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Protein Structures and Oligomeric States

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Current Protein Identity：P04133 New Search
12PDB entries
27Biological assembly
244chain/assembly records
Main Difference Dimensions in This Set
Different construct Different assembly state Different ligand/ion Different experimental method Different experimental conditions Different structure-quality metrics

Difference tags compare only the current result set; every original PDB and assembly record remains separate.

Related-Structure Differences

Each row represents one biological assembly in one PDB entry; multiple monomers of the same protein are listed separately.

PDB Entry Assembly / Oligomeric State Construct Mutations and Modifications Ligands, Ions and Non-polymers Experimental Method Experimental Conditions Structure Quality
1P30 Refinement of Adenovirus Type 5 Hexon with CNS Deposited 2003-04-16 Assembly 1 Protein homooligomer Homooligomer；Protein × 3 PDB declaration: trimeric（3） Consistent with protein count
Chain A 1–951（951 aa）
Not recorded No recorded non-water small molecule X-RAY DIFFRACTION
X-ray crystallization conditions VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.2；298 K；0.5 SODIUM CITRATE , pH 3.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
Resolution 2.50 Å R-free 0.207
3TG7 Crystal structure of Adenovirus serotype 5 hexon at 1.6A resolution Deposited 2011-08-17 Assembly 1 Protein homooligomer Homooligomer；Protein × 3 PDB declaration: trimeric（3） Consistent with protein count
Chain A 2–952（951 aa）
Not recorded No recorded non-water small molecule X-RAY DIFFRACTION
X-ray crystallization conditions VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；14% PEG 6000 in Bis-tris propane buffer., pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
Resolution 1.57 Å R-free 0.223
4V4U The quasi-atomic model of Human Adenovirus type 5 capsid Deposited 2005-03-03 Assembly 1 Protein heterocomplex Heteromer；Protein × 840 PDB declaration: 840-meric（840） Consistent with protein count
Chain F 1–951（951 aa）
Chain G 1–951（951 aa）
Chain H 1–951（951 aa）
Chain I 1–951（951 aa）
Chain J 1–951（951 aa）
Chain K 1–951（951 aa）
Chain L 1–951（951 aa）
Chain M 1–951（951 aa）
Chain N 1–951（951 aa）
Chain O 1–951（951 aa）
Chain P 1–951（951 aa）
Chain Q 1–951（951 aa）
Not recorded No recorded non-water small molecule ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM buffer TRIS；pH 7.5；TRIS
cryo-EM vitrification conditions Cryogen ETHANE；LIQUID ETHANE
Resolution 10.00 Å
4V4U The quasi-atomic model of Human Adenovirus type 5 capsid Deposited 2005-03-03 Assembly 2 Protein heterocomplex Heteromer；Protein × 22 PDB declaration: 22-meric（22） Consistent with protein count
Chain F 1–951（951 aa）
Chain G 1–951（951 aa）
Chain H 1–951（951 aa）
Chain I 1–951（951 aa）
Chain J 1–951（951 aa）
Chain K 1–951（951 aa）
Chain L 1–951（951 aa）
Chain M 1–951（951 aa）
Chain N 1–951（951 aa）
Chain O 1–951（951 aa）
Chain P 1–951（951 aa）
Chain Q 1–951（951 aa）
Not recorded No recorded non-water small molecule ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM buffer TRIS；pH 7.5；TRIS
cryo-EM vitrification conditions Cryogen ETHANE；LIQUID ETHANE
Resolution 10.00 Å
4V4U The quasi-atomic model of Human Adenovirus type 5 capsid Deposited 2005-03-03 Assembly 3 Protein heterocomplex Heteromer；Protein × 22 PDB declaration: 22-meric（22） Consistent with protein count
Chain F 1–951（951 aa）
Chain G 1–951（951 aa）
Chain H 1–951（951 aa）
Chain I 1–951（951 aa）
Chain J 1–951（951 aa）
Chain K 1–951（951 aa）
Chain L 1–951（951 aa）
Chain M 1–951（951 aa）
Chain N 1–951（951 aa）
Chain O 1–951（951 aa）
Chain P 1–951（951 aa）
Chain Q 1–951（951 aa）
Not recorded No recorded non-water small molecule ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM buffer TRIS；pH 7.5；TRIS
cryo-EM vitrification conditions Cryogen ETHANE；LIQUID ETHANE
Resolution 10.00 Å
5LDN A viral capsid:antibody complex Deposited 2016-06-27 Assembly 1 Protein heterocomplex Heteromer；Protein × 3 PDB declaration: trimeric（3） Consistent with protein count
Chain A 8–947（940 aa）
Not recorded No recorded non-water small molecule X-RAY DIFFRACTION
X-ray crystallization conditions VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；PEG 4000, sodium chloride,
Resolution 2.70 Å R-free 0.223
5OGI Complex of a binding protein and human adenovirus C 5 hexon Deposited 2017-07-13 Assembly 1 Protein heterocomplex Heteromer；Protein × 2 PDB declaration: dimeric（2） Consistent with protein count
Chain A 1–952（952 aa）
Not recorded SO4 SULFATE ION × 7 DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 10 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray crystallization conditions VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；1.6 M (NH4)2SO4, 10 % dioxane, 0.1 M MES pH 6.5
Resolution 2.80 Å R-free 0.235
6B1T Improved cryoEM structure of human adenovirus type 5 with atomic details of minor proteins VI and VII Deposited 2017-09-18 Assembly 1 Protein heterocomplex Heteromer；Protein × 1500 PDB declaration: 1500-meric（1500） Consistent with protein count
Chain A 1–952（952 aa）
Chain B 1–952（952 aa）
Chain C 1–952（952 aa）
Chain D 1–952（952 aa）
Chain E 1–952（952 aa）
Chain F 1–952（952 aa）
Chain G 1–952（952 aa）
Chain H 1–952（952 aa）
Chain I 1–952（952 aa）
Chain J 1–952（952 aa）
Chain K 1–952（952 aa）
Chain L 1–952（952 aa）
Not recorded No recorded non-water small molecule ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM buffer pH 7.4
cryo-EM vitrification conditions Cryogen ETHANE
Resolution 3.20 Å
6B1T Improved cryoEM structure of human adenovirus type 5 with atomic details of minor proteins VI and VII Deposited 2017-09-18 Assembly 2 Protein heterocomplex Heteromer；Protein × 25 PDB declaration: 25-meric（25） Consistent with protein count
Chain A 1–952（952 aa）
Chain B 1–952（952 aa）
Chain C 1–952（952 aa）
Chain D 1–952（952 aa）
Chain E 1–952（952 aa）
Chain F 1–952（952 aa）
Chain G 1–952（952 aa）
Chain H 1–952（952 aa）
Chain I 1–952（952 aa）
Chain J 1–952（952 aa）
Chain K 1–952（952 aa）
Chain L 1–952（952 aa）
Not recorded No recorded non-water small molecule ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM buffer pH 7.4
cryo-EM vitrification conditions Cryogen ETHANE
Resolution 3.20 Å
6B1T Improved cryoEM structure of human adenovirus type 5 with atomic details of minor proteins VI and VII Deposited 2017-09-18 Assembly 3 Protein heterocomplex Heteromer；Protein × 125 PDB declaration: 125-meric（125） Consistent with protein count
Chain A 1–952（952 aa）
Chain B 1–952（952 aa）
Chain C 1–952（952 aa）
Chain D 1–952（952 aa）
Chain E 1–952（952 aa）
Chain F 1–952（952 aa）
Chain G 1–952（952 aa）
Chain H 1–952（952 aa）
Chain I 1–952（952 aa）
Chain J 1–952（952 aa）
Chain K 1–952（952 aa）
Chain L 1–952（952 aa）
Not recorded No recorded non-water small molecule ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM buffer pH 7.4
cryo-EM vitrification conditions Cryogen ETHANE
Resolution 3.20 Å
6B1T Improved cryoEM structure of human adenovirus type 5 with atomic details of minor proteins VI and VII Deposited 2017-09-18 Assembly 4 Protein heterocomplex Heteromer；Protein × 150 PDB declaration: 150-meric（150） Consistent with protein count
Chain A 1–952（952 aa）
Chain B 1–952（952 aa）
Chain C 1–952（952 aa）
Chain D 1–952（952 aa）
Chain E 1–952（952 aa）
Chain F 1–952（952 aa）
Chain G 1–952（952 aa）
Chain H 1–952（952 aa）
Chain I 1–952（952 aa）
Chain J 1–952（952 aa）
Chain K 1–952（952 aa）
Chain L 1–952（952 aa）
Not recorded No recorded non-water small molecule ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM buffer pH 7.4
cryo-EM vitrification conditions Cryogen ETHANE
Resolution 3.20 Å
6B1T Improved cryoEM structure of human adenovirus type 5 with atomic details of minor proteins VI and VII Deposited 2017-09-18 Assembly 5 Protein heterocomplex Heteromer；Protein × 25 PDB declaration: 25-meric（25） Consistent with protein count
Chain A 1–952（952 aa）
Chain B 1–952（952 aa）
Chain C 1–952（952 aa）
Chain D 1–952（952 aa）
Chain E 1–952（952 aa）
Chain F 1–952（952 aa）
Chain G 1–952（952 aa）
Chain H 1–952（952 aa）
Chain I 1–952（952 aa）
Chain J 1–952（952 aa）
Chain K 1–952（952 aa）
Chain L 1–952（952 aa）
Not recorded No recorded non-water small molecule ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM buffer pH 7.4
cryo-EM vitrification conditions Cryogen ETHANE
Resolution 3.20 Å
6CGV Revised crystal structure of human adenovirus Deposited 2018-02-21 Assembly 1 Protein heterocomplex Heteromer；Protein × 1260 PDB declaration: 1260-meric（1260） Consistent with protein count
Chain A 4–952（949 aa）
Chain B 4–952（949 aa）
Chain C 4–952（949 aa）
Chain D 4–952（949 aa）
Chain E 4–952（949 aa）
Chain F 4–952（949 aa）
Chain G 4–952（949 aa）
Chain H 4–952（949 aa）
Chain I 4–952（949 aa）
Chain J 4–952（949 aa）
Chain K 4–952（949 aa）
Chain L 4–952（949 aa）
Not recorded No recorded non-water small molecule X-RAY DIFFRACTION
X-ray crystallization conditions VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；100MM HEPES PH 7.0, 200MM CALCIUM ACETATE, 14% PEG550 MME, 15% GLYCEROL.
Resolution 3.80 Å R-free 0.427
6CGV Revised crystal structure of human adenovirus Deposited 2018-02-21 Assembly 2 Protein heterocomplex Heteromer；Protein × 21 PDB declaration: 21-meric（21） Consistent with protein count
Chain A 4–952（949 aa）
Chain B 4–952（949 aa）
Chain C 4–952（949 aa）
Chain D 4–952（949 aa）
Chain E 4–952（949 aa）
Chain F 4–952（949 aa）
Chain G 4–952（949 aa）
Chain H 4–952（949 aa）
Chain I 4–952（949 aa）
Chain J 4–952（949 aa）
Chain K 4–952（949 aa）
Chain L 4–952（949 aa）
Not recorded No recorded non-water small molecule X-RAY DIFFRACTION
X-ray crystallization conditions VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；100MM HEPES PH 7.0, 200MM CALCIUM ACETATE, 14% PEG550 MME, 15% GLYCEROL.
Resolution 3.80 Å R-free 0.427
6CGV Revised crystal structure of human adenovirus Deposited 2018-02-21 Assembly 3 Protein heterocomplex Heteromer；Protein × 105 PDB declaration: 105-meric（105） Consistent with protein count
Chain A 4–952（949 aa）
Chain B 4–952（949 aa）
Chain C 4–952（949 aa）
Chain D 4–952（949 aa）
Chain E 4–952（949 aa）
Chain F 4–952（949 aa）
Chain G 4–952（949 aa）
Chain H 4–952（949 aa）
Chain I 4–952（949 aa）
Chain J 4–952（949 aa）
Chain K 4–952（949 aa）
Chain L 4–952（949 aa）
Not recorded No recorded non-water small molecule X-RAY DIFFRACTION
X-ray crystallization conditions VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；100MM HEPES PH 7.0, 200MM CALCIUM ACETATE, 14% PEG550 MME, 15% GLYCEROL.
Resolution 3.80 Å R-free 0.427
6CGV Revised crystal structure of human adenovirus Deposited 2018-02-21 Assembly 4 Protein heterocomplex Heteromer；Protein × 126 PDB declaration: 126-meric（126） Consistent with protein count
Chain A 4–952（949 aa）
Chain B 4–952（949 aa）
Chain C 4–952（949 aa）
Chain D 4–952（949 aa）
Chain E 4–952（949 aa）
Chain F 4–952（949 aa）
Chain G 4–952（949 aa）
Chain H 4–952（949 aa）
Chain I 4–952（949 aa）
Chain J 4–952（949 aa）
Chain K 4–952（949 aa）
Chain L 4–952（949 aa）
Not recorded No recorded non-water small molecule X-RAY DIFFRACTION
X-ray crystallization conditions VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；100MM HEPES PH 7.0, 200MM CALCIUM ACETATE, 14% PEG550 MME, 15% GLYCEROL.
Resolution 3.80 Å R-free 0.427
6CGV Revised crystal structure of human adenovirus Deposited 2018-02-21 Assembly 5 Protein heterocomplex Heteromer；Protein × 21 PDB declaration: 21-meric（21） Consistent with protein count
Chain A 4–952（949 aa）
Chain B 4–952（949 aa）
Chain C 4–952（949 aa）
Chain D 4–952（949 aa）
Chain E 4–952（949 aa）
Chain F 4–952（949 aa）
Chain G 4–952（949 aa）
Chain H 4–952（949 aa）
Chain I 4–952（949 aa）
Chain J 4–952（949 aa）
Chain K 4–952（949 aa）
Chain L 4–952（949 aa）
Not recorded No recorded non-water small molecule X-RAY DIFFRACTION
X-ray crystallization conditions VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；100MM HEPES PH 7.0, 200MM CALCIUM ACETATE, 14% PEG550 MME, 15% GLYCEROL.
Resolution 3.80 Å R-free 0.427
6CGV Revised crystal structure of human adenovirus Deposited 2018-02-21 Assembly 6 Protein heterocomplex Heteromer；Protein × 1260 PDB declaration: 1260-meric（1260） Consistent with protein count
Chain A 4–952（949 aa）
Chain B 4–952（949 aa）
Chain C 4–952（949 aa）
Chain D 4–952（949 aa）
Chain E 4–952（949 aa）
Chain F 4–952（949 aa）
Chain G 4–952（949 aa）
Chain H 4–952（949 aa）
Chain I 4–952（949 aa）
Chain J 4–952（949 aa）
Chain K 4–952（949 aa）
Chain L 4–952（949 aa）
Not recorded No recorded non-water small molecule X-RAY DIFFRACTION
X-ray crystallization conditions VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；100MM HEPES PH 7.0, 200MM CALCIUM ACETATE, 14% PEG550 MME, 15% GLYCEROL.
Resolution 3.80 Å R-free 0.427
6EQC Cryo-EM reconstruction of a complex of a binding protein and human adenovirus C5 hexon Deposited 2017-10-12 Assembly 1 Protein heterocomplex Heteromer；Protein × 6 PDB declaration: hexameric（6） Consistent with protein count
Chain A 1–952（952 aa）
Chain B 1–952（952 aa）
Chain C 1–952（952 aa）
Not recorded No recorded non-water small molecule ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM buffer pH 7.4
cryo-EM vitrification conditions Cryogen ETHANE
Resolution 7.40 Å
7S78 Structure of a cell-entry defective human adenovirus provides insights into precursor proteins and capsid maturation Deposited 2021-09-15 Assembly 1 Protein heterocomplex Heteromer；Protein × 1860 PDB declaration: 1860-meric（1860） Consistent with protein count
Chain A 1–952（952 aa）
Chain B 1–952（952 aa）
Chain C 1–952（952 aa）
Chain D 1–952（952 aa）
Chain E 1–952（952 aa）
Chain F 1–952（952 aa）
Chain G 1–952（952 aa）
Chain H 1–952（952 aa）
Chain I 1–952（952 aa）
Chain J 1–952（952 aa）
Chain K 1–952（952 aa）
Chain L 1–952（952 aa）
Not recorded No recorded non-water small molecule ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM buffer pH 8.1；40 mM Tris, pH 8.1
cryo-EM vitrification conditions Cryogen ETHANE
Resolution 3.72 Å
7S78 Structure of a cell-entry defective human adenovirus provides insights into precursor proteins and capsid maturation Deposited 2021-09-15 Assembly 2 Protein heterocomplex Heteromer；Protein × 31 PDB declaration: 31-meric（31） Consistent with protein count
Chain A 1–952（952 aa）
Chain B 1–952（952 aa）
Chain C 1–952（952 aa）
Chain D 1–952（952 aa）
Chain E 1–952（952 aa）
Chain F 1–952（952 aa）
Chain G 1–952（952 aa）
Chain H 1–952（952 aa）
Chain I 1–952（952 aa）
Chain J 1–952（952 aa）
Chain K 1–952（952 aa）
Chain L 1–952（952 aa）
Not recorded No recorded non-water small molecule ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM buffer pH 8.1；40 mM Tris, pH 8.1
cryo-EM vitrification conditions Cryogen ETHANE
Resolution 3.72 Å
7S78 Structure of a cell-entry defective human adenovirus provides insights into precursor proteins and capsid maturation Deposited 2021-09-15 Assembly 3 Protein heterocomplex Heteromer；Protein × 155 PDB declaration: 155-meric（155） Consistent with protein count
Chain A 1–952（952 aa）
Chain B 1–952（952 aa）
Chain C 1–952（952 aa）
Chain D 1–952（952 aa）
Chain E 1–952（952 aa）
Chain F 1–952（952 aa）
Chain G 1–952（952 aa）
Chain H 1–952（952 aa）
Chain I 1–952（952 aa）
Chain J 1–952（952 aa）
Chain K 1–952（952 aa）
Chain L 1–952（952 aa）
Not recorded No recorded non-water small molecule ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM buffer pH 8.1；40 mM Tris, pH 8.1
cryo-EM vitrification conditions Cryogen ETHANE
Resolution 3.72 Å
7S78 Structure of a cell-entry defective human adenovirus provides insights into precursor proteins and capsid maturation Deposited 2021-09-15 Assembly 4 Protein heterocomplex Heteromer；Protein × 186 PDB declaration: 186-meric（186） Consistent with protein count
Chain A 1–952（952 aa）
Chain B 1–952（952 aa）
Chain C 1–952（952 aa）
Chain D 1–952（952 aa）
Chain E 1–952（952 aa）
Chain F 1–952（952 aa）
Chain G 1–952（952 aa）
Chain H 1–952（952 aa）
Chain I 1–952（952 aa）
Chain J 1–952（952 aa）
Chain K 1–952（952 aa）
Chain L 1–952（952 aa）
Not recorded No recorded non-water small molecule ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM buffer pH 8.1；40 mM Tris, pH 8.1
cryo-EM vitrification conditions Cryogen ETHANE
Resolution 3.72 Å
7S78 Structure of a cell-entry defective human adenovirus provides insights into precursor proteins and capsid maturation Deposited 2021-09-15 Assembly 5 Protein heterocomplex Heteromer；Protein × 31 PDB declaration: 31-meric（31） Consistent with protein count
Chain A 1–952（952 aa）
Chain B 1–952（952 aa）
Chain C 1–952（952 aa）
Chain D 1–952（952 aa）
Chain E 1–952（952 aa）
Chain F 1–952（952 aa）
Chain G 1–952（952 aa）
Chain H 1–952（952 aa）
Chain I 1–952（952 aa）
Chain J 1–952（952 aa）
Chain K 1–952（952 aa）
Chain L 1–952（952 aa）
Not recorded No recorded non-water small molecule ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM buffer pH 8.1；40 mM Tris, pH 8.1
cryo-EM vitrification conditions Cryogen ETHANE
Resolution 3.72 Å
8Q7C Cryo-EM structure of Adenovirus C5 hexon Deposited 2023-08-16 Assembly 1 Protein homooligomer Homooligomer；Protein × 3 PDB declaration: trimeric（3） Consistent with protein count
Chain A 1–952（952 aa）
Chain B 1–952（952 aa）
Chain C 1–952（952 aa）
Not recorded No recorded non-water small molecule ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM buffer pH 7.2
cryo-EM vitrification conditions Cryogen ETHANE
Resolution 2.90 Å
9CLI Cryo-EM model derived from localized reconstruction of human adenovirus (Ad5)-hexon-FX complex at 3.6A resolution Deposited 2024-07-11 Assembly 1 Protein heterocomplex Heteromer；Protein × 4 PDB declaration: tetrameric（4） Consistent with protein count
Chain J 1–952（952 aa）
Chain K 1–952（952 aa）
Chain L 1–952（952 aa）
Not recorded CA CALCIUM ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM buffer pH 7.2
cryo-EM vitrification conditions Cryogen ETHANE
Resolution 3.61 Å
9CLN Cryo-EM model derived from localized reconstruction of human adenovirus 5 (Ad5)-hexon-FII complex at 3.9A resolution Deposited 2024-07-11 Assembly 1 Protein heterocomplex Heteromer；Protein × 4 PDB declaration: tetrameric（4） Consistent with protein count
Chain J 1–952（952 aa）
Chain K 1–952（952 aa）
Chain L 1–952（952 aa）
Not recorded CA CALCIUM ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM buffer pH 7.2
cryo-EM vitrification conditions Cryogen ETHANE
Resolution 4.13 Å

This page presents structural evidence recorded in PDB/mmCIF.“No recorded non-water small molecule” does not prove that the experimental sample was ligand-free; experimental conditions belong to the PDB experiment, while ligands and copy counts are shown for each biological assembly.