当前蛋白身份：P03775
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1S7Z Structure of Ocr from Bacteriophage T7 提交 2004-01-30 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–117（117 aa）
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CS CESIUM ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；291 K；32%PEG-8000, 0.1M Tris-HCl, 0.2M caesium chloride, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 1.83 Å R-free 0.239 |
| 1S7Z Structure of Ocr from Bacteriophage T7 提交 2004-01-30 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–117（117 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CS CESIUM ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；291 K；32%PEG-8000, 0.1M Tris-HCl, 0.2M caesium chloride, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 1.83 Å R-free 0.239 |
| 1S7Z Structure of Ocr from Bacteriophage T7 提交 2004-01-30 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–117（117 aa）
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CS CESIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；291 K；32%PEG-8000, 0.1M Tris-HCl, 0.2M caesium chloride, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 1.83 Å R-free 0.239 |
| 2Y7C Atomic model of the Ocr-bound methylase complex from the Type I restriction-modification enzyme EcoKI (M2S1). Based on fitting into EM map 1534. 提交 2011-01-31 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 D
1–116（116 aa）
链 E
1–116（116 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
20MM TRIS-CL, 100 MM NACL；pH 4.7；20MM TRIS-CL, 100 MM NACL
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分辨率 18.00 Å |
| 6R9B Cryo-EM structure of bacterial RNAP with a DNA mimic protein Ocr from T7 phage 提交 2019-04-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 F
1–117（117 aa）
链 G
1–117（117 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.80 Å |
| 6R9G Structural basis of transcription inhibition by the DNA mimic Ocr protein of bacteriophage T7 提交 2019-04-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 F
1–117（117 aa）
链 G
1–117（117 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 7BST EcoR124I-Ocr in the Intermediate State 提交 2020-03-31 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 F
1–117（117 aa）
链 G
1–117（117 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 4.37 Å |
| 7BTP EcoR124I-Ocr in Restriction-Alleviation State 提交 2020-04-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 D
1–117（117 aa）
链 F
1–117（117 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.01 Å |
| 7EEW Crystal structure of the intact MTase from Vibrio vulnificus YJ016 in complex with the DNA-mimicking Ocr protein and the S-adenosyl-L-homocysteine (SAH) 提交 2021-03-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
1–117（117 aa）
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未记录 | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；20% (w/v) polyethylene glycol 6000, 0.1 M sodium chloride, 0.1 M HEPES pH 8.5
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分辨率 2.90 Å R-free 0.293 |
| 8Q56 PglX methyltransferase of Salmonella BREX phage defence system (aka BrxX) bound to inhibitor Ocr 提交 2023-08-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
1–117（117 aa）
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未记录 | SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；293 K；0.1 M NaCl, 0.1 M KCl, 14% PEG 4000, 6% MPD
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.292 |
| 8V45 CryoEM structure of AriA-Ocr complex 提交 2023-11-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 O
1–117（117 aa）
链 P
1–117（117 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.63 Å |
| 8ZEK Cryo-EM structure of the E. coli BrxX methyltransferase complexed with Ocr 提交 2024-05-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
1–117（117 aa）
链 C
1–117（117 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.15 Å |
| 9EX7 Cryo-EM structure of the E. coli BrxX methyltransferase in complex with Ocr 提交 2024-04-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
1–117（117 aa）
链 D
1–117（117 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.91 Å |