当前蛋白身份：P01834
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1A4J DIELS ALDER CATALYTIC ANTIBODY GERMLINE PRECURSOR 提交 1998-01-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 L
1–104（104 aa）
片段：FAB
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6；19% PEG 8K, 20% GLYCEROL, 200MM MG(CH3COO)2, 10MM CDS04 100MM BISTRIS PH 6.0
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.292 |
| 1A4J DIELS ALDER CATALYTIC ANTIBODY GERMLINE PRECURSOR 提交 1998-01-30 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–104（104 aa）
片段：FAB
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6；19% PEG 8K, 20% GLYCEROL, 200MM MG(CH3COO)2, 10MM CDS04 100MM BISTRIS PH 6.0
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.292 |
| 1A4K DIELS ALDER CATALYTIC ANTIBODY WITH TRANSITION STATE ANALOGUE 提交 1998-01-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 L
1–104（104 aa）
片段：FAB
|
未记录 | CD CADMIUM ION × 2 FRA [4-(4-ACETYLAMINO-PHENYL)-3,5-DIOXO-4-AZA-TRICYCLO[5.2.2.0 2,6]UNDEC-1-YLCARBAMOYLOXY]-ACETIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8；17% PEG 8K, 200MM (NH4)2SO4, 10MM CDS0 100MM TRIS PH 8.0
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.291 |
| 1A4K DIELS ALDER CATALYTIC ANTIBODY WITH TRANSITION STATE ANALOGUE 提交 1998-01-30 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–104（104 aa）
片段：FAB
|
未记录 | CD CADMIUM ION × 2 FRA [4-(4-ACETYLAMINO-PHENYL)-3,5-DIOXO-4-AZA-TRICYCLO[5.2.2.0 2,6]UNDEC-1-YLCARBAMOYLOXY]-ACETIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8；17% PEG 8K, 200MM (NH4)2SO4, 10MM CDS0 100MM TRIS PH 8.0
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.291 |
| 1D5B UNLIGANDED MATURE OXY-COPE CATALYTIC ANTIBODY 提交 1999-10-06 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–104（104 aa）
片段：chimeric fab fragment (UNP Q7TS98 reisues 23-129, P01834 residues 1-104)
链 L
1–104（104 aa）
片段：chimeric fab fragment (UNP Q7TS98 reisues 23-129, P01834 residues 1-104)
|
未记录 | CD CADMIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；25%PEG 1000, 100mM sodium acetate, 300mM CdCl2, 100mM ammonium sulfate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.285 |
| 1D5B UNLIGANDED MATURE OXY-COPE CATALYTIC ANTIBODY 提交 1999-10-06 | Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 L
1–104（104 aa）
片段：chimeric fab fragment (UNP Q7TS98 reisues 23-129, P01834 residues 1-104)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；25%PEG 1000, 100mM sodium acetate, 300mM CdCl2, 100mM ammonium sulfate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.285 |
| 1D5B UNLIGANDED MATURE OXY-COPE CATALYTIC ANTIBODY 提交 1999-10-06 | Assembly 3 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–104（104 aa）
片段：chimeric fab fragment (UNP Q7TS98 reisues 23-129, P01834 residues 1-104)
|
未记录 | CD CADMIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；25%PEG 1000, 100mM sodium acetate, 300mM CdCl2, 100mM ammonium sulfate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.285 |
| 1D5I UNLIGANDED GERMLINE PRECURSOR OF AN OXY-COPE CATALYTIC ANTIBODY 提交 1999-10-07 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 L
1–104（104 aa）
片段：chimeric fab fragment (UNP Q7TS98 reisues 23-129, P01834 residues 1-104)
|
未记录 | CD CADMIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；75mM Hepes pH 7.0 9% PEG 4000 150 mM Ammonium Sulfate 20% 1,4 butanediol 100 mM Cadmium Chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.263 |
| 1D6V CONFORMATION EFFECTS IN BIOLOGICAL CATALYSIS INTRODUCED BY OXY-COPE ANTIBODY MATURATION 提交 1999-10-15 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 L
1–104（104 aa）
片段：chimeric fab fragment (UNP Q7TS98 reisues 23-129, P01834 residues 1-104)
|
未记录 | CD CADMIUM ION × 4 HOP (1S,2S,5S)2-(4-GLUTARIDYLBENZYL)-5-PHENYL-1-CYCLOHEXANOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；9% polyethylene glycol 4000 250mM ammonium sulfate 80mM Cadmium Chloride 75mM Hepes 20% 1,4 butanediol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 19K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.264 |
| 1HKL FREE AND LIGANDED FORM OF AN ESTEROLYTIC CATALYTIC ANTIBODY 提交 1996-12-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 L
23–236（214 aa）
片段：VARIABLE DOMAINS OF LIGHT AND HEAVY CHAINS AND CONSTANT DOMAINS OF LIGHT AND HEAVY CHAINS
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.68 Å R-free 0.244 |
| 1I7Z ANTIBODY GNC92H2 BOUND TO LIGAND 提交 2001-03-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–106（106 aa）
|
未记录 | COC COCAINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.30 Å R-free 0.265 |
| 1I7Z ANTIBODY GNC92H2 BOUND TO LIGAND 提交 2001-03-12 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1–106（106 aa）
|
未记录 | COC COCAINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.30 Å R-free 0.265 |
| 1MIM IGG FAB FRAGMENT (CD25-BINDING) 提交 1995-12-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 L
135–348（214 aa）
片段：IGG FAB
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.60 Å |
| 1UCB STRUCTURE OF UNCOMPLEXED FAB COMPARED TO COMPLEX (1CLY, 1CLZ) 提交 1996-02-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 L
1–106（106 aa）
片段：MOUSE VH AND VL DOMAINS, HUMAN CL KAPPA AND CH1 IGG1 DOMAINS
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 4.6；0.1 M SODIUM ACETATE (PH 4.6), 0.1 M AMMONIUM SULFATE, 15 % PEG 8000.
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.276 |
| 3O11 Anti-beta-amyloid antibody c706 fab in space group c2 提交 2010-07-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 L
1–106（106 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 3.5；293 K；0.1 M CITRATE PH 3.5, 18% PEG 8000 CRYO CONDITIONS, 0.1 M CITRATE PH 3.5, 25% PEG 8000, 20% GLYCEROL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.304 |
| 3O11 Anti-beta-amyloid antibody c706 fab in space group c2 提交 2010-07-20 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–106（106 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 3.5；293 K；0.1 M CITRATE PH 3.5, 18% PEG 8000 CRYO CONDITIONS, 0.1 M CITRATE PH 3.5, 25% PEG 8000, 20% GLYCEROL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.304 |
| 3QCT Crystal structure of the humanized apo LT3015 anti-lysophosphatidic acid antibody Fab fragment 提交 2011-01-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 L
1–105（105 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；0.1 M HEPES sodium pH 7.5, 2% PEG 400 (v/v), and 1.75 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.287 |
| 3QCU Crystal structure of the LT3015 antibody Fab fragment in complex with lysophosphatidic acid (14:0) 提交 2011-01-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 L
1–105（105 aa）
|
未记录 | NKN (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl tetradecanoate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；294 K；0.095 M sodium citrate pH 5.6, 19% (v/v) isopropanol, 19% (w/v) PEG 4000, and 5% (v/v) glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
|
分辨率 1.98 Å R-free 0.252 |
| 3QCU Crystal structure of the LT3015 antibody Fab fragment in complex with lysophosphatidic acid (14:0) 提交 2011-01-17 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 M
1–105（105 aa）
|
未记录 | NKN (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl tetradecanoate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；294 K；0.095 M sodium citrate pH 5.6, 19% (v/v) isopropanol, 19% (w/v) PEG 4000, and 5% (v/v) glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
|
分辨率 1.98 Å R-free 0.252 |
| 3QCV Crystal structure of the LT3015 antibody Fab fragment in complex with lysophosphatidic acid (18:2) 提交 2011-01-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 L
1–105（105 aa）
|
未记录 | 18L (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl (9Z,12Z)-octadeca-9,12-dienoate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；0.095 M sodium citrate pH 5.6, 19% (v/v) isopropanol, 19% (w/v) PEG 4000, and 5% (v/v) glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
|
分辨率 2.51 Å R-free 0.266 |
| 3QCV Crystal structure of the LT3015 antibody Fab fragment in complex with lysophosphatidic acid (18:2) 提交 2011-01-17 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 M
1–105（105 aa）
|
未记录 | 18L (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl (9Z,12Z)-octadeca-9,12-dienoate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；0.095 M sodium citrate pH 5.6, 19% (v/v) isopropanol, 19% (w/v) PEG 4000, and 5% (v/v) glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
|
分辨率 2.51 Å R-free 0.266 |
| 3U0W AD related murine antibody Fragment 提交 2011-09-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 L
1–106（106 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；100mM citric acid, 20%(v/v) 2-propanol, 20%(w/v) PEG 4000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.235 |
| 3U7W Crystal structure of NIH45-46 Fab 提交 2011-10-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 L
1–106（106 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 3 SO4 SULFATE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；12% polyethylene glycol 20,000, 0.1 M sodium acetate pH 5.0, 0.1 M sodium/potassium tartrate, 0.02 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.238 |
| 3U7Y Structure of NIH45-46 Fab in complex with gp120 of 93TH057 HIV 提交 2011-10-14 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 L
1–106（106 aa）
|
未记录 | FLC CITRATE ANION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；12% isopropanol, 10% polyethylene glycol 10,000, 0.1 M sodium citrate pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.256 |
| 3VH8 KIR3DL1 in complex with HLA-B*5701 提交 2011-08-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
93–101（9 aa）
片段：UNP residues 93-101
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；294 K；16% PEG 3350, 2% tacsimate pH 5.0, 0.1M tri-sodium citrate pH 5.6., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.237 |
| 3VH8 KIR3DL1 in complex with HLA-B*5701 提交 2011-08-24 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 F
93–101（9 aa）
片段：UNP residues 93-101
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；294 K；16% PEG 3350, 2% tacsimate pH 5.0, 0.1M tri-sodium citrate pH 5.6., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.237 |
| 3X11 Crystal structure of HLA-B*57:01.I80N.L82R.R83G 提交 2014-10-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
93–101（9 aa）
片段：UNP residues 93-101
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；298 K；12-20% PEG4000, 0.2M ammonium acetate, 0.1M tri-sodium citrate pH 5.4., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.231 |
| 3X12 Crystal structure of HLA-B*57:01.I80N 提交 2014-10-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
93–101（9 aa）
片段：UNP residues 1-9
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；298 K；12-20% PEG4000, 0.2M ammonium acetate, 0.1M tri-sodium citrate pH 5.4., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.219 |
| 4D9R Inhibiting Alternative Pathway Complement Activation by Targeting the Exosite on Factor D 提交 2012-01-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 L
1–106（106 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；0.1 M Tris-HCl, 0.02 M NH4PO4, MPD 50.0% v/v, 0.01 M hexamine cobalt (III) chloride, pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 2.42 Å R-free 0.251 |
| 4D9R Inhibiting Alternative Pathway Complement Activation by Targeting the Exosite on Factor D 提交 2012-01-11 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
1–106（106 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；0.1 M Tris-HCl, 0.02 M NH4PO4, MPD 50.0% v/v, 0.01 M hexamine cobalt (III) chloride, pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 2.42 Å R-free 0.251 |
| 4YDV STRUCTURE OF THE ANTIBODY 7B2 THAT CAPTURES HIV-1 VIRIONS 提交 2015-02-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 L
1–106（106 aa）
片段：HIV ANTIBODY 7B2 LIGHT CHAIN,HIV ANTIBODY 7B2 LIGHT CHAIN
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 3.5；298 K；6% PEG 20,000, 5% 2-PROPANOL, 0.1 M CITRIC ACID PH 3.5
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.223 |
| 4YDV STRUCTURE OF THE ANTIBODY 7B2 THAT CAPTURES HIV-1 VIRIONS 提交 2015-02-23 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–106（106 aa）
片段：HIV ANTIBODY 7B2 LIGHT CHAIN,HIV ANTIBODY 7B2 LIGHT CHAIN
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 3.5；298 K；6% PEG 20,000, 5% 2-PROPANOL, 0.1 M CITRIC ACID PH 3.5
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.223 |
| 5B38 KIR3DL1*005 in complex with HLA-B*57:01 提交 2016-02-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
93–101（9 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；294 K；14 to 18% PEG 3350, 2% tacsimate pH 5.0, 0.1 M tri-sodium citrate pH 5.6
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.251 |
| 5B39 KIR3DL1*015 in complex with HLA-B*57:01 提交 2016-02-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
93–101（9 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；294 K；14 to 18% PEG 3350, 2% tacsimate pH 5.0, 0.1 M tri-sodium citrate pH 5.6
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.229 |
| 5C7K Crystal structure BG505 SOSIP gp140 HIV-1 Env trimer bound to broadly neutralizing antibodies PGT128 and 8ANC195 提交 2015-06-24 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白数一致 |
链 F
1–106（106 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；280 K；0.05 M lithium sulfate, 0.05 M sodium sulfate, 26% (w/v) PEG 400 and 0.1 M Tris-HCl pH 8.3
|
分辨率 4.60 Å R-free 0.295 |
| 5ESV Crystal Structure of Broadly Neutralizing Antibody CH03, Isolated from Donor CH0219, in Complex with Scaffolded Trimeric HIV-1 Env V1V2 Domain from the Clade C Superinfecting Strain of Donor CAP256. 提交 2015-11-17 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 B
1–106（106 aa）
链 D
1–106（106 aa）
链 L
1–106（106 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；10% PEG8000, .1M CaCl, 20% MPD, .1M Na Acetate pH 5.5, frozen in 15% sucrose as cryoprotectant
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.259 |
| 5ESZ Crystal Structure of Broadly Neutralizing Antibody CH04, Isolated from Donor CH0219, in Complex with Scaffolded Trimeric HIV-1 Env V1V2 Domain from the Clade AE Strain A244 提交 2015-11-17 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 L
1–106（106 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；54% isopropanol
.1M Tris pH 8.5
Cryo used was 15% 2R3R
|
分辨率 4.19 Å R-free 0.282 |
| 5ESZ Crystal Structure of Broadly Neutralizing Antibody CH04, Isolated from Donor CH0219, in Complex with Scaffolded Trimeric HIV-1 Env V1V2 Domain from the Clade AE Strain A244 提交 2015-11-17 | Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 L
1–106（106 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；54% isopropanol
.1M Tris pH 8.5
Cryo used was 15% 2R3R
|
分辨率 4.19 Å R-free 0.282 |
| 5ESZ Crystal Structure of Broadly Neutralizing Antibody CH04, Isolated from Donor CH0219, in Complex with Scaffolded Trimeric HIV-1 Env V1V2 Domain from the Clade AE Strain A244 提交 2015-11-17 | Assembly 3 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
1–106（106 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；54% isopropanol
.1M Tris pH 8.5
Cryo used was 15% 2R3R
|
分辨率 4.19 Å R-free 0.282 |
| 5ESZ Crystal Structure of Broadly Neutralizing Antibody CH04, Isolated from Donor CH0219, in Complex with Scaffolded Trimeric HIV-1 Env V1V2 Domain from the Clade AE Strain A244 提交 2015-11-17 | Assembly 4 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 B
1–106（106 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；54% isopropanol
.1M Tris pH 8.5
Cryo used was 15% 2R3R
|
分辨率 4.19 Å R-free 0.282 |
| 5EWI Crystal Structure of the Human Fab VRC38.01, an HIV-1 V1V2-Directed Neutralizing Antibody Isolated from Donor N90 提交 2015-11-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 L
1–106（106 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；14% PEG400, 13% PEG8000, 0.1M Tris pH 8.5, 0.1M MgCl, No Cryo
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.202 |
| 5VEB Crystal structure of a Fab binding to extracellular domain 5 of Cadherin-6 提交 2017-04-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
1–107（107 aa）
|
未记录 | A2G 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；20% (w/v) PEG3350, 0.2M di-ammonium hydrogen citrate
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.252 |
| 5VEB Crystal structure of a Fab binding to extracellular domain 5 of Cadherin-6 提交 2017-04-04 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 L
1–107（107 aa）
|
未记录 | A2G 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；20% (w/v) PEG3350, 0.2M di-ammonium hydrogen citrate
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.252 |
| 5VIY BG505 SOSIP.664 in complex with broadly neutralizing antibodies BG1 and 8ANC195 提交 2017-04-17 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16） 与蛋白数一致 |
链 G
1–107（107 aa）
链 I
1–107（107 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 6.20 Å |
| 6AU5 Structure of cetuximab with aminoheptanoic acid-linked n-butylarginine meditope variant 提交 2017-08-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–106（106 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate, pH 4.0, 1.6 M ammonium sulfate
|
分辨率 2.48 Å R-free 0.227 |
| 6AU5 Structure of cetuximab with aminoheptanoic acid-linked n-butylarginine meditope variant 提交 2017-08-30 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
1–106（106 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate, pH 4.0, 1.6 M ammonium sulfate
|
分辨率 2.48 Å R-free 0.227 |
| 6AXP Structure of cetuximab with aminoheptanoic acid-linked n-octylarginine meditope variant 提交 2017-09-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–106（106 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate pH 4.0, 1.6 M ammonium sulfate
|
分辨率 2.48 Å R-free 0.228 |
| 6AXP Structure of cetuximab with aminoheptanoic acid-linked n-octylarginine meditope variant 提交 2017-09-07 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
1–106（106 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate pH 4.0, 1.6 M ammonium sulfate
|
分辨率 2.48 Å R-free 0.228 |
| 6AYN Structure of cetuximab with aminoheptanoic acid-linked N-(3-aminopropyl)-L-arginine meditope variant 提交 2017-09-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–106（106 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M citrate pH 5, 1.6 M ammonium sulfate
|
分辨率 2.48 Å R-free 0.222 |
| 6AYN Structure of cetuximab with aminoheptanoic acid-linked N-(3-aminopropyl)-L-arginine meditope variant 提交 2017-09-08 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
1–106（106 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M citrate pH 5, 1.6 M ammonium sulfate
|
分辨率 2.48 Å R-free 0.222 |
| 6AZK Structure of cetuximab with aminoheptanoic acid-linked N-(3-hydroxypropyl)-L-arginine meditope variant 提交 2017-09-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–106（106 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M citrate pH 5, 1.8 M ammonium sulfate
|
分辨率 2.48 Å R-free 0.213 |
| 6AZK Structure of cetuximab with aminoheptanoic acid-linked N-(3-hydroxypropyl)-L-arginine meditope variant 提交 2017-09-11 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
1–106（106 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M citrate pH 5, 1.8 M ammonium sulfate
|
分辨率 2.48 Å R-free 0.213 |
| 6AZL Structure of cetuximab with aminoheptanoic acid-linked N-carboxyethylarginine meditope variant 提交 2017-09-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–106（106 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M citrate pH 5.5, 1.8 M ammonium sulfate
|
分辨率 2.48 Å R-free 0.216 |
| 6AZL Structure of cetuximab with aminoheptanoic acid-linked N-carboxyethylarginine meditope variant 提交 2017-09-11 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
1–106（106 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M citrate pH 5.5, 1.8 M ammonium sulfate
|
分辨率 2.48 Å R-free 0.216 |
| 6B9Y Trastuzumab Fab v3 in complex with 5-phenyl meditope variant 提交 2017-10-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
1–107（107 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Tris pH 7.5, 15% PEG3350, 24 mM NaCl
|
分辨率 2.14 Å R-free 0.218 |
| 6B9Z Trastuzumab Fab v3 提交 2017-10-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–107（107 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Tris, pH 7.5, 24 mM NaCl, 15% PEG3350
|
分辨率 1.82 Å R-free 0.189 |
| 6BAE Trastuzumab Fab v3 in complex with CQFDLSTRRLKC 提交 2017-10-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
1–107（107 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Tris pH 7.5, 24 mM NaCl, 15% PEG 3350
|
分辨率 2.14 Å R-free 0.224 |
| 6BAH Trastuzumab Fab v3 with 5-diphenyl meditope variant 提交 2017-10-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
1–107（107 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Tris, pH 7.5, 24 mM NaCl, 15% PEG 3350
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.194 |
| 6OGE Cryo-EM structure of Her2 extracellular domain-Trastuzumab Fab-Pertuzumab Fab complex 提交 2019-04-02 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 B
1–107（107 aa）
链 D
1–107（107 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.36 Å |
| 6OKP B41 SOSIP.664 in complex with the silent-face antibody SF12 and V3-targeting antibody 10-1074 提交 2019-04-14 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric（14） 与蛋白数一致 |
链 N
1–107（107 aa）
链 P
1–107（107 aa）
链 R
1–107（107 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；0 blot force, 3 second blot time, 3 uL sample added to freshly glow-discharged grids
|
分辨率 3.28 Å |
| 7CZY S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with P5A-2F11_2B 提交 2020-09-09 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 K
1–107（107 aa）
链 N
1–107（107 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7CZZ S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with P5A-2F11_3B 提交 2020-09-09 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 K
1–107（107 aa）
链 M
1–107（107 aa）
链 N
1–107（107 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7XQ8 Structure of human B-cell antigen receptor of the IgM isotype 提交 2022-05-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 L
1–107（107 aa）
链 R
1–107（107 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8C1C Structure of IgE bound to the ectodomain of FceRIa 提交 2022-12-20 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 L
1–107（107 aa）
链 Y
1–107（107 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 8DAO Crystal structure of SARS-CoV-2 spike stem fusion peptide in complex with neutralizing antibody COV44-79 提交 2022-06-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 F
1–107（107 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.1 M Tris, pH 8.5, 0.01 M nickel (II) chloride, and 20% PEG monomethyl ether 2000
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.284 |
| 8DAO Crystal structure of SARS-CoV-2 spike stem fusion peptide in complex with neutralizing antibody COV44-79 提交 2022-06-13 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 H
1–107（107 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.1 M Tris, pH 8.5, 0.01 M nickel (II) chloride, and 20% PEG monomethyl ether 2000
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.284 |