当前蛋白身份：P06663
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3ZX8 Cryo-EM reconstruction of native and expanded Turnip Crinkle virus 提交 2011-08-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 180 PDB 声明：180-MERIC（180） 与蛋白数一致 |
链 A
1–221（221 aa）
链 A
225–246（22 aa）
链 A
248–351（104 aa）
链 B
1–221（221 aa）
链 B
225–246（22 aa）
链 B
248–351（104 aa）
链 C
1–221（221 aa）
链 C
225–246（22 aa）
链 C
248–351（104 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
10 MM SODIUM PHOSPHATE PH 7.4, 10 MM MAGNESIUM SULPHATE；pH 7.4；10 MM SODIUM PHOSPHATE PH 7.4, 10 MM MAGNESIUM SULPHATE
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, TEMPERATURE- 77, INSTRUMENT- DOUBLE SIDED AUTOMATED BLOTTER AND PLUNGER, METHOD- BLOT 1.6 SECONDS BEFORE PLUNGING,
|
分辨率 11.50 Å |
| 3ZX8 Cryo-EM reconstruction of native and expanded Turnip Crinkle virus 提交 2011-08-08 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–221（221 aa）
链 A
225–246（22 aa）
链 A
248–351（104 aa）
链 B
1–221（221 aa）
链 B
225–246（22 aa）
链 B
248–351（104 aa）
链 C
1–221（221 aa）
链 C
225–246（22 aa）
链 C
248–351（104 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
10 MM SODIUM PHOSPHATE PH 7.4, 10 MM MAGNESIUM SULPHATE；pH 7.4；10 MM SODIUM PHOSPHATE PH 7.4, 10 MM MAGNESIUM SULPHATE
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, TEMPERATURE- 77, INSTRUMENT- DOUBLE SIDED AUTOMATED BLOTTER AND PLUNGER, METHOD- BLOT 1.6 SECONDS BEFORE PLUNGING,
|
分辨率 11.50 Å |
| 3ZX8 Cryo-EM reconstruction of native and expanded Turnip Crinkle virus 提交 2011-08-08 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15） 与蛋白数一致 |
链 A
1–221（221 aa）
链 A
225–246（22 aa）
链 A
248–351（104 aa）
链 B
1–221（221 aa）
链 B
225–246（22 aa）
链 B
248–351（104 aa）
链 C
1–221（221 aa）
链 C
225–246（22 aa）
链 C
248–351（104 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
10 MM SODIUM PHOSPHATE PH 7.4, 10 MM MAGNESIUM SULPHATE；pH 7.4；10 MM SODIUM PHOSPHATE PH 7.4, 10 MM MAGNESIUM SULPHATE
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, TEMPERATURE- 77, INSTRUMENT- DOUBLE SIDED AUTOMATED BLOTTER AND PLUNGER, METHOD- BLOT 1.6 SECONDS BEFORE PLUNGING,
|
分辨率 11.50 Å |
| 3ZX8 Cryo-EM reconstruction of native and expanded Turnip Crinkle virus 提交 2011-08-08 | Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白数一致 |
链 A
1–221（221 aa）
链 A
225–246（22 aa）
链 A
248–351（104 aa）
链 B
1–221（221 aa）
链 B
225–246（22 aa）
链 B
248–351（104 aa）
链 C
1–221（221 aa）
链 C
225–246（22 aa）
链 C
248–351（104 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
10 MM SODIUM PHOSPHATE PH 7.4, 10 MM MAGNESIUM SULPHATE；pH 7.4；10 MM SODIUM PHOSPHATE PH 7.4, 10 MM MAGNESIUM SULPHATE
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, TEMPERATURE- 77, INSTRUMENT- DOUBLE SIDED AUTOMATED BLOTTER AND PLUNGER, METHOD- BLOT 1.6 SECONDS BEFORE PLUNGING,
|
分辨率 11.50 Å |
| 3ZX8 Cryo-EM reconstruction of native and expanded Turnip Crinkle virus 提交 2011-08-08 | Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–221（221 aa）
链 A
225–246（22 aa）
链 A
248–351（104 aa）
链 B
1–221（221 aa）
链 B
225–246（22 aa）
链 B
248–351（104 aa）
链 C
1–221（221 aa）
链 C
225–246（22 aa）
链 C
248–351（104 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
10 MM SODIUM PHOSPHATE PH 7.4, 10 MM MAGNESIUM SULPHATE；pH 7.4；10 MM SODIUM PHOSPHATE PH 7.4, 10 MM MAGNESIUM SULPHATE
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, TEMPERATURE- 77, INSTRUMENT- DOUBLE SIDED AUTOMATED BLOTTER AND PLUNGER, METHOD- BLOT 1.6 SECONDS BEFORE PLUNGING,
|
分辨率 11.50 Å |
| 3ZX9 Cryo-EM reconstruction of native and expanded Turnip Crinkle virus 提交 2011-08-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 180 PDB 声明：180-MERIC（180） 与蛋白数一致 |
链 A
1–221（221 aa）
链 A
225–246（22 aa）
链 A
248–351（104 aa）
链 B
1–221（221 aa）
链 B
225–246（22 aa）
链 B
248–351（104 aa）
链 C
1–221（221 aa）
链 C
225–246（22 aa）
链 C
248–351（104 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
100 MM TRIS PH 8.5, 5 MM EDTA；pH 8.5；100 MM TRIS PH 8.5, 5 MM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, TEMPERATURE- 77, INSTRUMENT- DOUBLE SIDED AUTOMATED BLOTTER AND PLUNGER, METHOD- BLOT 1.6 SECONDS BEFORE PLUNGING,
|
分辨率 17.00 Å |
| 3ZX9 Cryo-EM reconstruction of native and expanded Turnip Crinkle virus 提交 2011-08-08 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–221（221 aa）
链 A
225–246（22 aa）
链 A
248–351（104 aa）
链 B
1–221（221 aa）
链 B
225–246（22 aa）
链 B
248–351（104 aa）
链 C
1–221（221 aa）
链 C
225–246（22 aa）
链 C
248–351（104 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
100 MM TRIS PH 8.5, 5 MM EDTA；pH 8.5；100 MM TRIS PH 8.5, 5 MM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, TEMPERATURE- 77, INSTRUMENT- DOUBLE SIDED AUTOMATED BLOTTER AND PLUNGER, METHOD- BLOT 1.6 SECONDS BEFORE PLUNGING,
|
分辨率 17.00 Å |
| 3ZX9 Cryo-EM reconstruction of native and expanded Turnip Crinkle virus 提交 2011-08-08 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15） 与蛋白数一致 |
链 A
1–221（221 aa）
链 A
225–246（22 aa）
链 A
248–351（104 aa）
链 B
1–221（221 aa）
链 B
225–246（22 aa）
链 B
248–351（104 aa）
链 C
1–221（221 aa）
链 C
225–246（22 aa）
链 C
248–351（104 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
100 MM TRIS PH 8.5, 5 MM EDTA；pH 8.5；100 MM TRIS PH 8.5, 5 MM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, TEMPERATURE- 77, INSTRUMENT- DOUBLE SIDED AUTOMATED BLOTTER AND PLUNGER, METHOD- BLOT 1.6 SECONDS BEFORE PLUNGING,
|
分辨率 17.00 Å |
| 3ZX9 Cryo-EM reconstruction of native and expanded Turnip Crinkle virus 提交 2011-08-08 | Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白数一致 |
链 A
1–221（221 aa）
链 A
225–246（22 aa）
链 A
248–351（104 aa）
链 B
1–221（221 aa）
链 B
225–246（22 aa）
链 B
248–351（104 aa）
链 C
1–221（221 aa）
链 C
225–246（22 aa）
链 C
248–351（104 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
100 MM TRIS PH 8.5, 5 MM EDTA；pH 8.5；100 MM TRIS PH 8.5, 5 MM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, TEMPERATURE- 77, INSTRUMENT- DOUBLE SIDED AUTOMATED BLOTTER AND PLUNGER, METHOD- BLOT 1.6 SECONDS BEFORE PLUNGING,
|
分辨率 17.00 Å |
| 3ZX9 Cryo-EM reconstruction of native and expanded Turnip Crinkle virus 提交 2011-08-08 | Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–221（221 aa）
链 A
225–246（22 aa）
链 A
248–351（104 aa）
链 B
1–221（221 aa）
链 B
225–246（22 aa）
链 B
248–351（104 aa）
链 C
1–221（221 aa）
链 C
225–246（22 aa）
链 C
248–351（104 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
100 MM TRIS PH 8.5, 5 MM EDTA；pH 8.5；100 MM TRIS PH 8.5, 5 MM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, TEMPERATURE- 77, INSTRUMENT- DOUBLE SIDED AUTOMATED BLOTTER AND PLUNGER, METHOD- BLOT 1.6 SECONDS BEFORE PLUNGING,
|
分辨率 17.00 Å |
| 3ZXA Structure and Assembly of Turnip Crinkle Virus I. X-ray Crystallographic Structure Analysis at 3.2 A Resolution 提交 2011-08-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-MERIC（60） 与蛋白数一致 |
链 C
1–220（220 aa）
链 C
224–246（23 aa）
链 C
248–351（104 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；THE METHYL MERCURY ADDUCT WAS OBTAINED BY BRINGING STOCK SOLUTION OF VIRUS (3.5% TCV (W/V) IN 0.01% SODIUM AZIDE,) TO 6 EQUIVALENT METHYL MERCURY/PROTEIN SUBUNIT BY ADDITION OF 15 MILLIMOLAR-METHYL MERCURY NITRATE AND INCUBATING FOR 1 H. CRYSTALLIZATION WAS THEN INITIATED BY ADDITION OF AN APPROXIMATELY EQUAL VOLUME OF SATURATED SODIUM CITRATE (PH 7.0) AND ALLOWED TO PROCEED UNDISTURBED FOR 2 TO 4 MONTHS. THE OPTIMUM CONCENTRATION OF SODIUM CITRATE REQUIRED TO PRODUCE LARGE CRYSTALS VARIED FROM EXPERIMENT TO EXPERIMENT BUT WAS GENERALLY IN THE RANGE 42 TO 46% SATURATED.
|
分辨率 3.20 Å |
| 3ZXA Structure and Assembly of Turnip Crinkle Virus I. X-ray Crystallographic Structure Analysis at 3.2 A Resolution 提交 2011-08-08 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
1–220（220 aa）
链 C
224–246（23 aa）
链 C
248–351（104 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；THE METHYL MERCURY ADDUCT WAS OBTAINED BY BRINGING STOCK SOLUTION OF VIRUS (3.5% TCV (W/V) IN 0.01% SODIUM AZIDE,) TO 6 EQUIVALENT METHYL MERCURY/PROTEIN SUBUNIT BY ADDITION OF 15 MILLIMOLAR-METHYL MERCURY NITRATE AND INCUBATING FOR 1 H. CRYSTALLIZATION WAS THEN INITIATED BY ADDITION OF AN APPROXIMATELY EQUAL VOLUME OF SATURATED SODIUM CITRATE (PH 7.0) AND ALLOWED TO PROCEED UNDISTURBED FOR 2 TO 4 MONTHS. THE OPTIMUM CONCENTRATION OF SODIUM CITRATE REQUIRED TO PRODUCE LARGE CRYSTALS VARIED FROM EXPERIMENT TO EXPERIMENT BUT WAS GENERALLY IN THE RANGE 42 TO 46% SATURATED.
|
分辨率 3.20 Å |
| 3ZXA Structure and Assembly of Turnip Crinkle Virus I. X-ray Crystallographic Structure Analysis at 3.2 A Resolution 提交 2011-08-08 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 C
1–220（220 aa）
链 C
224–246（23 aa）
链 C
248–351（104 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；THE METHYL MERCURY ADDUCT WAS OBTAINED BY BRINGING STOCK SOLUTION OF VIRUS (3.5% TCV (W/V) IN 0.01% SODIUM AZIDE,) TO 6 EQUIVALENT METHYL MERCURY/PROTEIN SUBUNIT BY ADDITION OF 15 MILLIMOLAR-METHYL MERCURY NITRATE AND INCUBATING FOR 1 H. CRYSTALLIZATION WAS THEN INITIATED BY ADDITION OF AN APPROXIMATELY EQUAL VOLUME OF SATURATED SODIUM CITRATE (PH 7.0) AND ALLOWED TO PROCEED UNDISTURBED FOR 2 TO 4 MONTHS. THE OPTIMUM CONCENTRATION OF SODIUM CITRATE REQUIRED TO PRODUCE LARGE CRYSTALS VARIED FROM EXPERIMENT TO EXPERIMENT BUT WAS GENERALLY IN THE RANGE 42 TO 46% SATURATED.
|
分辨率 3.20 Å |
| 3ZXA Structure and Assembly of Turnip Crinkle Virus I. X-ray Crystallographic Structure Analysis at 3.2 A Resolution 提交 2011-08-08 | Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 C
1–220（220 aa）
链 C
224–246（23 aa）
链 C
248–351（104 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；THE METHYL MERCURY ADDUCT WAS OBTAINED BY BRINGING STOCK SOLUTION OF VIRUS (3.5% TCV (W/V) IN 0.01% SODIUM AZIDE,) TO 6 EQUIVALENT METHYL MERCURY/PROTEIN SUBUNIT BY ADDITION OF 15 MILLIMOLAR-METHYL MERCURY NITRATE AND INCUBATING FOR 1 H. CRYSTALLIZATION WAS THEN INITIATED BY ADDITION OF AN APPROXIMATELY EQUAL VOLUME OF SATURATED SODIUM CITRATE (PH 7.0) AND ALLOWED TO PROCEED UNDISTURBED FOR 2 TO 4 MONTHS. THE OPTIMUM CONCENTRATION OF SODIUM CITRATE REQUIRED TO PRODUCE LARGE CRYSTALS VARIED FROM EXPERIMENT TO EXPERIMENT BUT WAS GENERALLY IN THE RANGE 42 TO 46% SATURATED.
|
分辨率 3.20 Å |
| 3ZXA Structure and Assembly of Turnip Crinkle Virus I. X-ray Crystallographic Structure Analysis at 3.2 A Resolution 提交 2011-08-08 | Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
1–220（220 aa）
链 C
224–246（23 aa）
链 C
248–351（104 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；THE METHYL MERCURY ADDUCT WAS OBTAINED BY BRINGING STOCK SOLUTION OF VIRUS (3.5% TCV (W/V) IN 0.01% SODIUM AZIDE,) TO 6 EQUIVALENT METHYL MERCURY/PROTEIN SUBUNIT BY ADDITION OF 15 MILLIMOLAR-METHYL MERCURY NITRATE AND INCUBATING FOR 1 H. CRYSTALLIZATION WAS THEN INITIATED BY ADDITION OF AN APPROXIMATELY EQUAL VOLUME OF SATURATED SODIUM CITRATE (PH 7.0) AND ALLOWED TO PROCEED UNDISTURBED FOR 2 TO 4 MONTHS. THE OPTIMUM CONCENTRATION OF SODIUM CITRATE REQUIRED TO PRODUCE LARGE CRYSTALS VARIED FROM EXPERIMENT TO EXPERIMENT BUT WAS GENERALLY IN THE RANGE 42 TO 46% SATURATED.
|
分辨率 3.20 Å |
| 9GDW RNA binding domain of Turnip crinkle virus p38, p38R 提交 2024-08-06 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–45（45 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；283 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1
NMR样品组成
1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 9QVF Turnip Crinkle Virus: virus-like particles (TCV-P38+1) 提交 2025-04-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 180 PDB 声明：180-meric（180） 与蛋白数一致 |
链 A
1–351（351 aa）
链 B
1–351（351 aa）
链 C
1–351（351 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；1 mM MgSO4 1mM NaPO4 and pH7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.13 Å |
| 9QVG Turnip Crinkle Virus: virions (TCV-M) 提交 2025-04-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 180 PDB 声明：180-meric（180） 与蛋白数一致 |
链 A
1–351（351 aa）
链 B
1–351（351 aa）
链 C
1–351（351 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；1 mM MgSO4 1mM NaPO4 and pH7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.43 Å |
| 9QVH Turnip Crinkle Virus: virus-like particles (TCV-P38) 提交 2025-04-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 180 PDB 声明：180-meric（180） 与蛋白数一致 |
链 A
1–351（351 aa）
链 B
1–351（351 aa）
链 C
1–351（351 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；1 mM MgSO4 1mM NaPO4 and pH7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.47 Å |
| 9Y2Z Icosahedral symmetric structure of an expansion intermediate of Turnip Crinkle Virus (Asymmetric Trimer Unit) 提交 2025-09-01 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 180 PDB 声明：180-meric（180） 与蛋白数一致 |
链 A
1–351（351 aa）
片段：R domain
链 B
1–351（351 aa）
片段：R domain
链 C
1–351（351 aa）
片段：R domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 5.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.87 Å |
| 9Y31 Symmetry relaxed asymmetric structure of an expansion intermediate of Turnip crinkle virus 提交 2025-09-01 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
1–351（351 aa）
片段：R domain
链 E
1–351（351 aa）
片段：R domain
链 H
1–351（351 aa）
片段：R domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 5.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.62 Å |