当前蛋白身份：P02698
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1A0R HETEROTRIMERIC COMPLEX OF PHOSDUCIN/TRANSDUCIN BETA-GAMMA 提交 1997-12-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 G
1–65（65 aa）
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未记录 | FAR FARNESYL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.8；277 K；THE PROTEIN COMPLEX (10 MG/ML SOLUTION) WAS CRYSTALLIZED FROM 400 MM SODIUM CACODYLATE (PH 6.8), 1 MM ZINC CHLORIDE, 25 % ETHYLENE GLYCOL, 12 % PEG 8000, BY MICROBATCH CRYSTALLIZATION AT 4 DEGREES C., microbatch, temperature 277K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.264 |
| 1B9X STRUCTURAL ANALYSIS OF PHOSDUCIN AND ITS PHOSPHORYLATION-REGULATED INTERACTION WITH TRANSDUCIN 提交 1999-02-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
1–67（67 aa）
片段：LYS-C RESISTANT FRAGMENT, THE GAMMA SUBUNIT CLEAVED AFTER RESIDUE 68
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未记录 | GD GADOLINIUM ATOM × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
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分辨率 3.00 Å R-free 0.261 |
| 1B9Y STRUCTURAL ANALYSIS OF PHOSDUCIN AND ITS PHOSPHORYLATION-REGULATED INTERACTION WITH TRANSDUCIN BETA-GAMMA 提交 1999-02-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
1–67（67 aa）
片段：LYS-C RESISTANT FRAGMENT, THE GAMMA SUBUNIT CLEAVED AFTER RESIDUE 68
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未记录 | GD GADOLINIUM ATOM × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
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分辨率 3.00 Å R-free 0.266 |
| 1GOT HETEROTRIMERIC COMPLEX OF A GT-ALPHA/GI-ALPHA CHIMERA AND THE GT-BETA-GAMMA SUBUNITS 提交 1996-08-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 G
1–65（65 aa）
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未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；10 MG/ML OF HETEROTRIMERIC COMPLEX WERE MIXED 1:1 WITH WELL SOLUTION CONTAINING 10% PEG-8000, 50 MM TRIS, PH 8.0, 10% GLYCEROL, 50 MM NACL, .1 MM MERCAPTOETHANOL. MIXTURE EQUILIBRATED VS WELL SOLUTION IN HANGING DROPS AT 4 DEGREES C., vapor diffusion - hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.295 |
| 1MF6 Transducin gamma subunit, C-terminal domain 60-71, rhodopsin-bound state: Ensemble of 15 models determined by TrNOE spectroscopy 提交 2002-08-09 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
60–71（12 aa）
片段：Residues 60-71
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；277 K
NMR样品组成
0.1 mM Rhodopsin, 2 mM peptide DKNPFKELKGGC-farnesyl. | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供 |
| 1TBG BETA-GAMMA DIMER OF THE HETEROTRIMERIC G-PROTEIN TRANSDUCIN 提交 1996-06-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 E
1–67（67 aa）
片段：GAMMA-1 SUBUNIT
链 F
1–67（67 aa）
片段：GAMMA-1 SUBUNIT
链 G
1–67（67 aa）
片段：GAMMA-1 SUBUNIT
链 H
1–67（67 aa）
片段：GAMMA-1 SUBUNIT
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；277 K；15-20 MG/ML PROTEIN MIXED 1:1 WITH WELL SOLUTION (10MM FUMARATE, PH 4.2, 10MM MGSO4, 2MM GDCL3, 5% W/V GLYCEROL, 5% W/V PEG 4000, 15MM BETA-MERCAPTOETHANOL. MIXTURE EQUILIBRATED VS. WELL SOLUTION IN HANGING DROPS AT 4 DEGREES CELSIUS., vapor diffusion - hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.306 |
| 1TBG BETA-GAMMA DIMER OF THE HETEROTRIMERIC G-PROTEIN TRANSDUCIN 提交 1996-06-15 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 G
1–67（67 aa）
片段：GAMMA-1 SUBUNIT
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；277 K；15-20 MG/ML PROTEIN MIXED 1:1 WITH WELL SOLUTION (10MM FUMARATE, PH 4.2, 10MM MGSO4, 2MM GDCL3, 5% W/V GLYCEROL, 5% W/V PEG 4000, 15MM BETA-MERCAPTOETHANOL. MIXTURE EQUILIBRATED VS. WELL SOLUTION IN HANGING DROPS AT 4 DEGREES CELSIUS., vapor diffusion - hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.306 |
| 1TBG BETA-GAMMA DIMER OF THE HETEROTRIMERIC G-PROTEIN TRANSDUCIN 提交 1996-06-15 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 F
1–67（67 aa）
片段：GAMMA-1 SUBUNIT
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；277 K；15-20 MG/ML PROTEIN MIXED 1:1 WITH WELL SOLUTION (10MM FUMARATE, PH 4.2, 10MM MGSO4, 2MM GDCL3, 5% W/V GLYCEROL, 5% W/V PEG 4000, 15MM BETA-MERCAPTOETHANOL. MIXTURE EQUILIBRATED VS. WELL SOLUTION IN HANGING DROPS AT 4 DEGREES CELSIUS., vapor diffusion - hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.306 |
| 1TBG BETA-GAMMA DIMER OF THE HETEROTRIMERIC G-PROTEIN TRANSDUCIN 提交 1996-06-15 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 H
1–67（67 aa）
片段：GAMMA-1 SUBUNIT
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；277 K；15-20 MG/ML PROTEIN MIXED 1:1 WITH WELL SOLUTION (10MM FUMARATE, PH 4.2, 10MM MGSO4, 2MM GDCL3, 5% W/V GLYCEROL, 5% W/V PEG 4000, 15MM BETA-MERCAPTOETHANOL. MIXTURE EQUILIBRATED VS. WELL SOLUTION IN HANGING DROPS AT 4 DEGREES CELSIUS., vapor diffusion - hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.306 |
| 1TBG BETA-GAMMA DIMER OF THE HETEROTRIMERIC G-PROTEIN TRANSDUCIN 提交 1996-06-15 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
1–67（67 aa）
片段：GAMMA-1 SUBUNIT
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；277 K；15-20 MG/ML PROTEIN MIXED 1:1 WITH WELL SOLUTION (10MM FUMARATE, PH 4.2, 10MM MGSO4, 2MM GDCL3, 5% W/V GLYCEROL, 5% W/V PEG 4000, 15MM BETA-MERCAPTOETHANOL. MIXTURE EQUILIBRATED VS. WELL SOLUTION IN HANGING DROPS AT 4 DEGREES CELSIUS., vapor diffusion - hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.306 |
| 2TRC PHOSDUCIN/TRANSDUCIN BETA-GAMMA COMPLEX 提交 1997-01-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 G
1–67（67 aa）
片段：LYS-C RESISTANT FRAGMENT, THE GAMMA SUBUNIT CLEAVED AFTER RESIDUE 68
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未记录 | GD GADOLINIUM ATOM × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；THE PROTEIN COMPLEX (10 MG/ML SOLUTION) WAS CRYSTALLIZED FROM 50 MM SODIUM CITRATE (PH 5.0), 150 MM MAGNESIUM ACETATE, 9.5% PEG 8000, BY HANGING DROP METHOD AT 4 DEGREES C., vapor diffusion - hanging drop, temperature 277K
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分辨率 2.40 Å R-free 0.277 |
| 5KDO Heterotrimeric complex of the 4 alanine insertion variant of the Gi alpha1 subunit and the Gbeta1-Ggamma1 提交 2016-06-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 G
1–74（74 aa）
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未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；19-24 % PEG 8000, 1-5% 2-propanolol, 1% OG, 100 mM HEPES (pH 7.0) and 100 mM NaOAc (pH 6.4)
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分辨率 1.90 Å R-free 0.208 |
| 6B20 Crystal structure of a complex between G protein beta gamma dimer and an inhibitory Nanobody regulator 提交 2017-09-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
7–66（60 aa）
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未记录 | UNX UNKNOWN LIGAND × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；277.15 K；25-30% (w/v) PEG 3350 in 0.1-0.2 M Bis-Tris-HCl, pH 5.5-5.7, and 0.2-0.3 M MgCl2
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分辨率 2.34 Å R-free 0.249 |
| 6B20 Crystal structure of a complex between G protein beta gamma dimer and an inhibitory Nanobody regulator 提交 2017-09-19 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
7–66（60 aa）
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未记录 | UNX UNKNOWN LIGAND × 5 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；277.15 K；25-30% (w/v) PEG 3350 in 0.1-0.2 M Bis-Tris-HCl, pH 5.5-5.7, and 0.2-0.3 M MgCl2
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.249 |
| 6OY9 Structure of the Rhodopsin-Transducin Complex 提交 2019-05-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 G
2–74（73 aa）
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未记录 | RET RETINAL × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.90 Å |
| 6OYA Structure of the Rhodopsin-Transducin-Nanobody Complex 提交 2019-05-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 G
2–74（73 aa）
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未记录 | RET RETINAL × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot for 1 second before plunging; avoid light as much as possible.
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分辨率 3.30 Å |
| 6QNO Rhodopsin-Gi protein complex 提交 2019-02-11 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 G
1–74（74 aa）
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未记录 | RET RETINAL × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；The detergent lauryl-maltose neopentyl glycol (LMNG) was used before the last purification step by gel filtration. In the gel filtration, detergent-free buffer was used.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 4.38 Å |
| 7O7F Structural basis of the activation of the CC chemokine receptor 5 by a chemokine agonist 提交 2021-04-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 G
1–74（74 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.15 Å |
| 8P12 Cryo-EM structure of Rhodopsin-Gi bound to antibody fragment Fab13 提交 2023-05-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 G
1–74（74 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM HEPES (pH 7.5), 100 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.21 Å |
| 8P13 Cryo-EM structure of Rhodopsin-Gi bound with antibody fragments scFv16 and Fab79, conformation 1 提交 2023-05-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 G
1–74（74 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM HEPES (pH 7.5), 100 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 5.20 Å |
| 8P15 Cryo-EM structure of Rhodopsin-Gi bound with antibody fragments scFv16 and Fab79, conformation 2 提交 2023-05-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 G
1–74（74 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM HEPES (pH 7.5), 100 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 5.90 Å |
| 9EPR Cryo-EM Structure of Jumping Spider Rhodopsin-1 bound to a Gi heterotrimer 提交 2024-03-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 G
1–74（74 aa）
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未记录 | RET RETINAL × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 4.90 Å |