当前蛋白身份：P01111
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2N9C NRAS Isoform 5 提交 2015-11-13 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–17（17 aa）
片段：UNP residues 1-17
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.004；压力 ambient
NMR样品组成
1 mM peptide, 56 % [U-99% 2H] TFE, 10 uM sodium azide, 4 mM sodium phosphate, 50 uM [U-99% 2H] EDTA, trifluoroethanol/water | trifluoroethanol/water
|
分辨率未提供 |
| 3CON Crystal structure of the human NRAS GTPase bound with GDP 提交 2008-03-28 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–172（172 aa）
片段：Residues 1-172
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 4 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；30.0% PEG 3350, 0.2M Magnesium chloride, 0.1 M Tris-HCl, GDP was added to the concentrated protein to a final concentration of 5mM. Crystallization were set up with 1:100 chymotrypsin, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.219 |
| 5UHV wild-type NRas bound to GppNHp 提交 2017-01-12 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–166（166 aa）
片段：UNP residues 1-166
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291.15 K；0.2 M magnesium acetate tetrahydrate, 0.1 M sodium cacodylate trihydrate pH 6.5, 20% w/v PEG 8000 (Hampton Research Crystal Screen number 18)
|
分辨率 1.67 Å R-free 0.226 |
| 5UHV wild-type NRas bound to GppNHp 提交 2017-01-12 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–166（166 aa）
片段：UNP residues 1-166
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291.15 K；0.2 M magnesium acetate tetrahydrate, 0.1 M sodium cacodylate trihydrate pH 6.5, 20% w/v PEG 8000 (Hampton Research Crystal Screen number 18)
|
分辨率 1.67 Å R-free 0.226 |
| 6E6H NRAS G13D bound to GppNHp (N13GNP) 提交 2018-07-24 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–166（166 aa）
片段：residues 1-166
|
突变：G13D | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291.15 K；9% 2-propanol, 72 mM HEPES, 20% PEG 4000, 15% stabilization buffer (20 mM HEPES, 50 mM NaCl, 20 mM MgCl2, at pH 7.5), Crystals were grown in 1uL by 1uL drops of mother liquor to protein (12.2 mg/mL)
No cryoprotectant used for diffraction
|
分辨率 1.99 Å R-free 0.236 |
| 6ULI Molecular basis for tumor infiltrating TCR recognition of hotspot KRAS-G12D mutation 提交 2019-10-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
10–18（9 aa）
|
突变：G12D | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 0.05M CaCl2 dihydrate, 30% PEG MME 500
|
分辨率 1.88 Å R-free 0.226 |
| 6ULK Molecular basis for tumor infiltrating TCR recognition of hotspot KRAS-G12D mutation 提交 2019-10-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
10–19（10 aa）
|
突变：G12D | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 0.05M CaCl2 dihydrate, 30% PEG MME 500
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.270 |
| 6ULN Molecular basis for tumor infiltrating TCR recognition of hotspot KRAS-G12D mutation 提交 2019-10-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 C
10–18（9 aa）
|
突变：G12D | SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 6 MG MAGNESIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；22% PEG 3350, 0.1M MOPS pH 7.1 and 0.25M MgSO4
|
分辨率 2.01 Å R-free 0.217 |
| 6ULR Molecular basis for tumor infiltrating TCR recognition of hotspot KRAS-G12D mutation 提交 2019-10-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 C
10–18（9 aa）
|
突变：G12D | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；22% PEG 3350, 0.1M MOPS pH 7.1 and 0.25M MgSO4
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.262 |
| 6UON Molecular basis for tumor infiltrating TCR recognition of hotspot KRAS-G12D mutation 提交 2019-10-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 F
10–19（10 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；12.5% PEG 4000, 0.1M Na Cacodylate pH 5.8, 0.2M (NH4)2SO4 and 10% glycerol
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.294 |
| 6UON Molecular basis for tumor infiltrating TCR recognition of hotspot KRAS-G12D mutation 提交 2019-10-15 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 C
10–19（10 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；12.5% PEG 4000, 0.1M Na Cacodylate pH 5.8, 0.2M (NH4)2SO4 and 10% glycerol
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.294 |
| 6WGH Crystal structure of GDP-bound NRAS with ten residues long internal tandem duplication in the switch II region 提交 2020-04-05 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–170（170 aa）
|
突变：Internal Tandem Duplication of residues 55-64 | MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 FLC CITRATE ANION × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；0.1 M Na Citrate pH 5.0, 15% PEG 4000 and 0.1 M MgCl2
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.209 |
| 6WGH Crystal structure of GDP-bound NRAS with ten residues long internal tandem duplication in the switch II region 提交 2020-04-05 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–170（170 aa）
|
突变：Internal Tandem Duplication of residues 55-64 | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；0.1 M Na Citrate pH 5.0, 15% PEG 4000 and 0.1 M MgCl2
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.209 |
| 6ZIO CRYSTAL STRUCTURE OF NRAS (C118S) IN COMPLEX WITH GDP 提交 2020-06-26 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–172（172 aa）
链 B
1–172（172 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 3 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；278 K；25% PEG 2000, 100mM HEPES PH=7.5
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.278 |
| 6ZIR CRYSTAL STRUCTURE OF NRAS (C118S) IN COMPLEX WITH GDP AND COMPOUND 18 提交 2020-06-26 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–172（172 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 EZZ (3~{S})-3-[2-[(dimethylamino)methyl]-1~{H}-indol-3-yl]-5-oxidanyl-2,3-dihydroisoindol-1-one × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；278 K；3.7M sodium formate, 2% PEG 3000, 100mM bicine PH=8
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.215 |
| 6ZIZ CRYSTAL STRUCTURE OF NRAS Q61R IN COMPLEX WITH GTP AND COMPOUND 18 提交 2020-06-26 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–172（172 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EZZ (3~{S})-3-[2-[(dimethylamino)methyl]-1~{H}-indol-3-yl]-5-oxidanyl-2,3-dihydroisoindol-1-one × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；278 K；Morpheus buffer 1 100mM pH=6.6
Morpheus Monosacharides 14%
P550MME_P20K 32%
|
分辨率 1.78 Å R-free 0.219 |
| 6ZIZ CRYSTAL STRUCTURE OF NRAS Q61R IN COMPLEX WITH GTP AND COMPOUND 18 提交 2020-06-26 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–172（172 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EZZ (3~{S})-3-[2-[(dimethylamino)methyl]-1~{H}-indol-3-yl]-5-oxidanyl-2,3-dihydroisoindol-1-one × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；278 K；Morpheus buffer 1 100mM pH=6.6
Morpheus Monosacharides 14%
P550MME_P20K 32%
|
分辨率 1.78 Å R-free 0.219 |
| 7F68 Crystal structure of N-ras S89D 提交 2021-06-24 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：S89D | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；297 K；0.2 M ammonium sulphate, 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 23% PEG4000
|
分辨率 1.24 Å R-free 0.144 |
| 7OW3 Crystal structure of HLA-A*11:01 in complex with KRAS peptide (VVVGAGGVGK) 提交 2021-06-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
7–16（10 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium cacodylate pH 6, 25% PEG 4000
|
分辨率 2.46 Å R-free 0.260 |
| 7OW3 Crystal structure of HLA-A*11:01 in complex with KRAS peptide (VVVGAGGVGK) 提交 2021-06-16 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 F
7–16（10 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium cacodylate pH 6, 25% PEG 4000
|
分辨率 2.46 Å R-free 0.260 |
| 7OW3 Crystal structure of HLA-A*11:01 in complex with KRAS peptide (VVVGAGGVGK) 提交 2021-06-16 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
7–16（10 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium cacodylate pH 6, 25% PEG 4000
|
分辨率 2.46 Å R-free 0.260 |
| 7OW3 Crystal structure of HLA-A*11:01 in complex with KRAS peptide (VVVGAGGVGK) 提交 2021-06-16 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 L
7–16（10 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium cacodylate pH 6, 25% PEG 4000
|
分辨率 2.46 Å R-free 0.260 |
| 7OW4 Crystal structure of HLA-A*11:01 in complex with KRAS G12D peptide (VVVGADGVGK) 提交 2021-06-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
7–16（10 aa）
|
突变：G12D | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Lithium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 25% w/v PEG 3500
|
分辨率 1.81 Å R-free 0.249 |
| 7OW4 Crystal structure of HLA-A*11:01 in complex with KRAS G12D peptide (VVVGADGVGK) 提交 2021-06-16 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 F
7–16（10 aa）
|
突变：G12D | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Lithium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 25% w/v PEG 3500
|
分辨率 1.81 Å R-free 0.249 |
| 7OW4 Crystal structure of HLA-A*11:01 in complex with KRAS G12D peptide (VVVGADGVGK) 提交 2021-06-16 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
7–16（10 aa）
|
突变：G12D | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Lithium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 25% w/v PEG 3500
|
分辨率 1.81 Å R-free 0.249 |
| 7OW4 Crystal structure of HLA-A*11:01 in complex with KRAS G12D peptide (VVVGADGVGK) 提交 2021-06-16 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 L
7–16（10 aa）
|
突变：G12D | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Lithium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 25% w/v PEG 3500
|
分辨率 1.81 Å R-free 0.249 |
| 7OW5 Crystal structure of a TCR in complex with HLA-A*11:01 bound to KRAS peptide (VVVGAGGVGK) 提交 2021-06-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 C
7–16（10 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Ammonium citrate tribasic pH 7.0, 20% w/v PEG 3350
|
分辨率 2.58 Å R-free 0.274 |
| 7OW6 Crystal structure of a TCR in complex with HLA-A*11:01 bound to KRAS G12D peptide (VVVGADGVGK) 提交 2021-06-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 C
7–16（10 aa）
|
突变：G12D | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Ammonium sulfate, 20% w/v PEG 3350
|
分辨率 2.64 Å R-free 0.268 |
| 7PB2 Crystal structure of JDI TCR in complex with HLA-A*11:01 bound to KRAS G12D peptide (VVVGADGVGK) 提交 2021-07-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 C
7–16（10 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 20 % PEG 8000
|
分辨率 3.41 Å R-free 0.254 |
| 7PB2 Crystal structure of JDI TCR in complex with HLA-A*11:01 bound to KRAS G12D peptide (VVVGADGVGK) 提交 2021-07-30 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 H
7–16（10 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 20 % PEG 8000
|
分辨率 3.41 Å R-free 0.254 |
| 8TBI Tricomplex of RMC-7977, NRAS WT, and CypA 提交 2023-06-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–172（172 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZNI (1R,5S,6r)-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-20-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-21-ethyl-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-oxabicyclo[3.1.0]hexane-6-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；27% PEG4000, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0
|
分辨率 1.59 Å R-free 0.208 |
| 8TBI Tricomplex of RMC-7977, NRAS WT, and CypA 提交 2023-06-28 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–172（172 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZNI (1R,5S,6r)-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-20-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-21-ethyl-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-oxabicyclo[3.1.0]hexane-6-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；27% PEG4000, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0
|
分辨率 1.59 Å R-free 0.208 |
| 8VM2 Crystal Structure of NRAS Q61K bound to GTP 提交 2024-01-12 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–172（172 aa）
片段：residues 1-172
|
突变：Q61K | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.1；298 K；PEG/Ion (containing 0.06 M Citric acid, 0.04 M BIS-TRIS propane)/pH 4.1, 16% w/v Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 1.74 Å R-free 0.203 |
| 8VM2 Crystal Structure of NRAS Q61K bound to GTP 提交 2024-01-12 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–172（172 aa）
片段：residues 1-172
|
突变：Q61K | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.1；298 K；PEG/Ion (containing 0.06 M Citric acid, 0.04 M BIS-TRIS propane)/pH 4.1, 16% w/v Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 1.74 Å R-free 0.203 |
| 8VM2 Crystal Structure of NRAS Q61K bound to GTP 提交 2024-01-12 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
1–172（172 aa）
片段：residues 1-172
|
突变：Q61K | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.1；298 K；PEG/Ion (containing 0.06 M Citric acid, 0.04 M BIS-TRIS propane)/pH 4.1, 16% w/v Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 1.74 Å R-free 0.203 |
| 9BG0 Tri-complex of Daraxonrasib (RMC-6236), NRAS WT, and CypA 提交 2024-04-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AHB (1R,2S)-N-[(1P,7S,9S,13R,20M)-21-ethyl-20-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]-5-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-2-methylcyclopropane-1-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；29% PEG4000, 0.1 M Tris, pH 8
|
分辨率 1.64 Å R-free 0.236 |
| 9BG0 Tri-complex of Daraxonrasib (RMC-6236), NRAS WT, and CypA 提交 2024-04-18 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–169（169 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AHB (1R,2S)-N-[(1P,7S,9S,13R,20M)-21-ethyl-20-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]-5-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-2-methylcyclopropane-1-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；29% PEG4000, 0.1 M Tris, pH 8
|
分辨率 1.64 Å R-free 0.236 |
| 9BG3 Tri-complex of Daraxonrasib (RMC-6236), NRAS Q61K, and CypA 提交 2024-04-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：Q61K | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AHB (1R,2S)-N-[(1P,7S,9S,13R,20M)-21-ethyl-20-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]-5-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-2-methylcyclopropane-1-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；25.5% PEG4000, 0.1 M Tris, pH 8
|
分辨率 1.33 Å R-free 0.198 |
| 9BG3 Tri-complex of Daraxonrasib (RMC-6236), NRAS Q61K, and CypA 提交 2024-04-18 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：Q61K | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AHB (1R,2S)-N-[(1P,7S,9S,13R,20M)-21-ethyl-20-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]-5-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-2-methylcyclopropane-1-carboxamide × 1 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；25.5% PEG4000, 0.1 M Tris, pH 8
|
分辨率 1.33 Å R-free 0.198 |
| 9BG8 Tri-complex of Daraxonrasib (RMC-6236), NRAS Q61R, and CypA 提交 2024-04-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：Q61R | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 BTB 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 A1AHB (1R,2S)-N-[(1P,7S,9S,13R,20M)-21-ethyl-20-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]-5-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-2-methylcyclopropane-1-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；25% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 150 mM sodium chloride
|
分辨率 1.20 Å R-free 0.186 |
| 9BG8 Tri-complex of Daraxonrasib (RMC-6236), NRAS Q61R, and CypA 提交 2024-04-18 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：Q61R | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 BTB 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 A1AHB (1R,2S)-N-[(1P,7S,9S,13R,20M)-21-ethyl-20-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]-5-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-2-methylcyclopropane-1-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；25% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 150 mM sodium chloride
|
分辨率 1.20 Å R-free 0.186 |
| 9BGD Tri-complex of Daraxonrasib (RMC-6236), NRAS Q61L, and CypA 提交 2024-04-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：Q61L | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AHB (1R,2S)-N-[(1P,7S,9S,13R,20M)-21-ethyl-20-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]-5-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-2-methylcyclopropane-1-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；21% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 133 mM sodium chloride
|
分辨率 1.76 Å R-free 0.237 |
| 9BGD Tri-complex of Daraxonrasib (RMC-6236), NRAS Q61L, and CypA 提交 2024-04-18 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：Q61L | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AHB (1R,2S)-N-[(1P,7S,9S,13R,20M)-21-ethyl-20-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]-5-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-2-methylcyclopropane-1-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；21% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 133 mM sodium chloride
|
分辨率 1.76 Å R-free 0.237 |
| 9BTM NRas 1-169 Q61R in Complex with Shoc2 80-582 提交 2024-05-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：Q61R | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；0.1 M Hepes pH 7, 15% PEG 4000
|
分辨率 2.73 Å R-free 0.238 |
| 9GLW NRas-Q61R-GTP in complex with the peptide MPB2 提交 2024-08-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；30% PEG 1000, 0.2 M Na2HPO4
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.235 |
| 9GLX NRas-Q61R-GTP in complex with the peptide MPB3 提交 2024-08-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；20% PEG 4000, 0.2 M Lithium Acetate
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.221 |
| 9GLX NRas-Q61R-GTP in complex with the peptide MPB3 提交 2024-08-28 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
1–169（169 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；20% PEG 4000, 0.2 M Lithium Acetate
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.221 |
| 9GLX NRas-Q61R-GTP in complex with the peptide MPB3 提交 2024-08-28 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
1–169（169 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；20% PEG 4000, 0.2 M Lithium Acetate
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.221 |
| 9GLX NRas-Q61R-GTP in complex with the peptide MPB3 提交 2024-08-28 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
1–169（169 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；20% PEG 4000, 0.2 M Lithium Acetate
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.221 |
| 9GLX NRas-Q61R-GTP in complex with the peptide MPB3 提交 2024-08-28 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
1–169（169 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；20% PEG 4000, 0.2 M Lithium Acetate
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.221 |
| 9GLX NRas-Q61R-GTP in complex with the peptide MPB3 提交 2024-08-28 | Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 F
1–169（169 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；20% PEG 4000, 0.2 M Lithium Acetate
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.221 |
| 9Y0G Crystal structure of NRas-G12D in complex with GDP and compound 1 提交 2025-08-28 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12D | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 A1CRR (5P)-3-chloro-4-cyclopropyl-5-(4-[(1R,5S)-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]-8-fluoro-2-{[(4s,7as)-tetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}pyrido[4,3-d]pyrimidin-7-yl)phenol × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；0.1M Sodium Citrate pH5.5, 0.1M MgCl2, 16-22% Peg 4000
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.215 |
| 9Y0G Crystal structure of NRas-G12D in complex with GDP and compound 1 提交 2025-08-28 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12D | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 CIT CITRIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；0.1M Sodium Citrate pH5.5, 0.1M MgCl2, 16-22% Peg 4000
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.215 |
| 9Y1W Crystal structure of NRas-G12D in complex with GDP and compound 27 提交 2025-08-31 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12D, C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1CRV (3P)-3-{3-[(1R,5S,6s)-3-azabicyclo[3.1.0]hexan-6-yl]-1-cyclopropyl-7-fluoro-4-(propan-2-yl)-1H-pyrrolo[3,2-c]pyridin-6-yl}-5-chloro-4-(trifluoromethyl)aniline × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；0.1M Sodium Citrate pH5.5, 0.1M MgCl2, 16-22% Peg 4000
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.225 |
| 9Y1W Crystal structure of NRas-G12D in complex with GDP and compound 27 提交 2025-08-31 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12D, C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 A1CRV (3P)-3-{3-[(1R,5S,6s)-3-azabicyclo[3.1.0]hexan-6-yl]-1-cyclopropyl-7-fluoro-4-(propan-2-yl)-1H-pyrrolo[3,2-c]pyridin-6-yl}-5-chloro-4-(trifluoromethyl)aniline × 1 CIT CITRIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；0.1M Sodium Citrate pH5.5, 0.1M MgCl2, 16-22% Peg 4000
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.225 |
| 9Y1X Crystal structure of NRas-G12D in complex with GDP and IACS-56676 提交 2025-08-31 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12D, C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 A1CRW N-({(6P)-6-[5-amino-3-chloro-2-(trifluoromethyl)phenyl]-3-[(1R,5S,6s)-3-azabicyclo[3.1.0]hexan-6-yl]-1,4-dicyclopropyl-7-fluoro-1H-pyrrolo[3,2-c]pyridin-2-yl}methyl)acetamide × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；0.1M Sodium Citrate pH5.5, 0.1M MgCl2, 16-22% Peg 4000
|
分辨率 1.72 Å R-free 0.244 |
| 9Y1X Crystal structure of NRas-G12D in complex with GDP and IACS-56676 提交 2025-08-31 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12D, C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 A1CRW N-({(6P)-6-[5-amino-3-chloro-2-(trifluoromethyl)phenyl]-3-[(1R,5S,6s)-3-azabicyclo[3.1.0]hexan-6-yl]-1,4-dicyclopropyl-7-fluoro-1H-pyrrolo[3,2-c]pyridin-2-yl}methyl)acetamide × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 CIT CITRIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；0.1M Sodium Citrate pH5.5, 0.1M MgCl2, 16-22% Peg 4000
|
分辨率 1.72 Å R-free 0.244 |
| 9Y1Y Crystal structure of NRas-G12D in complex with GDP and compound 7 提交 2025-08-31 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12D, C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1CR1 (4P)-4-{3-[(1R,5S,6r)-3-azabicyclo[3.1.0]hexan-6-yl]-7-fluoro-1-methyl-1H-pyrazolo[4,3-c]pyridin-6-yl}-5-ethynyl-6-fluoronaphthalen-2-ol × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；0.1M Sodium Citrate pH5.5, 0.1M MgCl2, 16-22% Peg 4000
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.250 |
| 9Y1Y Crystal structure of NRas-G12D in complex with GDP and compound 7 提交 2025-08-31 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12D, C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 CIT CITRIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；0.1M Sodium Citrate pH5.5, 0.1M MgCl2, 16-22% Peg 4000
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.250 |
| 9Y1Z Crystal structure of NRas-G12D in complex with GDP and compound 5 提交 2025-08-31 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12D, C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1CR2 (4P)-4-{3-[(1S,4S)-2,5-diazabicyclo[2.2.2]octan-2-yl]-7-fluoro-1-methyl-1H-pyrazolo[4,3-c]pyridin-6-yl}-5-ethynyl-6-fluoronaphthalen-2-ol × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；0.1M Sodium Citrate pH5.5, 0.1M MgCl2, 16-22% Peg 4000
|
分辨率 1.92 Å R-free 0.282 |
| 9Y1Z Crystal structure of NRas-G12D in complex with GDP and compound 5 提交 2025-08-31 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12D, C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 CIT CITRIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；0.1M Sodium Citrate pH5.5, 0.1M MgCl2, 16-22% Peg 4000
|
分辨率 1.92 Å R-free 0.282 |
| 9Y3W Crystal structure of NRas-G12D in complex with GDP and compound 13 提交 2025-09-02 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–169（169 aa）
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突变：G12D, C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 A1CSD (4P)-4-{3-[(1R,5S,6r)-3-azabicyclo[3.1.0]hexan-6-yl]-1-cyclopropyl-7-fluoro-4-(propan-2-yl)-1H-pyrazolo[4,3-c]pyridin-6-yl}-5-ethynyl-6-fluoronaphthalen-2-ol × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；0.1M Sodium Citrate pH5.5, 0.1M MgCl2, 16-22% Peg 4000
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分辨率 1.56 Å R-free 0.209 |
| 9Y3W Crystal structure of NRas-G12D in complex with GDP and compound 13 提交 2025-09-02 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–169（169 aa）
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突变：G12D, C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1CSD (4P)-4-{3-[(1R,5S,6r)-3-azabicyclo[3.1.0]hexan-6-yl]-1-cyclopropyl-7-fluoro-4-(propan-2-yl)-1H-pyrazolo[4,3-c]pyridin-6-yl}-5-ethynyl-6-fluoronaphthalen-2-ol × 1 CIT CITRIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；0.1M Sodium Citrate pH5.5, 0.1M MgCl2, 16-22% Peg 4000
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分辨率 1.56 Å R-free 0.209 |