATE, 0.35 M SODIUM ACETATE, 0.1 M LITHIUM SULFATE, 0.1 M MES, pH 6.500000, VAPOR DIFFUSION HANGING DROP, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.286 |
| 3ENS Crystal structure of human FXA in complex with methyl (2Z)-3-[(3-chloro-1H-indol-7-yl)amino]-2-cyano-3-{[(3S)-2-oxo-1-(2-oxo-2-pyrrolidin-1-ylethyl)azepan-3-yl]amino}acrylate 提交 2008-09-25 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
85–178（94 aa）
片段：sequence database residues 93-178
链 D
235–472（238 aa）
片段：sequence database residues 235-472
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 3 ENS methyl (2Z)-3-[(3-chloro-1H-indol-7-yl)amino]-2-cyano-3-{[(3S)-2-oxo-1-(2-oxo-2-pyrrolidin-1-ylethyl)azepan-3-yl]amino}acrylate × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 ACT ACETATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；298 K；15-22% W/V PEG MME 5000, 0.01 M CALCIUM ACETATE, 0.35 M SODIUM ACETATE, 0.1 M LITHIUM SULFATE, 0.1 M MES, pH 6.500000, VAPOR DIFFUSION HANGING DROP, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.286 |
| 3FFG Factor XA in complex with the inhibitor (R)-6-(2'-((3- HYDROXYPYRROLIDIN-1-YL)METHYL)BIPHENYL-4-YL)-1-(3-(5-OXO-4,5-DIHYDRO-1H-1,2,4-TRIAZOL-3-YL)PHENYL)-3-(TRIFLUOROMETHYL)-5,6-DIHYDRO-1H-PYRAZOLO[3,4-C]PYRIDIN- 7(4H)-ONE 提交 2008-12-03 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–468（234 aa）
片段：sequence database residues 235-468
链 L
127–178（52 aa）
片段：sequence database residues 127-178
|
未记录 | FFG (R)-6-(2'-((3-hydroxypyrrolidin-1-yl)methyl)biphenyl-4-yl)-1-(3-(5-oxo-4,5-dihydro-1h-1,2,4-triazol-3-yl)phenyl)-3-(trifluoromethyl)-5,6-dihydro-1h-pyrazolo[3,4-c]pyridin-7(4h)-one × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；200 mM Sodium Acetate, pH 5.5, 18% PEG6000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 1.54 Å R-free 0.240 |
| 3HPT Crystal structure of human FxA in complex with (S)-2-cyano-1-(2-methylbenzofuran-5-yl)-3-(2-oxo-1-(2-oxo-2-(pyrrolidin-1-yl)ethyl)azepan-3-yl)guanidine 提交 2009-06-04 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
85–178（94 aa）
片段：Factor X light chain: UNP residues 85-178
链 B
235–472（238 aa）
片段：Activated factor Xa heavy chain: UNP residues 235-472
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 3 YET 1-cyano-2-(2-methyl-1-benzofuran-5-yl)-3-[(3S)-2-oxo-1-(2-oxo-2-pyrrolidin-1-ylethyl)azepan-3-yl]guanidine × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 ACT ACETATE ION × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；15-22% w/v PEG MME 5000, 0.01 M Calcium acetate, 0.35 M Sodium acetate, 0.1 M Lithium sulfate, 0.1 M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.19 Å R-free 0.239 |
| 3HPT Crystal structure of human FxA in complex with (S)-2-cyano-1-(2-methylbenzofuran-5-yl)-3-(2-oxo-1-(2-oxo-2-(pyrrolidin-1-yl)ethyl)azepan-3-yl)guanidine 提交 2009-06-04 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
85–178（94 aa）
片段：Factor X light chain: UNP residues 85-178
链 D
235–472（238 aa）
片段：Activated factor Xa heavy chain: UNP residues 235-472
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 YET 1-cyano-2-(2-methyl-1-benzofuran-5-yl)-3-[(3S)-2-oxo-1-(2-oxo-2-pyrrolidin-1-ylethyl)azepan-3-yl]guanidine × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 ACT ACETATE ION × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；15-22% w/v PEG MME 5000, 0.01 M Calcium acetate, 0.35 M Sodium acetate, 0.1 M Lithium sulfate, 0.1 M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.19 Å R-free 0.239 |
| 3IIT Factor XA in complex with a cis-1,2-diaminocyclohexane derivative 提交 2009-08-03 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–467（233 aa）
链 B
125–178（54 aa）
片段：UNP RESIDUES 125-178
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 D14 7-chloro-N-[(1S,2R,4S)-4-(dimethylcarbamoyl)-2-{[(5-methyl-5,6-dihydro-4H-pyrrolo[3,4-d][1,3]thiazol-2-yl)carbonyl]amino}cyclohexyl]isoquinoline-3-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 5；293 K；pH 5.00, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.233 |
| 3K9X X-ray crystal structure of human fxa in complex with (S)-N-((2-METHYLBENZOFURAN-5-YLAMINO)(2-OXO-1-(2-OXO-2- (PYRROLIDIN-1-YL)ETHYL)AZEPAN-3- YLAMINO)METHYLENE)NICOTINAMIDE 提交 2009-10-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
85–178（94 aa）
片段：EGF-LIKE DOMAINS (UNP residues 85 to 178)
链 B
235–472（238 aa）
片段：CATALYTIC DOMAINS (UNP residues 235 to 472)
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 5 MBM N-{N'-(2-methyl-1-benzofuran-5-yl)-N-[(3S)-2-oxo-1-(2-oxo-2-pyrrolidin-1-ylethyl)azepan-3-yl]carbamimidoyl}pyridine-3-carboxamide × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；15-22% W/V PEG MME 5000, 0.01 M CALCIUM ACETATE, 0.35 M SODIUM ACETATE, 0.1 M LITHIUM SULFATE, 0.1 M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.240 |
| 3K9X X-ray crystal structure of human fxa in complex with (S)-N-((2-METHYLBENZOFURAN-5-YLAMINO)(2-OXO-1-(2-OXO-2- (PYRROLIDIN-1-YL)ETHYL)AZEPAN-3- YLAMINO)METHYLENE)NICOTINAMIDE 提交 2009-10-16 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
85–178（94 aa）
片段：EGF-LIKE DOMAINS (UNP residues 85 to 178)
链 D
235–472（238 aa）
片段：CATALYTIC DOMAINS (UNP residues 235 to 472)
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 MBM N-{N'-(2-methyl-1-benzofuran-5-yl)-N-[(3S)-2-oxo-1-(2-oxo-2-pyrrolidin-1-ylethyl)azepan-3-yl]carbamimidoyl}pyridine-3-carboxamide × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；15-22% W/V PEG MME 5000, 0.01 M CALCIUM ACETATE, 0.35 M SODIUM ACETATE, 0.1 M LITHIUM SULFATE, 0.1 M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.240 |
| 3KL6 Discovery of Tetrahydropyrimidin-2(1H)-one derivative TAK-442: A potent, selective and orally active factor Xa inhibitor 提交 2009-11-06 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–475（241 aa）
片段：Factor X heavy chain residues 235-475
链 B
126–179（54 aa）
片段：Factor X light chain residues 126-179
|
未记录 | 443 1-(1-{(2S)-3-[(6-chloronaphthalen-2-yl)sulfonyl]-2-hydroxypropanoyl}piperidin-4-yl)tetrahydropyrimidin-2(1H)-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 CA CALCIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；25.% .PEG 3350, 0.1M .tris pH 8.5 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.212 |
| 3KQB Factor xa in complex with the inhibitor n-(3-fluoro-2'- (methylsulfonyl)biphenyl-4-yl)-1-(3-(5-oxo-4,5-dihydro-1h- 1,2,4-triazol-3-yl)phenyl)-3-(trifluoromethyl)-1h- pyrazole-5-carboxamide 提交 2009-11-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–468（234 aa）
片段：residues 235-468 of factor X uncleaved sequence
链 L
127–178（52 aa）
片段：residues 127-178 of factor X uncleaved sequence
|
未记录 | LGJ N-(3-FLUORO-2'-(METHYLSULFONYL)BIPHENYL-4-YL)-1-(3-(5-OXO-4,5-DIHYDRO-1H-1,2,4-TRIAZOL-3-YL)PHENYL)-3-(TRIFLUOROMETHYL)-1H-PYRAZOLE-5-CARBOXAMIDE × 1 NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；200 mM NaOAc (pH 5.5), 18% PEG 6000, pH 5.500000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.221 |
| 3KQC Factor xa in complex with the inhibitor 6-(2'- (methylsulfonyl)biphenyl-4-yl)-1-(3-(5-oxo-4,5-dihydro-1h- 1,2,4-triazol-3-yl)phenyl)-3-(trifluoromethyl)-5,6- dihydro-1h-pyrazolo[3,4-c]pyridin-7(4h)-one 提交 2009-11-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–468（234 aa）
片段：residues 235-468 of factor X uncleaved sequence
链 L
127–178（52 aa）
片段：residues 127-178 of factor X uncleaved sequence
|
未记录 | LGK 6-(2'-(METHYLSULFONYL)BIPHENYL-4-YL)-1-(3-(5-OXO-4,5-DIHYDRO-1H-1,2,4-TRIAZOL-3-YL)PHENYL)-3-(TRIFLUOROMETHYL)-5,6-DIHYDRO-1H-PYRAZOLO[3,4-C]PYRIDIN-7(4H)-ONE × 1 NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；200 mM NaOAc (pH 5.5), 18% PEG 6000, pH 5.500000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.224 |
| 3KQD Factor xa in complex with the inhibitor 1-(3-(5-oxo-4,5- dihydro-1h-1,2,4-triazol-3-yl)phenyl)-6-(2'-(pyrrolidin-1- ylmethyl)biphenyl-4-yl)-3-(trifluoromethyl)-5,6-dihydro- 1h-pyrazolo[3,4-c]pyridin-7(4h)-one 提交 2009-11-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–468（234 aa）
片段：residues 235-468 of factor X uncleaved sequence
链 L
127–178（52 aa）
片段：residues 127-178 of factor X uncleaved sequence
|
未记录 | LGL 1-(3-(5-OXO-4,5-DIHYDRO-1H-1,2,4-TRIAZOL-3-YL)PHENYL)-6-(2'-(PYRROLIDIN-1-YLMETHYL)BIPHENYL-4-YL)-3-(TRIFLUOROMETHYL)-5,6-DIHYDRO-1H-PYRAZOLO[3,4-C]PYRIDIN-7(4H)-ONE × 1 NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；200 mM NaOAc (pH 5.5), 18% PEG 6000, pH 5.500000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.254 |
| 3KQE Factor xa in complex with the inhibitor 3-methyl-1-(3-(5- oxo-4,5-dihydro-1h-1,2,4-triazol-3-yl)phenyl)-6-(2'- (pyrrolidin-1-ylmethyl)biphenyl-4-yl)-5,6-dihydro-1h- pyrazolo[3,4-c]pyridin-7(4h)-one 提交 2009-11-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–468（234 aa）
片段：residues 235-468 of factor X uncleaved sequence
链 L
127–178（52 aa）
片段：residues 127-178 of factor X uncleaved sequence
|
未记录 | LGM 3-METHYL-1-(3-(5-OXO-4,5-DIHYDRO-1H-1,2,4-TRIAZOL-3-YL)PHENYL)-6-(2'-(PYRROLIDIN-1-YLMETHYL)BIPHENYL-4-YL)-5,6-DIHYDRO-1H-PYRAZOLO[3,4-C]PYRIDIN-7(4H)-ONE × 1 NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；200 mM NaOAc (pH 5.5), 18% PEG 6000, pH 5.500000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.230 |
| 3LIW Factor XA in complex with (R)-2-(1-ADAMANTYLCARBAMOYLAMINO)-3-(3-CARBAMIDOYL-PHENYL)-N-PHENETHYL-PROPIONIC ACID AMIDE 提交 2010-01-25 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–468（234 aa）
片段：UNP RESIDUES 235-468
链 B
128–178（51 aa）
片段：UNP RESIDUES 128-178
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 RUP (R)-2-(3-ADAMANTAN-1-YL-UREIDO)-3-(3-CARBAMIMIDOYL-PHENYL)-N-PHENETHYL-PROPIONAMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；298 K；CACL2, PEG 6000, MES, PH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298.0K
|
分辨率 2.22 Å R-free 0.266 |
| 3M36 Factor XA in complex with the inhibitor 1-[3-(aminomethyl)phenyl]-N-[3-fluoro-2'-(methylsulfonyl)biphenyl-4-yl]-3-(trifluoromethyl)-1H-pyrazole-5-carboxamide (DPC423) 提交 2010-03-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–468（234 aa）
片段：Peptidase S1
链 L
127–178（52 aa）
片段：UNP residues 127-178
|
未记录 | M35 1-[3-(aminomethyl)phenyl]-N-[3-fluoro-2'-(methylsulfonyl)biphenyl-4-yl]-3-(trifluoromethyl)-1H-pyrazole-5-carboxamide × 1 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；200 mM Sodium Acetate, pH 5.5, 18% PEG6000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.264 |
| 3M37 Factor XA in complex with the inhibitor 1-[2-(aminomethyl)phenyl]-N-(3-fluoro-2'-sulfamoylbiphenyl-4-yl)-3-(trifluoromethyl)-1H-pyrazole-5-carboxamide (DPC602) 提交 2010-03-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–468（234 aa）
片段：Peptidase S1
链 L
127–178（52 aa）
片段：UNP residues 127-178
|
未记录 | M37 1-[2-(aminomethyl)phenyl]-N-(3-fluoro-2'-sulfamoylbiphenyl-4-yl)-3-(trifluoromethyl)-1H-pyrazole-5-carboxamide × 1 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；200 mM Sodium Acetate, pH 5.5, 18% PEG6000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.262 |
| 3Q3K Factor Xa in complex with a phenylenediamine derivative 提交 2010-12-22 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–467（233 aa）
片段：UNP RESIDUES 235-467
链 B
125–178（54 aa）
片段：UNP RESIDUES 125-178
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 D90 N-(2-{[(5-chloro-1H-indol-2-yl)carbonyl]amino}phenyl)-5-methyl-4,5,6,7-tetrahydro[1,3]thiazolo[5,4-c]pyridine-2-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；macro-seeding, soak at pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.216 |
| 3SW2 X-ray crystal structure of human FXA in complex with 6-chloro-N-((3S)-2-oxo-1-(2-oxo-2-((5S)-8-oxo-5,6-dihydro-1H-1,5-methanopyrido[1,2-a][1,5]diazocin-3(2H,4H,8H)-yl)ethyl)piperidin-3-yl)naphthalene-2-sulfonamide 提交 2011-07-13 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
85–178（94 aa）
片段：Factor X light chain (UNP residues 85-178)
链 B
235–472（238 aa）
片段：Activated factor Xa heavy chain (UNP residues 235-472)
|
未记录 | FI1 6-chloro-N-((3S)-2-oxo-1-(2-oxo-2-((5S)-8-oxo-5,6-dihydro-1H-1,5-methanopyrido[1,2-a][1,5]diazocin-3(2H,4H,8H)-yl)ethyl)piperidin-3-yl)naphthalene-2-sulfonamide × 1 NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；15-22% w/v PEG5000 MME, 0.01 M calcium acetate, 0.35 M sodium acetate, 0.1 M lithium sulfate, 0.1 M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.42 Å R-free 0.262 |
| 3TK5 Factor Xa in complex with D102-4380 提交 2011-08-25 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–467（233 aa）
片段：UNP RESIDUES 235-467
链 B
125–178（54 aa）
片段：UNP RESIDUES 125-178
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 D1Q 4-{3-[(4-chlorophenyl)amino]-3-oxopropyl}-3-({[5-(propan-2-yl)-4,5,6,7-tetrahydro[1,3]thiazolo[5,4-c]pyridin-2-yl]carbonyl}amino)benzoic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；pH 5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.253 |
| 3TK6 factor Xa in complex with D46-5241 提交 2011-08-25 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–467（233 aa）
片段：UNP RESIDUES 235-467
链 B
125–178（54 aa）
片段：UNP RESIDUES 125-178
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 D46 N-[2-({[(5-chlorothiophen-2-yl)carbonyl]amino}methyl)phenyl]-5-methyl-4,5,6,7-tetrahydro[1,3]thiazolo[5,4-c]pyridine-2-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；pH 5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.241 |
| 4A7I Factor Xa in complex with a potent 2-amino-ethane sulfonamide inhibitor 提交 2011-11-14 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
84–179（96 aa）
片段：DES-GLA FACTOR X LIGHT CHAIN, RESIDUES 84-179
链 B
235–488（254 aa）
片段：ACTIVATED FACTOR X HEAVY CHAIN, RESIDUES 235-488
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 A7I 5-CHLORO-THIOPHENE-2-CARBOXYLIC ACID [2-(1--ISOPROPYL-PIPERIDIN-4-YLSULFAMOYL)-ETHYL]-AMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.7；PROTEIN SOLUTION: 8 MG/ML PROTEIN, 5 MM MES (PH 5.7), 5 MM CACL2, 100 MM BENZAMIDINE. RESERVOIR: 18-20% PEG-600, 50 MM MES (PH 5.7). SOAKING: ADD 10 MM INHIBITOR.
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.253 |
| 4BTI factor Xa in complex with the dual thrombin-FXa inhibitor 58. 提交 2013-06-18 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
84–179（96 aa）
链 F
235–488（254 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 7R9 5-Chloro-thiophene-2-carboxylic acid [(S)-2-[2-difluoromethoxy-3-(2-oxo-piperidin-1-yl)-benzenesulfonylamino]-3-((S)-3-dimethylamino-pyrrolidin-1-yl)-3-oxo-propyl]-amide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；PROTEIN SOLUTION: 8 MG/ML DESGLA FACTOR XA, 5 MM MES (PH 6.0), 5 MM CACL2, 100 MM BENZAMIDINE. RESERVOIR SOLUTION: 18-20% PEG600, 50 MM MES (PH 5.7). HANGING DROP SETUP.
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.224 |
| 4BTI factor Xa in complex with the dual thrombin-FXa inhibitor 58. 提交 2013-06-18 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
84–179（96 aa）
链 B
235–488（254 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 7R9 5-Chloro-thiophene-2-carboxylic acid [(S)-2-[2-difluoromethoxy-3-(2-oxo-piperidin-1-yl)-benzenesulfonylamino]-3-((S)-3-dimethylamino-pyrrolidin-1-yl)-3-oxo-propyl]-amide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；PROTEIN SOLUTION: 8 MG/ML DESGLA FACTOR XA, 5 MM MES (PH 6.0), 5 MM CACL2, 100 MM BENZAMIDINE. RESERVOIR SOLUTION: 18-20% PEG600, 50 MM MES (PH 5.7). HANGING DROP SETUP.
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.224 |
| 4BTT factor Xa in complex with the dual thrombin-FXa inhibitor 31. 提交 2013-06-19 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
84–179（96 aa）
片段：LIGHT CHAIN, RESIDUES 84-179
链 F
235–488（254 aa）
片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 235-488
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 VYR N-[(S)-1-[5-(5-Chloro-thiophen-2-yl)-isoxazol-3-ylmethyl]-2-(4-methoxy-piperidin-1-yl)-2-oxo-ethyl]-2-ethyl-3-(3-oxo-morpholin-4-yl)-benzenesulfonamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；PROTEIN SOLUTION: 8 MG/ML DESGLA FACTOR XA, 5 MM MES (PH 6.0), 5 MM CACL2, 100 MM BENZAMIDINE. RESERVOIR SOLUTION: 18-20% PEG600, 50 MM MES (PH 5.7). HANGING DROP SETUP.
|
分辨率 2.59 Å R-free 0.236 |
| 4BTT factor Xa in complex with the dual thrombin-FXa inhibitor 31. 提交 2013-06-19 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
84–179（96 aa）
片段：LIGHT CHAIN, RESIDUES 84-179
链 B
235–488（254 aa）
片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 235-488
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 VYR N-[(S)-1-[5-(5-Chloro-thiophen-2-yl)-isoxazol-3-ylmethyl]-2-(4-methoxy-piperidin-1-yl)-2-oxo-ethyl]-2-ethyl-3-(3-oxo-morpholin-4-yl)-benzenesulfonamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；PROTEIN SOLUTION: 8 MG/ML DESGLA FACTOR XA, 5 MM MES (PH 6.0), 5 MM CACL2, 100 MM BENZAMIDINE. RESERVOIR SOLUTION: 18-20% PEG600, 50 MM MES (PH 5.7). HANGING DROP SETUP.
|
分辨率 2.59 Å R-free 0.236 |
| 4BTU Factor Xa in complex with the dual thrombin-FXa inhibitor 57. 提交 2013-06-19 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
84–179（96 aa）
片段：LIGHT CHAIN, RESIDUES 84-179
链 B
235–488（254 aa）
片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 235-488
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 6XS 5-Chloro-thiophene-2-carboxylic acid [(S)-2-[2-chloro-5-fluoro-3-(2-oxo-piperidin-1-yl)-benzenesulfonylamino]-3-(4-methyl-piperazin-1-yl)-3-oxo-propyl]-amide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；PROTEIN SOLUTION: 8 MG/ML REMARK 280 DESGLA FACTOR XA, 5 MM MES (PH 6.0), 5 MM CACL2, 100 MM REMARK 280 BENZAMIDINE. RESERVOIR SOLUTION: 18-20% PEG600, 50 MM MES REMARK 280 (PH 5.7). HANGING DROP SETUP.
|
分辨率 2.37 Å R-free 0.248 |
| 4BTU Factor Xa in complex with the dual thrombin-FXa inhibitor 57. 提交 2013-06-19 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
84–179（96 aa）
片段：LIGHT CHAIN, RESIDUES 84-179
链 F
235–488（254 aa）
片段：HEAVY CHAIN, RESIDUES 235-488
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 6XS 5-Chloro-thiophene-2-carboxylic acid [(S)-2-[2-chloro-5-fluoro-3-(2-oxo-piperidin-1-yl)-benzenesulfonylamino]-3-(4-methyl-piperazin-1-yl)-3-oxo-propyl]-amide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；PROTEIN SOLUTION: 8 MG/ML REMARK 280 DESGLA FACTOR XA, 5 MM MES (PH 6.0), 5 MM CACL2, 100 MM REMARK 280 BENZAMIDINE. RESERVOIR SOLUTION: 18-20% PEG600, 50 MM MES REMARK 280 (PH 5.7). HANGING DROP SETUP.
|
分辨率 2.37 Å R-free 0.248 |
| 4Y6D Factor Xa complex with GTC000101 提交 2015-02-12 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–488（254 aa）
链 B
46–179（134 aa）
片段：FACTOR X LIGHT CHAIN, UNP residues 46-179
|
未记录 | 48U 4-[(3S)-3-({[(E)-2-(5-chlorothiophen-2-yl)ethenyl]sulfonyl}amino)-2-oxopyrrolidin-1-yl]-3-fluoro-N,N-dimethylbenzamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；16-20% PEG 6K, 50mM Mes-NaOH pH 5.7-6.0, 5 mM CaCl2, and 50 mM NaCl
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.233 |
| 4Y71 Factor Xa complex with GTC000398 提交 2015-02-13 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–488（254 aa）
链 B
46–179（134 aa）
片段：UNP residues 46-179
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 48W 6-chloro-N-{(3S)-1-[(2S)-1-(4-methyl-5-oxo-1,4-diazepan-1-yl)-1-oxopropan-2-yl]-2-oxopyrrolidin-3-yl}naphthalene-2-sulf onamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；16 - 20 % PEG 6000, 50 mM MES-NaOH (pH 5.7-6.0), 5 mM calcium chloride, 50 mM sodium chloride
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.240 |
| 4Y76 Factor Xa complex with GTC000401 提交 2015-02-13 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–488（254 aa）
链 B
46–179（134 aa）
片段：UNP residues 46-179
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 4O1 N~2~-[(6-chloronaphthalen-2-yl)sulfonyl]-N~2~-{(3S)-1-[(2S)-1-(4-methyl-1,4-diazepan-1-yl)-1-oxopropan-2-yl]-2-oxopyrrolidin-3-yl}glycinamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.75；293 K；18% PEG 6000, 100 mm MES PH 5.75, 10 mm calcium chloride
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.236 |
| 4Y79 Factor Xa complex with GTC000406 提交 2015-02-13 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–488（254 aa）
链 B
46–179（134 aa）
片段：UNP residues 46-179
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 4O6 (E)-2-(4-chlorophenyl)-N-{(3S)-1-[(2S)-1-(morpholin-4-yl)-1-oxopropan-2-yl]-2-oxopyrrolidin-3-yl}ethenesulfonamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.75；293 K；18% PEG 6000, 100 mM MES PH5.75, 10 mM calcium chloride
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.216 |
| 4Y7A Factor Xa complex with GTC000422 提交 2015-02-13 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–488（254 aa）
链 B
46–179（134 aa）
片段：UNP residues 46-179
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 987 N-[(3S)-1-{(2S)-1-[(3S)-3-aminopiperidin-1-yl]-1-oxopropan-2-yl}-2-oxopyrrolidin-3-yl]-6-chloronaphthalene-2-sulfonamid e × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；18% PEG 6000, 100 mM MES PH 5.75, 10 mM calcium chloride
|
分辨率 1.99 Å R-free 0.236 |
| 4Y7B Factor Xa complex with GTC000441 提交 2015-02-13 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–488（254 aa）
链 B
46–179（134 aa）
片段：UNP residues 46-179
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 44I 6-chloro-N-{(3S)-1-[(2S)-1-{(1R,5S)-7-[2-(methylamino)ethyl]-3,7-diazabicyclo[3.3.1]non-3-yl}-1-oxopropan-2-yl]-2-oxopy rrolidin-3-yl}naphthalene-2-sulfonamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.75；293 K；18% PEG 6000, 100 mM MES PH 5.75, 10 mM calcium chloride
|
分辨率 1.79 Å R-free 0.212 |
| 4ZH8 Factor Xa complex with GTC000006 提交 2015-04-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–488（254 aa）
片段：residues 235 - 488
链 B
46–179（134 aa）
片段：residues 43-179
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 4O4 6-chloro-N-{(3S)-1-[(2S)-1-(morpholin-4-yl)-1-oxopropan-2-yl]-2-oxo-2,3-dihydro-1H-pyrrol-3-yl}-N-(2-oxobutyl)naphthalene-2-sulfonamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；16-20% PEG 6K, 50 mM Mes=NaOH pH 5.7-6.0, 5 mM CaCl2 and 50 mM NaCl
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.255 |
| 4ZHA Factor Xa complex with GTC000102 提交 2015-04-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–488（254 aa）
片段：residues 235-488
链 B
46–179（134 aa）
片段：residues 46-179
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 4O5 4-[(3S)-3-({[(E)-2-(5-chlorothiophen-2-yl)ethenyl]sulfonyl}amino)-2-oxo-2,3-dihydro-1H-pyrrol-1-yl]-3-fluoro-N-methylbenzamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；16-20% PEG 6K, 50 mM Mes-NaOH (pH 5.7-6.0), 5 mM CaCl2, and 50 mM NaCl
|
分辨率 1.86 Å R-free 0.238 |
| 5JQY Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH)oxygenase and TPR domains in complex with manganese, N-oxalylglycine and factor X substrate peptide fragment(39mer-4Ser) 提交 2016-05-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
86–124（39 aa）
片段：UNP residues 86-124
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 ACT ACETATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；100mM SPG buffer, 25% PEG 1500, 2mM NOG, 1mM MnCl2, 18mg/ml protein
|
分辨率 1.99 Å R-free 0.205 |
| 5JTC Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH)oxygenase and TPR domains in complex with manganese, 2,4-pyridine dicarboxylate and factor X substrate peptide fragment(39mer-4Ser) 提交 2016-05-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
86–124（39 aa）
片段：UNP Residues 86-124
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 1 PD2 PYRIDINE-2,4-DICARBOXYLIC ACID × 1 BR BROMIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；20% PEG3350, 200mM NaBr, 100mM BisTris Propane, 1mM MnCl2, 2mM 2,4-PDCA, 330uM ASPH, 726uM Factor X
|
分辨率 2.24 Å R-free 0.208 |
| 5JZ8 Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH)oxygenase and TPR domains in complex with manganese, N-oxalylglycine, and factor X substrate peptide fragment (39mer) 提交 2016-05-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
86–124（39 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 ACT ACETATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；100 mM Bis-tris propane, 200mM sodium acetate, 20% PEG 3350, 1 mM manganese chloride, 2 mM N-oxalylglycine, 726 uM FX peptide, 18 mg/ml protein
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.216 |
| 5JZU Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH)oxygenase and TPR domains in complex with manganese, N-oxalylglycine and factor X substrate peptide fragment (26mer) 提交 2016-05-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
86–111（26 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；100 mM Bis-tris propane, 20 mM sodium/potassium phosphate, 20% PEG 3350, 1 mM manganese chloride, 2 mM N-oxalylglycine, 1.65 mM factor X peptide, 18 mg/ml asph protein
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.229 |
| 5K0H Human factor Xa in complex with synthetic inhibitor benzylsulfonyl-dSer(Benzyl)-Gly-4-amidinobenzylamide 提交 2016-05-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–468（234 aa）
链 B
128–178（51 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 6PK O-benzyl-N-(benzylsulfonyl)-D-seryl-N-[(4-carbamimidoylphenyl)methyl]glycinamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM MES, 12-18 % PEG6000, 5 mM CaCl2
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.261 |
| 5VOE DesGla-XaS195A Bound to Aptamer 11F7t 提交 2017-05-02 | Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 H
235–467（233 aa）
片段：residues 235-467
链 L
128–178（51 aa）
片段：residues 128-178
|
突变：S419A | NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.1 M Bicine, 0.1 M Tris base, 0.1 M Carboxylic Acids, 10% PEG 20,000, 20% PEG 500 monomethyl ester
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.248 |
| 5VOF DesGla-XaS195A Bound to Aptamer 11F7t and Rivaroxaban 提交 2017-05-02 | Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 H
235–467（233 aa）
片段：residue 235-467
链 L
128–178（51 aa）
片段：residues 128-178
|
突变：S419A | RIV 5-chloro-N-({(5S)-2-oxo-3-[4-(3-oxomorpholin-4-yl)phenyl]-1,3-oxazolidin-5-yl}methyl)thiophene-2-carboxamide × 1 NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.1 M Bicine, 0.1 M Tris base, 0.1 M Carboxylic acids, 10% PEG 20,000, 20% PEG 500 MME
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.253 |
| 6Q9F Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) H679A in complex with Mn, NOG and Factor X peptide fragment (39mer-4Ser) 提交 2018-12-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
86–124（39 aa）
|
突变：C90S, C95S, C112S, C121S | MN MANGANESE (II) ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 GOL GLYCEROL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；0.2 M sodium chloride 0.1 M Tris-HCl 8.0 20 % w/v PEG 6000
|
分辨率 1.63 Å R-free 0.200 |
| 6Q9I Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) H679A in complex with Factor X peptide fragment (39mer-4Ser) 提交 2018-12-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
86–124（39 aa）
|
突变：C90S, C95S, C112S, C121S | FMT FORMIC ACID × 3 GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M sodium formate, 20 % w/v PEG 3350
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.223 |
| 6YYW Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) oxygenase and TPR domains in complex with manganese, 2-oxoglutarate, and factor X substrate peptide fragment(39mer-4Ser) 提交 2020-05-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
86–124（39 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 1 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；100 mM Bis Tris Propane, 200 mM sodium acetate trihydrate, 20% w/v PEG 3350, 1 mM manganese chloride, 2 mM 2-oxoglutarate, 18 mg/ml protein
|
分辨率 2.27 Å R-free 0.224 |
| 6YYX Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) oxygenase and TPR domains in complex with manganese, 3-methyl-2-oxoglutarate, and factor X substrate peptide fragment(39mer-4Ser) 提交 2020-05-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
86–124（39 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 1 Q1Z (3~{R})-3-methyl-2-oxidanylidene-pentanedioic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；200 mM Bis Tris Propane, 200 mM sodium/potassium phosphate, 20% w/v PEG 3350, 1 mM manganese chloride, 2 mM 3-methyl-2-oxoglutarate, 18 mg/ml protein
|
分辨率 1.53 Å R-free 0.192 |
| 6YYY Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) oxygenase and TPR domains in complex with manganese, 4,4-dimethyl-2-oxoglutarate, and factor X substrate peptide fragment(39mer-4Ser) 提交 2020-05-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
86–124（39 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 1 Q1W 2,2-dimethyl-4-oxidanylidene-pentanedioic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；200 mM sodium bromide, 20% w/v PEG 3350, 1 mM manganese chloride, 2 mM 4,4-dimethyl-2-oxoglutarate, 18 mg/ml protein
|
分辨率 2.29 Å R-free 0.244 |
| 6Z6Q Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) oxygenase and TPR domains in complex with manganese, 3-ethyl-2-oxoglutarate, and factor X substrate peptide fragment(39mer-4Ser) 提交 2020-05-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
86–124（39 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 QA8 (3~{R})-3-ethyl-2-oxidanylidene-pentanedioic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；100 mM HEPES sodium, 200 mM ammonium chloride, 20% w/v PEG 6000, 1 mM manganese chloride, 2 mM 3-ethyl-2-oxoglutarate, 18 mg/ml protein
|
分辨率 1.81 Å R-free 0.232 |
| 6Z6R Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) oxygenase and TPR domains in complex with manganese, N-oxalyl-alpha-methylalanine, and factor X substrate peptide fragment(39mer-4Ser) 提交 2020-05-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
86–124（39 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 1 BR BROMIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 UQK N-oxalyl-alpha-methylalanine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；100 mM Bis Tris propane, 200 mM sodium bromide, 20% w/v PEG 3350, 1 mM manganese chloride, 2 mM N-oxalyl-alpha-methylalanine, 18 mg/ml protein
|
分辨率 2.13 Å R-free 0.242 |
| 7AHU Anti-FX Fab of mim8 in complex with human FXa 提交 2020-09-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
235–475（241 aa）
链 D
126–182（57 aa）
|
未记录 | 0GJ L-alpha-glutamyl-N-{(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-[(1S)-2-chloro-1-hydroxyethyl]butyl}glycinamide × 1 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.2 M sodium acetate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5, 18 % (w/v) PEG 8000
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.263 |
| 7AHU Anti-FX Fab of mim8 in complex with human FXa 提交 2020-09-25 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 E
235–475（241 aa）
链 F
126–182（57 aa）
|
未记录 | 0GJ L-alpha-glutamyl-N-{(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-[(1S)-2-chloro-1-hydroxyethyl]butyl}glycinamide × 1 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.2 M sodium acetate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5, 18 % (w/v) PEG 8000
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.263 |
| 7BMI Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) oxygenase and TPR domains in complex with manganese, 3-fluoropyridine-2,4-dicarboxylic acid, and factor X substrate peptide fragment (39mer-4Ser) 提交 2021-01-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
86–124（39 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 1 U4B 3-fluoranylpyridine-2,4-dicarboxylic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；100 mM HEPES sodium, 200 mM ammonium chloride, 20% w/v PEG 4000, 1 mM manganese chloride, 2 mM 2-oxoglutarate, 18 mg/ml protein
|
分辨率 1.66 Å R-free 0.220 |
| 7BMJ Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) oxygenase and TPR domains in complex with manganese, 5-fluoropyridine-2,4-dicarboxylic acid, and factor X substrate peptide fragment (39mer-4Ser) 提交 2021-01-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
86–124（39 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 1 U4Q 5-fluoranylpyridine-2,4-dicarboxylic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；200 mM sodium nitrate, 20% w/v PEG 3350, 1 mM manganese chloride, 18 mg/ml protein
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.251 |
| 7E6J Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) H725A in complex with Factor X peptide fragment (39mer-4Ser) 提交 2021-02-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
86–124（39 aa）
|
突变：C90S,C95S,C112S,C121S | GOL GLYCEROL × 3 PPI PROPANOIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；100mM PCTP, 25% w/v PEG 1500
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.213 |
| 7TPP Cryo-em structure of human prothrombin:prothrombinase at 4.1 Angstrom resolution 提交 2022-01-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
41–179（139 aa）
片段：UNP residues 41-179
链 B
235–488（254 aa）
片段：UNP residues 235-488
|
突变：S379A | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；20mM Hepes, 150mM NaCl, 5mM CaCl2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 7YB9 Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) oxygenase and TPR domains in complex with L-2-hydroxyglutarate and factor X-derived peptide (39mer-4Ser) 提交 2022-06-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
86–124（39 aa）
|
突变：C90S, C95S, C112S, C121S | MN MANGANESE (II) ION × 1 S2G (2S)-2-HYDROXYPENTANEDIOIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M lithium chloride, 20 % w/v Polyethylene glycol 6,000, 0.1 M Bis-Tris propane
|
分辨率 1.54 Å R-free 0.215 |
| 7YBB Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) oxygenase and TPR domains in complex with D-4-hydroxy-2-oxoglutarate and factor X-derived peptide (39mer-4Ser) 提交 2022-06-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
86–124（39 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 1 IO9 (2~{R})-2-oxidanyl-4-oxidanylidene-pentanedioic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.02 M Sodium/potassium phosphate, 20 % w/v Polyethylene glycol 3,350, 0.1 M Bis-Tris propane
|
分辨率 1.68 Å R-free 0.219 |
| 7YBC Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) oxygenase and TPR domains in complex with (S)-4-hydroxy-4-methyl-2-oxoglutarate and factor X-derived peptide (39mer-4Ser) 提交 2022-06-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
86–124（39 aa）
|
突变：C90S, C95S, C112S, C121S | MN MANGANESE (II) ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 IOW (2~{S})-2-methyl-2-oxidanyl-4-oxidanylidene-pentanedioic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.2 M Sodium acetate trihydrate, 20 % w/v Polyethylene glycol 3,350, 0.1 M Bis Tris propane
|
分辨率 1.84 Å R-free 0.199 |
| 8EOK Structure of the C3bB proconvertase in complex with lufaxin and factor Xa 提交 2022-10-03 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 C
235–488（254 aa）
链 L
46–179（134 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.53 Å |
| 8RE5 Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) R735Q variant in complex with Mn, 2-oxosuberate and a Factor X derived peptide fragment 提交 2023-12-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
86–124（39 aa）
|
突变：C90S, C95S, C112S, C121S | YQX 2-oxidanylideneoctanedioic acid × 2 MN MANGANESE (II) ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M bis tris propane pH 7.5, 0.2 M NaBr, 20% PEG 3350
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.207 |
| 8RE6 Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) R735Q variant in complex with Mn, 2-oxoglutarate and a Factor X derived peptide fragment 提交 2023-12-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
86–124（39 aa）
|
突变：C90S, C95S, C112S, C121S | MN MANGANESE (II) ION × 1 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M NaCl, 20% PEG 3350
|
分辨率 1.92 Å R-free 0.216 |
| 8RE7 Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) R735W variant in complex with Mn, 2-oxoglutarate and a Factor X derived peptide fragment 提交 2023-12-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
86–124（39 aa）
|
突变：C90S, C95S, C112S, C121S | AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M NaCl, 20% PEG 3350
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.242 |
| 8RE8 Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) R688Q variant in complex with Mn, (3R)-methyl-2-oxoglutarate and a Factor X derived peptide fragment 提交 2023-12-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
86–124（39 aa）
|
突变：C90S, C95S, C112S, C121S | Q1Z (3~{R})-3-methyl-2-oxidanylidene-pentanedioic acid × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 5 MN MANGANESE (II) ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M NaCl, 20% PEG 3350
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.208 |
| 8RE9 Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) in complex with Mn, 2-oxoglutarate and a Factor X derived peptide fragment 提交 2023-12-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
86–124（39 aa）
|
突变：C90S, C95S, C112S, C121S | AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M HEPES pH 7.5 20 % v/v PEG Smear High (BCS screen)
|
分辨率 1.84 Å R-free 0.196 |
| 9BVL Vitamin K-dependent gamma-carboxylase with factor X propeptide and glutamate-rich region and with vitamin K hydroquinone 提交 2024-05-20 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 P
22–85（64 aa）
片段：residues 22-85
|
未记录 | A1AVC vitamin K1 hydroquinone × 1 6PL (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 9CLI Cryo-EM model derived from localized reconstruction of human adenovirus (Ad5)-hexon-FX complex at 3.6A resolution 提交 2024-07-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 Z
1–488（488 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CA CALCIUM ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.61 Å |
| 9CM2 Cryo-EM model derived from localized reconstruction of human adenovirus 6-hexon-FX complex at 4.3A resolution 提交 2024-07-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 Z
1–488（488 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CA CALCIUM ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.01 Å |
| 9CTH Preliminary map of the Prothrombin-prothrombinase complex on nano discs 提交 2024-07-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 B
41–182（142 aa）
链 C
235–469（235 aa）
|
突变：S195A | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；20 mM HEPES, 150 mM NaCl, and 5 mM CaCl2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.47 Å |
| 9FVU Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) in complex with Fe, 2-oxoglutarate, thiocyanate and Factor X derived peptide fragment 提交 2024-06-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
86–124（39 aa）
|
突变：C90S, C95S, C112S, C121S | AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 FE FE (III) ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 8 SCN THIOCYANATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；278 K；0.1 M bis tris propane pH 7.5, 0.2 M NaSCN, 20% PEG 3350
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.187 |
| 9FVV Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) in complex with Mn, 2OG, thiocyanate and Factor X peptide fragment (39mer-4Ser) 提交 2024-06-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
86–124（39 aa）
|
突变：C90S, C95S, C112S, C121S | AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 ACT ACETATE ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 SCN THIOCYANATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；278 K；0.1 M bis tris propane pH 7.5, 0.2 M NaSCN, 20% PEG 3350
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.191 |
| 9FVW Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) in complex with Fe, 2OG, SIN and hydroxylated product of Factor X peptide fragment (39mer-4Ser) 提交 2024-06-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
86–124（39 aa）
|
突变：C90S, C95S, C112S, C121S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SIN SUCCINIC ACID × 1 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 FE FE (III) ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；278 K；0.1 M bis tris propane pH 7.5, 0.2 M NaBr, 20% PEG 3350
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.224 |
| 9FVX Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) in complex with Fe, 2-oxoglutarate and Factor X derived peptide fragment 提交 2024-06-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
86–124（39 aa）
|
突变：C90S, C95S, C112S, C121S | AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 7 CL CHLORIDE ION × 2 FE FE (III) ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；278 K；0.1 M bis tris propane pH 7.5, 0.2 M NaBr, 20% PEG 3350
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.212 |
| 9FVY Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) in complex with Fe, 2-oxoglutarate, succinate and the hudroxylated product of Factor X derived peptide fragment after O2 exposure 提交 2024-06-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
86–124（39 aa）
|
突变：C90S, C95S, C112S, C121S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 SIN SUCCINIC ACID × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 FE FE (III) ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；278 K；0.1 M bis tris propane pH 7.5, 0.2 M NaBr, 20% PEG 3350
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.199 |
| 9FVZ Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) in complex with Fe, 2-oxoglutarate and a Factor X derived peptide fragment 提交 2024-06-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
86–124（39 aa）
|
突变：C90S, C95S, C112S, C121S | AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 6 GOL GLYCEROL × 1 FE FE (III) ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；278 K；0.1 M bis tris propane pH 7.5, 0.2 M NaBr, 20% PEG 3350
|
分辨率 1.98 Å R-free 0.213 |
| 9FW0 Room temperature structure of Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) in complex with Fe, 2-oxoglutarate and Factor X derived peptide fragment 提交 2024-06-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
86–124（39 aa）
|
突变：C90S, C95S, C112S, C121S | AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 FE FE (III) ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
BATCH MODE；pH 7.5；278 K；16% PEG 3350, 0.1 M Bis Tris propane pH 7.5, 0.1 M KSCN
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分辨率 1.95 Å R-free 0.207 |
| 9HNZ Room temperature structure of Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) in complex with Fe, 2-oxoglutarate and hydroxylated Factor X derived peptide fragment, 2 h O2 exposure 提交 2024-12-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
86–124（39 aa）
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突变：C90S, C95S, C112S, C121S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SIN SUCCINIC ACID × 1 FE FE (III) ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
BATCH MODE；pH 7.5；278 K；16% PEG3350, 0.1 M bis tris propane pH 7.5, 0.1 M KSCN
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分辨率 2.40 Å R-free 0.237 |
| 9HO0 Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) in complex with Fe, 2-oxoglutarate, succinate and the hydroxylated product of Factor X derived peptide fragment, 12 h O2 exposure 提交 2024-12-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
86–124（39 aa）
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突变：C90S, C95S, C112S, C121S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SIN SUCCINIC ACID × 1 FE FE (III) ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
BATCH MODE；pH 7.5；278 K；16% PEG 3350, 0.1 M bis-tris propane pH 7.5, 0.1 M KSCN
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分辨率 2.14 Å R-free 0.232 |
| 9HO1 Room temperature structure of Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) in complex with Fe, 2-oxoglutarate, and hydroxylated Factor X derived peptide fragment, 1.5 s O2 exposure 提交 2024-12-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
86–124（39 aa）
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突变：C90S, C95S, C112S, C121S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 SIN SUCCINIC ACID × 1 FE FE (III) ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
BATCH MODE；pH 7.5；278 K；16% PEG3350, 0.1M Bis Tris propane pH 7.5, 0.1 M KSCN
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分辨率 1.85 Å R-free 0.221 |
| 9HO2 Room temperature structure of Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) in complex with Fe, 2-oxoglutarate and Factor X derived peptide fragment, excess Fe removed 提交 2024-12-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
86–124（39 aa）
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突变：C90S, C95S, C112S, C121S | AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 FE FE (III) ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
BATCH MODE；pH 7.5；278 K；16% PEG 3350, 0.1 M Bis Tris propane pH 7.5, 0.1 M KSCN
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分辨率 1.83 Å R-free 0.219 |
| 9HO3 Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) in complex with Fe, 2OG, nitric oxide, and Factor X peptide fragment 提交 2024-12-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
86–124（39 aa）
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突变：C90S, C95S, C112S, C121S | NA SODIUM ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 FE FE (III) ION × 1 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 NO NITRIC OXIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；278 K；0.1 M bis tris propane pH 7.5, 16% PEG3350, 0.1 M KSCN
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分辨率 2.39 Å R-free 0.242 |
| 9I24 Coagulation factor Xa complex with a2-loop peptide 提交 2025-01-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 H
235–486（252 aa）
链 L
126–179（54 aa）
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未记录 | CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 IMD IMIDAZOLE × 1 0GJ L-alpha-glutamyl-N-{(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-[(1S)-2-chloro-1-hydroxyethyl]butyl}glycinamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；287 K；imidazole, MPD
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分辨率 1.20 Å R-free 0.172 |
| 9I2H A 3.3 angstrom cryo-EM structure of an engineered high-affinity human prothrombinase complex 提交 2025-01-20 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric（5） 待复核 |
链 H
235–488（254 aa）
链 L
41–179（139 aa）
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突变：E129N, S130E, T132K, K134D, N166H, K169M, S173D, I175R, A233R, D239K 突变：S90R, L91A, D92F, H101K, E102R, E103V, N105S | CA CALCIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1 0GJ L-alpha-glutamyl-N-{(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-[(1S)-2-chloro-1-hydroxyethyl]butyl}glycinamide × 1 CU COPPER (II) ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20mM HEPES, 150mM NaCl and 5mM CaCl2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.28 Å |
| 9L6S double-mutant (K217A & K218A) Vitamin K-dependent gamma-carboxylase in complex with coagulation factors X and vitamin K 提交 2024-12-25 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1–488（488 aa）
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未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 A1EMC 2-methyl-3-[(2~{E},6~{E},10~{E})-3,7,11,15-tetramethylhexadeca-2,6,10,14-tetraenyl]naphthalene-1,4-diol × 1 6PL (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 2 CLR CHOLESTEROL × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.58 Å |
| 9P0X Nanodisc-embedded human TF/FVIIa/XK1 in complex with 10H10 Fab (nanodisc-subtracted) 提交 2025-06-07 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 X
41–171（131 aa）
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 4 CA CALCIUM ION × 12 BGC beta-D-glucopyranose × 1 FUC alpha-L-fucopyranose × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.70 Å |
| 9R8R Factor Xa bound to BAY 3389934 提交 2025-05-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
235–468（234 aa）
链 B
128–177（50 aa）
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未记录 | CA CALCIUM ION × 1 A1JDJ 2-(1-methylimidazol-2-yl)ethyl (2~{S})-3-[(5-chloranylthiophen-2-yl)carbonylamino]-2-[[2-ethyl-3-[(3~{S})-3-oxidanyl-2-oxidanylidene-pyrrolidin-1-yl]phenyl]sulfonylamino]propanoate × 1 GOL GLYCEROL × 2 PE8 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293 K；0.1M MES pH5.8, 3.5% PEG1000, 25% PEG600, 11% Glycerol
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分辨率 2.04 Å R-free 0.266 |
| 9WF9 Cryo-EM structure of GGCX-FX complex 提交 2025-08-21 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
23–50（28 aa）
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未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 2 MX7 (2R)-3-(phosphonooxy)propane-1,2-diyl (9Z,9'Z)bis-octadec-9-enoate × 1 CLR CHOLESTEROL × 1 A1AT1 (1aR,7aS)-1a-methyl-7a-[(2E,6E,10E)-3,7,11,15-tetramethylhexadeca-2,6,10,14-tetraen-1-yl]-1a,7a-dihydronaphtho[2,3-b]oxirene-2,7-dione × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.83 Å |
| 9YQ8 Cryo-EM complex of meizothrombinDESF1, factor Xa, and factor Va 提交 2025-10-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 E
124–467（344 aa）
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突变：S379A | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.84 Å |