当前蛋白身份：P01730
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1CDH STRUCTURES OF AN HIV AND MHC BINDING FRAGMENT FROM HUMAN CD4 AS REFINED IN TWO CRYSTAL LATTICES 提交 1994-01-26 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
26–203（178 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.30 Å |
| 1CDI STRUCTURES OF AN HIV AND MHC BINDING FRAGMENT FROM HUMAN CD4 AS REFINED IN TWO CRYSTAL LATTICES 提交 1994-01-26 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
23–203（181 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.90 Å |
| 1CDJ STRUCTURE OF T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD4 提交 1996-11-11 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
26–203（178 aa）
片段：D1D2 FRAGMENT
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.50 Å |
| 1CDU STRUCTURE OF T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD4 MUTANT WITH PHE 43 REPLACED BY VAL 提交 1996-11-11 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
26–203（178 aa）
片段：D1D2 FRAGMENT
|
突变：F43V | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.70 Å |
| 1CDY STRUCTURE OF T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD4 MUTANT WITH GLY 47 REPLACED BY SER 提交 1996-11-11 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
26–203（178 aa）
片段：D1D2 FRAGMENT
|
突变：G47S | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.00 Å |
| 1G9M HIV-1 HXBC2 GP120 ENVELOPE GLYCOPROTEIN COMPLEXED WITH CD4 AND INDUCED NEUTRALIZING ANTIBODY 17B 提交 2000-11-24 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
26–210（185 aa）
片段：D1D2, N-TERMINAL TWO DOMAIN FRAGMENT
|
突变：S184N, I185T | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；VAPOUR DIFFUSION CRYSTALLIZATION: 0.5 UL OF PROTEIN (~10MG/ML IN 350 MM NACL, 5 MM TRISCL PH 7.0) + 0.4 UL OF 0.1 M NACITRATE, 0.02 M NAHEPES, 10% ISOPROPANOL, 10.5% MONOMETHYL-PEG 5000, 0.0075% SEAPREP AGAROSE, PH 6.4 OVER A RESERVOIR OF 0.35 M NACL, 0.1 M NACITRATE, 0.02 M NAHEPES, 10% ISOPROPANOL, 10.5% MONOMETHYL-PEG 5000, PH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.330 |
| 1G9N HIV-1 YU2 GP120 ENVELOPE GLYCOPROTEIN COMPLEXED WITH CD4 AND INDUCED NEUTRALIZING ANTIBODY 17B 提交 2000-11-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
26–210（185 aa）
片段：D1D2, N-TERMINAL TWO DOMAIN FRAGMENT
|
突变：S184N, I185T | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；293 K；VAPOUR DIFFUSION CRYSTALLIZATION: 0.5 UL OF PROTEIN (5 MG/ML IN 0.35 M NACL, 0.005 M TRIS CL PH 7.0) + 0.35 UL OF RESERVOIR (50 UL OF NA ACETATE pH 4.5 + 250 UL OF HAMPTON CRYSTAL SCREEN REAGENT 18 + 126 UL OF ETHANOL + 292 UL OF WATER), pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.295 |
| 1GC1 HIV-1 GP120 CORE COMPLEXED WITH CD4 AND A NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY 提交 1998-06-15 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
26–210（185 aa）
片段：D1D2, N-TERMINAL TWO DOMAIN FRAGMENT
|
突变：S184N, I185T | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；VAPOUR DIFFUSION CRYSTALLIZATION: 0.5 UL OF PROTEIN (~10MG/ML IN 350 MM NACL, 5 MM TRISCL PH 7.0) + 0.4 UL OF 0.1 M NACITRATE, 0.02 M NAHEPES, 10% ISOPROPANOL, 10.5% MONOMETHYL-PEG 5000, 0.0075% SEAPREP AGAROSE, PH 6.4 OVER A RESERVOIR OF 0.35 M NACL, 0.1 M NACITRATE, 0.02 M NAHEPES, 10% ISOPROPANOL, 10.5% MONOMETHYL-PEG 5000, PH 6.4, vapor diffusion
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.302 |
| 1JL4 CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN CD4 N-TERMINAL TWO DOMAIN FRAGMENT COMPLEXED TO A CLASS II MHC MOLECULE 提交 2001-07-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 D
26–203（178 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；297 K；17% PEG 4,000/0.2M Li2SO4/0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K
|
分辨率 4.30 Å R-free 0.453 |
| 1Q68 Solution structure of T-cell surface glycoprotein CD4 and Proto-oncogene tyrosine-protein kinase LCK fragments 提交 2003-08-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
421–458（38 aa）
片段：residues 421-458
|
突变：M407L | ZN ZINC ION × 1 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 5.1；298 K；压力 ambient
NMR样品组成
0.5 mM CD4-Lck-Zn2+, U-15N,13C; 20 mM acetate, 20 mM NaCl, 0.15% beta-mercaptoethanol | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
0.5 mM CD4-Lck-Zn2+, U-15N; 20 mM acetate, 20 mM NaCl, 0.15% beta-mercaptoethanol | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
0.5 mM CD4-Lck-Zn2+; 20 mM acetate, 20 mM NaCl, 0.15% beta-mercaptoethanol | 100% D2O
NMR样品组成
1.0 mM CD4-Lck-Cd2+; 20 mM acetate, 20 mM NaCl, 0.15% beta-mercaptoethanol | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 1RZJ HIV-1 HXBC2 GP120 ENVELOPE GLYCOPROTEIN COMPLEXED WITH CD4 AND INDUCED NEUTRALIZING ANTIBODY 17B 提交 2003-12-24 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
26–210（185 aa）
片段：D1D2, N-TERMINAL TWO DOMAIN FRAGMENT
|
突变：S184N, I185T | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；0.5 UL OF PROTEIN (~10MG/ML IN 350 MM NACL, 5 MM TRISCL PH 7.0) +
0.4 UL OF 0.1 M NACITRATE, 0.02 M NAHEPES, 10% ISOPROPANOL,
10.5% MONOMETHYL-PEG 5000, 0.0075% SEAPREP AGAROSE, PH 6.4 OVER A
RESERVOIR OF 0.35 M NACL, 0.1 M NACITRATE, 0.02 M NAHEPES, 10%
ISOPROPANOL, 10.5% MONOMETHYL-PEG 5000, PH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.323 |
| 1RZK HIV-1 YU2 GP120 ENVELOPE GLYCOPROTEIN COMPLEXED WITH CD4 AND INDUCED NEUTRALIZING ANTIBODY 17B 提交 2003-12-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
26–210（185 aa）
片段：D1D2, N-TERMINAL TWO DOMAIN FRAGMENT
|
突变：S184N, I185T | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；293 K；0.5 UL OF PROTEIN (5 MG/ML IN 0.35 M NACL, 0.005 M TRIS CL PH 7.0) +
0.35 UL OF RESERVOIR (50 UL OF NA ACETATE PH 4.5 + 250 UL OF HAMPTON CRYSTAL
SCREEN REAGENT 18 + 126 UL OF ETHANOL + 292 UL OF WATER), pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.297 |
| 1WBR SOLUTION STRUCTURE OF THE HUMAN CD4 (403-419) RECEPTOR PEPTIDE, NMR, 32 STRUCTURES 提交 1996-12-20 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
428–444（17 aa）
片段：403 - 419
|
突变：N-TERMINUS IS ACETYLATED, C-TERMINUS IS AMIDATED 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；298 K
|
分辨率未提供 |
| 1WIO STRUCTURE OF T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD4, TETRAGONAL CRYSTAL FORM 提交 1996-12-18 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
26–388（363 aa）
片段：EXTRACELLULAR FRAGMENT
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.90 Å R-free 0.351 |
| 1WIO STRUCTURE OF T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD4, TETRAGONAL CRYSTAL FORM 提交 1996-12-18 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
26–388（363 aa）
片段：EXTRACELLULAR FRAGMENT
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.90 Å R-free 0.351 |
| 1WIP STRUCTURE OF T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD4, MONOCLINIC CRYSTAL FORM 提交 1996-12-18 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
26–388（363 aa）
片段：EXTRACELLULAR FRAGMENT
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 4.00 Å R-free 0.427 |
| 1WIP STRUCTURE OF T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD4, MONOCLINIC CRYSTAL FORM 提交 1996-12-18 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
26–388（363 aa）
片段：EXTRACELLULAR FRAGMENT
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 4.00 Å R-free 0.427 |
| 1WIQ STRUCTURE OF T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD4, TRIGONAL CRYSTAL FORM 提交 1996-12-18 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
26–388（363 aa）
片段：EXTRACELLULAR FRAGMENT
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 5.00 Å R-free 0.442 |
| 1WIQ STRUCTURE OF T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD4, TRIGONAL CRYSTAL FORM 提交 1996-12-18 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
26–388（363 aa）
片段：EXTRACELLULAR FRAGMENT
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 5.00 Å R-free 0.442 |
| 2B4C Crystal structure of HIV-1 JR-FL gp120 core protein containing the third variable region (V3) complexed with CD4 and the X5 antibody 提交 2005-09-23 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
26–206（181 aa）
片段：D1D2, N-TERMINAL TWO DOMAIN FRAGMENT
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 SO4 SULFATE ION × 5 XYL Xylitol × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.5；293 K；ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 5.50
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.349 |
| 2B4C Crystal structure of HIV-1 JR-FL gp120 core protein containing the third variable region (V3) complexed with CD4 and the X5 antibody 提交 2005-09-23 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16） 与蛋白数一致 |
链 C
26–206（181 aa）
片段：D1D2, N-TERMINAL TWO DOMAIN FRAGMENT
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 SO4 SULFATE ION × 20 XYL Xylitol × 12 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.5；293 K；ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 5.50
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.349 |
| 2KLU NMR structure of the transmembrane and cytoplasmic domains of human CD4 提交 2009-07-08 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
397–458（62 aa）
片段：UNP residues 397-458
|
突变：C394S,C397S,C420S,C422S,C430H | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.2；318 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 ambient
NMR样品组成
1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CD4 coreceptor polypeptide, 200 mM [U-100% 2H] DPC, 150 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 0.02 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2NXY HIV-1 gp120 Envelope Glycoprotein(S334A) Complexed with CD4 and Antibody 17b 提交 2006-11-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
26–208（183 aa）
片段：D1D2, N-TERMINAL TWO DOMAIN FRAGMENT
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13 HEZ HEXANE-1,6-DIOL × 3 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；7.0 % PEG 8000, 7.5 % 1,6-Hexanediol, 100 mM Na Citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.231 |
| 2NXZ HIV-1 gp120 Envelope Glycoprotein (T257S, S334A, S375W) Complexed with CD4 and Antibody 17b 提交 2006-11-20 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
26–208（183 aa）
片段：D1D2, N-TERMINAL TWO DOMAIN FRAGMENT
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 HEZ HEXANE-1,6-DIOL × 1 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；7.5% PEG 4000, 8.5% MPD, 100 mM Na Citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.04 Å R-free 0.244 |
| 2NY0 HIV-1 gp120 Envelope Glycoprotein (M95W, W96C, T257S, V275C, S334A, S375W, A433M) Complexed with CD4 and Antibody 17b 提交 2006-11-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
26–208（183 aa）
片段：D1D2, N-TERMINAL TWO DOMAIN FRAGMENT
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 HEZ HEXANE-1,6-DIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；7.5% PEG 8000, 7.5% MPD, 100 mM Na Citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.242 |
| 2NY1 HIV-1 gp120 Envelope Glycoprotein (I109C, T257S, S334A, S375W, Q428C) Complexed with CD4 and Antibody 17b 提交 2006-11-20 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
26–208（183 aa）
片段：D1D2, N-TERMINAL TWO DOMAIN FRAGMENT
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；7.5% PEG 8000, 7.5% MPD, 100 mM Na Citrate , pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.99 Å R-free 0.250 |
| 2NY2 HIV-1 gp120 Envelope Glycoprotein (T123C, T257S, S334A, S375W, G431C) Complexed with CD4 and Antibody 17b 提交 2006-11-20 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
26–208（183 aa）
片段：D1D2, N-TERMINAL TWO DOMAIN FRAGMENT
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 11 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 HEZ HEXANE-1,6-DIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；7.2% PEG 8000, 7.8% MPD, 100 mM Na Citrate , pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.223 |
| 2NY3 HIV-1 gp120 Envelope Glycoprotein (K231C, T257S, E267C, S334A, S375W) Complexed with CD4 and Antibody 17b 提交 2006-11-20 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
26–208（183 aa）
片段：D1D2, N-TERMINAL TWO DOMAIN FRAGMENT
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；8.5% PEG 4000, 8.5% MPD, 100 mM Na Citrate , pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.243 |
| 2NY4 HIV-1 gp120 Envelope Glycoprotein (K231C, T257S, E268C, S334A, S375W) Complexed with CD4 and Antibody 17b 提交 2006-11-20 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
26–208（183 aa）
片段：D1D2, N-TERMINAL TWO DOMAIN FRAGMENT
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13 HEZ HEXANE-1,6-DIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；7.0% PEG 8000, 8.0% MPD, 100 mM Na Citrate , pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.241 |
| 2NY5 HIV-1 gp120 Envelope Glycoprotein (M95W, W96C, I109C, T257S, V275C, S334A, S375W, Q428C, A433M) Complexed with CD4 and Antibody 17b 提交 2006-11-20 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
26–208（183 aa）
片段：D1D2, N-TERMINAL TWO DOMAIN FRAGMENT
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；9.2% PEG 4000, 9.5% MPD, 100 mM Na Citrate , pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.255 |
| 2NY6 HIV-1 gp120 Envelope Glycoprotein (M95W, W96C, I109C, T123C, T257S, V275C,S334A, S375W, Q428C, G431C) Complexed with CD4 and Antibody 17b 提交 2006-11-20 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
26–208（183 aa）
片段：D1D2, N-TERMINAL TWO DOMAIN FRAGMENT
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；8.3% PEG 8000, 7.4% MPD, 100 mM Na Citrate , pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.276 |
| 2QAD Structure of tyrosine-sulfated 412d antibody complexed with HIV-1 YU2 gp120 and CD4 提交 2007-06-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
26–206（181 aa）
片段：D1D2, IG-LIKE V-TYPE AND IG-LIKE C2-TYPE 1 DOMAINS
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 MLA MALONIC ACID × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；17-19% polyethylene glycol (PEG) 1500, 0.1 M Na cacodylate pH 6.5, 0.2 M Na malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.269 |
| 2QAD Structure of tyrosine-sulfated 412d antibody complexed with HIV-1 YU2 gp120 and CD4 提交 2007-06-14 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 F
26–206（181 aa）
片段：D1D2, IG-LIKE V-TYPE AND IG-LIKE C2-TYPE 1 DOMAINS
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 MLA MALONIC ACID × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；17-19% polyethylene glycol (PEG) 1500, 0.1 M Na cacodylate pH 6.5, 0.2 M Na malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.269 |
| 2QAD Structure of tyrosine-sulfated 412d antibody complexed with HIV-1 YU2 gp120 and CD4 提交 2007-06-14 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 B
26–206（181 aa）
片段：D1D2, IG-LIKE V-TYPE AND IG-LIKE C2-TYPE 1 DOMAINS
链 F
26–206（181 aa）
片段：D1D2, IG-LIKE V-TYPE AND IG-LIKE C2-TYPE 1 DOMAINS
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 31 MLA MALONIC ACID × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；17-19% polyethylene glycol (PEG) 1500, 0.1 M Na cacodylate pH 6.5, 0.2 M Na malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.269 |
| 3B71 CD4 endocytosis motif bound to the Focal Adhesion Targeting (FAT) domain of the Focal Adhesion Kinase 提交 2007-10-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
428–450（23 aa）
片段：residues 403-425
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；3.9 M NaCl, 2.5 % glycerol, 100 mM Hepes, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.82 Å R-free 0.307 |
| 3B71 CD4 endocytosis motif bound to the Focal Adhesion Targeting (FAT) domain of the Focal Adhesion Kinase 提交 2007-10-30 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
428–450（23 aa）
片段：residues 403-425
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；3.9 M NaCl, 2.5 % glycerol, 100 mM Hepes, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.82 Å R-free 0.307 |
| 3B71 CD4 endocytosis motif bound to the Focal Adhesion Targeting (FAT) domain of the Focal Adhesion Kinase 提交 2007-10-30 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 F
428–450（23 aa）
片段：residues 403-425
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；3.9 M NaCl, 2.5 % glycerol, 100 mM Hepes, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.82 Å R-free 0.307 |
| 3CD4 REFINEMENT AND ANALYSIS OF THE FIRST TWO DOMAINS OF HUMAN CD4 提交 1992-07-30 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
26–207（182 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.20 Å |
| 3J70 Model of gp120, including variable regions, in complex with CD4 and 17b 提交 2014-04-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15） 与蛋白数一致 |
链 C
26–208（183 aa）
片段：UNP residues 26-208
链 O
26–208（183 aa）
片段：UNP residues 26-208
链 T
26–208（183 aa）
片段：UNP residues 26-208
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 20.00 Å |
| 3JCB Structure of Simian Immunodeficiency Virus Envelope Spikes bound with CD4 and Monoclonal Antibody 36D5 提交 2015-11-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 D
26–200（175 aa）
片段：UNP residues 26-200
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane.
|
分辨率未提供 |
| 3JCC Structure of Simian Immunodeficiency Virus Envelope Spikes bound with CD4 and Monoclonal Antibody 36D5 提交 2015-11-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 D
26–200（175 aa）
片段：UNP residues 26-200
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane.
|
分辨率未提供 |
| 3JWD Structure of HIV-1 gp120 with gp41-Interactive Region: Layered Architecture and Basis of Conformational Mobility 提交 2009-09-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
26–208（183 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 9.5；293 K；4.5 % PEG 8000, 01M CHES, pH 9.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.61 Å R-free 0.275 |
| 3JWD Structure of HIV-1 gp120 with gp41-Interactive Region: Layered Architecture and Basis of Conformational Mobility 提交 2009-09-18 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 D
26–208（183 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 9.5；293 K；4.5 % PEG 8000, 01M CHES, pH 9.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.61 Å R-free 0.275 |
| 3JWO Structure of HIV-1 gp120 with gp41-Interactive Region: Layered Architecture and Basis of Conformational Mobility 提交 2009-09-18 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
26–208（183 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；5.3% PEG8000, 0.2M Calcium acetate, 0.1M imidazole, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
|
分辨率 3.51 Å R-free 0.273 |
| 3LQA Crystal structure of clade C gp120 in complex with sCD4 and 21c Fab 提交 2010-02-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
26–207（182 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；20% (w/v) PEG monomethyl ether 2000, 5% (v/v) PEG 200, 0.2 M Trimethylamine N-oxide, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.322 |
| 3O2D Crystal structure of HIV-1 primary receptor CD4 in complex with a potent antiviral antibody 提交 2010-07-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
26–207（182 aa）
片段：UNP residues 26-207
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；3 M Na malonate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
|
分辨率 2.19 Å R-free 0.224 |
| 3S4S Crystal structure of CD4 mutant bound to HLA-DR1 提交 2011-05-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 G
26–203（178 aa）
片段：UNP residues 26-203
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；PEG 8000, (NH4)SO4, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.286 |
| 3S4S Crystal structure of CD4 mutant bound to HLA-DR1 提交 2011-05-20 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 H
26–203（178 aa）
片段：UNP residues 26-203
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；PEG 8000, (NH4)SO4, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.286 |
| 3S5L Crystal structure of CD4 mutant bound to HLA-DR1 提交 2011-05-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 G
26–203（178 aa）
片段：CD4
|
突变：Q40Y, T45W, S60R, D63R | GOL GLYCEROL × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；PEG 8000, (NH4)SO4, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.268 |
| 3S5L Crystal structure of CD4 mutant bound to HLA-DR1 提交 2011-05-23 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 H
26–203（178 aa）
片段：CD4
|
突变：Q40Y, T45W, S60R, D63R | GOL GLYCEROL × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；PEG 8000, (NH4)SO4, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.268 |
| 3T0E Crystal structure of a complete ternary complex of T cell receptor, peptide-MHC and CD4 提交 2011-07-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 E
26–388（363 aa）
片段：unp residues 26-398
|
突变：Q40Y, T45W | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 8；277 K；10 mM Tris-HCl pH8, 10 mM NaAc pH5.2, 5 mM NaCl, EVAPORATION, temperature 277K
|
分辨率 4.00 Å R-free 0.305 |
| 4H8W Crystal structure of non-neutralizing and ADCC-potent antibody N5-i5 in complex with HIV-1 clade A/E gp120 and sCD4. 提交 2012-09-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
26–208（183 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 3 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；11-13% PEG 8000, 100 mM Tris-HCl pH 8.5, 65 mM sodium chloride added to well after mixing drop, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.215 |
| 4JM2 Crystal Structure of PGT 135 Fab in Complex with gp120 Core Protein from HIV-1 Strain JR-FL Bound to CD4 and 17b Fab 提交 2013-03-13 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 F
26–208（183 aa）
片段：Ig-like V-type and C2-type 1 domains (UNP residues 26-208)
|
未记录 | PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；20% PEG2000, 0.1 M Tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.285 |
| 4P9H Crystal structure of 8ANC195 Fab in complex with gp120 of 93TH057 HIV-1 and soluble CD4 D1D2 提交 2014-04-04 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
26–207（182 aa）
片段：CD4 D1D2
|
突变：K75T | EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 BEN BENZAMIDINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.3；298 K；PEG 3350, HEPES, benzamidine
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.272 |
| 4Q6I Crystal structure of murine 2D5 Fab, a potent anti-CD4 HIV-1-neutralizing antibody in complex with CD4 提交 2014-04-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 K
1–208（208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；1.5 M (NH4)2SO4, 200 mM MgCl2,
150 mM NaCl, 100 mM NaAc pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.65 Å R-free 0.257 |
| 4Q6I Crystal structure of murine 2D5 Fab, a potent anti-CD4 HIV-1-neutralizing antibody in complex with CD4 提交 2014-04-22 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 J
1–208（208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；1.5 M (NH4)2SO4, 200 mM MgCl2,
150 mM NaCl, 100 mM NaAc pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.65 Å R-free 0.257 |
| 4Q6I Crystal structure of murine 2D5 Fab, a potent anti-CD4 HIV-1-neutralizing antibody in complex with CD4 提交 2014-04-22 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
1–208（208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；1.5 M (NH4)2SO4, 200 mM MgCl2,
150 mM NaCl, 100 mM NaAc pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.65 Å R-free 0.257 |
| 4Q6I Crystal structure of murine 2D5 Fab, a potent anti-CD4 HIV-1-neutralizing antibody in complex with CD4 提交 2014-04-22 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
1–208（208 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；1.5 M (NH4)2SO4, 200 mM MgCl2,
150 mM NaCl, 100 mM NaAc pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.65 Å R-free 0.257 |
| 4R2G Crystal Structure of PGT124 Fab bound to HIV-1 JRCSF gp120 core and to CD4 提交 2014-08-11 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 F
26–208（183 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；2.4M ammonium sulphate, 0.1M Tris, 13% glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.28 Å R-free 0.263 |
| 4R2G Crystal Structure of PGT124 Fab bound to HIV-1 JRCSF gp120 core and to CD4 提交 2014-08-11 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
26–208（183 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；2.4M ammonium sulphate, 0.1M Tris, 13% glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.28 Å R-free 0.263 |
| 4R2G Crystal Structure of PGT124 Fab bound to HIV-1 JRCSF gp120 core and to CD4 提交 2014-08-11 | Assembly 3 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 H
26–208（183 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；2.4M ammonium sulphate, 0.1M Tris, 13% glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.28 Å R-free 0.263 |
| 4R2G Crystal Structure of PGT124 Fab bound to HIV-1 JRCSF gp120 core and to CD4 提交 2014-08-11 | Assembly 4 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 L
26–208（183 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；2.4M ammonium sulphate, 0.1M Tris, 13% glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.28 Å R-free 0.263 |
| 4R4H Crystal structure of non-neutralizing, A32-like antibody 2.2c in complex with HIV-1 Env gp120 提交 2014-08-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
26–203（178 aa）
片段：UNP residues 26-203
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；10% PEG 5000 MME, 100 mM sodium acetate, and 100 mM Tris-HCl pH 8.5 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 4.28 Å R-free 0.320 |
| 4RQS Crystal structure of fully glycosylated HIV-1 gp120 core bound to CD4 and 17b Fab 提交 2014-11-05 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
26–208（183 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；1.4 M sodium formate, 16.6% PEG 3350, 0.1 M CaCl2, 0.1 M Acetate pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 4.49 Å R-free 0.322 |
| 4RQS Crystal structure of fully glycosylated HIV-1 gp120 core bound to CD4 and 17b Fab 提交 2014-11-05 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
26–208（183 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；1.4 M sodium formate, 16.6% PEG 3350, 0.1 M CaCl2, 0.1 M Acetate pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 4.49 Å R-free 0.322 |
| 5A7X negative stain EM of BG505 SOSIP.664 in complex with sCD4, 17b, and 8ANC195 提交 2015-07-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白数一致 |
链 B
26–206（181 aa）
链 F
26–206（181 aa）
链 J
26–206（181 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 45 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
20MM TRIS, 50 MM NACL；pH 8；20MM TRIS, 50 MM NACL
|
分辨率 17.00 Å |
| 5A8H cryo-ET subtomogram averaging of BG505 SOSIP.664 in complex with sCD4, 17b, and 8ANC195 提交 2015-07-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白数一致 |
链 B
26–208（183 aa）
片段：SOLUBLE CD4 D1-D2 DOMAINS, RESIDUES26-208
链 H
26–208（183 aa）
片段：SOLUBLE CD4 D1-D2 DOMAINS, RESIDUES26-208
链 N
26–208（183 aa）
片段：SOLUBLE CD4 D1-D2 DOMAINS, RESIDUES26-208
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 45 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
20MM TRIS, 50MM NACL；pH 8；20MM TRIS, 50MM NACL
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE-PROPANE MIXTURE, HUMIDITY- 95, TEMPERATURE- 70, INSTRUMENT- FEI
|
分辨率 23.00 Å |
| 5CAY Envelope glycoprotein gp120 core from HIV type 2 bound to the first two domains of human soluble CD4 receptor 提交 2015-06-30 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
26–208（183 aa）
片段：domains 1 and 2 (UNP residues 26-208)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.15M DL-Malic acid 7.0, 0.1M imidazole pH 7.0, 22% PEGMME 550
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.287 |
| 5THR Cryo-EM structure of a BG505 Env-sCD4-17b-8ANC195 complex 提交 2016-09-30 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric（21） 与蛋白数一致 |
链 G
26–207（182 aa）
片段：UNP residues 26-207
链 H
26–207（182 aa）
片段：UNP residues 26-207
链 I
26–207（182 aa）
片段：UNP residues 26-207
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 8.90 Å |
| 5U1F Initial contact of HIV-1 Env with CD4: Cryo-EM structure of BG505 DS-SOSIP trimer in complex with CD4 and antibody PGT145 提交 2016-11-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 M
26–388（363 aa）
片段：UNP residues 26-388
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.80 Å |
| 5VN3 Cryo-EM model of B41 SOSIP.664 in complex with soluble CD4 (D1-D2) and fragment antigen binding variable domain of 17b 提交 2017-04-28 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15） 与蛋白数一致 |
链 C
26–208（183 aa）
链 E
26–208（183 aa）
链 F
26–208（183 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；DDM was added to a final concentration of 0.06 mM prior to vitrification
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 uL of sample applied to a holey carbon grid on glow discharged face and blotted manually on sample side until filter paper detached from grid, followed by immediate plunging
|
分辨率 3.70 Å |
| 6CM3 BG505 SOSIP in complex with sCD4, 17b, 8ANC195 提交 2018-03-02 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric（21） 与蛋白数一致 |
链 G
26–207（182 aa）
链 H
26–207（182 aa）
链 I
26–207（182 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.54 Å |
| 6EDU B41 SOSIP.664 in complex with soluble CD4 (D1-D2), the co-receptor mimicking antibody 21c and the broadly neutralizing antibody 8ANC195 提交 2018-08-11 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric（21） 与蛋白数一致 |
链 G
26–208（183 aa）
链 H
26–208（183 aa）
链 I
26–208（183 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.06 Å |
| 6L1Y structure of gp120/CD4 with a non-canonical surface 提交 2019-10-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
26–202（177 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 7.4；293 K；0.1 M HEPES sodium,
pH 7.4, 11% PEG 4000 and 10% 2-propanol
|
分辨率 2.47 Å R-free 0.257 |
| 6MEO Structural basis of coreceptor recognition by HIV-1 envelope spike 提交 2018-09-06 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
26–201（176 aa）
片段：Ig-like V-type and Ig-like C2-type 1 domains, residues 26-201
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 BMA beta-D-mannopyranose × 1 A2G 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；100 mM Tris-HCl, pH 8.0, 150 mM NaCl, 1 mM EDTA, 0.001% LMNG (w/v), 0.025% DDM (w/v), and 0.04 % CHS (w/v)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 6MET Structural basis of coreceptor recognition by HIV-1 envelope spike 提交 2018-09-07 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
26–388（363 aa）
片段：Ig-like V-type 1 and Ig-like C2-type 1,2,3 domains, residues 26-388
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 A2G 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；100 mM Tris-HCl, pH 8.0, 150 mM NaCl, 1 mM EDTA, 0.001% LMNG (w/v), 0.025% DDM (w/v), and 0.04 % CHS (w/v).
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 6OPN CD4- and 17-bound HIV-1 Env B41 SOSIP in complex with small molecule GO35 提交 2019-04-25 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 C
25–203（179 aa）
链 F
25–203（179 aa）
链 I
25–203（179 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 N07 [3'-(5-methyl-1,3,4-oxadiazol-2-yl)[1,1'-biphenyl]-3-yl](piperidin-1-yl)methanone × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；Detergent (LMNG) added shortly (<5 minutes) prior to grid freezing using an 8X concentrated stock.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 6OPO Symmetric model of CD4- and 17-bound B41 HIV-1 Env SOSIP in complex with DDM 提交 2019-04-25 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15） 与蛋白数一致 |
链 C
25–203（179 aa）
链 G
25–203（179 aa）
链 N
25–203（179 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；DDM added shortly (<5 minutes) prior to freezing.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 6OPP Asymmetric model of CD4- and 17-bound B41 HIV-1 Env SOSIP in complex with DDM 提交 2019-04-25 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15） 与蛋白数一致 |
链 C
25–203（179 aa）
链 F
25–203（179 aa）
链 M
25–203（179 aa）
|
未记录 | LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；Detergent added shortly (<5 minutes) prior to grid freezing
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 6OPQ CD4- and 17-bound HIV-1 Env B41 SOSIP frozen with LMNG 提交 2019-04-25 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15） 与蛋白数一致 |
链 C
25–203（179 aa）
链 I
25–203（179 aa）
链 J
25–203（179 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；Detergent (LMNG) added shortly (<5 minutes) prior to grid freezing using an 8X concentrated stock.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 6U0L Asymmetrically open conformational state (Class I) of HIV-1 Env trimer BG505 SOSIP.664 in complex with sCD4 and E51 Fab 提交 2019-08-14 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15） 与蛋白数一致 |
链 D
26–207（182 aa）
片段：D1-D2 domain
链 E
26–207（182 aa）
片段：D1-D2 domain
链 F
26–207（182 aa）
片段：D1-D2 domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 6U0N Asymmetrically open conformational state (Class II) of HIV-1 Env trimer BG505 SOSIP.664 in complex with sCD4 and E51 Fab 提交 2019-08-14 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15） 与蛋白数一致 |
链 D
26–207（182 aa）
链 E
26–207（182 aa）
链 F
26–207（182 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 6X5B Symmetric model of CD4- and 17-bound B41 HIV-1 Env SOSIP in complex with small molecule GO52 提交 2020-05-25 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15） 与蛋白数一致 |
链 C
25–203（179 aa）
链 G
25–203（179 aa）
链 N
25–203（179 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 UOV N-(4'-methyl[1,1'-biphenyl]-4-yl)-1-oxa-7-azaspiro[3.5]nonane-7-carboxamide × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；Detergent diluted into sample shortly before application to grid
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 6X5C Asymmetric model of CD4-bound B41 HIV-1 Env SOSIP in complex with small molecule GO52 提交 2020-05-25 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 C
25–203（179 aa）
链 I
25–203（179 aa）
链 J
25–203（179 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 23 UOV N-(4'-methyl[1,1'-biphenyl]-4-yl)-1-oxa-7-azaspiro[3.5]nonane-7-carboxamide × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；Detergent diluted into sample shortly before application to grid
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.04 Å |
| 7T0O cryoEM reconstruction of the HIV gp140 in complex with the extracellular domains of CD4 and the adnectin domain of Combinectin. The gp140 and CD4 coordinates from entry 6EDU were rigid body fitted to the EM map along withe the crystal structure of CD4+adnectin 提交 2021-11-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15） 与蛋白数一致 |
链 H
26–389（364 aa）
链 L
26–389（364 aa）
链 M
26–389（364 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 8.70 Å |
| 7T0R Crystal structure of the anti-CD4 adnectin 6940_B01 as a complex with the extracellular domains of CD4 and ibalizumab fAb 提交 2021-11-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
26–389（364 aa）
片段：Extra-cellular domains D1-D4
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.01 M Na3 Citrate, 15.5% PEG3350, 0.3 M (NH4)2H Citrate, 0.1 M AmSO4
|
分辨率 3.65 Å R-free 0.292 |
| 7T0R Crystal structure of the anti-CD4 adnectin 6940_B01 as a complex with the extracellular domains of CD4 and ibalizumab fAb 提交 2021-11-30 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 D
26–389（364 aa）
片段：Extra-cellular domains D1-D4
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.01 M Na3 Citrate, 15.5% PEG3350, 0.3 M (NH4)2H Citrate, 0.1 M AmSO4
|
分辨率 3.65 Å R-free 0.292 |
| 7TXD Cryo-EM structure of BG505 SOSIP HIV-1 Env trimer in complex with CD4 receptor (D1D2) and broadly neutralizing darpin bnD.9 提交 2022-02-08 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 G
26–208（183 aa）
片段：D1-D2
链 H
26–208（183 aa）
片段：D1-D2
链 I
26–208（183 aa）
片段：D1-D2
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.87 Å |
| 8D5C anti-HIV-1 gp120-sCD4 complex antibody CG10 Fab in complex with B41-sCD4 提交 2022-06-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15） 与蛋白数一致 |
链 D
26–208（183 aa）
链 E
26–208（183 aa）
链 F
26–208（183 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 8FYI Structure of HIV-1 BG505 SOSIP-HT1 in complex with one CD4 molecule 提交 2023-01-26 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 Z
26–396（371 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 35 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 8FYJ Structure of HIV-1 BG505 SOSIP-HT2 in complex with two CD4 molecules (class I) 提交 2023-01-26 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 Y
26–396（371 aa）
链 Z
26–396（371 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 8W90 crystal structure of CD4-D1D2 with Nb457 提交 2023-09-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
26–203（178 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；0.1 M sodium cacodylate trihydrate pH 6.8, 1.4 M sodium acetate trihydrate
|
分辨率 1.81 Å R-free 0.206 |
| 8W90 crystal structure of CD4-D1D2 with Nb457 提交 2023-09-04 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
26–203（178 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；0.1 M sodium cacodylate trihydrate pH 6.8, 1.4 M sodium acetate trihydrate
|
分辨率 1.81 Å R-free 0.206 |
| 8W90 crystal structure of CD4-D1D2 with Nb457 提交 2023-09-04 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 F
26–203（178 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；0.1 M sodium cacodylate trihydrate pH 6.8, 1.4 M sodium acetate trihydrate
|
分辨率 1.81 Å R-free 0.206 |
| 8Z7N Structure of HIV-1 CH119 SOSIP.664 trimer in complex with CD4 molecules 提交 2024-04-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 C
1–392（392 aa）
链 F
1–392（392 aa）
链 I
1–392（392 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.58 Å |
| 9D8Y Cryo-EM structure of HIV-1 BG505 SOSIP.664 Env bound to 3-sCD4, 3-VRC34.01 Fab with one gp120 rotated, Population 4 提交 2024-08-20 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15） 与蛋白数一致 |
链 M
26–121（96 aa）
片段：residues 1-96
链 N
26–121（96 aa）
片段：residues 1-96
链 O
26–121（96 aa）
片段：residues 1-96
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.06 Å |
| 9D90 Cryo-EM structure of partially open HIV-1 BG505 SOSIP.664 Env bound to 3-sCD4, 3-17b Fab and 3-VRC34.01 Fab, Population 1 提交 2024-08-20 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric（21） 与蛋白数一致 |
链 M
26–206（181 aa）
链 N
26–206（181 aa）
链 O
26–206（181 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.91 Å |
| 9D98 Cryo-EM structure of HIV-1 BG505 SOSIP.664 Env bound to 3-sCD4, 3-VRC34.01 Fab with two gp120 protomers rotated, Population 5 提交 2024-08-21 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15） 与蛋白数一致 |
链 M
26–206（181 aa）
链 N
26–206（181 aa）
链 O
26–206（181 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.19 Å |
| 9MET CXCR4-HIV-2/gp120-CD4 提交 2024-12-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 A
26–201（176 aa）
片段：Ig-like V-type and Ig-like C2-type 1 domains (UNP residues 26-201)
链 R
26–201（176 aa）
片段：Ig-like V-type and Ig-like C2-type 1 domains (UNP residues 26-201)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.65 Å |
| 9OAJ AMC008 v4.2 SOSIP Env trimer in complex with CD4 D1D2 提交 2025-04-21 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 C
1–458（458 aa）
链 D
1–458（458 aa）
链 G
1–458（458 aa）
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未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.91 Å |