当前蛋白身份：P04390
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1AZ0 ECORV ENDONUCLEASE/DNA COMPLEX 提交 1997-11-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–244（244 aa）
链 B
1–244（244 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.00K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.246 |
| 1AZ3 ECORV ENDONUCLEASE, UNLIGANDED, FORM B 提交 1997-11-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–244（244 aa）
链 B
1–244（244 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；pH 7.5
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.315 |
| 1AZ4 ECORV ENDONUCLEASE, UNLIGANDED, FORM B, T93A MUTANT 提交 1997-11-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
2–245（244 aa）
链 B
2–245（244 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；pH 7.5
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.337 |
| 1B94 RESTRICTION ENDONUCLEASE ECORV WITH CALCIUM 提交 1999-02-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–244（244 aa）
链 B
1–244（244 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.270 |
| 1B95 ANALYSIS OF A MUTATIONAL HOT-SPOT IN THE ECORV RESTRICTION ENDONUCLEASE: A CATALYTIC ROLE FOR A MAIN CHAIN CARBONYL GROUP 提交 1999-02-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–244（244 aa）
链 B
1–244（244 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.282 |
| 1B96 ANALYSIS OF A MUTATIONAL HOT-SPOT IN THE ECORV RESTRICTION ENDONUCLEASE: A CATALYTIC ROLE FOR A MAIN CHAIN CARBONYL GROUP 提交 1999-02-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–244（244 aa）
链 B
1–244（244 aa）
|
突变：Q69E 突变：Q69E | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.282 |
| 1B97 ANALYSIS OF A MUTATIONAL HOT-SPOT IN THE ECORV RESTRICTION ENDONUCLEASE: A CATALYTIC ROLE FOR A MAIN CHAIN CARBONYL GROUP 提交 1999-02-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–244（244 aa）
链 B
1–244（244 aa）
|
突变：Q69L 突变：Q69L | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.279 |
| 1BGB ECORV ENDONUCLEASE COMPLEX WITH 5'-CGGGATATCCC DNA 提交 1998-05-28 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–244（244 aa）
链 B
1–244（244 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；CRYSTALLIZED FROM 15% PEG 4K, 100 MM IMIDAZOLE, (PH 6.5), 150 MM NACL., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.246 |
| 1BSS ECORV-T93A/DNA/CA2+ 提交 1998-08-30 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–244（244 aa）
链 B
1–244（244 aa）
|
突变：T93A 突变：T93A | CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；pH 7.50
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.246 |
| 1BSU STRUCTURAL AND ENERGETIC ORIGINS OF INDIRECT READOUT IN SITE-SPECIFIC DNA CLEAVAGE BY A RESTRICTION ENDONUCLEASE 提交 1998-08-30 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–244（244 aa）
链 B
1–244（244 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；293 K；pH 7.5, temperature 293K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.258 |
| 1BUA STRUCTURAL AND ENERGETIC ORIGINS OF INDIRECT READOUT IN SITE-SPECIFIC DNA CLEAVAGE BY A RESTRICTION ENDONUCLEASE 提交 1998-09-03 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–244（244 aa）
链 B
1–244（244 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.288 |
| 1EO3 INHIBITION OF ECORV ENDONUCLEASE BY DEOXYRIBO-3'-S-PHOSPHOROTHIOLATES: A HIGH RESOLUTION X-RAY CRYSTALLOGRAPHIC STUDY 提交 2000-03-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–244（244 aa）
链 B
1–244（244 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 4 ACY ACETIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；25% PEG 4000, 0.1M HEPES, 0.15M NaCl, 50 mM MgCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.290 |
| 1EO4 ECORV BOUND TO MN2+ AND COGNATE DNA CONTAINING A 3'S SUBSTITION AT THE CLEAVAGE SITE 提交 2000-03-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–244（244 aa）
链 B
1–244（244 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 5 ACY ACETIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；25% PEG 4000, 0.1M HEPES, 0.15M NaCl, 50 mM MnCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.305 |
| 1EON ECORV BOUND TO 3'-S-PHOSPHOROTHIOLATE DNA AND CA2+ 提交 2000-03-23 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–244（244 aa）
链 B
1–244（244 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 4 ACY ACETIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；25% PEG 4000, 0.1 M HEPES, 0.15 M NaCl, 50m M CaCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.281 |
| 1EOO ECORV BOUND TO COGNATE DNA 提交 2000-03-23 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–244（244 aa）
链 B
1–244（244 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；297 K；1.5 M ammonium sulfate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K
|
分辨率 2.16 Å R-free 0.316 |
| 1EOP ECORV BOUND TO COGNATE DNA 提交 2000-03-23 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–244（244 aa）
链 B
1–244（244 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；290 K；25% PEG 4000, 0.1 M acetate, 0.2 M tartrate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.302 |
| 1RV5 COMPLEX OF ECORV ENDONUCLEASE WITH D(AAAGAT)/D(ATCTT) 提交 1998-06-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–244（244 aa）
链 B
1–244（244 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；pH 7.5
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.272 |
| 1RVA MG2+ BINDING TO THE ACTIVE SITE OF ECO RV ENDONUCLEASE: A CRYSTALLOGRAPHIC STUDY OF COMPLEXES WITH SUBSTRATE AND PRODUCT DNA AT 2 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1994-10-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–244（244 aa）
链 B
1–244（244 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.00 Å |
| 1RVB MG2+ BINDING TO THE ACTIVE SITE OF ECO RV ENDONUCLEASE: A CRYSTALLOGRAPHIC STUDY OF COMPLEXES WITH SUBSTRATE AND PRODUCT DNA AT 2 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1994-10-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–244（244 aa）
链 B
1–244（244 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.10 Å |
| 1RVC MG2+ BINDING TO THE ACTIVE SITE OF ECO RV ENDONUCLEASE: A CRYSTALLOGRAPHIC STUDY OF COMPLEXES WITH SUBSTRATE AND PRODUCT DNA AT 2 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1994-10-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–244（244 aa）
链 B
1–244（244 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.10 Å |
| 1RVE THE CRYSTAL STRUCTURE OF ECORV ENDONUCLEASE AND OF ITS COMPLEXES WITH COGNATE AND NON-COGNATE DNA FRAGMENTS 提交 1992-02-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–244（244 aa）
链 B
1–244（244 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.50 Å |
| 1STX Structure of the K38A mutant of EcoRV bound to cognate DNA and Mn2+ 提交 2004-03-25 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–244（244 aa）
链 B
1–244（244 aa）
|
突变：K38A 突变：K38A | MN MANGANESE (II) ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；290 K；17% PEG 4000, 0.1M HEPES pH 7.5, 0.15M NaCl 50mM MnCl2, Vapor diffusion, temperature 290K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.262 |
| 1SUZ The structure of K92A EcoRV bound to cognate DNA and Mg2+ 提交 2004-03-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–244（244 aa）
链 B
1–244（244 aa）
|
突变：K92A 突变：K92A | MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；295 K；17% PEG 4K, 0.1M tartrate, 0.1M HPETES, 50mM MgCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 22K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.244 |
| 1SX5 K38A EcoRV bound to cleaved DNA and Mn2+: P1 crystal form 提交 2004-03-30 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–244（244 aa）
链 B
1–244（244 aa）
|
突变：K38A 突变：K38A | MN MANGANESE (II) ION × 9 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；315 K；PEG 4000, 0.1M HEPES, 0.15M NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 315K
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.254 |
| 1SX8 EcoRV bound to cognate DNA and Mn2+ 提交 2004-03-30 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–244（244 aa）
链 B
1–244（244 aa）
|
突变：K92A 突变：K92A | MN MANGANESE (II) ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；PEG 4000, 0.1M HEPES, 0.15M NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 100K
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.254 |
| 2B0D EcoRV Restriction Endonuclease/GAATTC/Ca2+ 提交 2005-09-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
0–244（245 aa）
链 B
0–244（245 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；297 K；PEG 4K, Hepes, NaCl, CaCl2, Glycerol, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 297K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.302 |
| 2B0E EcoRV Restriction Endonuclease/GAAUTC/Ca2+ 提交 2005-09-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
0–244（245 aa）
链 B
0–244（245 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；297 K；PEG 4K, Hepes, NaCl, CaCl2, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 297K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.314 |
| 2GE5 EcoRV Restriction Endonuclease C-terminal deletion mutant/GATATC/Ca2+ 提交 2006-03-17 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–219（219 aa）
片段：residues 1-219
链 B
1–219（219 aa）
片段：residues 1-219
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；250 mM NaCl, 8-12% PEG 4k, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.284 |
| 2RVE THE CRYSTAL STRUCTURE OF ECORV ENDONUCLEASE AND OF ITS COMPLEXES WITH COGNATE AND NON-COGNATE DNA SEGMENTS 提交 1991-03-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–244（244 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；pH 6.00, VAPOR DIFFUSION
|
分辨率 3.00 Å |
| 2RVE THE CRYSTAL STRUCTURE OF ECORV ENDONUCLEASE AND OF ITS COMPLEXES WITH COGNATE AND NON-COGNATE DNA SEGMENTS 提交 1991-03-19 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–244（244 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；pH 6.00, VAPOR DIFFUSION
|
分辨率 3.00 Å |
| 4RVE THE CRYSTAL STRUCTURE OF ECORV ENDONUCLEASE AND OF ITS COMPLEXES WITH COGNATE AND NON-COGNATE DNA SEGMENTS 提交 1993-02-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–244（244 aa）
链 B
1–244（244 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；pH 7.00, VAPOR DIFFUSION
|
分辨率 3.00 Å |
| 4RVE THE CRYSTAL STRUCTURE OF ECORV ENDONUCLEASE AND OF ITS COMPLEXES WITH COGNATE AND NON-COGNATE DNA SEGMENTS 提交 1993-02-18 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–244（244 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；pH 7.00, VAPOR DIFFUSION
|
分辨率 3.00 Å |
| 5F8A Crystal structure of the ternary EcoRV-DNA-Lu complex with uncleaved DNA substrate. Lanthanide binding to EcoRV-DNA complex inhibits cleavage. 提交 2015-12-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–245（244 aa）
链 B
2–245（244 aa）
|
未记录 | LU LUTETIUM (III) ION × 2 NA SODIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；285 K；4.5 mg/mL (monomer), protein(dimer):DNA - 1:1, Enzyme:Well - 3uL:3uL, Well - 500uL of 100 mM HEPES pH 7.4, 8% Ethylene glycol, 4% Polyethylene glycol 8000, 10% glycerol.
|
分辨率 1.76 Å R-free 0.199 |
| 5HLK Crystal structure of the ternary EcoRV-DNA-Lu complex with cleaved DNA substrate. 提交 2016-01-15 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–245（244 aa）
链 B
2–245（244 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 NA SODIUM ION × 4 LU LUTETIUM (III) ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；9.4 mg/mL, 3:3 Enzyme:Well, 100 mM HEPES pH 7.5, 8% Ethylene glycol, 7% Polyethylene glycol 8000, 10% glycerol
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.228 |